✖


Jump to content

База данных генома крысы

    Add links
    РГД
    Содержание
    Описание База данных генома крысы
    Организмы Rattus norvegicus (крыса)
    Контакт
    Исследовательский центр Медицинский колледж Висконсина и Биомедицинская инженерия
    Лаборатория Энн Э. Квитек
    Авторы Исабель Чен и команда RGD
    Первичное цитирование ПМИД   31713623
    Доступ
    Веб-сайт СРГ .mcw .edu
    URL-адрес загрузки Публикация данных РГД

    База данных генома крысы ( RGD ) представляет собой базу данных геномики , генетики, физиологии и функциональных данных крыс, а также данных для сравнительной геномики крысы, человека и мыши. [1] [2] RGD отвечает за прикрепление биологической информации к геному крысы посредством структурированного словаря или онтологии , аннотаций, присвоенных генам и локусам количественных признаков (QTL), а также за объединение данных о штаммах крыс и предоставление их исследовательскому сообществу. Они также разрабатывают набор инструментов для добычи и анализа геномных, физиологических и функциональных данных крыс, а также сравнительных данных для крыс, мышей, человека и пяти других видов.

    RGD возник как совместная работа исследовательских институтов, занимающихся генетическими и геномными исследованиями на крысах. Его цель, как указано в заявке на получение гранта Национального института здравоохранения : HL-99-013, заключается в создании базы данных генома крыс для сбора, консолидации и интеграции данных, полученных в результате текущих усилий по генетическим и геномным исследованиям крыс, и сделать это возможным. данные, широко доступные научному сообществу. Вторичная, но важная цель — обеспечить курирование картированных позиций локусов количественных признаков, известных мутаций и других фенотипических данных.

    Крыса по-прежнему широко используется исследователями в качестве модельного организма для изучения фармакологии, токсикологии, общей физиологии, биологии и патофизиологии заболеваний. [3] В последние годы наблюдается быстрый рост генетических и геномных данных о крысах. В дополнение к этому, база данных генома крыс стала центральным источником информации о крысах для исследований и теперь содержит информацию не только по генетике и геномике, но также по физиологии и молекулярной биологии. Для всех этих областей доступны инструменты и страницы данных, которые курируются сотрудниками RGD. [4]

    Данные [ править ]

    Данные RGD состоят из ручных аннотаций исследователей RGD, а также импортированных аннотаций из различных источников. RGD также экспортирует свои собственные аннотации, чтобы поделиться ими с другими.

    Страница данных RGD [5] перечисляет восемь типов данных, хранящихся в базе данных: гены , QTL , маркеры , карты, штаммы , онтологии , последовательности и ссылки . Из них шесть активно используются и регулярно обновляются. Тип данных RGD Maps относится к устаревшим генетическим и радиационным гибридным картам. Эти данные были в значительной степени заменены последовательностью всего генома крысы. Тип данных «Последовательности» не представляет собой полный список геномных, транскриптных или белковых последовательностей, а скорее содержит последовательности праймеров ПЦР, которые определяют простой полиморфизм длины последовательности (SSLP) и маркеры экспрессируемой метки последовательности (EST). Такие последовательности полезны в первую очередь для исследователей, которые до сих пор используют эти маркеры для генотипирования своих животных и для различения одноимённых маркеров. Шесть основных типов данных в RGD следующие:

