БиоКреатив

BioCREATIVE (Критическая оценка методов интеллектуального анализа текста в молекулярной биологии ) представляет собой попытку всего сообщества оценить разработки в области извлечения информации и интеллектуального анализа текста в биологической области. ^[1]

Ему предшествовал переходящий кубок по обнаружению и анализу данных (KDD) по обнаружению упоминаний генов. ^[2]

Проблемы сообщества

Первое издание (2004–2005 гг.)

На первом конкурсе BioCreatIvE были поставлены три основные задачи: задача извлечения сущностей, ^[3] задача нормализации имени гена, ^[4]^[5] и функциональная аннотация задачи генных продуктов. ^[6] Наборы данных, созданные в рамках этого конкурса, служат золотым стандартом обучения и тестирования для оценки и обучения инструментов Bio-NER и инструментов извлечения аннотаций.

Второе издание (2006-2007 гг.)

Второй конкурс BioCreAtIvE (2006-2007) также имел 3 задачи: обнаружение упоминаний генов, извлечение уникальных идентификаторов генов и извлечение информации, связанной с физическими белок-белковыми взаимодействиями. ^[7] В нем приняли участие 44 команды из 13 стран. ^[7]

Третье издание (2011-2012 гг.)

Третье издание BioCreative впервые включало InterActive Task (IAT), предназначенное для оценки практического использования инструментов интеллектуального анализа текста в реальных задачах биокурирования . ^[8]^[9]

Пятое издание (2016 г.)

У BioCreative V было 5 разных треков. ^[10] включая интерактивную задачу (IAT) для удобства использования систем интеллектуального анализа текста ^[11] и трек, использующий формат BioC для хранения информации для BioGRID . ^[12]

