PHI-база
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | База данных взаимодействий патоген-хозяин |
| Типы данных захвачен | фенотипы микробных мутантов |
| Организмы | ~290 грибковых, бактериальных и простейших патогенов, имеющих агрономическое и медицинское значение, протестировано на ~240 хозяевах. |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Ротамстед Исследования |
| Первичное цитирование | ПМИД 34788826 |
| Дата выпуска | май 2005 г. |
| Доступ | |
| Формат данных | XML, ФАСТА |
| Веб-сайт | фибаза |
| Инструменты | |
| Интернет | Поиск по базе PHI ФИБ-ВЗРЫВ PHI-Canto (Курирование автора) |
| Разнообразный | |
| Лицензия | Международная лицензия Creative Commons Attribution-NoDerivatives 4.0 |
| Управление версиями | Да |
| Выпуск данных частота | 6 месяцев |
| Версия | 4,16 (ноябрь 2023 г.) |
| Политика курирования | Ручное курирование |
База данных взаимодействий патоген-хозяин ( PHI-база ) [1] представляет собой биологическую базу данных, содержащую вручную собранную информацию о генах, влияние которых экспериментально доказано на исход взаимодействия патоген-хозяин . База данных поддерживается исследователями Rothamsted Research и внешними сотрудниками с 2005 года. [2] [3] [4] [5] База PHI является частью британского узла ELIXIR , европейской научно-биологической инфраструктуры биологической информации, с 2016 года. [1]
Предыстория [ править ]
База данных «Взаимодействие патоген - хозяин » была разработана для использования растущего числа проверенных генов, которые опосредуют способность организма вызывать заболевание и/или запускать реакции хозяина. [6]
В доступной через Интернет базе данных каталогизированы экспериментально подтвержденные патогенность, вирулентность и эффекторные гены бактериальных, грибковых и оомицетовых патогенов, которые заражают животных, растения и грибы-хозяева. PHI-база стала первым онлайн-ресурсом, посвященным выявлению и представлению информации о генах патогенности грибов и оомицетов и их взаимодействии с хозяином. PHI-base — это ресурс для обнаружения потенциальных мишеней в медицински и агрономически важных грибковых и оомицетовых патогенах для воздействия с помощью синтетических химикатов и натуральных продуктов ( фунгицидов ). [7] [8]
Каждая запись в базе PHI курируется экспертами в предметной области и подтверждается убедительными экспериментальными данными (эксперименты по разрушению генов), а также ссылками на литературу, в которой описаны эксперименты. Каждый ген в PHI-основании представлен с его нуклеотидной и выведенной аминокислотной последовательностью, а также с подробным структурированным описанием предсказанной функции белка в процессе заражения хозяина. Чтобы облегчить взаимодействие данных, гены аннотируются с использованием контролируемых словарей ( генной онтологии термины , номера EC и т. д.) и ссылок на другие внешние источники данных, такие как UniProt , EMBL и службы таксономии NCBI .
Текущие события [ править ]
Версия 4.17 (май 2024 г.) PHI-базы [1] предоставляет информацию о 9973 генах 296 патогенов и 249 хозяев и их влиянии на 22408 взаимодействий, а также информацию об эффективности примерно 20 лекарств и целевых последовательностях в патогене. База PHI в настоящее время фокусируется на патогенных организмах растений и человека, включая грибы, оомицеты и бактерии. Все содержимое базы данных можно загрузить в формате с разделителями табуляцией. С момента запуска версии 4 в базе PHI также доступен поиск с помощью инструмента поиска PHIB-BLAST, который использует алгоритм BLAST для сравнения последовательности пользователя с последовательностями, доступными из базы PHI. [9]
В 2016 году растительная часть базы PHI была использована для создания инструмента семантического поиска по базе PHI. [10]
База PHI согласована с Ensembl Genomes с 2011 года, FungiDB с 2016 года и Global Biotic Interactions (GloBI) с 2018 года. [11] Все новые версии базы PHI интегрируются этими независимыми базами данных.
