Марк Б. Герштейн
Марк Герштейн | |
|---|---|
| Рожденный | Марк Бендер Герштейн 23 февраля |
| Гражданство | НАС |
| Альма-матер |
|
| Награды |
|
| Научная карьера | |
| Поля | Биоинформатика [3] |
| Учреждения | |
| Тезис | Распознавание белков: поверхности и конформационные изменения (1993) |
| Докторантура | |
| Другие научные консультанты | Майкл Левитт (постдок) |
| Докторанты | Вернер Кребс [6] [7] |
| Веб-сайт | |
Марк Бендер Герштейн — американский учёный, работающий в области биоинформатики и науки о данных . По состоянию на 2009 год [update]Он является содиректором программы Йельской вычислительной биологии и биоинформатики.
Марк Герштейн — Альберта Л. Уильямса профессор биомедицинской информатики , профессор молекулярной биофизики и биохимии , профессор статистики и науки о данных и профессор компьютерных наук в Йельском университете . [8] В 2018 году Герштейн был назначен содиректором Йельского центра биомедицинских данных. [9]
Образование [ править ]
Окончив с отличием колледж Гарвардский со степенью бакалавра гуманитарных наук по физике в 1989 году, Герштейн защитил докторскую диссертацию под руководством Рут Линден-Белл. [5] в Кембриджском университете и Сайрус Чотиа в Лаборатории молекулярной биологии по конформационным изменениям белков, окончил в 1993 году. [10] Затем он продолжил исследования в области биоинформатики в Стэнфордском университете с 1993 по 1996 год под руководством нобелевского лауреата Майкла Левитта .
Исследования [ править ]
Герштейн занимается исследованиями в области биоинформатики . [3] [11] [12] Это предполагает применение ряда вычислительных подходов к решению проблем молекулярной биологии , включая интеллектуальный анализ данных и машинное обучение, молекулярное моделирование и проектирование баз данных. Его исследовательская группа занимается рядом направлений, включая аннотирование генома человека, [13] персональная геномика , геномика рака , создание инструментов для поддержки геномных технологий (таких как секвенирование следующего поколения), анализ молекулярных сетей и моделирование движений макромолекул. Известные базы данных и инструменты, разработанные группой, включают Базу данных макромолекулярных движений , [6] [7] который классифицирует макромолекул конформационные изменения ; тына, [14] который помогает анализировать молекулярные сети; ПабНет, [15] который анализирует издательские сети; ПикСек, [16] который идентифицирует области генома, связанные с определенными факторами транскрипции; и CNVnator, [17] который классифицирует варианты блоков в геноме. Герштейн также много писал о том, как общие проблемы науки о данных влияют на геномику, в частности, в отношении конфиденциальности. [18] и структурированию научной коммуникации. [19]
Работа Герштейна была опубликована в рецензируемых научных журналах. [20] [21] [22] и ненаучные публикации на более популярных форумах. [23] Его работа получила высокую оценку: балл H превышает 100. [3] Он работает в ряде редакционных и консультативных советов, в том числе в журналах PLoS Computational Biology , Genome Research , Genome Biology и Molecular Systems Biology . Его слова цитирует New York Times. [24] [25] [26] в том числе на первой странице, [13] и в других крупных газетах. [27]
Награды и почести [ править ]
В дополнение к награде Фонда В.М. Кека «Выдающиеся молодые учёные», [28] Герштейн получил награды от ВМС США , IBM , Фармацевтических исследований и производителей Америки , а также Фонда Донахью . [29] Он является членом AAAS . [1] Другие награды включают стипендию Герчела-Смита в поддержку его докторской работы в колледже Эммануэль в Кембридже и постдокторскую стипендию Фонда исследования рака Дэймона Раньона . Он является участником ряда научных консорциумов, включая ENCODE , [30] модЕНКОД , [31] [32] [33] Проект 1000 геномов , Brainspan , [34] и DOE Kbase . [ нужна цитата ] В 2015 году он стал членом Международного общества вычислительной биологии . [2]
Ссылки [ править ]
- ^ Перейти обратно: а б «Ученые Йельского университета получили стипендию AAAS» .
