Швейцарский институт биоинформатики
 | Судя по всему, основной автор этой статьи тесно связан с ее предметом. ( Июль 2018 г. ) |
 | |
| Аббревиатура | СИБ |
|---|---|
| Формирование | 30 марта 1998 г |
| Тип | академический некоммерческий фонд |
| Штаб-квартира | SIB Швейцарский институт биоинформатики Забота о соседях Здание Амфиполя 1015 Лозанна Швейцария |
Область | Швейцария |
Совместный исполнительный директор | Кристоф Дессимо |
| Веб-сайт | вместе |
— Швейцарский институт биоинформатики SIB это академический некоммерческий фонд , который объединяет деятельность в области биоинформатики по всей Швейцарии .
Институт был основан 30 марта 1998 года, и его миссия состоит в том, чтобы предоставлять основные ресурсы по биоинформатике национальному и международному исследовательскому сообществу в области наук о жизни в таких областях, как геномика , протеомика и системная биология , а также руководить и координировать область биоинформатики в Швейцарии. В частности, он продвигает исследования, разрабатывает банки данных и компьютерные технологии, а также занимается преподавательской и сервисной деятельностью.
История [ править ]
Первоначально институт был создан, чтобы обеспечить основу для стабильного долгосрочного финансирования как базы данных Swiss-Prot, так и швейцарского узла EMBnet . Swiss-Prot , в частности, пережила крупный кризис финансирования в 1996 году. [1] который привел к созданию SIB лидеров пяти исследовательских групп, занимающихся биоинформатикой в Женеве и Лозанне , Рона Аппеля , Амоса Байроха , Филиппа Бухера, Виктора Йонгенеля и Мануэля Пайча. [2] После создания институт сможет подать заявку на финансирование в соответствии со швейцарским законодательством, которое позволяет правительству финансировать до 50% расходов на жизненно важную исследовательскую и учебную инфраструктуру. [3]
Первым директором института был Виктор Йонгенил, а в период с 2001 по сентябрь 2007 года его сменил Эрнест Фейтманс. С 1 октября 2007 года по июль 2018 года институт возглавлял Рон Аппель , один из его основателей. [4] [5] С июля 2018 года по март 2022 года SIB возглавляли Кристин Дюринкс и Рон Аппель в качестве соисполнительных директоров. С 1 апреля 2022 года Кристоф Дессимо сменил Кристин Дюринкс на посту соисполнительного директора. [6] С октября 2022 года Кристоф Дессимо является единоличным исполнительным директором после выхода на пенсию Рона Аппеля. [7]
Организация [ править ]
Швейцарский институт биоинформатики SIB — это федерация исследовательских групп, в состав которых входят биоинформатики из 21 партнерского учреждения SIB, включая университеты Базеля , Берна , Фрибурга , Женевы , Лозанны , Лугано и Цюриха , Федеральные технологические институты в Лозанне и Цюрихе , Институт биомедицинских исследований Фридриха Мишера , Институт онкологических исследований в Беллинцоне и Женевская школа делового администрирования (HEG). Текущие исследовательские группы SIB расположены в Базеле , Берне , Фрибурге , Женеве , Лозанне , Лугано , Цюрихе , Ивердоне , Веденсвиле , Беллинцоне и Давосе .
SIB объединяет более 70 исследовательских, сервисных и инфраструктурных групп, объединяющих более 700 ученых в таких различных областях, как протеомика , транскриптомика , геномика , системная биология , структурная биоинформатика , эволюционная биоинформатика , моделирование, визуализация, биофизика , популяционная генетика и клиническая биоинформатика. SIB организует ежегодное международное научное собрание — [BC]2 Базельскую конференцию по вычислительной биологии .
Ресурсы по биоинформатике [ править ]
Институт предлагает широкий спектр ресурсов для исследовательского сообщества в области медико-биологических наук, большинство из которых открыты и доступны через Expasy , портал биоинформатических ресурсов SIB. Они включают в себя:
Базы данных [ править ]
SIB разрабатывает и поддерживает базы данных международного уровня, включая UniProtKB/Swiss-Prot (база данных курируемых последовательностей белков, обеспечивающая высокий уровень аннотаций), neXtProt (платформа знаний о белках, ориентированная на человека), репозиторий SWISS-MODEL (трехмерные модели структуры белков). , STRING (сети взаимодействия белков для системной биологии), SwissRegulon (полногеномные сети регуляции транскрипции), База данных эукариотических промоторов ( EPD ), SWISS-2DPAGE (база данных 2D гелей), WORLD-2DPAGE Repository (репозиторий 2D гелей), PROSITE (база данных белков) семейства и домены), MyHits (белковые последовательности и мотивы), Bgee (база данных для поиска и сравнения моделей экспрессии генов между видами животных), OpenFlu (база данных по вирусам гриппа человека и животных), ViralZone (портал для вирусных записей UniProtKB), GlycoSuiteDB ( база данных гликанов), SugarBindDB (база данных по связыванию сахаров патогенов), OrthoDB (иерархический каталог ортологов эукариот), miROrtho (каталог генов микроРНК животных), ImmunoDB (гены и семейства генов, связанные с иммунитетом насекомых) и Целлозавр (ресурс знаний о клеточных линиях).