PHI-база — это ресурс для многих приложений, включая:
› Открытие консервативных генов у патогенов, важных с медицинской и агрономической точки зрения, которые могут стать потенциальными мишенями для химического вмешательства
› Сравнительный анализ генома
› Аннотации недавно секвенированных геномов патогенов
› Функциональная интерпретация секвенирования РНК и экспериментов на микрочипах
› Быстрая перекрестная проверка фенотипических различий между патогенными видами при написании статей для рецензирования
Использование базы PHI упоминалось в более чем 500 рецензируемых статьях. [1]
С 2015 года веб-сайт связан с онлайн-инструментом для курирования литературы под названием PHI-Canto , который позволяет сообществу курировать литературу по различным патогенным видам. [12] PHI-Canto использует структуру курирования сообщества, которая не только предлагает инструмент курирования, но также включает онтологию фенотипов и контролируемые словари с использованием унифицированных языков и правил, используемых в биологических экспериментах. Центральной концепцией этой структуры является введение «метагенотипа», который позволяет аннотировать и присваивать фенотипы конкретным взаимодействиям мутанта-хозяина патогена. PHI-Canto расширяет инструмент курирования отдельных видов, разработанный для PomBase. [13] ( https://www.pombase.org ), база данных модельных организмов для делящихся дрожжей.
Финансирование [ править ]
База PHI — это национальный потенциал, финансируемый Исследовательским советом по биотехнологиям и биологическим наукам (BBSRC), исследовательским советом Великобритании. [6]
Ссылки [ править ]
- ^ Jump up to: Перейти обратно: а б с д Урбан, Мартин; Кузик, Алейн; Сигер, Джеймс; Вуд, Валери; Резерфорд, Ким; Венкатеш, Шилпа Ягвакоте; Саху, Джашобанта; Айер, С. Виджайлакшми; Кхамари, Локанатх; Де Сильва, Нишади; Мартинес, Мануэль Карбахо; Педро, Хелдер; Йейтс, Эндрю Д.; Хаммонд-Козак, Ким Э. (07 января 2022 г.). «База PHI в 2022 году: база данных многовидовых фенотипов для взаимодействия патоген-хозяин» . Исследования нуклеиновых кислот . 50 (Д1): Д837–Д847. дои : 10.1093/nar/gkab1037 . ISSN 1362-4962 . ПМЦ 8728202 . ПМИД 34788826 .
- ^ Винненбург, Р.; Болдуин, ТК; Урбан, М.; Роулингс, К.; Келер, Дж.; Хаммонд-Козак, Кентукки (2014). «PHI-база: новая база данных по взаимодействию патогена с хозяином» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (Проблема с базой данных): D459-464. дои : 10.1093/nar/gkj047 . ПМК 1347410 . ПМИД 16381911 .
- ^ Болдуин, ТК; Винненбург, Р.; Урбан, М.; Роулингс, К.; Келер, Дж.; Хаммонд-Козак, Кентукки (2006). «База данных о взаимодействии патоген-хозяин (база PHI) дает представление об общих и новых темах патогенности» . Молекулярные растительно-микробные взаимодействия . 19 (12): 1451–1462. дои : 10.1094/mpmi-19-1451 . ПМИД 17153929 .
- ^ Винненбург, Р.; Урбан, М.; Бичем, А.; Болдуин, ТК; Холланд, С.; Линдеберг, М.; Хансен, Х.; Роулингс, К.; Хаммонд-Козак, Кентукки; Кёлер, Дж. (2008). «Обновление базы PHI: дополнения к базе данных о взаимодействии патогенов с хозяином» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (Проблема с базой данных): D572-576. дои : 10.1093/nar/gkm858 . ПМК 2238852 . ПМИД 17942425 .
- ^ Урбан, М.; Пант, Р.; Рагхунатх, А.; Ирвайн, AG; Педро, Х.; Хаммонд-Козак, Кентукки (2015). «База данных взаимодействий патоген-хозяин (база PHI): дополнения и будущие разработки» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Проблема с базой данных): D645–D655. дои : 10.1093/nar/gku1165 . ПМЦ 4383963 . ПМИД 25414340 .
- ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Урбан, М; Кузик, А; Сигер, Дж; Вуд, В; Резерфорд, К; Венкатеш, Ю.Ю.; Де Сильва, Н.; Мартинес, MC; Педро, Х; Йейтс, AD; Хасани-Пак, К; Хаммонд-Козак, Кентукки (8 января 2020 г.). «PHI-база: база данных взаимодействий патоген-хозяин» . Исследования нуклеиновых кислот . 48 (Д1): Д613–Д620. дои : 10.1093/nar/gkz904 . ПМЦ 7145647 . ПМИД 31733065 .
- ^ Браун, Северная Каролина; Урбан, М.; Хаммонд-Козак, Кентукки (2016). «Транскоролевская идентификация негативных регуляторов гипервирулентности возбудителя» . FEMS Микробиол Ред . 40 (1): 19–40. дои : 10.1093/femsre/fuv042 . ПМК 4703069 . ПМИД 26468211 .
- ^ Урбан, М.; Ирвайн, AG; Рагхунатх, А.; Кузик, А.; Хаммонд-Козак, Кентукки (2015). «Использование базы данных взаимодействий патоген-хозяин (база PHI) для исследования геномов патогенов растений и генов, участвующих в вирулентности» . Фронт Завод Науч . 6 : 605. doi : 10.3389/fpls.2015.00605 . ПМЦ 4526803 . ПМИД 26300902 .
- ^ Урбан, М.; Кузик, А.; Резерфорд, К.; Ирвайн, AG; Педро, Х.; Пант, Р.; Саданадан, В.; Хамари, Л.; Биллал, С.; Моханти, С.; Хаммонд-Козак, К. (2017). «PHI-база: новый интерфейс и дальнейшие дополнения для базы данных о взаимодействии многовидовых патогенов с хозяином» . Нуклеиновые кислоты Рез . 45 (Д1): Д604–Д610. дои : 10.1093/nar/gkw1089 . ПМК 5210566 . ПМИД 27915230 .
- ^ Родригес-Иглесиас, А.; Родригес-Гонсалес, А.; Ирвайн, AG; Сесма, А.; Урбан, М.; Хаммонд-Козак, Кентукки; Уилкинсон, доктор медицины (2016). «Публикация данных FAIR: образцовая методология с использованием базы PHI» . Фронт Завод Науч . 7 : 641. doi : 10.3389/fpls.2016.00641 . ПМЦ 4922217 . ПМИД 27433158 .
- ^ Басенко Эвелина Юрьевна; Пулман, Джейн А.; Шанмугасундрам, Аччутан; Харб, Омар С.; Крауч, Кэтрин; Старнс, Дэвид; Уорренфельц, Сюзанна; Ауррекоэчеа, Кристина; Стокерт, Кристиан Дж.; Киссинджер, Джессика С.; Роос, Дэвид С.; Герц-Фаулер, Кристиана (20 марта 2018 г.). «FungiDB: интегрированный биоинформационный ресурс по грибам и оомицетам» . Журнал грибов . 4 (1): 39. дои : 10.3390/jof4010039 . ISSN 2309-608X . ПМЦ 5872342 . ПМИД 30152809 .
- ^ Кузик, Алейн; Сигер, Джеймс; Вуд, Валери; Урбан, Мартин; Резерфорд, Ким; Хаммонд-Козак, Ким Э (4 июля 2023 г.). «Система курирования сообществом литературы о межвидовых взаимодействиях» . электронная жизнь . 12 . дои : 10.7554/elife.84658 . ISSN 2050-084X . ПМЦ 10319440 . ПМИД 37401199 .
- ^ Резерфорд, К.М., Лера-Рамирес, М. и Вуд, В. PomBase: глобальный основной ресурс биоданных - рост, сотрудничество и устойчивость. Генетика (2024), PMID 38376816
