✖


Jump to content

Альфонсо Валенсия

Альфонсо Валенсия
Альфонсо Валенсия выступает на ISMB/ECCB 2013
Альфонсо Валенсия выступает на ISMB/ECCB 2013.
Альма-матер
Известный БиоКреатив [5] [6] [7] [8]
Награды
Научная карьера
Поля
Учреждения
Научные консультанты Крис Сандер [2] [3] [4]

Альфонсо Валенсия — испанский биолог, профессор ICREA, нынешний директор отдела наук о жизни Суперкомпьютерного центра Барселоны . [9] , из Испанского национального института биоинформатики (INB-ISCIII) и координатор отдела данных испанской инициативы персонализированной медицины IMPaCT. С 2015 по 2018 год он был президентом Международного общества вычислительной биологии . [10]

Его исследовательский интерес — развитие методов вычислительной биологии и их применение к биомедицинским проблемам. Некоторые из разработанных им вычислительных методов считаются новаторскими работами в таких областях, как биологический анализ текста, коэволюция белков, сети заболеваний и, в последнее время, моделирование клеточных систем (цифровых двойников). Он участвует в некоторых ключевых международных консорциумах, связанных с раком. Что касается общественных услуг, он является одним из первых сторонников инфраструктуры ELIXIR, основателем испанской и международной сетей биоинформатики и бывшим президентом ISCB, международной профессиональной ассоциации биоинформатиков. Он является исполнительным редактором главного журнала в этой области (ОУП «Биоинформатика»).

Его исследования сосредоточены на изучении биомедицинских систем с использованием подходов вычислительной биологии и биоинформатики. [1]

Образование

[ редактировать ]

Валенсия изучала биологию в Мадридском университете Комплутенсе , изучая популяционную генетику и биофизику . [11] В 1987 году он был приглашенным учёным в лаборатории Американского Красного Креста. [12] Он получил докторскую степень по молекулярной биологии в 1988 году в Автономном университете Мадрида . [13] С 1989 по 1994 год он был научным сотрудником лаборатории Криса Сандера в Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL) в Гейдельберге , изучая эволюцию функции белка с использованием подходов, основанных на последовательностях и структурах . [12] [14]

Статья 1994 г. «Коррелированные мутации и контакты остатков в белках». [15] старшим автором которого был Валенсия, установил идею о том, что коррелирующие мутации в соответствующих местах последовательностей ДНК у разных организмов могут указывать на то, что эти места соответствуют аминокислотным остаткам, которые были физически близки друг к другу в конечном белке, что послужило основой для предсказания контактные карты . Этот ранее не рассматривавшийся источник дополнительной информации для предсказания структуры белка стал использоваться с возрастающей эффективностью в 2010-х годах, что в конечном итоге привело к успеху DeepMind 2 компании алгоритма AlphaFold в 2020 году. [16]

Исследовать

[ редактировать ]

В 1994 году Валенсия сформировала Группу белкового дизайна при Национальном центре биотехнологии Испании (CNB) . [13] Он был руководителем группы структурной и вычислительной биологии в CNIO. [13] В 2006 году он перешел в Испанский национальный онкологический исследовательский центр (CNIO) на должность директора программы структурной биологии и биокомпьютеров.

С 2016 года является ICREA. профессором [17] и директор департамента наук о жизни Суперкомпьютерного центра Барселоны (BSC). [18] [19]

Как компьютерный биолог, его работа сосредоточена на механистическом понимании биологических систем, включая рак и другие заболевания, с сочетанием подходов биоинформатики, сетевой биологии и машинного обучения. Его группа разработала системы в области прогнозирования структуры белков, белковых взаимодействий и белковых сетей, системной биологии, интеллектуального анализа текста и данных с приложениями в эпигенетике, геномике рака. [20] и коморбидность заболевания. Все эти активы сливаются в общую тему персонализированной медицины, с особым интересом к интерфейсу с искусственным интеллектом и высокопроизводительными вычислениями.

