Список биологических баз данных
Биологические базы данных — это хранилища биологической информации. [1] Журнал Nucleic Acids Research регулярно публикует специальные выпуски по биологическим базам данных и имеет список таких баз данных. В выпуске 2018 года есть список около 180 таких баз данных и обновления ранее описанных баз данных. [2] Индекс Omics Discovery Index можно использовать для просмотра и поиска в нескольких биологических базах данных. Кроме того, портал обнаружения экосистемы данных NIAID , разработанный Национальным институтом аллергии и инфекционных заболеваний (NIAID), позволяет осуществлять поиск по базам данных.
Метабазы данных [ править ]
Метабазы данных — это базы данных, которые собирают данные о данных для создания новых данных. Они способны объединять информацию из разных источников и делать ее доступной в новой и более удобной форме или с акцентом на конкретное заболевание или организм. обработка данных. Слово метаданные является дополнением к словарю. Первоначально метаданные были всего лишь общим термином, относящимся просто к данным о данных, таким как теги, ключевые слова и заголовки разметки.
- ConsensusPathDB : база данных молекулярных функциональных взаимодействий, объединяющая информацию из 12 других источников.
- Энтрез ( Национальный центр биотехнологической информации )
- Информационная система нейробиологии ( Калифорнийский университет, Сан-Диего ): объединяет сотни ресурсов, связанных с нейробиологией; многие из них перечислены ниже
организмов модельных Базы данных
Базы данных модельных организмов предоставляют подробные биологические данные об интенсивно изучаемых организмах.
- PomBase : база знаний о делящихся дрожжах Schizosaccharomyces pombe. [3]
- Subti Wiki: интегрированная база данных модельной бактерии Bacillus subtilis. [4]
- TAIR : база знаний о растении Arabidopsis thaliana. [5]
нуклеиновых Базы данных кислот
Базы данных ДНК [ править ]
Первичные базы данных составляют Международную базу данных нуклеотидных последовательностей (INSD). Включает:
- Банк данных ДНК Японии ( Национальный институт генетики )
- EMBL ( Европейский институт биоинформатики )
- GenBank ( Национальный центр биотехнологической информации )
DDBJ (Япония), GenBank (США) и Европейский архив нуклеотидов (Европа) являются хранилищами данных о нуклеотидных последовательностях всех организмов . Все три принимают представленные нуклеотидные последовательности, а затем ежедневно обмениваются новыми и обновляемыми данными для достижения оптимальной синхронизации между ними. Эти три базы данных являются первичными, поскольку в них хранятся исходные данные о последовательностях. Они сотрудничают с Sequence Read Archive (SRA), который архивирует необработанные чтения с высокопроизводительных инструментов секвенирования.
Вторичные базы данных: [ нужны разъяснения ]
- 23andMe База данных
- HapКарта
- OMIM (онлайн-менделевское наследование у человека): наследственные заболевания
- RefSeq
- Проект «1000 геномов» : запущен в январе 2008 года. Геномы более тысячи анонимных участников из различных этнических групп были проанализированы и обнародованы.
- База данных EggNOG: иерархический, функционально и филогенетически аннотированный ортологический ресурс, основанный на 5090 организмах и 2502 вирусах. Он обеспечивает множественное выравнивание последовательностей и деревья максимального правдоподобия, а также широкую функциональную аннотацию. [6] [7]
Другие базы данных
генов экспрессии Базы данных
Общие базы данных экспрессии генов
Базы данных экспрессии генов микрочипов
Геномные базы данных [ править ]
Эти базы данных собирают последовательности генома , аннотируют и анализируют их, а также предоставляют публичный доступ. Некоторые добавляют курирование экспериментальной литературы для улучшения компьютерных аннотаций. Эти базы данных могут содержать геномы многих видов или геном одного модельного организма .
- МассивЭкспресс: [8] архив данных функциональной геномики; хранит данные высокопроизводительных экспериментов по функциональной геномике от EMBL
- Биоинформатический комбайн
- База данных генов рака шейки матки
- Ensembl человека, мыши, других позвоночных и эукариот. : предоставляет автоматические базы данных аннотаций для геномов
- Ensembl Genomes : предоставляет данные в масштабе генома бактерий, протистов, грибов, растений и многоклеточных беспозвоночных через унифицированный набор интерактивных и программных интерфейсов (с использованием программной платформы Ensembl).
