Нидерландский центр биоинформатики
| Тип | некоммерческая организация |
|---|---|
| Расположение | |
| Веб-сайт | www.nbic.nl |
Нидерландский центр биоинформатики или NBIC [1] (2003–2013) — голландская государственная организация, которая координировала всю академическую работу по биоинформатике в Нидерландах . [2] NBIC состоял из программ исследований (BioRange), образования (BioWise) и поддержки (BioAssist). Партнерами NBIC являются все голландские университеты и университетские больницы, а также некоторые коммерческие организации. Центральный офис NBIC размещался в Центре молекулярной и биомолекулярной информатики (CMBI) Медицинского центра Университета Радбауд в Неймегене .
История [ править ]
В 2003 году был запущен НБИК. [3] как некоммерческая организация, призванная усилить и организовать исследования в области биоинформатики в Нидерландах . NBIC — один из четырех центров передовых технологий, созданных по инициативе Нидерландской геномной инициативы (NGI). [4] улучшить исследования в области геномики в Нидерландах. Остальные три технологических центра:Нидерландский центр протеомики (NPC), [5] Нидерландский центр метаболомики (NMC) [6] и Нидерландский консорциум системной биологии (NCSB). [7] В 2015 году большинство услуг переехало в Голландский технический центр наук о жизни. [8]
Финансирование [ править ]
Нидерландский центр биоинформатики финансировался правительством Нидерландов через Нидерландскую геномную инициативу (NGI). [9] и БСИК [10] (инфраструктура знаний). [ нужна ссылка ]
Поддержка [ править ]
Отдел поддержки NBIC, BioAssist, состоит из рабочих групп, объединяющих экспертов в различных областях биоинформатики. Вместе эти люди определяют общие проблемы в своей области, которые они намереваются решать совместными усилиями. У BioAssist также есть группа «Поддержка исследований в области биоинформатики» (BRS), [11] [12] это помогает специалистам в области биологии и медицины в коротких проектах по биоинформатике.
Образование [ править ]
Образовательная часть NBIC, BioWise, организует курсы и тренинги на разных уровнях. Они проводят обучение в школах, [13] сотрудничать с различными образовательными программами по биоинформатике в университетах Нидерландов и организовывать тренинги для аспирантов . Кроме того, организуются тематические тренинги и конференции либо на национальном уровне, либо с другими международными партнерами, такими как Швейцарский институт биоинформатики .
Достижения [ править ]
исследований в биоинформатики области Организация
На данный момент NBIC достиг своей цели по объединению различных исследовательских групп по биоинформатике в Нидерландах . В настоящее время он также сотрудничает с голландскими университетами прикладных наук (UAS) в сети LOBIN. в июле 2011 года к ним присоединились четыре БПЛА. [14]
Программное обеспечение для биоинформатики [ править ]
большое количество программного обеспечения для биоинформатики . Люди, участвующие в NBIC, создали [15] В NBIC также имеется служба координации разработки программного обеспечения (сервер Trac с выпусками программного обеспечения и проектной документацией). [16] Многие инструменты также доступны через собственный открытый Galaxy NBIC. сервер [17]
связи Промышленные
Были сделаны первые шаги по включению коммерческих организаций, в частности, через Платформу промышленных пользователей биоинформатики (BIUP). BIUP, хотя и находился на начальной стадии своего развития в середине 2011 года, уже привлек таких партнеров, как DSM .
Общественное здание [ править ]
Большая часть усилий NBIC сосредоточена на развитии новых или укреплении существующих биоинформатических сообществ. Например, NBIC провел в 2011 году конференцию сообщества Galaxy . [18] Нидерландская платформа биоинформатики для протеомики (сокращенно NBPP) — это совместная инициатива Нидерландского центра биоинформатики (NBIC) и Нидерландского центра протеомики (NPC).
Первое заседание Глобальной организации по обучению, образованию и подготовке кадров в области биоинформатики (GOBLET) состоялось в NBIC в ноябре 2012 года. [19]
Ссылки [ править ]
- ^ Веб-сайт НБИК
- ^ ван Гелдер, Селия В.Г.; Хофт, Роб WW; ван Рейсвейк, Мерлин Н.; ван ден Берг, Линда; Кук, Рубен Г.; Рейндерс, Марсель; Монс, Баренд; Херинга, Яап (15 сентября 2017 г.). «Биоинформатика в Нидерландах: ценность общенационального сообщества» . Брифинги по биоинформатике . 20 (2): 375–383. дои : 10.1093/нагрудник/bbx087 . ПМЦ 6433734 . ПМИД 28968694 .
- ^ Информация Нидерландской геномной инициативы о NBIC
- ^ Обзор центров геномики NGI
- ^ Веб-сайт Нидерландского центра протеомики.
- ^ Веб-сайт Нидерландского центра метаболомики.
- ^ «Веб-сайт Нидерландского консорциума системной биологии» . Архивировано из оригинала 25 января 2012 г. Проверено 27 февраля 2012 г.
- ^ «NBIC: деятельность BioAssist перенесена в программу DTL Data» . www.nbic.nl. Проверено 2 марта 2018 г.
- ^ Веб-сайт Нидерландской геномной инициативы
- ^ Веб-сайт BSIK: Указ о субсидиях на инвестиции в инфраструктуру знаний.
- ^ «Биологический центр Омики» . 23 ноября 2012 г.
- ^ «NBIC: Поддержка исследований в области биоинформатики» . www.nbic.nl. Архивировано из оригинала 31 октября 2010 г.
- ^ Биоинформатика в классе
- ^ Члены ЛОБИН
- ^ список ключевых программных продуктов НБИК
- ^ Сервер отслеживания NBIC
- ^ Сервер NBIC Galaxy
- ^ Домашняя страница конференции сообщества Galaxy 2011.
- ^ «Встреча БТН/КУБОК | КУБОК» . www.mygoblet.org . Проверено 24 августа 2016 г.