    • Гены : первоначальные записи генов импортируются и обновляются из базы данных генов Национального центра биотехнологической информации ( NCBI ) еженедельно. Данные, импортированные в ходе этого процесса, включают идентификатор гена, Genbank идентификаторы нуклеотидных и белковых последовательностей /RefSeq, идентификаторы групп HomoloGene и идентификаторы Ensembl гена, транскрипта и белка. Дополнительные данные, связанные с белками, импортируются из базы данных UniProtKB . Кураторы RGD просматривают литературу и вручную курируют онтологию генов ( GO ), болезни, фенотипы и пути для генов крысы, болезни и пути для генов мыши, а также болезни, фенотипы и пути для генов человека. [6] [7] Кроме того, сайт импортирует аннотации GO для генов мыши и человека из Консорциума GO, электронные аннотации крыс из UniProt и аннотации фенотипов мышей из базы данных генома мыши/информатики генома мыши ( MGD / MGI ).
    • QTL : сотрудники RGD вручную собирают данные о QTL крыс и человека из литературы, где такие публикации существуют, или из записей, непосредственно предоставленных исследователями. Записи QTL мыши, включая назначения онтологии фенотипа млекопитающих (MP), импортируются непосредственно из MGI. Для QTL крысы и человека курирование включает присвоение аннотаций MP, HP и онтологии заболеваний. Позиции QTL автоматически назначаются на основе геномных положений пиковых и/или фланкирующих маркеров или однонуклеотидных полиморфизмов ( SNP ). Записи QTL содержат информацию о родственных штаммах, генах-кандидатах, связанных маркерах и родственных QTL.
    • Штаммы : как и записи QTL, записи штаммов RGD либо вручную отбираются из литературы, либо предоставляются исследователями. Записи о штаммах включают информацию об официальном символе штамма, происхождении и доступности штамма, связанных с ним фенотипах, о том, является ли штамм моделью заболевания человека, а также любую имеющуюся информацию о селекции, поведении, выращивании и т. д. Записи о штаммах ссылки на информацию о родственных генах, аллелях и QTL, ассоциированных штаммах (например, родительских штаммах или субштаммах) и, где это возможно, штаммоспецифичных вариантах повреждающих нуклеотидов. Для конгенных и мутантных штаммов геномные позиции назначаются для интрогрессированной области ( конгенные штаммы ) или местоположения мутантной последовательности (мутантные штаммы).
    • Маркеры : поскольку генетические маркеры, такие как SSLP и EST , использовались и продолжают использоваться для QTL и штаммов, RGD хранит данные маркеров для крыс, человека и мышей. Маркерные данные включают последовательности связанных прямых и обратных праймеров ПЦР, геномные позиции и ссылки на . базу данных зондов NCBI Записи маркеров связаны с соответствующими записями QTL, штаммов и генов.
    • Линии клеток : RGD хранит записи о линиях клеток на основе импорта из Cellosaurus . Хотя наибольшее количество из них приходится на клеточные линии человека и мыши, записи также доступны для крыс, бонобо, собак, белок, свиней, зеленых мартышек и голых землекопов.
    • Онтологии . Чтобы сделать данные RGD удобочитаемыми и доступными для вычислительного анализа и поиска, RGD полагается на использование нескольких онтологий. По состоянию на июль 2021 года RGD использовал 19 различных онтологий для выражения различных типов данных, применимых к различным типам данных RGD. Аннотации онтологий назначаются кураторами вручную. [6] [7] или импортируются из внешних источников с помощью автоматизированных конвейеров. Шесть из онтологий, используемых в RGD, были созданы или совместно созданы в RGD, а семь находятся в стадии разработки сотрудниками или сотрудниками RGD, это онтологии для путей (PW), штаммов крыс (RS), признаков позвоночных (VT), болезней. (RDO), клинические измерения (CMO), методы измерения (MMO) и условия эксперимента (XCO). [8] Онтологии, импортированные из внешних источников, обновляются еженедельно.
    • Ссылки : ссылки RGD — это научные публикации и ресурсы, которые использовались для внесения информации в базу данных и являются источниками таких объектов данных, как QTL и штаммы. Для ссылок, доступ к которым осуществляется через PubMed NCBI, импортированные данные включают название, авторов, цитирование и идентификатор PubMed, а также генерируется идентификатор RGD. В некоторых случаях ссылки генерируются как внутренние записи, например массовая загрузка из автоматизированных конвейеров или личное общение с источниками данных. Эти дополнительные ссылки дают пользователям RGD идентификацию источника конкретных частей и типов данных, для которых записи PubMed недоступны. Оба типа справочных записей предоставляют ссылки на все данные, взятые из этой статьи или источника, включая гены, QTL, штаммы, болезни и другие онтологические аннотации. Ресурсы, отобранные для получения информации, можно получить из базы данных с помощью страницы поиска ссылок или ссылок на странице объекта. Также доступны непроверенные ссылки, которые, как известно, содержат соответствующие данные, но еще не были проверены вручную. Они находятся в виде ссылок PubMed, перечисленных в разделе «Ссылки – непроверенные» отчета об объекте (например, отчета о генах).