Программные инструменты [ править ]
SIB разрабатывает и поставляет программное обеспечение для мирового исследовательского сообщества в области медико-биологических наук, такое как SWISS-MODEL (моделирование гомологии структуры белка), SwissDrugDesign (компьютерный дизайн лекарств), Melanie ( платформа для 2D-анализа геля ), MSight ( визуализация и анализ ЖХ-МС). программное обеспечение ), OMA (матрица ортологий), V-pipe (конвейер вирусной геномики), DeepView/Swiss-PdbViewer (визуализация, моделирование и анализ белков) и утилиты Newick (высокопроизводительная обработка филогенетического дерева).
Основные объекты [ править ]
SIB управляет несколькими основными центрами биоинформатики, которые предоставляют информационную и статистическую поддержку, а также услуги и консультации для ученых-биологов, что позволяет им проводить свои исследовательские проекты и анализировать полученные данные. Были созданы основные объекты для исследований в области геномики, транскриптомики и протеомики. SIB также поддерживает Vital-IT Центр высокопроизводительных вычислений , который предоставляет вычислительные ресурсы, поддержку в разработке и консультации швейцарскому сообществу медико-биологических наук как в академических кругах, так и в промышленности. Инфраструктура Vital-IT распределена по трем площадкам: Университет Лозанны , EPFL и Женевский университет . Вычислительные ресурсы и экспертные знания в области биоинформатики также предоставляются в Базеле благодаря sciCORE , Базельскому центру вычислительной биологии.
Образование и обучение [ править ]
Одним из приоритетов SIB является продвижение и координация образования в области биоинформатики. Члены SIB прямо или косвенно участвуют в ряде курсов по биоинформатике на всех уровнях образования – от средней школы до бакалавриата и магистратуры – а также в специализированной подготовке ученых-биологов. SIB также продвигает сеть подготовки докторов наук в области биоинформатики, которая открыта для аспирантов швейцарских высших учебных заведений. Цель этой сети двоякая:
- Предложить аспирантам в области биоинформатики набор передовых курсов, которые предоставляют как теоретические, так и практические знания, необходимые для работы над успешным исследовательским проектом доктора философии в области биоинформатики.
- Способствовать развитию сети аспирантов и способствовать обмену идеями, а также мобильности студентов между участвующими учреждениями.
Научно-популярная [ править ]
SIB также участвует в доведении биоинформатики до непрофессионалов. Понимание растущей важности этой относительно недавней науки в современном обществе становится фундаментальным. Действительно, в не столь отдаленном будущем пациенты будут ссылаться на результаты, непосредственно полученные методами биоинформатики. С 2000 года в целях повышения осведомленности общественности SIB принял участие в многочисленных научных ярмарках, создал два интернет-журнала, [8] [9] выставка под открытым небом, а в 2012 году — виртуальная выставка. [10]
См. также [ править ]
Примечания и ссылки [ править ]
- ^ Кризис финансирования SWISS-PROT 1996 года , на сайте базы данных Swiss-Prot. Последний доступ 15 октября 2007 г.
- ^ Байрох Амос (2000). «Интуиция в биоинформатике: невзгоды швейцарского биоинформатика в захватывающие времена!» . Биоинформатика . 16 (1): 48–64. дои : 10.1093/биоинформатика/16.1.48 . ПМИД 10812477 . Архивировано из оригинала 7 апреля 2005 г. — исторический отчет Байроха.
- ^ Федеральный закон об исследованиях (FG) / Loi fédérale sur la recherche (LR) от 7 октября 1983 г., SR/RS 420.1 ( Д · Ж · Я ) , искусство. 16 ( Д · Ж · Я ) , ал. 3б,в.
- ^ Управление. Архивировано 10 декабря 2010 года в Wayback Machine , на веб-сайте института.
- ^ «Объявление: профессор Рон Д. Аппель назначен новым директором Швейцарского института биоинформатики» , Proteomics , 7, 2007. стр. 4413.
- ↑ Кристоф Дессимо назначен совместным исполнительным директором, сменив Кристин Дюринкс , 24 января 2022 г.
- ↑ Рон Аппель, президент SIB, уходит в отставку , по состоянию на 27 ноября 2023 г.
- ^ Protein Spotlight , на сервере Expasy.
- ^ Prolune , на сервере Expasy.
- ^ Chromosome Walk , виртуальная выставка SIB.
