✖


Jump to content

Марк Б. Герштейн

(Перенаправлено с Марка Бендера Герштейна )
Марк Герштейн
Рожденный
Марк Бендер Герштейн

23 февраля
Гражданство НАС
Альма-матер
Награды
Научная карьера
Поля Биоинформатика [3]
Учреждения
Диссертация Распознавание белков: поверхности и конформационные изменения   (1993)
Докторантура
Другие научные консультанты Майкл Левитт (постдок)
Докторанты Вернер Кребс [6] [7]
Веб-сайт

Марк Бендер Герштейн — американский учёный, работающий в области биоинформатики и науки о данных . По состоянию на 2009 год Он является содиректором программы Йельской вычислительной биологии и биоинформатики.

Марк Герштейн — Альберта Л. Уильямса профессор биомедицинской информатики , профессор молекулярной биофизики и биохимии , профессор статистики и науки о данных и профессор компьютерных наук в Йельском университете . [8] В 2018 году Герштейн был назначен содиректором Йельского центра биомедицинских данных. [9]

Образование [ править ]

Окончив с Гарвардский колледж отличием со степенью бакалавра гуманитарных наук по физике в 1989 году,Герштейн защитил докторскую диссертацию под руководством Рут Линден-Белл. [5] в Кембриджском университете и Сайрус Чотиа в Лаборатории молекулярной биологии по конформационным изменениям белков, окончил в 1993 году. [10] Затем он продолжил постдокторские исследования в области биоинформатики в Стэнфордском университете с 1993 по 1996 год под руководством нобелевского лауреата Майкла Левитта .

Исследования [ править ]

Герштейн занимается исследованиями в области биоинформатики . [3] [11] [12] Это предполагает применение ряда вычислительных подходов к решению проблем молекулярной биологии , включая интеллектуальный анализ данных и машинное обучение, молекулярное моделирование и проектирование баз данных. Его исследовательская группа занимается рядом направлений, включая аннотирование генома человека, [13] персональная геномика , геномика рака , создание инструментов для поддержки геномных технологий (таких как секвенирование следующего поколения), анализ молекулярных сетей и моделирование движений макромолекул. Известные базы данных и инструменты, разработанные группой, включают Базу данных макромолекулярных движений , [6] [7] который классифицирует макромолекул конформационные изменения ; тыНА, [14] который помогает анализировать молекулярные сети; ПабНет, [15] который анализирует издательские сети; ПикСек, [16] который идентифицирует области генома, связанные с определенными факторами транскрипции; и CNVnator, [17] который классифицирует варианты блоков в геноме. Герштейн также много писал о том, как общие проблемы науки о данных влияют на геномику, в частности, в отношении конфиденциальности. [18] и структурированию научной коммуникации. [19]

Работа Герштейна была опубликована в рецензируемых научных журналах. [20] [21] [22] и ненаучные публикации на более популярных форумах. [23] Его работа получила высокую оценку: балл H превышает 100. [3] Он работает в ряде редакционных и консультативных советов, в том числе в журналах PLoS Computational Biology , Genome Research , Genome Biology и Molecular Systems Biology . Его слова цитирует New York Times. [24] [25] [26] в том числе на первой странице, [13] и в других крупных газетах. [27]

Награды и почести [ править ]

Помимо награды Фонда В.М. Кека «Выдающиеся молодые учёные», [28] Герштейн получил награды от ВМС США , IBM , Фармацевтических исследований и производителей Америки , а также Фонда Донахью . [29] Он является членом AAAS . [1] Другие награды включают стипендию Герчела-Смита в поддержку его докторской работы в колледже Эммануэль в Кембридже и постдокторскую стипендию Фонда исследования рака Дэймона Раньона . Он является участником ряда научных консорциумов, включая ENCODE , [30] модЕНКОД , [31] [32] [33] Проект 1000 геномов , Brainspan , [34] и DOE Kbase . [ нужна ссылка ] В 2015 году он стал членом Международного общества вычислительной биологии . [2]

