Целлозавр
 | Судя по всему, основной автор этой статьи тесно связан с ее предметом. ( Июль 2018 г. ) |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Целлозавр : ресурс знаний о клеточных линиях |
| Типы данных захвачен | Клеточные линии |
| Организмы | Позвоночное животное , насекомое , клещ |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Швейцарский институт биоинформатики |
| Лаборатория | КАЛИФО |
| Авторы | Амос Байрох |
| Доступ | |
| Формат данных | База данных плоских файлов , OBO и XML |
| Веб-сайт | www |
| URL-адрес загрузки | ftp://ftp.expasy.org/databases/cellosaurus |
| веб-службы URL-адрес | API https://api.cellosaurus.org/ |
| Инструменты | |
| Интернет | Поиск |
| Разнообразный | |
| Лицензия | Creative Commons CC BY 4.0 |
| Управление версиями | Да |
| Выпуск данных частота | 4-6 выпусков в год |
| Политика курирования | Да - вручную |
| Добавить в закладки сущности | Да — отдельные записи в ячейках |
Cellosaurus — это онлайн- база знаний о клеточных линиях , которая пытается документировать все клеточные линии, используемые в биомедицинских исследованиях . [1] Об этом сообщает Швейцарский институт биоинформатики (SIB). Это ELIXIR. основной ресурс данных [2] [3] а также признанный ресурс IRDiRC. [4] Это вспомогательный ресурс для клеточных линий на Портале идентификации ресурсов. [5] По состоянию на декабрь 2022 года он содержит информацию о более чем 144 000 клеточных линиях. [6]
В сферу его применения входят иммортализованные клеточные линии , естественно бессмертные клеточные линии (пример: эмбриональные стволовые клетки ) и клеточные линии с ограниченным сроком жизни, если они широко распространены и используются. Cellosaurus предоставляет множество тщательно отобранной информации; для каждой клеточной линии указаны рекомендуемое название, синонимы и вид происхождения. Другие типы информации включают стандартизированную заболеваний терминологию (для клеточных линий рака или генетических заболеваний ), трансформант, используемый для иммортализации клеточной линии, трансфицированные или нокаутированные гены, микросателлитную нестабильность , время удвоения , пол и возраст донора (пациента или животного). , важные варианты последовательностей, веб-ссылки, ссылки на публикации и перекрестные ссылки почти на 100 различных баз данных, онтологий, коллекций ячеек и других соответствующих ресурсов. [1] [7]
Поскольку многие клеточные линии, используемые в исследованиях, были неправильно идентифицированы или загрязнены , Cellosaurus отслеживает проблемные клеточные линии, включая все те, которые перечислены в Международном комитете по аутентификации клеточных линий (ICLAC). [8] столы. Для человека , а также некоторых клеточных линий собак он предоставляет информацию о профиле коротких тандемных повторов (STR). С июля 2018 года клеточные линии целлозавра представлены как элементы в Викиданных . [1] В марте 2020 года Cellosaurus создал страницу, содержащую информацию о клеточных линиях, имеющих отношение к SARS-CoV-2, в ответ на пандемию COVID-19 . [9]
Энциклопедия Cellosaurus широко признана авторитетным источником информации о клеточных линиях, предоставляющим уникальные идентификаторы. [10] [11] и как источник тщательно подобранной информации. [12] [13] [14]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б с Байрох Амос (2018). «Целлозавр, ресурс знаний о клеточных линиях» . Журнал биомолекулярных методов . 29 ([Epub перед печатью): 1–14. дои : 10.7171/jbt.18-2902-002 . ПМК 5945021 . ПМИД 29805321 .
- ^ Дубар, Эльза. «Целлозавр и Рея присоединяются к портфолио ELIXIR Core Data Resources» . www.sib.swiss . Проверено 19 октября 2021 г.
- ^ «Rhea, Reactome и Cellosaurus приобретают знак высочайшего качества ELIXIR для баз данных» . ЭЛИКСИР . 2020-12-24 . Проверено 19 октября 2021 г.
- ^ «Новый ресурс, признанный IRDiRC: Целлозавр» . irdirc.org . Проверено 2 ноября 2021 г.
- ^ «RRID | Поиск в клеточных линиях» .
- ^ «Эксазы – Целлозавр» . web.expasy.org . Проверено 19 октября 2021 г.
- ^ «Описание целлозавра — ресурс знаний о клеточных линиях» . web.expasy.org . Проверено 13 апреля 2020 г.
- ^ «База данных перекрестно загрязненных или ошибочно идентифицированных клеточных линий» (PDF) . Архивировано (PDF) из оригинала 20 декабря 2016 г.
- ^ «Целлозавр — актуальная информация о SARS-CoV-2» . www.cellosaurus.org . Проверено 1 сентября 2022 г.
- ^ «RRIDs: Как мы сюда попали и куда идем?» . электронная жизнь . 11 мая 2017 г. Проверено 19 октября 2021 г.
- ^ Гролл, Хельга; Роджерс, Питер А., ред. (01.11.2018). «Письмо о решении: количество проблемных клеточных линий ниже в статьях, в которых для идентификации клеточных линий используются RRID» . дои : 10.7554/elife.41676.020 . S2CID 239787612 .
{{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется|journal=( помощь ) - ^ Хорбах, Серж ПЖМ; Хальфман, Виллем (12 октября 2017 г.). «Призраки HeLa: как неправильная идентификация клеточных линий загрязняет научную литературу» . ПЛОС ОДИН . 12 (10): e0186281. Бибкод : 2017PLoSO..1286281H . дои : 10.1371/journal.pone.0186281 . ISSN 1932-6203 . ПМК 5638414 . ПМИД 29023500 .
- ^ Онг, Эдисон; Сарнтивиджай, Сирарат; Юпп, Саймон; Паркинсон, Хелен; Хэ, Юнцюнь (декабрь 2017 г.). «Сравнение, выравнивание и синхронизация информации о клеточных линиях между CLO и EFO» . БМК Биоинформатика . 18 (S17): 557. doi : 10.1186/s12859-017-1979-z . ISSN 1471-2105 . ПМЦ 5763470 . ПМИД 29322915 .
- ^ Хаттори, Эми; Ояма, Риеко; Кондо, Тадаши (13 февраля 2019 г.). «Систематический обзор текущего состояния клеточных линий саркомы человека» . Клетки . 8 (2): 157. doi : 10.3390/cells8020157 . ISSN 2073-4409 . ПМК 6406745 . ПМИД 30781855 .