- FlyBase : геном модельного организма Drosophila melanogaster
- База данных генных заболеваний
- Омнибус экспрессии генов (GEO [9] ): общедоступное хранилище данных функциональной геномики Национального института рака США (NCI), которое поддерживает данные на основе массивов и последовательностей. Предоставляются инструменты для запроса и загрузки профилей экспрессии генов.
- Атлас белков человека (HPA [10] ): общедоступная база данных с профилями экспрессии генов, кодирующих белки человека, как на мРНК, так и на уровне белка в тканях, клетках, субклеточных компартментах и раковых опухолях.
- Информационная система бобовых (LIS): геномная база данных семейства бобовых. [11]
- Проект «Персональный геном» : геномы человека 100 000 добровольцев со всего мира.
- RGD ( база данных генома крыс ): данные генома и фенотипа Rattus norvegicus.
- База данных геномов сахаромицетов : [12] геном дрожжей модельного организма
- СНПедия
- База данных SoyBase [13] (SoyBase): База данных генетики и генома сои Министерства сельского хозяйства США ( соя )
- Браузер генома малярии UCSC : геном видов, вызывающих малярию ( Plasmodium falciparum и другие).
- Wormbase : геном модельного организма Caenorhabditis elegans и WormBase ParaSite для паразитических видов.
- Xenbase : геном модельных организмов Xenopus тропический и Xenopus laevis.
- Информационная сеть рыб данио : геном этого рыбы . модельного организма
Базы данных фенотипов [ править ]
- PHI-база : база данных взаимодействия патоген-хозяин. Он связывает генную информацию с фенотипической информацией о микробных патогенах на их хозяевах. Информация собирается вручную из рецензируемой литературы.
- RGD База данных генома крыс : данные генома и фенотипа Rattus norvegicus.
- База данных PomBase : вручную подобранные фенотипические данные дрожжей Schizosaccharomyces pombe.
РНК Базы данных [ править ]
- miRBase : микроРНК база данных
- PolymiRTS : база данных вариаций ДНК в предполагаемых целевых сайтах микроРНК.
- PolyQ : база данных полиглутаминовых повторов в белках, связанных и не связанных с болезнями.
- Rfam : база данных семейств РНК.
- IRESbase : Полная база данных экспериментально подтвержденных внутренних сайтов входа в рибосомы . [14]
Базы данных аминокислот/белков [ править ]
(См. также: Список белков в организме человека )
Было разработано несколько общедоступных хранилищ данных и ресурсов для поддержки и управления информацией, связанной с белками , открытия биологических знаний и генерации гипотез на основе данных. [15] Базы данных в таблице ниже выбраны из баз данных, перечисленных в проблемах баз данных исследований нуклеиновых кислот (NAR) и коллекции баз данных, а также баз данных, на которые имеются перекрестные ссылки в UniProt KB. Большинство этих баз данных имеют перекрестные ссылки с UniProt / UniProt KB, поэтому идентификаторы можно сопоставить друг с другом. [15]
Белки у человека:
В стандартном геноме человека имеется около 20 000 генов, кодирующих белки. (Примерно около 1200 статей в Википедии уже есть о них — Gene Wiki ). Если мы включим варианты сплайсинга, то может существовать до 500 000 уникальных человеческих белков. [16]
Различные типы баз данных белков [ править ]
![]() | Этот раздел нуждается в расширении . Вы можете помочь, добавив к нему . ( январь 2015 г. ) |
Имя БД | сайт БД | Поставщик | Источники данных | Источники доходов/спонсоров | Интегрирует | Вики-статья | Описание | Размер | Тип БД | Активно поддерживается |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ИнтерПро | http://www.ebi.ac.uk/interpro/ | ЭЛИКСИР инфраструктура | Европейский институт биоинформатики | EMBL , Приветственный фонд, BBSRC | CATH-Gene3D, CDD, HAMAP, MobiDB, PANTHER, Pfam, SMART, SUPERFAMILY, SFLD, TIGRFAMs, | ИнтерПро | классифицирует белки по семействам и предсказывает наличие доменов и сайтов. | белковых последовательностей Базы данных | Да | |