    Геномные инструменты [ править ]

    Геномные инструменты RGD [9] включают как программные инструменты, разработанные в RGD, так и инструменты из сторонних источников.

    разработанные в RGD инструменты , Геномные

    RGD разрабатывает веб-инструменты, предназначенные для использования данных, хранящихся в базе данных RGD, для анализа крыс и разных видов. К ним относятся:

    • OntoMate : OntoMate — это концептуально-ориентированная поисковая система по литературе, разработанная RGD в качестве альтернативы базовой поисковой системе PubMed в рабочем процессе генного курирования. Преобразование данных из свободного текста научной литературы в структурированный формат с возможностью поиска является одной из основных задач всех баз данных модельных организмов. OntoMate помечает рефераты именами генов, генными мутациями, названиями организмов, болезнями и другими терминами из онтологий/словарей, используемых в RGD. Все термины/субъекты, отмеченные тегами реферата, отображаются вместе с аннотацией в результатах поиска. OntoMate также предоставляет активируемые пользователем фильтры по видам, дате и другим параметрам, имеющим отношение к поиску литературы, что упростило процесс по сравнению с использованием PubMed. Помимо полезности для процессов внутреннего курирования RGD, этот инструмент доступен всем пользователям RGD.
    • Генный аннотатор : инструмент Gene Annotator или GA принимает в качестве входных данных список символов генов, идентификаторы RGD, инвентарные номера GenBank, идентификаторы Ensembl или хромосомную область и извлекает ортологи генов, идентификаторы внешней базы данных и аннотации онтологий для соответствующих генов в RGD. Данные можно загрузить в электронную таблицу Excel или проанализировать с помощью инструмента. Функция «Распределение аннотаций» отображает список терминов в каждой из семи категорий с указанием процентного содержания генов из входного списка с аннотациями к каждому термину. Функция «Тепловая карта сравнения» позволяет сравнивать аннотации для генов во входном списке в двух онтологиях или в двух ветвях одной и той же онтологии.
    • Variant Visualizer : Variant Visualizer (VV) — это инструмент просмотра и анализа полиморфизмов последовательностей, специфичных для штаммов крыс. VV принимает в качестве входных данных список символов генов или геномную область, определенную хромосомой, начальным и конечным положениями или двумя символами гена или маркера. Пользователь также должен выбрать интересующие его штаммы из списка штаммов, для которых существуют полные последовательности генома, и может установить параметры для вариантов в наборе результатов. Результатом является отображение вариантов в виде тепловой карты. Дополнительную информацию для отдельных вариантов можно просмотреть на панели подробностей.
    • Инструмент обогащения мультионтологий (MOET): MOET — это веб-инструмент анализа онтологий, используемый для идентификации терминов из любой или всех онтологий, используемых RGD для курирования генов (болезнь, путь, фенотип, GO, ChEBI), которые являются избыточными. представлено в аннотациях для этих генов или для ортологов других видов. Он выводит загружаемый график и список статистически перепредставленных терминов в пользовательском списке генов с использованием гипергеометрического распределения. MOET также отображает соответствующую поправку Бонферрони и соотношение шансов на странице результатов.
    • Поиск местоположения генного ортолога (GOLF): GOLF используется для сравнения генов или положений в интересующих регионах среди видов или групп RGD. Результаты отображаются с соответствующими генами/позициями у обоих видов или в обеих сборках в виде таблицы рядом. Входные и выходные данные в GOLF можно экспортировать в другие инструменты RGD для анализа или загрузить, используя ссылки на странице результатов GOLF.
    • InterViewer : InterViewer — это белково-белковая интерактивная программа просмотра, которая отображает соответствующую информацию о типах взаимодействий и ссылках на связанные гены, относящиеся к вводу пользователя.
    • PhenoMiner : PhenoMiner объединяет фенотипические данные от разных линий крыс, поэтому исследователи могут использовать фильтры для поиска количественных фенотипических данных, которые они ищут.
    • OLGA — Генератор и анализатор списков объектов : OLGA — это поисковая система, позволяющая пользователям выполнять несколько запросов, генерировать список объектов из каждого запроса и гибко комбинировать результаты с использованием логических спецификаций. ОЛЬГА принимает на вход либо список символов объекта, либо параметры поиска на основе аннотаций или позиции онтологии. Окончательный список генов, QTL или штаммов можно загрузить или отправить в инструмент GA, визуализатор вариантов, средство просмотра генома или другие инструменты RGD.
    • Средство просмотра генома : средство просмотра генома (GViewer) предоставляет пользователям полное представление генома генов, QTL и картированных штаммов с примечаниями к функции, биологическому процессу, клеточному компоненту, фенотипу, заболеванию, пути или химическому взаимодействию. GViewer позволяет выполнять логический поиск по нескольким онтологиям. Выходные данные отображаются относительно кариотипа генома крысы.
    • Overgo Probe Designer : Зонды Overgo представляют собой пары частично перекрывающихся 22-мерных олигонуклеотидов, полученных из геномной последовательности с маскировкой повторов и используемых в качестве зондов с высокой специфической активностью для картирования генома. Инструмент Overgo Probe Designer принимает в качестве входных данных нуклеотидную последовательность и выводит список оптимизированных последовательностей зондов, содержащих необходимые 8 нуклеотидов, перекрывающихся на своих 3'-концах.
    • Гаплотипер ACP : Гаплотипер ACP создает визуальный гаплотип, который можно использовать для идентификации консервативных и неконсервативных хромосомных областей между любыми из 48 линий крыс, охарактеризованных в рамках проекта ACP. Для выбранной хромосомы и между выбранными штаммами инструмент сравнивает данные о размере аллелей микросателлитных маркеров на выбранной генетической карте или карте RH. [10]