По состоянию на 2024 год Валенсия опубликовала более 450 рецензируемых статей, [1] [21] [22] которые цитировались более 92 000 раз, [11] в научных журналах, включая Nature , [23] [24] [25] ПНАС , [2] Исследования нуклеиновых кислот , [26] [27] Журнал молекулярной биологии , [28] [29] [30] Биоинформатика , [31] [32] [33] [34] Геномная биология , [6] [7] [35] [36] PLOS Вычислительная биология , [37] ПЛОС Биология , [38] Природная генетика , [39] [40] Природная биотехнология , [8] [41] Геномные исследования , [42] Биохимия , [3] Современное мнение в области структурной биологии , [43] Структурная биология природы , [4] Тенденции в генетике [44] и конференция «Интеллектуальные системы для молекулярной биологии» . [45]

Награды и почести

[ редактировать ]

Валенсия был назначен членом-корреспондентом Медицинской академии Сарагосы, Испания, в 2024 году. В 2005 году он также был назначен профессором-исследователем в CNB. [13] Он был одним из основателей Международного общества вычислительной биологии (ISCB) и был удостоен звания члена ISCB в 2010 году. [46] Валенсия также занимала должность вице-президента ISCB, а в 2013 году была назначена избранным президентом. [11] С 2015 по 2018 год он был президентом ISCB, сменив Буркхарда Роста . Валенсия является почетным доктором Датского DTU и избранным членом Европейской организации молекулярной биологии (EMBO) . [47]

Валенсия участвует в нескольких международных консорциумах, таких как Genecode/ ENCODE , [23] [38] [42] Международный консорциум генома рака , Международный консорциум по исследованию редких заболеваний (IRDiRC), Международный консорциум по эпигеномике человека . [41] Валенсия является директором Испанского национального института биоинформатики, платформы ISCIII, испанского узла Европейской инфраструктуры наук о жизни для биологической информации (ELIXIR) . [11]

В настоящее время он является соисполнительным редактором журнала «Биоинформатика » и членом редакционного совета eLIFE, FEBS Letters, PeerJ и F1000 Prime.