- ^ Перейти обратно: а б «Знакомьтесь с выпуском стипендиатов ISCB 2015 года» . Международное общество вычислительной биологии . Архивировано из оригинала 20 февраля 2015 г.
- ^ Перейти обратно: а б с Публикации Марка Б. Герштейна, проиндексированные Google Scholar
- ^ Герштейн, М .; Чотия, К. (1991). «Анализ замыкания белковой петли. Два типа шарниров производят одно движение в лактатдегидрогеназе». Журнал молекулярной биологии . 220 (1): 133–149. дои : 10.1016/0022-2836(91)90387-L . ПМИД 2067013 .
- ^ Перейти обратно: а б Марк Б. Герштейн в проекте «Математическая генеалогия»
- ^ Перейти обратно: а б Кребс, Вернер Г. (2002). База данных движений макромолекул: стандартизированная система для анализа и визуализации движений макромолекул в рамках базы данных (кандидатская диссертация). Йельский университет. OCLC 54626123 .
- ^ Перейти обратно: а б Герштейн, М; Кребс, В. (1998). «База данных макромолекулярных движений» . Исследования нуклеиновых кислот . 26 (18): 4280–90. дои : 10.1093/нар/26.18.4280 . ПМЦ 147832 . ПМИД 9722650 .
- ^ Публикации Марка Б. Герштейна, индексированные в библиографической базе данных Scopus . (требуется подписка)
- ^ Сюн, Эми (9 февраля 2018 г.). «Йельский университет открывает центр биомедицинских данных» . yaledailynews.com . Проверено 27 сентября 2020 г.
- ^ Герштейн, Марк (1993). Распознавание белков: поверхности и конформационные изменения (кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
- ^ Дурбин, РМ ; Абекасис, Греция ; Альтшулер, Р.М.; Аутон, Гарда; Брукс, доктор медицинских наук; Дурбин, А.; Гиббс, AG; Херлс, Ф.С.; Маквин, FM; Доннелли, П.; Эгхольм, М.; Фличек, П.; Габриэль, С.Б.; Гиббс, РА; Кнопперс, Б.М.; Ландер, ЕС; Лерах, Х.; Мардис, скорая помощь; Маквин, Джорджия; Никерсон, Д.А.; Пелтонен, Л.; Шафер, Эй Джей; Шерри, Сент-Луис; Ван, Дж.; Уилсон, РК; Гиббс, РА; Дейрос, Д.; Мецкер, М.; Музный, Д.; и другие. (2010). «Карта вариаций генома человека по результатам популяционного секвенирования» . Природа . 467 (7319): 1061–1073. Бибкод : 2010Natur.467.1061T . дои : 10.1038/nature09534 . ПМК 3042601 . ПМИД 20981092 .
- ^ Ван, З.; Герштейн, М.; Снайдер, М. (2009). «RNA-Seq: революционный инструмент для транскриптомики» . Обзоры природы Генетика . 10 (1): 57–63. дои : 10.1038/nrg2484 . ПМЦ 2949280 . ПМИД 19015660 .
- ^ Перейти обратно: а б Джина Колата, (5 сентября 2012 г.) « Кусочки загадочной ДНК, вдали от мусора, играют решающую роль» , NY Times
- ^ Йип, Кентукки; Ю, Х; Ким, премьер-министр; Шульц, М; Герштейн, М (2006). «Платформа tYNA для сравнительной интерактивности: веб-инструмент для управления, сравнения и анализа нескольких сетей» . Биоинформатика . 22 (23): 2968–70. doi : 10.1093/биоинформатика/btl488 . ПМИД 17021160 .
- ^ Дуглас, С.М.; Монтелионе, GT; Герштейн, М. (2005). «PubNet: гибкая система для визуализации сетей, основанных на литературе» . Геномная биология . 6 (9): 80 рандов. дои : 10.1186/gb-2005-6-9-r80 . ПМЦ 1242215 . ПМИД 16168087 .