СледующийПрот | https://www.nextprot.org/ | КАЛИФО (группа в SIB) | Швейцарский институт биоинформатики | https://www.sib.swiss/about/funding-sources | UniProt , Cellosaurus, Gnomad, IntAct, Атлас SRAA, Uniprot - GOA, BGEE, COSMIC, MassIVE, Пептидный атлас | neXtProt | ресурс знаний о человеческом белке | белковых последовательностей Базы данных | Да | |
Вики Пи | http://severus.dbmi.pitt.edu/wiki-pi/ | Мадхави К. Ганапатираджу | В настоящее время Wiki-Pi содержит 48 419 уникальных взаимодействий между 10 492 белками. Однако неясно, уникальные ли это белки[13]. | База данных белковых взаимодействий | ?? | |||||
Справочная база данных по белкам человека | Институт биоинформатики (IOB), Бангалор , Индия | Справочная база данных по белкам человека | Один источник утверждает 15000. [17] белки. Но неясно, сколько из них уникальны. | |||||||
Институт Сэнгера | Пфам | база данных выравниваний и HMM семейств белков | белковых последовательностей Базы данных | |||||||
Протеинпедия человека | Институт биоинформатики (IOB), Бангалор и Университет Джонса Хопкинса , | Протеинпедия человека | Протеинпедия человека основана на HPRD (Справочная база данных человеческих белков), которая представляет собой хранилище, содержащее более 30 000 человеческих белков. Однако неясно, сколько из них являются уникальными белками. | |||||||
Атлас человеческого белка | Правительство Швеции | Атлас человеческого белка | Он содержит около 10 миллионов изображений ИГХ чуть менее 25 000 антител. Но опять же непонятно, сколько из них уникальных | |||||||
Манчестерский университет | ПРИНТЫ | сборник белковых отпечатков пальцев | белковых последовательностей Базы данных | |||||||
PROSITE | база данных белковых семейств и доменов | белковых последовательностей Базы данных | ||||||||
Медицинский центр Джорджтаунского университета [GUMC] | Информационный ресурс о белках | белковых последовательностей Базы данных | ||||||||
НАДСЕМЬЯ | библиотека HMM, представляющих суперсемейства, и база данных аннотаций (суперсемейств и семейств) для всех полностью секвенированных организмов | белковых последовательностей Базы данных | ||||||||
Швейцарский институт биоинформатики | Свисс-Прот | база знаний по белкам | белковых последовательностей Базы данных | |||||||
NCBI | последовательность белков и база знаний (Национальный центр биотехнологической информации) | белковых последовательностей Базы данных | ||||||||
Банк данных белков в Европе (PDBe), [18] Банк данных ProteinDatabank в Японии (PDBj), [19] Исследовательский коллектив структурной биоинформатики (RCSB) [20] | Банк данных по белкам | (ПДБ) | структуры белков Базы данных | |||||||
Структурная классификация белков (SCOP) | структуры белков Базы данных | |||||||||
классификации структуры белков База данных | КЭТ : | структуры белков Базы данных | ||||||||
Сали Лаборатория, Калифорнийский университет в Сан-Франциско | МодБаза | база данных сравнительных моделей структуры белков | белковых моделей Базы данных | |||||||
Матрица сходства белков | СИМАП | база данных сходства белков, рассчитанная с использованием FASTA | белковых моделей Базы данных | |||||||
Швейцарская модель | сервер и хранилище моделей структуры белков | белковых моделей Базы данных | ||||||||
ААиндекс | база данных аминокислотных индексов, матриц аминокислотных мутаций и парных контактных потенциалов | белковых моделей Базы данных | ||||||||
Исследовательский институт Сэмюэля Луненфельда | БиоГРИД | общий репозиторий для наборов данных взаимодействия | Белко-белковые и другие молекулярные взаимодействия | |||||||
База данных РНК-связывающих белков | Белко-белковые и другие молекулярные взаимодействия | |||||||||
унив. Калифорнии | База данных взаимодействующих белков | Белко-белковые и другие молекулярные взаимодействия | ||||||||
( ЭМБЛ-ЭБИ ) | Нетронутый : [21] | база данных с открытым исходным кодом для молекулярных взаимодействий | Белко-белковые и другие молекулярные взаимодействия | |||||||
Нить | база данных молекулярных взаимодействий с открытым исходным кодом для изучения взаимодействий между белками | Белко-белковые и другие молекулярные взаимодействия | ||||||||