    Сторонние инструменты генома, адаптированные для использования RGD с данными

    RGD предлагает несколько программных инструментов сторонних производителей, которые были адаптированы для использования на веб-сайте с использованием данных, хранящихся в базе данных RGD. К ним относятся:

    • JBrowse : JBrowse — это бесплатный интерактивный инструмент анализа данных, ориентированный на конкретную базу данных. Программное обеспечение было создано и в настоящее время поддерживается в рамках проекта «База данных общего модельного организма». Генетические и фенотипические типы данных, включая фундаментальные наборы данных и данные о генно-химическом взаимодействии, а также их взаимосвязь с геномной последовательностью можно получить через JBrowse.
    • RatMine : RatMine — это версия InterMine, ориентированная на крыс. [11] программное обеспечение. Оно позволяет пользователям собирать и анализировать данные о крысах из различных баз данных, включая RGD, NCBI, UniProtKB и Ensembl, в одном месте, используя согласованный формат. Платформа InterMine была адаптирована для нескольких видов в других базах данных и предназначена для взаимодействия между экземплярами, чтобы пользователи могли запрашивать разные виды из интерфейса RatMine. [12]

    Дополнительные данные и инструменты [ править ]

    Портал фенотипов и моделей [ править ]

    Портал RGD «Фенотипы и модели» [13] основное внимание уделяется штаммам, фенотипам и крысам как модельному организму для физиологии и болезней.