Ссылки [ править ]

  1. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б «Ученые Йельского университета получили стипендию AAAS» .
  2. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б «Знакомьтесь с выпуском стипендиатов ISCB 2015 года» . Международное общество вычислительной биологии . Архивировано из оригинала 20 февраля 2015 г.
  3. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с Публикации Марка Б. Герштейна, проиндексированные Google Scholar
  4. ^ Герштейн, М .; Чотия, К. (1991). «Анализ замыкания белковой петли. Два типа шарниров производят одно движение в лактатдегидрогеназе». Журнал молекулярной биологии . 220 (1): 133–149. дои : 10.1016/0022-2836(91)90387-L . ПМИД   2067013 .
  5. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Марк Б. Герштейн в проекте «Математическая генеалогия»
  6. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Кребс, Вернер Г. (2002). База данных движений макромолекул: стандартизированная система для анализа и визуализации движений макромолекул в рамках базы данных (кандидатская диссертация). Йельский университет. OCLC   54626123 .
  7. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Герштейн, М; Кребс, В. (1998). «База данных макромолекулярных движений» . Исследования нуклеиновых кислот . 26 (18): 4280–90. дои : 10.1093/нар/26.18.4280 . ПМЦ   147832 . ПМИД   9722650 .
  8. ^ Публикации Марка Б. Герштейна, индексированные в библиографической базе данных Scopus . (требуется подписка)
  9. ^ Сюн, Эми (9 февраля 2018 г.). «Йельский университет открывает центр биомедицинских данных» . yaledailynews.com . Проверено 27 сентября 2020 г.
  10. ^ Герштейн, Марк (1993). Распознавание белков: поверхности и конформационные изменения (кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  11. ^ Дурбин, РМ ; Абекасис, Греция ; Альтшулер, Р.М.; Аутон, Гарда; Брукс, доктор медицинских наук; Дурбин, А.; Гиббс, AG; Херлс, Ф.С.; Маквин, FM; Доннелли, П.; Эгхольм, М.; Фличек, П.; Габриэль, С.Б.; Гиббс, РА; Кнопперс, Б.М.; Ландер, ЕС; Лерах, Х.; Мардис, скорая помощь; Маквин, Джорджия; Никерсон, Д.А.; Пелтонен, Л.; Шафер, Эй Джей; Шерри, Сент-Луис; Ван, Дж.; Уилсон, РК; Гиббс, РА; Дейрос, Д.; Мецкер, М.; Музный, Д.; и др. (2010). «Карта вариаций генома человека по результатам популяционного секвенирования» . Природа . 467 (7319): 1061–1073. Бибкод : 2010Natur.467.1061T . дои : 10.1038/nature09534 . ПМК   3042601 . ПМИД   20981092 .
  12. ^ Ван, З.; Герштейн, М.; Снайдер, М. (2009). «RNA-Seq: революционный инструмент для транскриптомики» . Обзоры природы Генетика . 10 (1): 57–63. дои : 10.1038/nrg2484 . ПМЦ   2949280 . ПМИД   19015660 .
  13. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Джина Колата, (5 сентября 2012 г.) « Кусочки загадочной ДНК, вдали от мусора, играют решающую роль », NY Times
  14. ^ Йип, Кентукки; Ю, Х; Ким, премьер-министр; Шульц, М; Герштейн, М (2006). «Платформа tYNA для сравнительной интерактивности: веб-инструмент для управления, сравнения и анализа нескольких сетей» . Биоинформатика . 22 (23): 2968–70. doi : 10.1093/биоинформатика/btl488 . ПМИД   17021160 .