Атлас человеческого белка | Целью является картирование всех белков человека в клетках, тканях и органах. | экспрессии белков Базы данных | ||||||||
БелокМодельПортал | Портал белковых моделей базы знаний структурной биологии PSI-Nature | ?? | ?? | Базы данных белков трехмерной структуры | ||||||
СМР | База данных аннотированных трехмерных моделей структуры белков | Базельский университет | Швейцарское правительство | Базы данных белков трехмерной структуры | ||||||
ДисПрот | База данных белковых расстройств | ЭЛИКСИР инфраструктура | Медицинский факультет Университета Индианы , Университет Темпл , Университет Падуи | финансирование из программы Horizon 2020 Европейского Союза | Swiss Prot/Uni Prot, CATH, Pfam, Europe PMC, BITEM, ECO, Генеонтология | ДисПрот | база данных экспериментальных доказательств нарушения белков | Базы данных белков 3D-структуры, последовательностей белков Базы данных | ||
МобиДБ | База данных внутренне неупорядоченных и мобильных белков | Джон Моулт, Кристин Оренго, Предраг Радивояк | Университет Падуи | Правительство Италии | МобиДБ | база данных аннотаций внутренних белковых нарушений | Базы данных белков 3D-структуры, последовательностей белков Базы данных | |||
МодБаза | База данных сравнительных моделей структуры белков | Урсула Пипер, Бен Уэбб, Нарайанан Эсвар, Андрей Сали, Роберто Санчес | Калифорнийский университет в Сан-Франциско, Сали Лаборатория | Базы данных белков трехмерной структуры | ||||||
PDBсумма | Иллюстрированная база данных 3D-структур в банке данных белков | Европейский институт биоинформатики 2013 г. | Велком Траст | Базы данных белков трехмерной структуры | ||||||
CCDS | База данных набора белков Consensus CDS | NCBI | ?? | Базы данных последовательностей | ||||||
ДДБЖ | Банк данных ДНК Японии | ?? | ?? | Базы данных последовательностей | ||||||
Вот этот | Европейский архив нуклеотидов | ?? | ?? | Базы данных последовательностей | ||||||
ГенБанк | База данных нуклеотидных последовательностей GenBank | ?? | ?? | Базы данных последовательностей | ||||||
Refseq | База данных эталонных последовательностей NCBI | ?? | ?? | Базы данных последовательностей | ||||||
ЮниДжин | База данных компьютерной идентификации транскриптов из одного и того же локуса | ?? | ?? | Базы данных последовательностей | ||||||
УниПротКБ | Универсальный ресурс белка (UniProt) | ?? | ?? | Базы данных последовательностей | ||||||
Швейцарский прот/Университетский прот | https://www.sib.swiss/swiss-prot и https://www.uniprot.org/ | SIB Швейцарский институт биоинформатики | Европейский институт биоинформатики (EMBL-EBI) | Swiss-Prot собрала более 81 000 вариантов примерно 13 000 записей последовательностей белков человека из рецензируемой литературы. Неясно, сколько уникальных типов белков присутствует в базе данных. |
путей передачи сигналов Базы данных
- База данных взаимодействия NCI-Nature Pathway
- Netpath : кураторский ресурс о путях передачи сигнала у человека.
- Реактом : навигационная карта биологических путей человека, начиная от метаболических процессов и заканчивая гормональной передачей сигналов ( Институт Онтарио по исследованию рака , Европейский институт биоинформатики , Медицинский центр Нью-Йоркского университета в Лангоне , Лаборатория Колд-Спринг-Харбор )
- WikiPathways
путей и функций метаболических Базы данных белков
- Коллекция баз данных BioCyc : включает EcoCyc и MetaCyc.
- БРЕНДА : комплексная информационная система по ферментам, включая ФРЕНДА, АМЕНДА, ДРЕНДА и КЕНДА.
- HMDB : содержит подробную информацию о низкомолекулярных метаболитах, обнаруженных в организме человека.
- База данных KEGG PATHWAY ( Университет Киото )
- База данных MANET ( Университет Иллинойса )
- Реактом : навигационная карта биологических путей человека, начиная от метаболических процессов и заканчивая гормональной передачей сигналов ( Институт Онтарио по исследованию рака , Европейский институт биоинформатики , Медицинский центр Нью-Йоркского университета в Лангоне , Лаборатория Колд-Спринг-Харбор )
- САБИО-РК : база данных биохимических реакций и их кинетических свойств.