- ^ Розовский, Дж; Ойскирхен, Г; Ауэрбах, РК; Чжан, З.Д.; Гибсон, Т; Бьёрнсон, Р; Каррьеро, Н.; Снайдер, М; Герштейн, МБ (2009). «Peak Seq позволяет систематически оценивать эксперименты ChIP-seq по сравнению с контролем» . Природная биотехнология . 27 (1): 66–75. дои : 10.1038/nbt.1518 . ПМЦ 2924752 . ПМИД 19122651 .
- ^ Абызов А; Урбан, AE; Снайдер, М; Герштейн, М (2011). «CNVnator: подход к обнаружению, генотипированию и характеристике типичных и атипичных CNV на основе секвенирования семейного и популяционного генома» . Геномные исследования . 21 (6): 974–84. дои : 10.1101/гр.114876.110 . ПМК 3106330 . ПМИД 21324876 .
- ^ Гринбаум, Д; Сбонер, А; Му, XJ; Герштейн, М (2011). «Геномика и конфиденциальность: последствия новой реальности закрытых данных для этой области» . PLOS Вычислительная биология . 7 (12): e1002278. Бибкод : 2011PLSCB...7E2278G . дои : 10.1371/journal.pcbi.1002278 . ПМЦ 3228779 . ПМИД 22144881 .
- ^ Герштейн, М; Серингхаус, М; Филдс, С. (2007). «Структурированная цифровая аннотация упрощает анализ текста» . Природа . 447 (7141): 142. Бибкод : 2007Natur.447..142G . дои : 10.1038/447142а . ПМИД 17495904 .
- ^ Марк Герштейн на DBLP библиографическом сервере
- ^ Публикации Марка Б. Герштейна, индексированные Microsoft Academic.
- ^ Гиавер, Г.; Чу, AM; Ни, Л.; Коннелли, К.; Райлз, Л.; Веронно, С.; Доу, С.; Лукау-Данила, А.; Андерсон, К.; Андре, Б.; Аркин, АП; Астромов А.; Эль-Баккури, М.; Бангэм, Р.; Бенито, Р.; Брачат, С.; Кампанаро, С.; Кёртисс, М.; Дэвис, К.; Дойчбауэр, А.; Энтиан, К.Д.; Флаэрти, П.; Фури, Ф.; Гарфинкель, диджей; Герштейн, М.; Готте, Д.; Гюльденер, У.; Хегеманн, Дж. Х.; Хемпель, С.; Герман, З. (2002). «Функциональное профилирование генома Saccharomyces cerevisiae». Природа . 418 (6896): 387–391. Бибкод : 2002Natur.418..387G . дои : 10.1038/nature00935 . ПМИД 12140549 . S2CID 4400400 .
- ^ «Список нетехнических произведений Марка Герштейна» . gersteinlab.org. Архивировано из оригинала 17 октября 2013 г.
- ^ Колата, Джина (16 июня 2013 г.). «Дыры в генетической конфиденциальности» . Нью-Йорк Таймс . ISSN 0362-4331 . Проверено 18 января 2016 г.
- ^ Циммер, Карл (01 сентября 2014 г.). «Маленькие, огромные окна в ДНК человека» . Нью-Йорк Таймс . ISSN 0362-4331 . Проверено 18 января 2016 г.
- ^ «Мысли о генах» . Нью-Йорк Таймс . 10 ноября 2008 г. ISSN 0362-4331 . Проверено 18 января 2016 г.
- ^ «Ученые раскрывают новую схему того, как работает геном человека» . Курант.com . Проверено 18 января 2016 г.
- ^ Мервис, Джеффри (16 июля 1999 г.). «Кек помогает пяти карьерам с помощью грантов в 1 миллион долларов» . Наука . 285 (5426): 312–3. дои : 10.1126/science.285.5426.312b . ПМИД 10438290 . S2CID 33084600 .
- ^ «Фонд Донахью выбирает пять следователей для долгосрочной поддержки» . Medicine.yale.edu . Проверено 27 сентября 2020 г.