    • Генетические модели : это место, где все геномно-модифицированные крысы (мутантные штаммы и трансгенные штаммы) перечислены в табличном формате для быстрого доступа к затронутым генам, фоновым штаммам и другой доступной информации. В этом разделе также представлены штаммы GERRC , геном которых которых был создан через Ресурсный центр крыс по редактированию генов.
    • Модели аутизма : Лабораторные крысы являются предпочтительным животным в нейробиологии. Медицинский колледж Висконсина сотрудничает с Инициативой по исследованию аутизма Фонда Саймонса (SFARI) над созданием и распространением искусственно созданных крысиных моделей аутизма.
    • PhenoMiner (количественные модели) : PhenoMiner [14] представляет собой базу данных и веб-приложение для поиска и анализа количественных данных фенотипа крыс. Данные аннотируются онтологиями по штамму крыс, клиническим измерениям, методу измерения и условиям эксперимента. Эксперименты классифицируются по признаку или заболеванию, оцениваемому при измерении. Использование стандартизированных словарей и форматов данных позволяет сравнивать значения разных экспериментов для одного и того же измерения. Страница результатов PhenoMiner включает в себя график значений измерений и загружаемую таблицу значений с соответствующими метаданными. Ссылка предоставляется, чтобы дать пользователям возможность отправить свои собственные данные в базу данных.
    • Ожидаемые диапазоны (количественные модели) : Ожидаемые диапазоны — это база данных статистического метаанализа, в которой количественные значения фенотипа из PhenoMiner используются для расчета «ожидаемого диапазона» измеренного фенотипа для группы штаммов в различных исследованиях. Эти ожидаемые диапазоны можно стратифицировать по полу, возрасту и условиям эксперимента, если имеется достаточно данных.
    • Фенотипы : раздел «Фенотипы» содержит большой объем данных из проекта PhysGen Program for Genomic Applications, проекта, финансируемого NHLBI, по «разработке консомных и нокаутных штаммов крыс, фенотипической характеристики этих штаммов и предоставления этих ресурсов научному сообществу». [15] Категории данных включают измерения сердечно-сосудистой, почечной и дыхательной функций, биохимический состав крови, морфологию тела и поведение. Также предоставляются ссылки на протоколы фенотипирования крыс и на аналогичные данные высокопроизводительного фенотипирования в Национальном проекте биоресурсов для крыс в Японии (NBRP-Rat).
    • Фенотипические модели и геномные ресурсы для дополнительных видов . Помимо данных о крысах, мышах и людях, RGD обеспечивает интегрированный доступ к геномной, а в некоторых случаях и фенотипической информации дополнительных видов млекопитающих. Эти другие виды, перечисленные ниже, являются важными исследовательскими моделями болезней, физиологии и фенотипов.
    Общее имя Научное название Модель для
    Шиншилла Шиншилла ланигера
    • Физиология, развитие и функции слуховой системы.
    • Патобиология инфекций и разработка вакцин.
    Тринадцатилинейный суслик Ictidomys tridecemlineatus
    • Функция сетчатки, метаболизм, гипоксия/реперфузия и продолжительность жизни
    Домашняя собака Знакомая волчья собака
    • Рак, болезни сердца, аутоиммунные заболевания, аллергии, заболевания щитовидной железы, катаракта, эпилепсия, дисплазия тазобедренного сустава, слепота, глухота и многое другое.
    Бонобо Пан паниск
    • Сердечно-сосудистые заболевания
    Свинья Свинья свинья
    • Функция почек, структура сосудов, ожирение, сердечно-сосудистые заболевания, эндокринология, алкоголизм, диабет, нефропатия и трансплантация органов.
    Зеленая обезьяна Хлороцебус сабаеус
    • Нейродегенерация, диабет и другие метаболические синдромы
    • Передача ВИЧ и СПИД
    Голый землекоп Heterocephalus glaber
    • Биогеронтология, старение и устойчивость к раку

    Порталы болезней ​ ​

    Порталы заболеваний объединяют данные в RGD по конкретной категории заболеваний и представляют их в одной группе страниц. Гены, QTL и штаммы, связанные с любым заболеванием в категории, перечислены с полногеномным представлением их местоположения у крыс, человека и мышей (см. Средство просмотра генома в инструментах генома, разработанных в RGD ). В дополнительных разделах портала отображаются данные о фенотипах, биологических процессах и путях, связанных с категорией заболевания. Также предоставляются страницы, предоставляющие пользователям доступ к информации о штаммах крыс, используемых в качестве моделей для одного или нескольких заболеваний в категории, инструментах, которые можно использовать для анализа данных, и дополнительных ресурсах, связанных с категорией заболеваний. Кроме того, доступ к инструменту расширения мультионтологий (MOET) RGD доступен в нижней части порталов по отдельным заболеваниям.