- WikiPathways
Таксономические данных базы
Многочисленные базы данных собирают информацию о видах и других таксономических категориях. «Каталог жизни» представляет собой особый случай, поскольку представляет собой базу метаданных, содержащую около 150 специализированных «глобальных баз данных видов» (GSD), в которых собраны названия и другая информация о (почти) всех описанных и, следовательно, «известных» видах.
- BacDive : база метаданных по бактериям, которая предоставляет связанную со штаммами информацию о биоразнообразии бактерий и архей, включая информацию о таксономии.
- Каталог жизни : метабаза данных всех видов на Земле.
- EzTaxon-e : база данных для идентификации прокариот на основе последовательностей гена 16S рибосомальной РНК.
- Таксономия NCBI: таксономическая база данных, управляемая NCBI и концентрирующая внимание на всех таксонах, для которых доступны последовательности ДНК (эти последовательности хранятся в GenBank , еще одной базе данных, управляемой NCBI).
Базы данных изображений [ править ]
Изображения играют решающую роль в биомедицине: от изображений антропологических образцов до зоологии . Однако существует относительно немного баз данных, посвященных сбору изображений, хотя некоторые проекты, такие как iNaturalist, собирают фотографии как основную часть своих данных. Особым случаем «изображений» являются трехмерные изображения, такие как белковые структуры или 3D-реконструкции анатомических структур. Базы данных изображений включают, среди прочего: [22]
- Аллен Атлас мозга
- Цифровой мозговой банк [23]
- Публичный архив изображений электронной микроскопии (EMPIAR) [24]
- Ресурс данных изображения [22]
- Морфобанк
- Морфоисточник
Радиологические базы данных [ править ]
Дополнительные базы данных [ править ]
Экзосомальные базы данных [ править ]
- ЭкзоКарта
- Атлас внеклеточных РНК: хранилище малых профилей exRNA, полученных в результате секвенирования РНК и кПЦР из биологических жидкостей человека и мыши.
Базы данных математических моделей [ править ]
- База данных биомоделей : опубликованные математические модели, описывающие биологические процессы.
Радиологические базы данных [ править ]
о показателях устойчивости к противомикробным препаратам потреблении антибиотиков и данных Базы
о устойчивости к противомикробным механизмах препаратам данных Базы
- AMRFinderPlus
- База данных противомикробных препаратов (AMDD)
- ARDB (больше не поддерживается)
- АРГмайнер
- БакМет
- База данных бета-лактамаз (LEAF)
- КБМАР
- Комплексная база данных по устойчивости к антибиотикам
- ФЕРМЫ
- ИНТЕГРАЛЛ
- КружевоED
- МЕГАРЫ
- МУБИИ-ТБ-БД
- База данных горчицы
- МвирДБ
- ПатоФеноДБ
- База данных ПАТРИК
- RAC: Хранилище кассет устойчивости к антибиотикам
- ResFinder
- TBDReaMDB
- u-CARE
- ВФДБ
Базы данных в стиле Wiki [ править ]
Специализированные базы данных [ править ]
- Штрих-код Life Data Systems : база данных штрих-кодов ДНК
- База данных бактериальных пестицидных белков [25] [26]
- Атлас генома рака (TCGA): предоставляет данные из сотен образцов рака, полученных с использованием высокопроизводительных методов, таких как профилирование экспрессии генов, профилирование вариаций числа копий, генотипирование SNP, профилирование метилирования ДНК по всему геному, профилирование микроРНК и секвенирование экзонов. минимум 1200 генов
- Целлозавр : ресурс знаний о клеточных линиях
- CTD ( База данных сравнительной токсикогеномики ): описывает взаимодействие химических веществ, генов и заболеваний.
- DiProDB : база данных для сбора и анализа термодинамических, структурных и других свойств динуклеотидов.
- Атлас ведения домашнего хозяйства и справочных стенограмм (Атлас HRT) [27] веб-инструмент для поиска специфичных для клеток эталонных генов/транскриптов-кандидатов, подходящих для нормализации эксперимента qPCR. HRT Atlas также описывает полный список генов и транскриптов домашнего хозяйства человека и мыши.
- Дриада : хранилище данных, лежащих в основе научных публикаций в области фундаментальных и прикладных биологических наук.
- Эдинбургский атлас мышей
- База данных эукариотических промоторов EPD
- FINDbase (база данных частоты наследственных заболеваний)
- GigaDB : хранилище крупномасштабных наборов данных, лежащих в основе научных публикаций в области биологических и биомедицинских исследований.
