Базы данных микрочипов

База данных микрочипов представляет собой хранилище, содержащее на микрочипах данные об экспрессии генов . Основными видами использования базы данных микрочипов являются хранение данных измерений, управление индексом с возможностью поиска и предоставление данных другим приложениям для анализа и интерпретации (либо напрямую, либо посредством пользовательских загрузок).

Базы данных микрочипов можно разделить на два отдельных класса:

Прошедший экспертную оценку общедоступный репозиторий, соответствующий академическим или отраслевым стандартам и предназначенный для использования многими аналитическими приложениями и группами. Хорошим примером этого является Gene Expression Omnibus (GEO) от NCBI или ArrayExpress от EBI .
Специализированный репозиторий, связанный в первую очередь с брендом конкретной организации (лаборатории, компании, университета, консорциума, группы), пакета приложений, темы или метода анализа, независимо от того, является ли он коммерческим, некоммерческим или академическим. Эти базы данных могут иметь одну или несколько из следующих характеристик:
- Для получения полного доступа может потребоваться подписка или лицензия.
- Контент может исходить в основном от конкретной группы (например, SMD или UPSC-BASE), проекта Иммунологического генома.
- Могут существовать ограничения на то, кто может использовать данные или для каких целей данные могут использоваться.
- Для предоставления новых данных может потребоваться специальное разрешение или же может вообще не быть очевидного процесса.
- Только определенные приложения могут быть оснащены для использования данных, часто также связанных с одним и тем же объектом (например, caArray в NCI специализируется на caBIG ),
- Для стандартных приложений или анализа может потребоваться дальнейшая обработка или переформатирование данных.
- Они утверждают, что решают «насущную потребность» в стандартном централизованном хранилище данных микрочипов. (См., например, YMD, последнее обновление в 2003 г.),
- Есть претензия на постепенное улучшение по сравнению с одним из общедоступных репозиториев.
- метаанализа Приложение , которое включает исследования из одной или нескольких общедоступных баз данных (например, Gemma в основном использует исследования GEO ; NextBio использует различные источники).

Некоторые из наиболее известных общедоступных и курируемых баз данных микрочипов :

База данных	Объем	Экспериментальные наборы микрочипов	Примеры профилей	На сегодняшний день
МассивТрек	ArrayTrack хранит как общедоступные, так и частные данные, включая данные тестов MAQC, со встроенными инструментами анализа.	1622	50,093	февраль 2012 г.
НЦИ Мадб	Хранит данные NCI со встроенными инструментами анализа и статистики.	?	105,000	март 2012 г.
База данных ИммГен	Открытый доступ ко всем клеткам иммунной системы; данные экспрессии, дифференциальная экспрессия, корегулируемые кластеры, регуляция	267	1059	январь 2012 г.
Генный исследователь	Поисковая система по экспрессии генов, основанная на вручную тщательно отобранных, хорошо аннотированных общедоступных и запатентованных наборах данных микрочипов и секвенирования РНК.	3228	232,855	Октябрь 2016 г.
Омнибус экспрессии генов - NCBI	любое кураторское MIAME исследование молекулярного изобилия, соответствующее требованиям	25859	641770	28 октября 2011 г.
ArrayExpress в EBI	Любые курируемые MIAME или MINSEQE. транскриптомные данные, соответствующие	24838	708914	28 октября 2011 г.
База данных Стэнфордских микрочипов	частная и опубликованная база данных микрочипов и содержания молекул (ныне несуществующая)	82542	?	23 октября 2011 г.
Атлас генома рака (TCGA)	сбор данных об экспрессии различных видов рака	21229	?	30 августа 2013 г.
система GeneNetwork	Стандартные массивы открытого доступа, массивы экзонов и данные секвенирования РНК для генетического анализа (исследования eQTL) с пакетом анализа	~100	~10000	июль 2010 г.
UNC modENCODE База данных микрочипов	Клиент Nimblegen, массив на 2,1 миллиона человек	~6	180	17 июля 2009 г.
UPSC-БАЗА	данные, полученные с помощью микроматричного анализа в Центре науки о растениях Умео (UPSC).	~100	?	15 ноября 2007 г.
База данных UPenn RAD	MIAME Государственные и частные исследования, соответствующие требованиям , связанные с ArrayExpress	~100	~2500	1 сентября 2007 г.
База данных микрочипов UNC	предоставляет услуги по хранению, поиску, анализу и визуализации данных микрочипов	~31	2093	1 апреля 2007 г.
База данных MUSC	База данных представляет собой хранилище данных микрочипов ДНК, полученных исследователями MUSC, а также исследователями мирового исследовательского сообщества.	~45	555	1 апреля 2007 г.
caArray в NCI	Данные о раке, подготовленные для анализа на caBIG	41	1741	15 ноября 2006 г.

См. также

Внешние ссылки

ArrayExpress: краткий обзор поезда EBI Online
Изучение данных функциональной геномики с помощью архива ArrayExpress на EBI Train Online
Исследование закономерностей экспрессии генов с помощью Атласа экспрессии генов на EBI Train OnLine
ArrayExpress:Отправка данных с помощью MAGE-TAB в EBI Train OnLine
ArrayExplorer — бесплатный инструмент для сравнения микроматриц.