✖


Jump to content

БиоГРИД

БиоГРИД
Содержание
Описание BioGRID — это хранилище биомедицинских взаимодействий, содержащее данные, собранные в результате комплексных усилий по курированию.
Типы данных
захвачен 		Белковые взаимодействия , Генетические взаимодействия , Химические взаимодействия, Посттрансляционные модификации .
Организмы 80
Контакт
Исследовательский центр Университет Монреаля , Принстонский университет , Больница Маунт-Синай (Торонто)
Лаборатория Институт иммунологии и исследования рака, Институт интегративной геномики Льюиса-Сиглера, Научно-исследовательский институт Луненфельда-Таненбаума
Авторы Лорри Баучер, Эштон Брайткройц, Бобби-Джо Брайткройц, Кристи Чанг, Эндрю Чатр-Арьямонтри, Кара Долински, Свен Хейнике, Надин Колас, Лара О’Доннелл, Сара Остер, Роуз Оутред, Дженнифер Раст, Аднэйн Селлам, Крис Старк, Джин Танг , Чандра Тисфелд, Майк Тайерс.
Первичное цитирование Старк и др. (2006) [1]
Доступ
Формат данных Пользовательские плоские файлы, PSI-MI, MITAB
Веб-сайт биосетка .org
URL-адрес загрузки загрузки .thebiogrid .org /БиоГРИД
веб-службы URL-адрес Да - вики .thebiogrid .org /салфетка .php /биогридрест
Инструменты
Интернет Расширенный поиск, встроенный сетевой просмотрщик, пользовательские загрузки, массовое извлечение/загрузка
Разнообразный
Управление версиями Да
Выпуск данных
частота 		Ежемесячно (4 недели)
Версия 4.2.193; 1 января 2021 г .; 3 года назад ( 01.01.2021 )
Политика курирования Да – ручной; Также сосредоточились усилия по курированию.
Добавить в закладки
сущности 		Да – как отдельные результаты, так и поисковые запросы,

Общий биологический репозиторий наборов данных о взаимодействиях ( BioGRID ) — это курируемая биологическая база данных межбелковых взаимодействий , генетических взаимодействий , химических взаимодействий и посттрансляционных модификаций , созданная в 2003 году (первоначально называвшаяся просто Общим хранилищем наборов данных о взаимодействиях (GRID)). [2] Майк Тайерс, Бобби-Джо Брайткройц и Крис Старк из Научно-исследовательского института Луненфельда-Таненбаума при больнице Маунт-Синай . Он стремится предоставить комплексный курируемый ресурс для всех основных модельных организмов видов , одновременно пытаясь устранить избыточность для создания единого сопоставления данных. Пользователи The BioGRID могут искать интересующие их белки , химические вещества или публикации , а также получать аннотации, а также тщательно подобранные данные, представленные в основной литературе и собранные собственными силами. BioGRID расположен в Торонто , Онтарио , Канада, и Далласе , Техас , США, и сотрудничает с Базой данных генома Saccharomyces , FlyBase , WormBase , PomBase и Альянсом геномных ресурсов. BioGRID финансируется NIH и CIHR . BioGRID является членом-наблюдателем Международного консорциума молекулярного обмена (IMEx).

История

[ редактировать ]

BioGRID . изначально был опубликован и выпущен как общий репозиторий наборов данных о взаимодействии [2] но позже был переименован в BioGRID [1] чтобы более кратко описать проект и отличить его от нескольких проектов GRID Computing с похожим названием. Первоначально разделенная на базы данных конкретных организмов , новейшая версия теперь обеспечивает унифицированный интерфейс, позволяющий осуществлять поиск по нескольким организмам одновременно. Первоначально BioGRID был разработан как проект в Научно-исследовательском институте Луненфельда-Таненбаума при больнице Маунт-Синай, но с тех пор он расширился и включил команды из Научно-исследовательского института иммунологии и онкологии Монреальского университета и Института интегративной геномики Льюиса-Сиглера. в Принстонском университете . Первоначальное внимание BioGRID было сосредоточено на управлении бинарными белок-белковыми и генетическими взаимодействиями, но в нескольких обновлениях оно расширилось. [1] [3] [4] [5] [6] [7] [8] для включения тщательно подобранных посттрансляционных модификаций , данных [9] [10] данные о химическом взаимодействии и сложные межгенные/белковые взаимодействия. Более того, ежемесячно BioGRID продолжает расширять тщательно подобранные данные, а также разрабатывать и выпускать новые инструменты. [9] [10] [11] [12] данные комплексных целевых кураторских проектов, [13] и провести целенаправленный научный анализ. [14]