- HGNC (Комитет по генной номенклатуре HUGO): ресурс для утвержденной номенклатуры генов человека.
- Международный консорциум эпигенома человека : [28] объединяет эпигеномные справочные данные известных национальных инициатив, таких как канадский CEEEHRC, [29] Европейский проект, [30] Европейский геном-феномный архив (EGA [31] ), US ENCODE NIH и дорожная карта , German DEEP, [32] Японский КРЕСТ, [33] Корейский KNIH, Сингапурская GIS и китайская EpiHK [34]
- MethBase : база данных данных метилирования ДНК , визуализируемых в браузере генома UCSC.
- Minimotif Miner : база данных коротких смежных функциональных пептидных мотивов.
- Онкогеномные базы данных : сборник баз данных, которые служат для исследований рака.
- PubMed : ссылки и рефераты по наукам о жизни и биомедицинским темам.
- Интегрированная база данных млекопитающих RIKEN
- Цели TDR : база данных хемогеномики, посвященная открытию лекарств от тропических болезней.
- TRANSFAC : база данных об эукариотических факторах транскрипции, их геномных сайтах связывания и профилях связывания ДНК.
- JASPAR : база данных вручную созданных неизбыточных профилей связывания факторов транскрипции.
- MetOSite : база данных о сайтах сульфоксидирования метионина и его функциональной роли в белках. [35]
- Проект затрат и использования здравоохранения (HCUP) — это крупнейший сборник данных о больничной помощи в США. Он включает в себя сотни миллионов записей о стационарных, амбулаторных и неотложных заболеваниях.
- LEXAS собирает описания биологических экспериментов из статей PMC.
- База данных метаболома крупного рогатого скота — это бесплатная веб-база данных, в которой перечислены известные крупного рогатого скота. метаболиты
Ссылки [ править ]
- ^ Рен Дж.Д., Бейтман А. (октябрь 2008 г.). «Базы данных, могилы данных и пыль на ветру» . Биоинформатика . 24 (19): 2127–8. doi : 10.1093/биоинформатика/btn464 . ПМИД 18819940 .
- ^ «Том 46, выпуск D1 | Исследования нуклеиновых кислот | Oxford Academic» . Academic.oup.com . Проверено 4 сентября 2018 г.
- ^ Лок А., Резерфорд К., Харрис М.А., Хейлс Дж., Оливер С.Г., Бэлер Дж., Вуд В. (январь 2019 г.). «PomBase 2018: управляемая пользователем повторная реализация базы данных делящихся дрожжей обеспечивает быстрый и интуитивно понятный доступ к разнообразной взаимосвязанной информации» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (Д1): Д821–Д827. дои : 10.1093/nar/gky961 . ПМК 6324063 . ПМИД 30321395 .
- ^ Чжу Б., Штюльке Дж. (январь 2018 г.). «SubtiWiki в 2018 году: от генов и белков к функциональной сетевой аннотации модельного организма Bacillus subtilis» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (Д1): Д743–Д748. дои : 10.1093/нар/gkx908 . ПМЦ 5753275 . ПМИД 29788229 .
- ^ Маргарита Гарсия-Эрнандес; Таня Берардини; Гуанхун Чен; Дебби Крист; Эшлинг Дойл; Ева Хуала; Эмма Ни; Марк Ламбрехт; Нил Миллер; Лукас А. Мюллер; Супарна Мундоди; Леонора Райзер; Сын Ю. Ри; Рэнди Шолл; Джули Таклинд; Дэн К. Уимс; Йихе Ву; Ирис Сюй; Дэниел Ю; Чонвон Юн; Пейфэнь Чжан (ноябрь 2002 г.). «ТАИР: ресурс интегрированных данных об арабидопсисе». Функциональная и интегративная геномика . 2 (6): 239–253. дои : 10.1007/s10142-002-0077-z . ПМИД 12444417 . S2CID 7827488 .
- ^ Пауэлл С., Форслунд К., Шкларчик Д., Трачана К., Рот А., Уэрта-Сепас Дж. и др. (январь 2014 г.). «eggNOG v4.0: вывод вложенной ортологии для 3686 организмов» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Проблема с базой данных): D231-9. дои : 10.1093/нар/gkt1253 . ПМЦ 3964997 . ПМИД 24297252 .
