Jump to content

Список биологических баз данных

Биологические базы данных — это хранилища биологической информации. [1] Журнал Nucleic Acids Research регулярно публикует специальные выпуски по биологическим базам данных и имеет список таких баз данных. В выпуске 2018 года есть список около 180 таких баз данных и обновления ранее описанных баз данных. [2] Индекс Omics Discovery Index можно использовать для просмотра и поиска в нескольких биологических базах данных. Кроме того, портал обнаружения экосистемы данных NIAID , разработанный Национальным институтом аллергии и инфекционных заболеваний (NIAID), позволяет осуществлять поиск по базам данных.

Метабазы ​​данных [ править ]

Метабазы ​​данных — это базы данных, которые собирают данные о данных для создания новых данных. Они способны объединять информацию из разных источников и делать ее доступной в новой и более удобной форме или с акцентом на конкретное заболевание или организм. обработка данных. Слово метаданные является дополнением к словарю. Первоначально метаданные были всего лишь общим термином, относящимся просто к данным о данных, таким как теги, ключевые слова и заголовки разметки.

организмов модельных Базы данных

Базы данных модельных организмов предоставляют подробные биологические данные об интенсивно изучаемых организмах.

нуклеиновых Базы данных кислот

Базы данных ДНК [ править ]

Первичные базы данных составляют Международную базу данных нуклеотидных последовательностей (INSD). Включает:

DDBJ (Япония), GenBank (США) и Европейский архив нуклеотидов (Европа) являются хранилищами данных о нуклеотидных последовательностях всех организмов . Все три принимают представленные нуклеотидные последовательности, а затем ежедневно обмениваются новыми и обновляемыми данными для достижения оптимальной синхронизации между ними. Эти три базы данных являются первичными, поскольку в них хранятся исходные данные о последовательностях. Они сотрудничают с Sequence Read Archive (SRA), который архивирует необработанные чтения с высокопроизводительных инструментов секвенирования.

Вторичные базы данных: [ нужны разъяснения ]

  • 23andMe База данных
  • HapКарта
  • OMIM (онлайн-менделевское наследование у человека): наследственные заболевания
  • RefSeq
  • Проект «1000 геномов» : запущен в январе 2008 года. Геномы более тысячи анонимных участников из различных этнических групп были проанализированы и обнародованы.
  • База данных EggNOG: иерархический, функционально и филогенетически аннотированный ортологический ресурс, основанный на 5090 организмах и 2502 вирусах. Он обеспечивает множественное выравнивание последовательностей и деревья максимального правдоподобия, а также широкую функциональную аннотацию. [6] [7]

Другие базы данных

генов экспрессии Базы данных

Общие базы данных экспрессии генов

Базы данных экспрессии генов микрочипов

Геномные базы данных [ править ]

Эти базы данных собирают последовательности генома , аннотируют и анализируют их, а также предоставляют публичный доступ. Некоторые добавляют курирование экспериментальной литературы для улучшения компьютерных аннотаций. Эти базы данных могут содержать геномы многих видов или геном одного модельного организма .

Базы данных фенотипов [ править ]

РНК Базы данных [ править ]

Базы данных аминокислот/белков [ править ]

(См. также: Список белков в организме человека )

Было разработано несколько общедоступных хранилищ данных и ресурсов для поддержки и управления информацией, связанной с белками , открытия биологических знаний и генерации гипотез на основе данных. [15] Базы данных в таблице ниже выбраны из баз данных, перечисленных в проблемах баз данных исследований нуклеиновых кислот (NAR) и коллекции баз данных, а также баз данных, на которые имеются перекрестные ссылки в UniProt KB. Большинство этих баз данных имеют перекрестные ссылки с UniProt / UniProt KB, поэтому идентификаторы можно сопоставить друг с другом. [15]

Белки у человека:

В стандартном геноме человека имеется около 20 000 генов, кодирующих белки. (Примерно около 1200 статей в Википедии уже есть о них — Gene Wiki ). Если мы включим варианты сплайсинга, то может существовать до 500 000 уникальных человеческих белков. [16]

Различные типы баз данных белков [ править ]

путей передачи сигналов Базы данных

путей и функций метаболических Базы данных белков

Таксономические данных базы

Многочисленные базы данных собирают информацию о видах и других таксономических категориях. «Каталог жизни» представляет собой особый случай, поскольку представляет собой базу метаданных, содержащую около 150 специализированных «глобальных баз данных видов» (GSD), в которых собраны названия и другая информация о (почти) всех описанных и, следовательно, «известных» видах.