    По состоянию на май 2021 года у RGD имеется пятнадцать порталов заболеваний: [16] [17]

    Порталы заболеваний объединяют данные в RGD по конкретной категории заболеваний и представляют их в одной группе страниц. Гены, QTL и штаммы, связанные с любым заболеванием в категории, перечислены с полногеномным представлением их местоположения у крыс, человека и мышей (см. «Программа просмотра генома» в инструментах генома, разработанных в RGD ). В дополнительных разделах портала отображаются данные о фенотипах, биологических процессах и путях, связанных с категорией заболевания. Также предоставляются страницы, предоставляющие пользователям доступ к информации о штаммах крыс, используемых в качестве моделей для одного или нескольких заболеваний в категории, инструментах, которые можно использовать для анализа данных, и дополнительных ресурсах, связанных с категорией заболеваний.

    Пути [ править ]

    RGD Pathway Ресурсы [18] [19] включить онтологию пути [20] терминов путей (разработанных и поддерживаемых в RGD, охватывающих не только метаболические пути , но также заболевания, лекарства, регуляторные и сигнальные пути), а также интерактивные диаграммы компонентов и взаимодействий выбранных путей. На страницах диаграммы содержатся описание, списки генов-членов пути и дополнительных элементов, таблицы заболеваний, аннотаций путей и фенотипов, сделанных для генов-членов пути, соответствующие ссылки и диаграмма онтологического пути. Представлены наборы путей и сети наборов, то есть группы связанных путей, которые все вносят вклад в более крупный процесс, такой как гомеостаз глюкозы или регуляция экспрессии генов, а также диаграммы физиологических путей, которые отображают сети органов, тканей, клеток и молекулярных путей в целом. уровне животных или систем.

    Нокауты [ править ]

    До недавнего времени прямые специфические геномные манипуляции на крысах были невозможны. Однако с появлением таких технологий, как нуклеаза цинковых пальцев и методы мутагенеза на основе CRISPR , это уже не так. [21] Группы, производящие нокаутные гены крыс и другие типы генетически модифицированных крыс, включают Центр генетики человека и молекулярной генетики при MCW. RGD ссылается на информацию о штаммах крыс, полученных в этих исследованиях, на страницах проекта PhysGen Knockout. [22] и Ресурсный центр крыс по редактированию генов MCW (GERRC) , [23] доступ к ним осуществляется из заголовков страниц RGD. Финансирование как проекта PhysGenKO, так и GERRC поступило от Национального института сердца, легких и крови (NHLBI). Заявленная цель обоих проектов — получить крыс с изменениями в одном или нескольких специфических генах, связанных с миссией NHLBI. Гены были номинированы исследователями-крысами. Номинации рассматривались внешним консультативным советом. В случае с проектом PhysGenKO многие крысы, полученные этой группой, были фенотипированы с использованием стандартизированного высокопроизводительного протокола фенотипирования, а данные доступны в инструменте PhenoMiner от RGD.

    Работа с общественностью и образование [ править ]

    RGD обращается к сообществу исследователей крыс различными способами, включая форум по электронной почте, страницу новостей, страницу в Facebook, учетную запись в Twitter, а также регулярное посещение и презентации на научных встречах и конференциях. [24] Дополнительная образовательная деятельность включает создание обучающих видеороликов, в которых описывается, как использовать инструменты и данные RGD, а также по более общим темам, таким как биомедицинские онтологии и биологическая номенклатура (т. е. генов, QTL и штаммов). Эти видеоролики можно просмотреть на нескольких онлайн-видеохостингах, включая YouTube .

    Финансирование [ править ]

    RGD финансируется за счет гранта R01HL64541 Национального института сердца, легких и крови ( NHLBI ) от имени Национальных институтов здравоохранения (NIH). Главным исследователем гранта является Энн Э. Квитек, которая была назначена на эту руководящую должность вместо Мэри Э. Симояма в марте 2020 года. Мелинда Р. Дуинелл является соисследователем. [25]