- ^ Уэрта-Сепас Дж., Шклярчик Д., Хеллер Д., Эрнандес-Плаза А., Форслунд С.К., Кук Х. и др. (январь 2019 г.). «eggNOG 5.0: иерархический, функционально и филогенетически аннотированный ортологический ресурс, основанный на 5090 организмах и 2502 вирусах» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (Д1): Д309–Д314. дои : 10.1093/nar/gky1085 . ПМК 6324079 . ПМИД 30418610 .
- ^ МассивЭкспресс
- ^ ГЕО
- ^ «Атлас белков человека» . www.proteinatlas.org . Проверено 27 мая 2019 г.
- ^ Дэш С., Кэмпбелл Дж.Д., Кэннон Э.К., Клири А.М., Хуанг В., Калберер С.Р. и др. (январь 2016 г.). «Информационная система по бобовым (LegumeInfo.org): ключевой компонент набора объединенных ресурсов данных для семейства бобовых» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Д1): Д1181-8. дои : 10.1093/nar/gkv1159 . ПМЦ 4702835 . ПМИД 26546515 .
- ^ «База данных геномов сахаромицетов | SGD» . www.yeastgenome.org . Проверено 4 сентября 2018 г.
- ^ Грант Д., Нельсон Р.Т., Кэннон С.Б., Шумейкер Р.С. (январь 2010 г.). «SoyBase, база данных генетики и геномики сои Министерства сельского хозяйства США-ARS» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Проблема с базой данных): D843-6. дои : 10.1093/nar/gkp798 . ПМЦ 2808871 . ПМИД 20008513 .
- ^ «ИРЭСбаза» .
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Чен С., Хуан Х., Ву Ч. (2017). «Базы данных и ресурсы по белковой биоинформатике». В Ву CH, Ариги CN, Росс К.Е. (ред.). Белковая биоинформатика . Методы молекулярной биологии. Том. 1558. Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: Спрингер Нью-Йорк. стр. 3–39. дои : 10.1007/978-1-4939-6783-4_1 . ISBN 978-1-4939-6781-0 . ПМК 5506686 . ПМИД 28150231 .
- ^ Карнковская, Анна; Трейтли, Себастьян К.; Брзонь, Ондржей; Новак, Лукаш; Вацек, Войтех; Соукал, Питер; Барлоу, Лаэль Д.; Герман, Эмили К.; Пипалия, Света В.; Панек, Томас; Жихала, Дэвид; Петржелкова, Романа; Бутенко, Анжелика; Эме, Лаура; Лестница, Кортни В.; Роджер, Эндрю Дж.; Элиас, Марк; Дакс, Джоэл Б.; Хампл, Владимир (2019). «Геном оксимонад демонстрирует каноническую эукариотическую сложность в отсутствие митохондрии» . Молекулярная биология и эволюция . 36 (10): 2292–2312. дои : 10.1093/molbev/msz147 . ПМК 6759080 . ПМИД 31387118 .
- ^ Кешава Прасад, Т.С.; Гоэл, Р.; Кандасами, К.; Киртикумар, С.; Кумар, С.; Мативанан, С.; Теликичерла, Д.; Раджу, Р.; Шафрин, Б.; Венугопал, А.; Балакришнан, Л.; Маримуту, А.; Банерджи, С.; Соманатан, Д.С.; Себастьян, А.; Рани, С.; Рэй, С.; Гаррис Кишор, CJ; Кант, С.; Ахмед, М.; Кашьяп, МК; Мохмуд, Р.; Рамачандра, ЮЛ; Кришна, В.; Рахиман, бакалавр; Мохан, С.; Ранганатан, П.; Рамабадран, С.; Черкады, Р.; Панди, А. (2008). «Справочная база данных по белкам человека — обновление 2009 г.» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Проблема с базой данных): D767–D772. дои : 10.1093/нар/gkn892 . ПМК 2686490 . ПМИД 18988627 .
- ^ Мир С., Альруб Ю., Аньянго С., Армстронг Д.Р., Беррисфорд Дж.М., Кларк А.Р. и др. (январь 2018 г.). «PDBe: к многоразовой инфраструктуре доставки данных в банке данных о белках в Европе» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (Д1): Д486–Д492. дои : 10.1093/нар/gkx1070 . ПМЦ 5753225 . ПМИД 29126160 .