  • BacDive : база метаданных по бактериям, которая предоставляет связанную со штаммами информацию о биоразнообразии бактерий и архей, включая информацию о таксономии.
  • Каталог жизни : метабаза данных всех видов на Земле.
  • EzTaxon-e : база данных для идентификации прокариот на основе последовательностей гена 16S рибосомальной РНК.
  • Таксономия NCBI: таксономическая база данных, управляемая NCBI и концентрирующая внимание на всех таксонах, для которых доступны последовательности ДНК (эти последовательности хранятся в GenBank , еще одной базе данных, управляемой NCBI).

Базы данных изображений [ править ]

Изображения играют решающую роль в биомедицине: от изображений антропологических образцов до зоологии . Однако существует относительно немного баз данных, посвященных сбору изображений, хотя некоторые проекты, такие как iNaturalist, собирают фотографии как основную часть своих данных. Особым случаем «изображений» являются трехмерные изображения, такие как белковые структуры или 3D-реконструкции анатомических структур. Базы данных изображений включают, среди прочего: [22]

Радиологические базы данных [ править ]

Дополнительные базы данных [ править ]

Экзосомальные базы данных [ править ]

  • ЭкзоКарта
  • Атлас внеклеточных РНК: хранилище малых профилей exRNA, полученных в результате секвенирования РНК и кПЦР из биологических жидкостей человека и мыши.

Базы данных математических моделей [ править ]

Радиологические базы данных [ править ]

о показателях устойчивости к противомикробным препаратам потреблении антибиотиков и данных Базы

о устойчивости к противомикробным механизмах препаратам данных Базы

Базы данных в стиле Wiki [ править ]