Курирование генетических, белковых и химических взаимодействий

[ редактировать ]

Общий биологический репозиторий наборов данных о взаимодействиях (BioGRID) представляет собой базу данных с открытым доступом, в которой хранятся генетические и белковые взаимодействия, взятые из первичной биомедицинской литературы для всех основных видов модельных организмов и людей. По состоянию на 18 октября 2020 г. , [15] BioGRID содержит 1 928 миллионов взаимодействий, взятых из 63 083 публикаций, которые представляют 71 модельный организм. В начале 2021 года он уже содержал более 2,0 миллионов биологических взаимодействий, 29 023 химико-белковых взаимодействий и 506 485 посттрансляционных модификаций, собранных на основе 75 988 публикаций для более чем 80 видов. [16] Данные BioGRID свободно распространяются через партнерские базы данных модельных организмов и базы метаданных и могут быть напрямую загружены в различных форматах. Курирование BioGRID координируется через систему управления взаимодействием (IMS), которая облегчает компиляцию записей взаимодействия с помощью структурированных кодов доказательств, онтологий фенотипов и аннотаций генов. Архитектура BioGRID была улучшена для поддержки более широкого диапазона типов взаимодействий и посттрансляционных модификаций, для обеспечения представления более сложных мультигенных/белковых взаимодействий, для учета клеточных фенотипов с помощью структурированных онтологий, для ускорения курирования посредством полуструктурированных онтологий. -автоматизированные подходы к интеллектуальному анализу текста и улучшение контроля качества курирования. Благодаря комплексным усилиям по курированию, BioGRID теперь включает в себя практически полный набор взаимодействий, описанных на сегодняшний день в первичной литературе для почкующихся дрожжей ( Saccharomyces cerevisiae ), кресс-салата ( Arabidopsis thaliana ) и делящихся дрожжей ( Schizosaccharomyces pombe) . ).

Тематические кураторские проекты

[ редактировать ]

Из-за огромного объема опубликованной научной литературы, содержащей информацию взаимодействиях человека ( Homo sapiens ) о генах , белках и химических , BioGRID приняла целенаправленный, основанный на проектах подход к хранению данных о взаимодействии людей в управляемых коллекциях важных данных. Эти тематические кураторские проекты представляют центральные биологические процессы, имеющие отношение к таким заболеваниям, как модификация хроматина , аутофагия и система убиквитин - протеасома , или представляющие интерес заболевания, включая глиобластому , анемию Фанкони и COVID-19 . По состоянию на 18 октября 2020 г. , [15] Усилия проекта по тематическому курированию BioGRID привели к извлечению 424 631 взаимодействия с участием 2361 белка из более чем 37 000 научных статей.

Курирование полногеномных экранов CRISPR

[ редактировать ]

CRISPR В настоящее время во многих публикациях сообщается о генетических скринингах на основе гена , которые связывают функцию с жизнеспособностью клеток , устойчивостью к химическим веществам и стрессам , а также другими фенотипами . Чтобы повысить доступность данных скрининга CRISPR и облегчить определение функции белка , BioGRID разработала встроенный ресурс под названием «Открытый репозиторий скринингов CRISPR» (ORCS). [7] [15] хранить и распространять тщательно отобранные вручную обширные коллекции наборов данных скрининга CRISPR с использованием Cas9 и других нуклеаз CRISPR . По состоянию на 18 октября 2020 г. , [15] BioGRID-ORCS содержит более 1042 скринингов CRISPR, взятых из 114 публикаций, представляющих более 60 000 уникальных генов трех видов человека ( Homo sapiens ), плодовой мухи ( Drosophila melanogaster ) и домовой мыши ( Mus musculus ) в более чем 670 клеточных линиях и 17 фенотипах. .

Поддерживаемые организмы

[ редактировать ]

Следующие организмы в настоящее время поддерживаются в рамках BioGRID , и каждый из них имеет данные о взаимодействии, доступные в соответствии с последними статистическими данными .