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Jump up to: а б с Публикации Альфонсо Валенсии , индексируемые Google Scholar
  2. ^ Jump up to: а б Борк, П; Сандер, К; Валенсия, А (1992). «АТФазный домен, общий для белков клеточного цикла прокариот, сахарных киназ, актина и белков теплового шока hsp70» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 89 (16): 7290–4. Бибкод : 1992PNAS...89.7290B . дои : 10.1073/pnas.89.16.7290 . ПМК   49695 . ПМИД   1323828 .
  3. ^ Jump up to: а б Валенсия, А.; Шарден, П.; Виттингхофер, А.; Сандер, К. (1991). «Семейство белков ras: эволюционное древо и роль консервативных аминокислот». Биохимия . 30 (19): 4637–4648. дои : 10.1021/bi00233a001 . ПМИД   2029511 . S2CID   43450157 .
  4. ^ Jump up to: а б Казари, Дж; Сандер, К; Валенсия, А (1995). «Метод прогнозирования функциональных остатков в белках». Структурная биология природы . 2 (2): 171–8. дои : 10.1038/nsb0295-171 . ПМИД   7749921 . S2CID   9454891 .
  5. ^ Хиршман, Л.; Ага, А.; Блашке, К.; Валенсия, А. (2005). «Обзор BioCreAtIVE: критическая оценка извлечения информации для биологии» . БМК Биоинформатика . 6 (Приложение 1): S1. дои : 10.1186/1471-2105-6-S1-S1 . ПМК   1869002 . ПМИД   15960821 .
  6. ^ Jump up to: а б Краллингер, М; Морган, А; Смит, Л; Лейтнер, Ф; Танабэ, Л; Уилбур, Дж; Хиршман, Л; Валенсия, А (2008). «Оценка систем интеллектуального анализа текста для биологии: обзор второй задачи сообщества Bio Creative » . Геномная биология . 9 (Приложение 2): S1. дои : 10.1186/gb-2008-9-s2-s1 . ПМК   2559980 . ПМИД   18834487 .
  7. ^ Jump up to: а б Краллингер, М; Лейтнер, Ф; Родригес-Пенагос, центровой; Валенсия, А (2008). «Обзор задачи извлечения аннотаций белок-белкового взаимодействия в Bio Creative II» . Геномная биология . 9 (Приложение 2): S4. дои : 10.1186/gb-2008-9-s2-s4 . ПМК   2559988 . ПМИД   18834495 .
  8. ^ Jump up to: а б Лейтнер, Ф; Чатр-Арьямонтри, А; Мардис, ЮАР; Сеол, А; Краллингер, М; Ликата, Л; Хиршман, Л; Чезарени, Г; Валенсия, А (2010). «Эксперимент FEBS Letters/Bio Creative II.5: обеспечение доступности биологической информации». Природная биотехнология . 28 (9): 897–9. дои : 10.1038/nbt0910-897 . ПМИД   20829821 . S2CID   5648695 .
  9. ^ «Подписание Альфонсо Валенсии укрепляет позиции Барселоны как столицы биоинформатики» . Авангард. 07.03.2017.
  10. ^ «Бывшие офицеры и директора» . www.iscb.org . Проверено 12 апреля 2018 г.
  11. ^ Jump up to: а б с д «Альфонсо Валенсия, избранный президент ISCB» (PDF) . Архивировано из оригинала (PDF) 10 января 2014 г. .
  12. ^ Jump up to: а б «Основной доклад-Подробности» . ISMB/ECCB 2011 . Международное общество вычислительной биологии . Проверено 7 января 2014 г.
  13. ^ Jump up to: а б с д «Альфонсо Валенсия — cnio.es» . Национальный онкологический исследовательский центр . Архивировано из оригинала 20 июля 2014 г.
  14. ^ «Альфонсо Валенсия – ОБЪЯТИЯ» . Архивировано из оригинала 10 января 2014 г. Проверено 10 января 2014 г.
  15. ^ U Göbel 1, C Sander, R Schneider, A Valencia <, Коррелированные мутации и контакты остатков в белках , Proteins 18 (4): 309-17. (1994) два : 10.1002/прот.340180402
  16. ^ Кристина Саес, Последнее фундаментальное достижение биологии основано на исследованиях испанского ученого , La Vanguardia , 2 декабря 2020 г.