    генома сборка Новая ​

    Новая сборка генома крысы, mRatBN7.2, была создана в рамках Дарвиновского проекта «Древо жизни» в Институте Уэлкома Сэнгера и принята в Консорциум по изучению генома. mRatBN7.2 был получен от самца крысы BN/NHsdMcwi, который является прямым потомком самки крысы BN, секвенированной ранее. Новый эталонный геном крысы BN был создан с использованием различных технологий, включая PacBio длинные чтения , связанные чтения 10X , карты Bionano и Arima Hi-C. Его смежность аналогична эталонным сборкам человека или мыши. Он доступен в GenBank NCBI и RefSeq, и в ближайшем будущем он станет основной сборкой в ​​RGD. [26]

    Ссылки [ править ]

    1. ^ Смит, Дженнифер Р.; Хейман, Дж. Томас; Ван, Шур-Джен; Лауледеркинд, Стэнли Дж. Ф.; Хоффман, Мэтью Дж.; Калдунски, Мэри Л.; Тутай, Моника; Тота, Джьоти; Налаболу, Харика С.; Элланки, Сантоши ЛР; Тутай, Марек А. (08 января 2020 г.). «Год Крысы: база данных генома крысы в ​​20: многовидовая база знаний и платформа анализа» . Исследования нуклеиновых кислот . 48 (Д1): Д731–Д742. дои : 10.1093/nar/gkz1041 . ISSN   1362-4962 . ПМЦ   7145519 . ПМИД   31713623 .
    2. ^ Симояма М., Де Понс Дж., Хейман Г.Т. и др. (2015). «База данных генома крыс 2015: геномные, фенотипические и экологические вариации и болезни» . Нуклеиновые кислоты Рез . 43 (Проблема с базой данных): D743–50. дои : 10.1093/nar/gku1026 . ПМЦ   4383884 . ПМИД   25355511 .
    3. ^ Эйтман Т.Дж., Крицер Дж.К., Куппен Э. и др. (2008). «Прогресс и перспективы генетики крыс: взгляд сообщества». Нат. Жене . 40 (5): 516–22. дои : 10.1038/ng.147 . ПМИД   18443588 . S2CID   22522876 .
    4. ^ РГД. «О РГД — базе данных геномов крыс» . Rgd.mcw.edu . Проверено 17 февраля 2013 г.
    5. ^ «Данные RGD - База данных генома крысы» . Rgd.mcw.edu . Проверено 8 июля 2015 г.
    6. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Лауледеркинд С.Дж., Симояма М., Хейман Г.Т. и др. (2011). «Набор инструментов для курирования базы данных генома крыс: набор оптимизированных программных инструментов, позволяющих эффективно собирать, организовывать и представлять биологические данные» . База данных (Оксфорд) . 2011 : бар002. дои : 10.1093/база данных/bar002 . ПМК   3041158 . ПМИД   21321022 .
    7. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Симояма М., Хейман Г.Т., Лауледеркинд С.Дж. и др. (2009). «Куратор базы данных генома крыс: кто, что, где, почему» . ПЛОС Компьютер. Биол . 5 (11): e1000582. Бибкод : 2009PLSCB...5E0582S . дои : 10.1371/journal.pcbi.1000582 . ПМЦ   2775909 . ПМИД   19956751 .
    8. ^ РГД. «Об онтологиях RGD — база данных генома крысы» . Rgd.mcw.edu . Проверено 8 июля 2015 г.
    9. ^ РГД. «Инструменты для генома — база данных генома крыс» . Rgd.mcw.edu . Проверено 8 июля 2015 г.
    10. ^ де ла Крус Н., Бромберг С., Паско Д. и др. (2005). «База данных генома крыс (RGD): развитие базы данных феноменов» . Нуклеиновые кислоты Рез . 33 (Проблема с базой данных): D485–91. дои : 10.1093/nar/gki050 . ПМК   540004 . ПМИД   15608243 .
    11. ^ Смит Р.Н., Алексич Дж., Бутано Д. и др. (2012). «InterMine: гибкая система хранения данных для интеграции и анализа разнородных биологических данных» . Биоинформатика . 28 (23): 3163–5. doi : 10.1093/биоинформатика/bts577 . ПМЦ   3516146 . ПМИД   23023984 .