- ^ Консорциум проекта ENCODE; Бирни Э ; Стаматояннопулос Х.А .; Дутта А ; Гиго Р; Гингерас ТР; Маргулис Э.Х.; Вэн З; Снайдер М; Дермицакис ET; и другие. (2007). «Идентификация и анализ функциональных элементов в 1% генома человека в рамках пилотного проекта ENCODE» . Природа . 447 (7146): 799–816. Бибкод : 2007Natur.447..799B . дои : 10.1038/nature05874 . ПМК 2212820 . ПМИД 17571346 .
- ^ Ландт, С.Г.; Маринов, Г.К.; Кундае, А.; Херадпур, П.; Паули, Ф.; Бацоглу, С.; Бернштейн, Бельгия; Бикель, П.; Браун, Дж. Б.; Кейтинг, П.; Чен, Ю.; Десальво, Г.; Эпштейн, К.; Фишер-Эйлор, штат Кентукки; Ойскирхен, Г.; Герштейн, М.; Герц, Дж.; Хартеминк, AJ; Хоффман, ММ; Айер, ВР; Юнг, Ю.Л.; Кармакар, С.; Келлис, М.; Харченко П.В.; Ли, К.; Лю, Т.; Лю, XS; Ма, Л.; Милосавлевич А.; Майерс, РМ (2012). «Руководство и практика ChIP-seq консорциумов ENCODE и modENCODE» . Геномные исследования . 22 (9): 1813–1831. дои : 10.1101/гр.136184.111 . ПМЦ 3431496 . ПМИД 22955991 .
- ^ Ченг, К.; Ян, К.К.; Йип, Кентукки; Розовский Дж.; Александр, Р.; Шоу, К.; Герштейн, М. (2011). «Статистическая основа для моделирования экспрессии генов с использованием функций хроматина и применения к наборам данных modENCODE» . Геномная биология . 12 (2): Р15. дои : 10.1186/gb-2011-12-2-r15 . ПМК 3188797 . ПМИД 21324173 .
- ^ Герштейн М.Б., Лу З.Дж., Ван Ностранд Э.Л., Ченг С., Аршинофф Б.И., Лю Т., Йип К.Ю., Робилотто Р., Рехтштайнер А. и др. (2010). «Интегративный анализ генома Caenorhabditis elegans в рамках проекта modENCODE» . Наука . 330 (6012): 1775–1787. Бибкод : 2010Sci...330.1775G . дои : 10.1126/science.1196914 . ПМЦ 3142569 . ПМИД 21177976 .
- ^ Ли, Минфэн; Санпере, Габриэль; Кавасава, Юка Имамура; Евграфов Олег Владимирович; Гулден, Форрест О.; Почаредди, Сириша; Санкин, Сьюзен М.; Ли, Чжэнь; Шин, Юраэ; Чжу, Ин; Соуза, Андре ММ (14 декабря 2018 г.). «Интегративный функциональный геномный анализ развития мозга человека и нервно-психических рисков» . Наука . 362 (6420): eaat7615. Бибкод : 2018Sci...362.7615L . дои : 10.1126/science.aat7615 . ISSN 0036-8075 . ПМК 6413317 . ПМИД 30545854 .
Внешние ссылки [ править ]
- Лаборатория Марка Герштейна в Йельском университете
- Марк Герштейн из Йельского университета компьютерных наук
- Марк Герштейн в Йельской медицинской школе
- Публикации Марка Герштейна, индексируемые Google Scholar
- Публикации Марка Герштейна на ResearchGate
- Марк Герштейн на DBLP библиографическом сервере
- Американские биологи XXI века
- Американские биоинформатики
- Выпускники Гарвардского колледжа
- Выпускники Стэнфордского университета
- Живые люди
- Преподаватели Йельского университета
- Члены Международного общества вычислительной биологии
- Члены Американской ассоциации содействия развитию науки
- Выпускники колледжа Эммануэль в Кембридже
- Факультет молекулярной биофизики и биохимии Йельского университета