Специализированные базы данных [ править ]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Рен Дж.Д., Бейтман А. (октябрь 2008 г.). «Базы данных, могилы данных и пыль на ветру» . Биоинформатика . 24 (19): 2127–8. doi : 10.1093/биоинформатика/btn464 . ПМИД   18819940 .
  2. ^ «Том 46, выпуск D1 | Исследования нуклеиновых кислот | Oxford Academic» . Academic.oup.com . Проверено 4 сентября 2018 г.
  3. ^ Лок А., Резерфорд К., Харрис М.А., Хейлс Дж., Оливер С.Г., Бэлер Дж., Вуд В. (январь 2019 г.). «PomBase 2018: управляемая пользователем повторная реализация базы данных делящихся дрожжей обеспечивает быстрый и интуитивно понятный доступ к разнообразной взаимосвязанной информации» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (Д1): Д821–Д827. дои : 10.1093/nar/gky961 . ПМК   6324063 . ПМИД   30321395 .
  4. ^ Чжу Б., Штюльке Дж. (январь 2018 г.). «SubtiWiki в 2018 году: от генов и белков к функциональной сетевой аннотации модельного организма Bacillus subtilis» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (Д1): Д743–Д748. дои : 10.1093/нар/gkx908 . ПМЦ   5753275 . ПМИД   29788229 .
  5. ^ Маргарита Гарсия-Эрнандес; Таня Берардини; Гуанхун Чен; Дебби Крист; Эшлинг Дойл; Ева Хуала; Эмма Ни; Марк Ламбрехт; Нил Миллер; Лукас А. Мюллер; Супарна Мундоди; Леонора Райзер; Сын Ю. Ри; Рэнди Шолл; Джули Таклинд; Дэн К. Уимс; Йихе Ву; Ирис Сюй; Дэниел Ю; Чонвон Юн; Пейфэнь Чжан (ноябрь 2002 г.). «ТАИР: ресурс интегрированных данных об арабидопсисе». Функциональная и интегративная геномика . 2 (6): 239–253. дои : 10.1007/s10142-002-0077-z . ПМИД   12444417 . S2CID   7827488 .
  6. ^ Пауэлл С., Форслунд К., Шкларчик Д., Трачана К., Рот А., Уэрта-Сепас Дж. и др. (январь 2014 г.). «eggNOG v4.0: вывод вложенной ортологии для 3686 организмов» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Проблема с базой данных): D231-9. дои : 10.1093/нар/gkt1253 . ПМЦ   3964997 . ПМИД   24297252 .
  7. ^ Уэрта-Сепас Дж., Шклярчик Д., Хеллер Д., Эрнандес-Плаза А., Форслунд С.К., Кук Х. и др. (январь 2019 г.). «eggNOG 5.0: иерархический, функционально и филогенетически аннотированный ортологический ресурс, основанный на 5090 организмах и 2502 вирусах» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (Д1): Д309–Д314. дои : 10.1093/nar/gky1085 . ПМК   6324079 . ПМИД   30418610 .
  8. ^ МассивЭкспресс
  9. ^ ГЕО
  10. ^ «Атлас белков человека» . www.proteinatlas.org . Проверено 27 мая 2019 г.
  11. ^ Дэш С., Кэмпбелл Дж.Д., Кэннон Э.К., Клири А.М., Хуанг В., Калберер С.Р. и др. (январь 2016 г.). «Информационная система по бобовым (LegumeInfo.org): ключевой компонент набора объединенных ресурсов данных для семейства бобовых» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Д1): Д1181-8. дои : 10.1093/nar/gkv1159 . ПМЦ   4702835 . ПМИД   26546515 .
  12. ^ «База данных геномов сахаромицетов | SGD» . www.yeastgenome.org . Проверено 4 сентября 2018 г.
  13. ^ Грант Д., Нельсон Р.Т., Кэннон С.Б., Шумейкер Р.С. (январь 2010 г.). «SoyBase, база данных генетики и геномики сои Министерства сельского хозяйства США-ARS» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Проблема с базой данных): D843-6. дои : 10.1093/nar/gkp798 . ПМЦ   2808871 . ПМИД   20008513 .
  14. ^ «ИРЭСбаза» .
  15. Перейти обратно: Перейти обратно: а б Чен С., Хуан Х., Ву Ч. (2017). «Базы данных и ресурсы по белковой биоинформатике». В Ву CH, Ариги CN, Росс К.Е. (ред.). Белковая биоинформатика . Методы молекулярной биологии. Том. 1558. Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: Спрингер Нью-Йорк. стр. 3–39. дои : 10.1007/978-1-4939-6783-4_1 . ISBN  978-1-4939-6781-0 . ПМК   5506686 . ПМИД   28150231 .
  16. ^ Карнковская, Анна; Трейтли, Себастьян К.; Брзонь, Ондржей; Новак, Лукаш; Вацек, Войтех; Соукал, Питер; Барлоу, Лаэль Д.; Герман, Эмили К.; Пипалия, Света В.; Панек, Томас; Жихала, Дэвид; Петржелкова, Романа; Бутенко, Анжелика; Эме, Лаура; Лестница, Кортни В.; Роджер, Эндрю Дж.; Элиас, Марк; Дакс, Джоэл Б.; Хампл, Владимир (2019). «Геном оксимонад демонстрирует каноническую эукариотическую сложность в отсутствие митохондрии» . Молекулярная биология и эволюция . 36 (10): 2292–2312. дои : 10.1093/molbev/msz147 . ПМК   6759080 . ПМИД   31387118 .