    12. ^ Рэйчел Л., Джули С., Даниэла Б. и др. (2015). «Межорганический анализ с использованием InterMine» . Бытие . 53 (8): 547–60. дои : 10.1002/dvg.22869 . ПМЦ   4545681 . ПМИД   26097192 .
    13. ^ РГД. «Фенотипы и модели - База данных генома крысы» . Rgd.mcw.edu . Проверено 15 июля 2015 г.
    14. ^ Лауледеркинд С.Дж., Лю В., Смит Дж.Р. и др. (2013). «PhenoMiner: количественное курирование фенотипа в базе данных генома крысы» . База данных (Оксфорд) . 2013 : bat015. дои : 10.1093/база данных/bat015 . ПМЦ   3630803 . ПМИД   23603846 .
    15. ^ РГД. «Данные фенотипа — база данных генома крысы» . Rgd.mcw.edu . Проверено 14 июля 2015 г.
    16. ^ РГД. «Порталы заболеваний RGD — база данных генома крыс» . Rgd.mcw.edu . Проверено 15 июля 2015 г.
    17. ^ Твиггер С.Н., Симояма М., Бромберг С., Квитек А.Е., Джейкоб Х.Дж. (2007). «База данных генома крысы, обновление 2007 г. – облегчает путь от болезни к данным и обратно» . Нуклеиновые кислоты Рез . 35 (Проблема с базой данных): D658–62. дои : 10.1093/nar/gkl988 . ПМЦ   1761441 . ПМИД   17151068 .
    18. ^ Петри В., Симояма М., Хейман Г.Т. и др. (2011). «Портал базы данных генома крыс» . База данных (Оксфорд) . 2011 : бар010. дои : 10.1093/база данных/bar010 . ПМК   3072770 . ПМИД   21478484 .
    19. ^ Хейман Г.Т., Джаяраман П., Петри В. и др. (2013). «Обновленный портал RGD Pathway повышает эффективность курирования и предоставляет расширенную информацию о путях лечения» . Хм. Геномика . 7 (1): 4. дои : 10.1186/1479-7364-7-4 . ПМЦ   3598722 . ПМИД   23379628 .
    20. ^ Петри В., Джаяраман П., Тутай М. и др. (2014). «Онтология пути – обновления и приложения» . J Биомедицинская семантика . 5 (1): 7. дои : 10.1186/2041-1480-5-7 . ПМЦ   3922094 . ПМИД   24499703 .
    21. ^ Флистер М.Дж., Прокоп Дж.В., Лазар Дж., Симояма М., Дуинелл М., Гертс А. (2015). «Руководство 2015 г. по созданию моделей генетически модифицированных крыс для исследований сердечно-сосудистой системы» . J Cardiovasc Transl Res . 8 (4): 269–77. дои : 10.1007/s12265-015-9626-4 . ПМЦ   4475456 . ПМИД   25920443 .
    22. ^ РГД. «Нокауты PhysGen - база данных генома крысы» . Rgd.mcw.edu . Проверено 15 июля 2015 г.
    23. ^ РГД. «Ресурсный центр крыс по редактированию генов» . Rgd.mcw.edu . Проверено 21 июля 2015 г.
    24. ^ РГД. «Крысиное сообщество — база данных генома крыс» . Rgd.mcw.edu . Проверено 15 июля 2015 г.
    25. ^ НАЦИОНАЛЬНЫЕ ИНСТИТУТЫ ЗДРАВООХРАНЕНИЯ США. «Информация о проекте для гранта HL64541: База данных генома крыс» . nih.gov . Проверено 15 июля 2015 г.
    26. ^ НАЦИОНАЛЬНЫЕ ИНСТИТУТЫ ЗДРАВООХРАНЕНИЯ США. «Рнор_6.0 — Сборка — NCBI» . nih.gov . Проверено 15 июля 2015 г.

    Внешние ссылки [ править ]

    Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Rat_Genome_Database&oldid=1228580821"
    Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
    Arc.Ask3.Ru
    Номер скриншота №: 14ccfd11b1fe2f3d7d7f3f5ab1ffb182__1718143620
    URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/14/82/14ccfd11b1fe2f3d7d7f3f5ab1ffb182.html
    Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
    Rat Genome Database - Wikipedia
    Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)