- ^ Киндзё А.Р., Беккер Г.Дж., Сузуки Х., Цучия Ю., Кавабата Т., Икегава Ю., Накамура Х. (январь 2017 г.). «Банк данных белков Японии (PDBj): обновленные пользовательские интерфейсы, структура описания ресурсов, инструменты анализа для крупных структур» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (Д1): Д282–Д288. дои : 10.1093/nar/gkw962 . ПМК 5210648 . ПМИД 27789697 .
- ^ Роуз П.В., Прлич А., Алтункая А., Би С., Брэдли А.Р., Кристи CH и др. (январь 2017 г.). «Банк данных белков RCSB: интегративный взгляд на информацию о белках, генах и трехмерной структурной информации» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (Д1): Д271–Д281. дои : 10.1093/nar/gkw1000 . ПМК 5210513 . ПМИД 27794042 .
- ^ Хермякоб Х., Монтекки-Палацци Л., Левингтон С., Мудали С., Керриен С., Орчард С. и др. (январь 2004 г.). «IntAct: база данных молекулярных взаимодействий с открытым исходным кодом» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (Проблема с базой данных): D452-5. дои : 10.1093/nar/gkh052 . ПМК 308786 . ПМИД 14681455 .
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Элленберг Дж., Сведлоу Дж.Р., Барлоу М., Кук С.Э., Сарканс У., Патвардхан А. и др. (ноябрь 2018 г.). «Призыв к созданию публичных архивов данных биологических изображений» . Природные методы . 15 (11): 849–854. дои : 10.1038/s41592-018-0195-8 . ПМК 6884425 . ПМИД 30377375 .
- ^ Тендлер Б.С., Ханайик Т., Ансорж О., Бангертер-Кристенсен С., Бернс Г.С., Бертельсен М.Ф. и др. (март 2022 г.). «Цифровой мозговой банк, платформа открытого доступа к наборам данных посмертных изображений» . электронная жизнь . 11 : е73153. дои : 10.7554/eLife.73153 . ПМЦ 9042233 . ПМИД 35297760 .
- ^ Юдин А., Корир П.К., Салаверт-Торрес Дж., Клейвегт Г.Дж., Патвардхан А. (май 2016 г.). «EMPIAR: публичный архив необработанных данных изображений электронной микроскопии». Природные методы . 13 (5): 387–388. дои : 10.1038/nmeth.3806 . ПМИД 27067018 . S2CID 38996040 .
- ^ Крикмор, Н.; Берри, К.; Паннеерсельвам, С.; Мишра, Р.; Коннор, TR; Боннинг, Британская Колумбия (ноябрь 2021 г.). «Структурная номенклатура Bacillus thuringiensis и других пестицидных белков бактериального происхождения» . Журнал патологии беспозвоночных . 186 (D1): 107438. doi : 10.1016/j.jip.2020.107438 . ПМИД 32652083 .
- ^ Паннеерсельвам С; Мишра Р; Берри С; Крикмор Н; Боннинг, Британская Колумбия (2022 г.). «База данных BPPRC: веб-инструмент для доступа и анализа бактериальных пестицидных белков» . База данных (Оксфорд) . 186 (D1): 107438. doi : 10.1093/database/baac022 . ПМЦ 9216523 . ПМИД 35396594 .
- ^ Хункпе Б.В., Чену Ф., де Лима Ф., Де Паула Э.В. (январь 2021 г.). «База данных HRT Atlas v1.0: новое определение генов домашнего хозяйства человека и мыши и эталонных транскриптов-кандидатов путем анализа массивных наборов данных РНК-секвенирования» . Исследования нуклеиновых кислот . 49 (Д1): Д947–Д955. дои : 10.1093/nar/gkaa609 . ПМЦ 7778946 . ПМИД 32663312 .
- ^ (IHEC) портал данных
- ^ ЦЦЭПЧЦ
- ^ Чертеж
- ^ ВЛАДЕЛЕЦ
- ^ ГЛУБОКИЙ
- ^ КРЕСТ
- ^ «Обмен эпигеномами по всему миру» . Природные методы . 15 (3): 151. 2018. doi : 10.1038/nmeth.4630 . ISSN 1548-7105 .
- ^ Вальверде Х., Кантон, Франция, Аледо Х. (ноябрь 2019 г.). «MetOSite: интегрированный ресурс для изучения сульфоксидирования остатков метионина» . Биоинформатика . 35 (22): 4849–4850. doi : 10.1093/биоинформатика/btz462 . ПМЦ 6853639 . ПМИД 31197322 .