  17. ^ Кешава Прасад, Т.С.; Гоэл, Р.; Кандасами, К.; Киртикумар, С.; Кумар, С.; Мативанан, С.; Теликичерла, Д.; Раджу, Р.; Шафрин, Б.; Венугопал, А.; Балакришнан, Л.; Маримуту, А.; Банерджи, С.; Соманатан, Д.С.; Себастьян, А.; Рани, С.; Рэй, С.; Гаррис Кишор, CJ; Кант, С.; Ахмед, М.; Кашьяп, МК; Мохмуд, Р.; Рамачандра, ЮЛ; Кришна, В.; Рахиман, бакалавр; Мохан, С.; Ранганатан, П.; Рамабадран, С.; Черкады, Р.; Панди, А. (2008). «Справочная база данных по белкам человека — обновление 2009 г.» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Проблема с базой данных): D767–D772. дои : 10.1093/нар/gkn892 . ПМК   2686490 . ПМИД   18988627 .
  18. ^ Мир С., Альруб Ю., Аньянго С., Армстронг Д.Р., Беррисфорд Дж.М., Кларк А.Р. и др. (январь 2018 г.). «PDBe: к многоразовой инфраструктуре доставки данных в банке данных о белках в Европе» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (Д1): Д486–Д492. дои : 10.1093/нар/gkx1070 . ПМЦ   5753225 . ПМИД   29126160 .
  19. ^ Киндзё А.Р., Беккер Г.Дж., Сузуки Х., Цучия Ю., Кавабата Т., Икегава Ю., Накамура Х. (январь 2017 г.). «Банк данных белков Японии (PDBj): обновленные пользовательские интерфейсы, структура описания ресурсов, инструменты анализа для крупных структур» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (Д1): Д282–Д288. дои : 10.1093/nar/gkw962 . ПМК   5210648 . ПМИД   27789697 .
  20. ^ Роуз П.В., Прлич А., Алтункая А., Би С., Брэдли А.Р., Кристи CH и др. (январь 2017 г.). «Банк данных белков RCSB: интегративный взгляд на информацию о белках, генах и трехмерной структурной информации» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (Д1): Д271–Д281. дои : 10.1093/nar/gkw1000 . ПМК   5210513 . ПМИД   27794042 .
  21. ^ Хермякоб Х., Монтекки-Палацци Л., Левингтон С., Мудали С., Керриен С., Орчард С. и др. (январь 2004 г.). «IntAct: база данных молекулярных взаимодействий с открытым исходным кодом» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (Проблема с базой данных): D452-5. дои : 10.1093/nar/gkh052 . ПМК   308786 . ПМИД   14681455 .
  22. Перейти обратно: Перейти обратно: а б Элленберг Дж., Сведлоу Дж.Р., Барлоу М., Кук С.Э., Сарканс У., Патвардхан А. и др. (ноябрь 2018 г.). «Призыв к созданию публичных архивов данных биологических изображений» . Природные методы . 15 (11): 849–854. дои : 10.1038/s41592-018-0195-8 . ПМК   6884425 . ПМИД   30377375 .
  23. ^ Тендлер Б.С., Ханайик Т., Ансорж О., Бангертер-Кристенсен С., Бернс Г.С., Бертельсен М.Ф. и др. (март 2022 г.). «Цифровой мозговой банк, платформа открытого доступа к наборам данных посмертных изображений» . электронная жизнь . 11 : е73153. дои : 10.7554/eLife.73153 . ПМЦ   9042233 . ПМИД   35297760 .
  24. ^ Юдин А., Корир П.К., Салаверт-Торрес Дж., Клейвегт Г.Дж., Патвардхан А. (май 2016 г.). «EMPIAR: публичный архив необработанных данных изображений электронной микроскопии». Природные методы . 13 (5): 387–388. дои : 10.1038/nmeth.3806 . ПМИД   27067018 . S2CID   38996040 .
  25. ^ Крикмор, Н.; Берри, К.; Паннеерсельвам, С.; Мишра, Р.; Коннор, TR; Боннинг, Британская Колумбия (ноябрь 2021 г.). «Структурная номенклатура Bacillus thuringiensis и других пестицидных белков бактериального происхождения» . Журнал патологии беспозвоночных . 186 (D1): 107438. doi : 10.1016/j.jip.2020.107438 . ПМИД   32652083 .
  26. ^ Паннеерсельвам С; Мишра Р; Берри С; Крикмор Н; Боннинг, Британская Колумбия (2022 г.). «База данных BPPRC: веб-инструмент для доступа и анализа бактериальных пестицидных белков» . База данных (Оксфорд) . 186 (D1): 107438. doi : 10.1093/database/baac022 . ПМЦ   9216523 . ПМИД   35396594 .
  27. ^ Хункпе Б.В., Чену Ф., де Лима Ф., Де Паула Э.В. (январь 2021 г.). «База данных HRT Atlas v1.0: новое определение генов домашнего хозяйства человека и мыши и эталонных транскриптов-кандидатов путем анализа массивных наборов данных РНК-секвенирования» . Исследования нуклеиновых кислот . 49 (Д1): Д947–Д955. дои : 10.1093/nar/gkaa609 . ПМЦ   7778946 . ПМИД   32663312 .
  28. ^ (IHEC) портал данных
  29. ^ ЦЦЭПЧЦ
  30. ^ Чертеж
  31. ^ ВЛАДЕЛЕЦ
  32. ^ ГЛУБОКИЙ
  33. ^ КРЕСТ
  34. ^ «Обмен эпигеномами по всему миру» . Природные методы . 15 (3): 151. 2018. doi : 10.1038/nmeth.4630 . ISSN   1548-7105 .
  35. ^ Вальверде Х., Кантон, Франция, Аледо Х. (ноябрь 2019 г.). «MetOSite: интегрированный ресурс для изучения сульфоксидирования остатков метионина» . Биоинформатика . 35 (22): 4849–4850. doi : 10.1093/биоинформатика/btz462 . ПМЦ   6853639 . ПМИД   31197322 .

Внешние ссылки [ править ]

Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 99ab9f36317251b1f5bf59d3eaed778c__1710436380
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/99/8c/99ab9f36317251b1f5bf59d3eaed778c.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
List of biological databases - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)