Финансирование БиоГРИД

[ редактировать ]

BioGRID финансируется за счет грантов Национальных институтов здравоохранения и Канадских институтов медицинских исследований.

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Перейти обратно: а б с Старк С., Брейткройц Б.Дж., Регули Т., Баучер Л., Брейткройц А., Тайерс М. (январь 2006 г.). «BioGRID: общий репозиторий наборов данных о взаимодействии» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (90001): 535–539. дои : 10.1093/nar/gkj109 . ПМЦ   1347471 . ПМИД   16381927 .
  2. ^ Перейти обратно: а б Брейткройц Б.Дж., Старк С., Тайерс М. (январь 2003 г.). «GRID: общее хранилище наборов данных взаимодействия» . Геномная биология . 4 (3): Р23. дои : 10.1186/gb-2003-4-3-r23 . ПМК   153463 . ПМИД   12620108 .
  3. ^ Чатр-Арьямонтри А, Брейткройц Б.Дж., Оттред Р., Баучер Л., Хайнике С., Чен Д., Старк С., Брейткройц А., Колас Н., О'Доннелл Л., Регули Т., Никсон Дж., Рэймидж Л., Винтер А., Селлам А., Чанг С, Хиршман Дж., Тисфельд С., Раст Дж., Ливстон М.С., Долински К., Тайерс М. (январь 2015 г.). «База данных взаимодействия BioGRID: обновление 2015 года» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (выпуск базы данных): 470–478. дои : 10.1093/nar/gku1204 . ПМЦ   4383984 . ПМИД   25428363 .
  4. ^ Чатр-Арьямонтри А, Брейткройц Б.Дж., Хайнике С., Баучер Л., Винтер А., Старк К., Никсон Дж., Рэймидж Л., Колас Н., О'Доннелл Л., Регули Т., Брейткройц А., Селлам А., Чен Д., Чанг С., Раст. Дж. М., Ливстон М. С., Огтред Р., Долински К., Тайерс М. (январь 2013 г.). «База данных взаимодействия BioGRID: обновление 2013 года» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (проблема с базой данных): 816–823. дои : 10.1093/nar/gks1158 . ПМЦ   3531226 . ПМИД   23203989 .
  5. ^ Старк С., Брейткройц Б.Дж., Чатр-Арьямонтри А., Баучер Л., Отред Р., Ливстон М.С., Никсон Дж., Ван Аукен К., Ван Х., Ши Х., Регули Т., Раст Дж.М., Уинтер А., Долински К., Тайерс М. (январь 2011 г.) ). «База данных взаимодействия BioGRID: обновление 2011 г.» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (выпуск базы данных): 698–704. дои : 10.1093/нар/gkq1116 . ПМК   3013707 . ПМИД   21071413 .
  6. ^ Брейткройц Б.Дж., Старк С., Регули Т., Баучер Л., Брейткройц А., Ливстон М., Огтред Р., Лакнер Д.Х., Бэлер Дж., Вуд В., Долински К., Тайерс М. (январь 2008 г.). «База данных взаимодействия BioGRID: обновление 2008 г.» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (выпуск базы данных): 637–640. дои : 10.1093/нар/gkm1001 . ПМЦ   2238873 . ПМИД   18000002 .
  7. ^ Перейти обратно: а б Чатр-Арьямонтри, Эндрю; Отред, Роуз; Баучер, Лорри; Раст, Дженнифер; Чанг, Кристи; Колас, Надин К.; О'Доннелл, Лара; Остер, Сара; Тисфельд, Чандра; Селлам, Аднан; Старк, Крис (04 января 2017 г.). «База данных взаимодействия BioGRID: обновление 2017 года» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (Д1): Д369–Д379. дои : 10.1093/nar/gkw1102 . ISSN   1362-4962 . ПМК   5210573 . ПМИД   27980099 .
  8. ^ Отред, Роуз; Старк, Крис; Брейткройц, Бобби-Джо; Раст, Дженнифер; Баучер, Лорри; Чанг, Кристи; Колас, Надин; О'Доннелл, Лара; Люнг, Джинн; Макадам, Рошель; Чжан, Фредерик (01 августа 2019 г.). «База данных взаимодействия BioGRID: обновление 2019 года» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (Д1): Д529–Д541. дои : 10.1093/nar/gky1079 . ISSN   1362-4962 . ПМК   6324058 . ПМИД   30476227 .