См. также

Биокурация

Ссылки

^ Хиршман, Л.; Ага, А.; Блашке, К.; Валенсия, А. (2005). «Обзор BioCreAtIVE: критическая оценка извлечения информации для биологии» . БМК Биоинформатика . 6 (Приложение 1): S1. дои : 10.1186/1471-2105-6-S1-S1 . ПМК 1869002 . ПМИД 15960821 .
^ Да, АС; Хиршман, Л.; Морган, А.А. (3 июля 2003 г.). «Оценка интеллектуального анализа текстовых данных для курирования баз данных: уроки, извлеченные из Кубка вызова KDD» . Биоинформатика . 19 (Приложение 1): i331–i339. arXiv : cs/0308032 . doi : 10.1093/биоинформатика/btg1046 . ISSN 1367-4803 . ПМИД 12855478 .
^ Ага, А.; Морган, А.; Колозимо, М.; Хиршман, Л. (2005). «Биокреативная задача 1А: оценка обнаружения упоминаний генов» . БМК Биоинформатика . 6 (Приложение 1): S2. дои : 10.1186/1471-2105-6-S1-S2 . ПМК 1869012 . ПМИД 15960832 .
^ Хиршман, Л.; Колозимо, М.; Морган, А.; Да, А. (2005). «Обзор биокреативной задачи 1B: Нормализованные списки генов» . БМК Биоинформатика . 6 (Приложение 1): S11. дои : 10.1186/1471-2105-6-S1-S11 . ПМК 1869004 . ПМИД 15960823 .
^ Колозимо, Мэн; Морган, А.А.; Да, АС; Коломб, Дж.Б.; Хиршман, Л. (2005). «Подготовка данных и соглашение между аннотаторами: биокреативная задача 1B» . БМК Биоинформатика . 6 (Приложение 1): S12. дои : 10.1186/1471-2105-6-S1-S12 . ПМК 1869005 . ПМИД 15960824 .
^ Блашке, К.; Леон, Э.; Краллингер, М.; Валенсия, А. (2005). «ОЦЕНКА БИОКРЕАТИВНОЙ ОЦЕНКИ ЗАДАЧИ 2» . БМК Биоинформатика . 6 (Приложение 1): S16. дои : 10.1186/1471-2105-6-S1-S16 . ПМК 1869008 . ПМИД 15960828 .
^ Jump up to: ^а ^б Краллингер, Мартин; Морган, Александр; Смит, Ларри; Лейтнер, Флориан; Танабэ, Лотарингия; Уилбур, Джон; Хиршман, Линетт; Валенсия, Альфонсо (2008). «Оценка систем текстового анализа для биологии: обзор второй задачи сообщества BioCreative» . Геномная биология . 9 (Приложение 2): S1. дои : 10.1186/gb-2008-9-s2-s1 . ISSN 1465-6906 . ПМК 2559980 . ПМИД 18834487 .
^ Ариги, Сесилия; Робертс, Фиби М.; Агарвал, Шашанк; Бхаттачарья, Санмитра; Чезарени, Джанни; Чатр-Арьямонтри, Эндрю; Клематид, Саймон; Годе, Паскаль; Джильо, Мишель; Харроу, Ян; Хуала, Ева (3 октября 2011 г.). «Интерактивное задание BioCreative III: обзор» . БМК Биоинформатика . 12 (Приложение 8): S4. дои : 10.1186/1471-2105-12-S8-S4 . ПМК 3269939 . ПМИД 22151968 .
^ Картеретт, Бен; Коэн, Кевин Бретоннел; Купер, Лорел; Ли, Дунхуэй; Хименес, Сильвия; Робертс, Фиби; Драбкин, Гарольд; Белло, Сьюзен; Шеффер, Мэри Л.; Парк, Джули; Ли, Юлин (17 января 2013 г.). «Обзор семинара BioCreative 2012, трек III: задача интерактивного анализа текста» . База данных . 2013 : бас056. дои : 10.1093/БАЗА ДАННЫХ/BAS056 . ПМК 3625048 . ПМИД 23327936 .
^ «БиоКреатив – Приглашаем к участию» . biocreative.bioinformatics.udel.edu . Проверено 21 апреля 2021 г.
^ Ван, Цинхуа; Абдул, Шаббир С.; Алмейда, Лара; Ананиаду, София; Бальдерас-Мартинес, Ялби И.; Батиста-Наварро, Риза; Кампос, Дэвид; Чилтон, Люси; Чжоу, Хуэй-Джоу; Контрерас, Габриэла; Купер, Лорел (01 января 2016 г.). «Обзор интерактивной задачи в BioCreative V» . База данных . 2016 : baw119. дои : 10.1093/DATABASE/BAW119 . ПМК 5009325 . ПМИД 27589961 .
^ Ким, Сан; Доган, Резарта Исламай; Чатр-Арьямонтри, Эндрю; Чанг, Кристи С.; Отред, Роуз; Раст, Дженнифер; Батиста-Наварро, Риза; Картер, Джейкоб; Ананиаду, София; Матос, Сержио; Сантос, Андре (01 сентября 2016 г.). «Обзор трека BioCreative V BioC: совместная задача помощника биокуратора для BioGRID» . База данных . 2016 : baw121. дои : 10.1093/DATABASE/BAW121 . ПМК 5009341 . ПМИД 27589962 .

Внешние ссылки

Эта статья, посвященная биоинформатике, незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[1] Хиршман, Л.; Ага, А.; Блашке, К.; Валенсия, А. (2005). «Обзор BioCreAtIVE: критическая оценка извлечения информации для биологии» . БМК Биоинформатика . 6 (Приложение 1): S1. дои : 10.1186/1471-2105-6-S1-S1 . ПМК 1869002 . ПМИД 15960821 .

[2] Да, АС; Хиршман, Л.; Морган, А.А. (3 июля 2003 г.). «Оценка интеллектуального анализа текстовых данных для курирования баз данных: уроки, извлеченные из Кубка вызова KDD» . Биоинформатика . 19 (Приложение 1): i331–i339. arXiv : cs/0308032 . doi : 10.1093/биоинформатика/btg1046 . ISSN 1367-4803 . ПМИД 12855478 .

[3] Ага, А.; Морган, А.; Колозимо, М.; Хиршман, Л. (2005). «Биокреативная задача 1А: оценка обнаружения упоминаний генов» . БМК Биоинформатика . 6 (Приложение 1): S2. дои : 10.1186/1471-2105-6-S1-S2 . ПМК 1869012 . ПМИД 15960832 .