  17. ^ "ИКРЕА" . www.icrea.cat . Проверено 27 октября 2018 г.
  18. ^ «Альфонсо Валенсия назначен директором департамента биологических наук BSC | BSC-CNS» . www.bsc.es. ​Проверено 27 октября 2018 г.
  19. ^ «Подписание Альфонсо Валенсии укрепляет позиции Барселоны как столицы биоинформатики» . Авангард . Проверено 27 октября 2018 г.
  20. ^ «Группа структурной вычислительной биологии: обзор - cnio.es» . Национальный онкологический исследовательский центр . Архивировано из оригинала 27 декабря 2017 года . Проверено 10 января 2014 г.
  21. ^ Альфонсо Валенсии Публикации из Европы PubMed Central
  22. ^ Публикации Альфонсо Валенсии , индексируемые библиографической базой данных Scopus . (требуется подписка)
  23. ^ Jump up to: а б Консорциум проекта ENCODE; Бирни Э ; Стаматояннопулос Х.А .; Дутта А ; Гиго Р; Гингерас ТР; Маргулис Э.Х.; Вэн З; Снайдер М; Дермицакис ET; и др. (2007). «Идентификация и анализ функциональных элементов в 1% генома человека в рамках пилотного проекта ENCODE» . Природа . 447 (7146): 799–816. Бибкод : 2007Natur.447..799B . дои : 10.1038/nature05874 . ПМК   2212820 . ПМИД   17571346 .
  24. ^ Мост, XS; Пиньоль, М; Кесада, В; Граф, Л; Ордоньес, Греция; Вилламор, Н.; Эскарамис, Г; Джарес, П; Беа, С; Гонсалес-Диас, М; Бассаганьяс, Л; Бауманн, Т; Джон, М; Лопес-Герра, М; Коломер, Д; Тубио, Х.М.; Лопес, К; Наварро, А; Торнадор, К; Аймерих, М; Розман, М; Эрнандес, Х.М.; Бридж, округ Колумбия; Фрейе, Дж. М.; Веласко, Дж; Гутьеррес-Фернандес, А; Коста, Д; Каррио, А; Галька, С; и др. (2011). «Полногеномное секвенирование выявляет рецидивирующие мутации при хроническом лимфоцитарном лейкозе» . Природа . 475 (7354): 101–5. дои : 10.1038/nature10113 . ПМЦ   3322590 . ПМИД   21642962 .
  25. ^ Международный консорциум генома рака; Хадсон, Ти Джей; Андерсон, В; Артез, А; Баркер, AD; Белл, С; Бернабе, РР; Бхан, МК; Кальво, Ф; Ээрола, я; Герхард, Д.С.; Гутмахер, А; Гайер, М; Хемсли, FM; Дженнингс, Дж.Л.; Керр, Д; Клатт, П; Колар, П; Кусада, Дж; Лейн, ДП; Лаплас, Ф; Юён, Л; Неттековен, Г; Озенбергер, Б; Петерсон, Дж; Рао, Т.С.; Ремакл, Дж; Шафер, Эй Джей; Сибата, Т; и др. (2010). «Международная сеть проектов генома рака» . Природа . 464 (7291): 993–8. Бибкод : 2010Natur.464..993T . дои : 10.1038/nature08987 . ПМК   2902243 . ПМИД   20393554 .
  26. ^ Хермякоб, Х.; Монтекки-Палацци, Л.; Левингтон, К.; Мудали, С.; Керриен, С.; Орчард, С.; Вингрон, М.; Рехерт, Б.; Ропсторф, П.; Валенсия, А. ; Маргалит, Х.; Армстронг, Дж.; Байрох, Амос ; Чезарени, Г.; Шерман, Д.; Апвейлер, Р. (2004). «IntAct: база данных молекулярных взаимодействий с открытым исходным кодом» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (90001): Д452–5. дои : 10.1093/nar/gkh052 . ПМК   308786 . ПМИД   14681455 .
  27. ^ Ван Хэм, RC; Камербек, Дж; Паласиос, К; Рауселл, К; Абаскаль, Ф; Бастолла, У; Фернандес, Х.М.; Хименес, Л; Постиго, М; Сильва, Ф.Дж.; Тамамес, Дж; Вигера, Э; Торре, А; Валенсия, А; Моран, Ф; Мойя, А (2003). «Редуктивная эволюция генома Buchnera aphidicola» . Труды Национальной академии наук . 100 (2): 581–6. Бибкод : 2003PNAS..100..581V . дои : 10.1073/pnas.0235981100 . ПМК   141039 . ПМИД   12522265 .