  9. ^ Перейти обратно: а б Старк С., Тинг-Ченг Су, Брейткройц А., Лоренко П., Дахаби М., Брейткройц Б.Дж., Тайерс М., Садовски I (январь 2010 г.). «PhosphoGRID: база данных экспериментально подтвержденных in vivo сайтов фосфорилирования белков из почкующихся дрожжей Saccharomyces cerevisiae» . База данных . 2010 : bap026. дои : 10.1093/база данных/bap026 . ПМЦ   2860897 . ПМИД   20428315 .
  10. ^ Перейти обратно: а б Садовски И., Брейткройц Б.Дж., Старк С., Су Т.К., Дахабие М., Райтата С., Бернхард В., Оттред Р., Долински К., Баррето К., Тайерс М. (май 2013 г.). «База данных сайтов фосфорилирования белков PhosphoGRID Saccharomyces cerevisiae: обновление версии 2.0» . База данных . 2013 : bat026. дои : 10.1093/база данных/bat026 . ПМЦ   3653121 . ПМИД   23674503 .
  11. ^ Винтер А.Г., Вильденхайн Дж., Тайерс М. (апрель 2011 г.). «Сервис BioGRID REST, BiogridPlugin2 и BioGRID WebGraph: новые инструменты для доступа к данным взаимодействия в BioGRID» . Биоинформатика . 27 (7): 1043–1044. doi : 10.1093/биоинформатика/btr062 . ПМК   3065694 . ПМИД   21300700 .
  12. ^ Брейткройц Б.Дж., Старк С., Тайерс М. (январь 2003 г.). «Оспри: система сетевой визуализации» . Геномная биология . 4 (3): Р22. дои : 10.1186/gb-2003-4-3-r22 . ПМЦ   153462 . ПМИД   12620107 .
  13. ^ Регули Т, Брейткройц А, Баучер Л, Брейткройц Б.Дж., Хон Г.К., Майерс К.Л., Парсонс А., Фризен Х., Оттред Р., Тонг А., Старк К., Хо Ю, Ботштейн Д., Эндрюс Б., Бун С., Троянская О.Г., Идекер Т. , Долински К., Батада Н.Н., Тайерс М. (2006). «Комплексное курирование и анализ глобальных сетей взаимодействия Saccharomyces cerevisiae» . Журнал биологической химии . 5 (4): 11. doi : 10.1186/jbiol36 . ПМЦ   1561585 . ПМИД   16762047 .
  14. ^ Брейткройц А., Чой Х., Шаром Дж.Р., Баучер Л., Недува В., Ларсен Б., Лин З.Ю., Брейткройц Б.Дж., Старк С., Лю Г., Ан Дж., Дьюар-Дарч Д., Регули Т., Тан Х., Алмейда Р., Цинь З.С., Поусон Т., Гинграс А.С., Несвижский А.И., Тайерс М. (май 2010 г.). «Глобальная сеть взаимодействия протеинкиназы и фосфатазы у дрожжей» . Наука . 328 (5981): 1043–1046. Бибкод : 2010Sci...328.1043B . дои : 10.1126/science.1176495 . ПМЦ   3983991 . ПМИД   20489023 .
  15. ^ Перейти обратно: а б с д Отред, Роуз; Раст, Дженнифер; Чанг, Кристи; Брейткройц, Бобби-Джо; Старк, Крис; Виллемс, Эндрю; Баучер, Лорри; Люнг, Джинн; Колас, Надин; Чжан, Фредерик; Долма, Сонам ​​(18 октября 2020 г.). «База данных BioGRID: комплексный биомедицинский ресурс тщательно подобранных белковых, генетических и химических взаимодействий» . Белковая наука . 30 (1): 187–200. дои : 10.1002/pro.3978 . ISSN   1469-896X . ПМЦ   7737760 . ПМИД   33070389 .
  16. ^ «Статистика сборки (4.2.193) — январь 2021 г. | BioGRID» . wiki.thebiogrid.org . Проверено 26 января 2021 г.
[ редактировать ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=BioGRID&oldid=1231067027"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: cbcb6bc9325c27bbe383edbd607c22e3__1719378720
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/cb/e3/cbcb6bc9325c27bbe383edbd607c22e3.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
BioGRID - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)