  15. ^ Дуглас, С.М.; Монтелионе, GT; Герштейн, М. (2005). «PubNet: гибкая система для визуализации сетей, основанных на литературе» . Геномная биология . 6 (9): 80 рандов. дои : 10.1186/gb-2005-6-9-r80 . ПМЦ   1242215 . ПМИД   16168087 .
  16. ^ Розовский, Дж; Ойскирхен, Г; Ауэрбах, РК; Чжан, З.Д.; Гибсон, Т; Бьорнсон, Р; Каррьеро, Н.; Снайдер, М; Герштейн, МБ (2009). «Peak Seq позволяет систематически оценивать эксперименты ChIP-seq по сравнению с контролем» . Природная биотехнология . 27 (1): 66–75. дои : 10.1038/nbt.1518 . ПМЦ   2924752 . ПМИД   19122651 .
  17. ^ Абызов А; Урбан, AE; Снайдер, М; Герштейн, М (2011). «CNVnator: подход к обнаружению, генотипированию и характеристике типичных и атипичных CNV на основе секвенирования семейного и популяционного генома» . Геномные исследования . 21 (6): 974–84. дои : 10.1101/гр.114876.110 . ПМК   3106330 . ПМИД   21324876 .
  18. ^ Гринбаум, Д; Сбонер, А; Му, XJ; Герштейн, М (2011). «Геномика и конфиденциальность: последствия новой реальности закрытых данных для этой области» . PLOS Вычислительная биология . 7 (12): e1002278. Бибкод : 2011PLSCB...7E2278G . дои : 10.1371/journal.pcbi.1002278 . ПМЦ   3228779 . ПМИД   22144881 .
  19. ^ Герштейн, М; Серингхаус, М; Филдс, С. (2007). «Структурированная цифровая аннотация упрощает анализ текста» . Природа . 447 (7141): 142. Бибкод : 2007Natur.447..142G . дои : 10.1038/447142а . ПМИД   17495904 .
  20. ^ Марк Герштейн на DBLP библиографическом сервере Отредактируйте это в Викиданных
  21. ^ Публикации Марка Б. Герштейна, индексированные Microsoft Academic.
  22. ^ Гиавер, Г.; Чу, AM; Ни, Л.; Коннелли, К.; Райлз, Л.; Веронно, С.; Доу, С.; Лукау-Данила, А.; Андерсон, К.; Андре, Б.; Аркин, АП; Астромов А.; Эль-Баккури, М.; Бангэм, Р.; Бенито, Р.; Брачат, С.; Кампанаро, С.; Кёртисс, М.; Дэвис, К.; Дойчбауэр, А.; Энтиан, К.Д.; Флаэрти, П.; Фури, Ф.; Гарфинкель, диджей; Герштейн, М.; Готте, Д.; Гюльденер, У.; Хегеманн, Дж. Х.; Хемпель, С.; Герман, З. (2002). «Функциональное профилирование генома Saccharomyces cerevisiae». Природа . 418 (6896): 387–391. Бибкод : 2002Natur.418..387G . дои : 10.1038/nature00935 . ПМИД   12140549 . S2CID   4400400 .
  23. ^ «Список нетехнических произведений Марка Герштейна» . gersteinlab.org. Архивировано из оригинала 17 октября 2013 г.
  24. ^ Колата, Джина (16 июня 2013 г.). «Дыры в генетической конфиденциальности» . Нью-Йорк Таймс . ISSN   0362-4331 . Проверено 18 января 2016 г.
  25. ^ Циммер, Карл (01 сентября 2014 г.). «Маленькие, огромные окна в ДНК человека» . Нью-Йорк Таймс . ISSN   0362-4331 . Проверено 18 января 2016 г.
  26. ^ «Мысли о генах» . Нью-Йорк Таймс . 10 ноября 2008 г. ISSN   0362-4331 . Проверено 18 января 2016 г.
  27. ^ «Ученые раскрывают новую схему того, как работает геном человека» . Курант.com . Проверено 18 января 2016 г.