  28. ^ Пасос, Ф; Хельмер-Циттерих, М; Озиелло, Дж; Валенсия, А (1997). «Коррелирующие мутации содержат информацию о белок-белковом взаимодействии». Журнал молекулярной биологии . 271 (4): 511–23. CiteSeerX   10.1.1.360.2386 . дои : 10.1006/jmbi.1997.1198 . ПМИД   9281423 .
  29. ^ Дженсен, LJ; Гупта, Р; Блом, Н; Девос, Д; Тамамес, Дж; Кесмир, К; Нильсен, Х; Стаерфельдт, Х.Х.; Рапацкий, К; Уоркман, К; Андерсен, Калифорния; Кнудсен, С; Крог, А; Валенсия, А; Брунак, С (2002). «Прогнозирование функции белка человека на основе посттрансляционных модификаций и особенностей локализации». Журнал молекулярной биологии . 319 (5): 1257–65. CiteSeerX   10.1.1.139.2639 . дои : 10.1016/S0022-2836(02)00379-0 . ПМИД   12079362 .
  30. ^ Олмеа, О; Рост, Б; Валенсия, А (1999). «Эффективное использование корреляции и сохранения последовательностей при распознавании складок». Журнал молекулярной биологии . 293 (5): 1221–39. дои : 10.1006/jmbi.1999.3208 . ПМИД   10547297 . S2CID   16167106 .
  31. ^ Эрреро, Дж; Валенсия, А; Допазо, Дж (2001). «Иерархическая растущая нейронная сеть без присмотра для кластеризации моделей экспрессии генов» . Биоинформатика . 17 (2): 126–36. дои : 10.1093/биоинформатика/17.2.126 . ПМИД   11238068 .
  32. ^ Хоффманн, Р; Валенсия, А (2005). «Реализация концепции iHOP для навигации по биомедицинской литературе» . Биоинформатика . 21 (Приложение 2): ii252–8. doi : 10.1093/биоинформатика/bti1142 . ПМИД   16204114 .
  33. ^ Пэн, Ханьчуань; Бейтман, Алекс ; Валенсия, Альфонсо ; Рен, Джонатан Д. (2012). «Информатика биоизображений: новая категория в биоинформатике» . Биоинформатика . 28 (8): 1057. doi : 10.1093/bioinformatics/bts111 . ПМЦ   3324521 . ПМИД   22399678 .
  34. ^ Бейтман, Алекс ; Валенсия, Альфонсо (2006). «Структурная геномика встречается с вычислительной биологией» . Биоинформатика . 22 (19): 2319. doi : 10.1093/bioinformatics/btl426 . ПМИД   17032684 .
  35. ^ Юнкер, А.С.; Дженсен, LJ; Пьерлеони, А; Бернсель, А; Тресс, МЛ; Борк, П; фон Хейне, Г; Валенсия, А; Узунис, Калифорния; Касадио, Р; Брунак, С (2009). «Прогнозирование признаков и аннотация белков на основе последовательностей» . Геномная биология . 10 (2): 206. doi : 10.1186/gb-2009-10-2-206 . ПМЦ   2688272 . ПМИД   19226438 .
  36. ^ Бодо, А; Гомес-Лопес, Г; Валенсия, А (2009). «Трансляционная интерпретация заболеваний с помощью молекулярных сетей» . Геномная биология . 10 (6): 221. doi : 10.1186/gb-2009-10-6-221 . ПМЦ   2718486 . ПМИД   19591646 .
  37. ^ Васкес, М; де ла Торре, В.; Валенсия, А (2012). «Глава 14: Анализ генома рака» . PLOS Вычислительная биология . 8 (12): e1002824. Бибкод : 2012PLSCB...8E2824V . дои : 10.1371/journal.pcbi.1002824 . ПМЦ   3531315 . ПМИД   23300415 .
  38. ^ Jump up to: а б Консорциум проекта ENCODE (2011). Беккер П.Б. (ред.). «Руководство пользователя по Энциклопедии элементов ДНК (ENCODE)» . ПЛОС Биология . 9 (4): e1001046. дои : 10.1371/journal.pbio.1001046 . ПМК   3079585 . ПМИД   21526222 . Значок открытого доступа
  39. ^ Хоффманн, Р; Валенсия, А (2004). «Генная сеть для навигации по литературе» . Природная генетика . 36 (7): 664. doi : 10.1038/ng0704-664 . ПМИД   15226743 .