[4] Хиршман, Л.; Колозимо, М.; Морган, А.; Да, А. (2005). «Обзор биокреативной задачи 1B: Нормализованные списки генов» . БМК Биоинформатика . 6 (Приложение 1): S11. дои : 10.1186/1471-2105-6-S1-S11 . ПМК 1869004 . ПМИД 15960823 .

[5] Колозимо, Мэн; Морган, А.А.; Да, АС; Коломб, Дж.Б.; Хиршман, Л. (2005). «Подготовка данных и соглашение между аннотаторами: биокреативная задача 1B» . БМК Биоинформатика . 6 (Приложение 1): S12. дои : 10.1186/1471-2105-6-S1-S12 . ПМК 1869005 . ПМИД 15960824 .

[6] Блашке, К.; Леон, Э.; Краллингер, М.; Валенсия, А. (2005). «ОЦЕНКА БИОКРЕАТИВНОЙ ОЦЕНКИ ЗАДАЧИ 2» . БМК Биоинформатика . 6 (Приложение 1): S16. дои : 10.1186/1471-2105-6-S1-S16 . ПМК 1869008 . ПМИД 15960828 .

[:0-7] Jump up to: ^а ^б Краллингер, Мартин; Морган, Александр; Смит, Ларри; Лейтнер, Флориан; Танабэ, Лотарингия; Уилбур, Джон; Хиршман, Линетт; Валенсия, Альфонсо (2008). «Оценка систем текстового анализа для биологии: обзор второй задачи сообщества BioCreative» . Геномная биология . 9 (Приложение 2): S1. дои : 10.1186/gb-2008-9-s2-s1 . ISSN 1465-6906 . ПМК 2559980 . ПМИД 18834487 .

[8] Ариги, Сесилия; Робертс, Фиби М.; Агарвал, Шашанк; Бхаттачарья, Санмитра; Чезарени, Джанни; Чатр-Арьямонтри, Эндрю; Клематид, Саймон; Годе, Паскаль; Джильо, Мишель; Харроу, Ян; Хуала, Ева (3 октября 2011 г.). «Интерактивное задание BioCreative III: обзор» . БМК Биоинформатика . 12 (Приложение 8): S4. дои : 10.1186/1471-2105-12-S8-S4 . ПМК 3269939 . ПМИД 22151968 .

[9] Картеретт, Бен; Коэн, Кевин Бретоннел; Купер, Лорел; Ли, Дунхуэй; Хименес, Сильвия; Робертс, Фиби; Драбкин, Гарольд; Белло, Сьюзен; Шеффер, Мэри Л.; Парк, Джули; Ли, Юлин (17 января 2013 г.). «Обзор семинара BioCreative 2012, трек III: задача интерактивного анализа текста» . База данных . 2013 : бас056. дои : 10.1093/БАЗА ДАННЫХ/BAS056 . ПМК 3625048 . ПМИД 23327936 .

[10] «БиоКреатив – Приглашаем к участию» . biocreative.bioinformatics.udel.edu . Проверено 21 апреля 2021 г.

[11] Ван, Цинхуа; Абдул, Шаббир С.; Алмейда, Лара; Ананиаду, София; Бальдерас-Мартинес, Ялби И.; Батиста-Наварро, Риза; Кампос, Дэвид; Чилтон, Люси; Чжоу, Хуэй-Джоу; Контрерас, Габриэла; Купер, Лорел (01 января 2016 г.). «Обзор интерактивной задачи в BioCreative V» . База данных . 2016 : baw119. дои : 10.1093/DATABASE/BAW119 . ПМК 5009325 . ПМИД 27589961 .

[12] Ким, Сан; Доган, Резарта Исламай; Чатр-Арьямонтри, Эндрю; Чанг, Кристи С.; Отред, Роуз; Раст, Дженнифер; Батиста-Наварро, Риза; Картер, Джейкоб; Ананиаду, София; Матос, Сержио; Сантос, Андре (01 сентября 2016 г.). «Обзор трека BioCreative V BioC: совместная задача помощника биокуратора для BioGRID» . База данных . 2016 : baw121. дои : 10.1093/DATABASE/BAW121 . ПМК 5009341 . ПМИД 27589962 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]