  28. ^ Мервис, Джеффри (16 июля 1999 г.). «Кек помогает пяти карьерам с помощью грантов в 1 миллион долларов» . Наука . 285 (5426): 312–3. дои : 10.1126/science.285.5426.312b . ПМИД   10438290 . S2CID   33084600 .
  29. ^ «Фонд Донахью выбирает пять следователей для долгосрочной поддержки» . Medicine.yale.edu . Проверено 27 сентября 2020 г.
  30. ^ Консорциум проекта ENCODE; Бирни Э ; Стаматояннопулос Х.А .; Дутта А ; Гиго Р; Гингерас ТР; Маргулис Э.Х.; Вэн З; Снайдер М; Дермицакис ET; и др. (2007). «Идентификация и анализ функциональных элементов в 1% генома человека в рамках пилотного проекта ENCODE» . Природа . 447 (7146): 799–816. Бибкод : 2007Natur.447..799B . дои : 10.1038/nature05874 . ПМК   2212820 . ПМИД   17571346 .
  31. ^ Ландт, С.Г.; Маринов, Г.К.; Кундае, А.; Херадпур, П.; Паули, Ф.; Бацоглу, С.; Бернштейн, Бельгия; Бикель, П.; Браун, Дж. Б.; Кейтинг, П.; Чен, Ю.; Десальво, Г.; Эпштейн, К.; Фишер-Эйлор, штат Кентукки; Ойскирхен, Г.; Герштейн, М.; Герц, Дж.; Хартеминк, AJ; Хоффман, ММ; Айер, ВР; Юнг, Ю.Л.; Кармакар, С.; Келлис, М.; Харченко П.В.; Ли, К.; Лю, Т.; Лю, XS; Ма, Л.; Милосавлевич А.; Майерс, РМ (2012). «Руководство и практика ChIP-seq консорциумов ENCODE и modENCODE» . Геномные исследования . 22 (9): 1813–1831. дои : 10.1101/гр.136184.111 . ПМЦ   3431496 . ПМИД   22955991 .
  32. ^ Ченг, К.; Ян, К.К.; Йип, Кентукки; Розовский Дж.; Александр, Р.; Шоу, К.; Герштейн, М. (2011). «Статистическая основа для моделирования экспрессии генов с использованием функций хроматина и применения к наборам данных modENCODE» . Геномная биология . 12 (2): Р15. дои : 10.1186/gb-2011-12-2-r15 . ПМК   3188797 . ПМИД   21324173 .
  33. ^ Герштейн М.Б., Лу З.Дж., Ван Ностранд Э.Л., Ченг С., Аршинофф Б.И., Лю Т., Йип К.Ю., Робилотто Р., Рехтштайнер А. и др. (2010). «Интегративный анализ генома Caenorhabditis elegans в рамках проекта modENCODE» . Наука . 330 (6012): 1775–1787. Бибкод : 2010Sci...330.1775G . дои : 10.1126/science.1196914 . ПМЦ   3142569 . ПМИД   21177976 .
  34. ^ Ли, Минфэн; Санпере, Габриэль; Кавасава, Юка Имамура; Евграфов Олег Владимирович; Гулден, Форрест О.; Почаредди, Сириша; Санкин, Сьюзен М.; Ли, Чжэнь; Шин, Юраэ; Чжу, Ин; Соуза, Андре ММ (14 декабря 2018 г.). «Интегративный функциональный геномный анализ развития мозга человека и нервно-психических рисков» . Наука . 362 (6420): eaat7615. Бибкод : 2018Sci...362.7615L . дои : 10.1126/science.aat7615 . ISSN   0036-8075 . ПМК   6413317 . ПМИД   30545854 .

Внешние ссылки [ править ]

У Схолии есть профиль Марка Бендера Герштейна (Q6766711) .
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Mark_B._Gerstein&oldid=1217972223"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: bf50f854e25de634b74bcdde0ee485c2__1712611800
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/bf/c2/bf50f854e25de634b74bcdde0ee485c2.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Mark B. Gerstein - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)