  40. ^ Кесада, В; Конде, Л; Вилламор, Н.; Ордоньес, Греция; Джарес, П; Бассаганьяс, Л; Рамзи, Эй Джей; Беа, С; Пиньоль, М; Мартинес-Триллос, А; Лопес-Герра, М; Коломер, Д; Наварро, А; Бауманн, Т; Аймерих, М; Роузман, М; Дельгадо, Дж; Джине, Э; Эрнандес, Х.М.; Гонсалес-Диас, М; Бридж, Дама; Веласко, Дж; Фрейе, Дж. М.; Тубио, Дж. М.; Ройо, Р; Гелпи, JL; Ороско, М; Пизано, генеральный директор; Самора, Дж; и др. (2011). «Секвенирование экзома выявляет повторяющиеся мутации гена фактора сплайсинга SF3B1 при хроническом лимфоцитарном лейкозе». Природная генетика . 44 (1): 47–52. дои : 10.1038/ng.1032 . ПМИД   22158541 . S2CID   205343043 .
  41. ^ Jump up to: а б Адамс, Д; Альтуччи, Л; Антонаракис, SE; Баллестерос, Дж; Бек, С; Берд, А; Бок, С; Бём, Б; Кампо, Э; Карикасол, А; Даль, Ф; Дермицакис, ET; Энвер, Т; Эстеллер, М; Эстивилл, X; Фергюсон-Смит, А; Фитцгиббон, Дж; Фличек, П; Гиль, К; Граф, Т; Гросвельд, Ф; Гиго, Р; Гут, я; Хелин, К; Джарвиус, Дж; Купперс, Р; Лерах, Х; Ленгауэр, Т; Лернмарк, Оке; и др. (2012). «ПРОЕКТ для расшифровки эпигенетической подписи, написанной кровью». Природная биотехнология . 30 (3): 224–6. дои : 10.1038/nbt.2153 . hdl : 11858/00-001M-0000-000E-E88D-5 . ПМИД   22398613 . S2CID   5116136 .
  42. ^ Jump up to: а б Харроу, Дж; Франкиш, А; Гонсалес, Дж. М.; Тапанари, Э; Диканс, М; Кокочински, Ф; Акен, БЛ; Баррелл, Д; Задисса, А; Сирл, С; Барнс, я; Бигнелл, А; Бойченко, В; Хант, Т; Кей, М; Мукерджи, Дж; Раджан, Дж; Деспасио-Рейес, Дж; Сондерс, Дж; Стюард, К; Харт, Р; Лин, М; Ховальд, К; Танзер, А; Дерриен, Т; Храст, Дж; Уолтерс, Н.; Баласубраманян, С; Пей, Б; и др. (2012). «GENCODE: эталонная аннотация генома человека для проекта ENCODE» . Геномные исследования . 22 (9): 1760–74. дои : 10.1101/гр.135350.111 . ПМЦ   3431492 . ПМИД   22955987 .
  43. ^ Валенсия, А; Пасос, Ф (2002). «Вычислительные методы прогнозирования белковых взаимодействий». Современное мнение в области структурной биологии . 12 (3): 368–73. дои : 10.1016/s0959-440x(02)00333-0 . ПМИД   12127457 .
  44. ^ Девос, Д; Валенсия, А (2001). «Внутренние ошибки в аннотации генома». Тенденции в генетике . 17 (8): 429–31. дои : 10.1016/s0168-9525(01)02348-4 . ПМИД   11485799 .
  45. ^ Блашке, К; Андраде, Массачусетс; Узунис, К; Валенсия, А (1999). «Автоматическое извлечение биологической информации из научного текста: Белко-белковые взаимодействия». Слушания. Международная конференция по интеллектуальным системам молекулярной биологии : 60–7. ПМИД   10786287 .
  46. ^ «Стипендиаты ISCB» . www.iscb.org . Международное общество вычислительной биологии. Архивировано из оригинала 28 марта 2015 г.
  47. ^ «Найди участника ЕМБО» . Европейская организация молекулярной биологии. Архивировано из оригинала 21 марта 2020 г. Проверено 2 апреля 2015 г.
У Схолии есть автора профиль Альфонсо Валенсии .
Предшественник Президент
Международное общество вычислительной биологии
2015 – 2018 		Преемник
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Alfonso_Valencia&oldid=1232735267"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 8a5507d41d64a2571ccc430cfa344f9a__1720162080
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/8a/9a/8a5507d41d64a2571ccc430cfa344f9a.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Alfonso Valencia - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)