НИТЬ

НИТЬ
Содержание
Описание	Инструмент поиска для поиска взаимодействующих генов/белков
Контакт
Исследовательский центр	Академический консорциум
Первичное цитирование	ПМИД 30476243
Доступ
Веб-сайт	Сайт STRING
URL-адрес загрузки	URL
веб-службы URL-адрес	отдых
Разнообразный
Версия	12,0 (июль 2023 г.)

В молекулярной биологии STRING ( Инструмент поиска взаимодействующих генов/белков ) представляет собой биологическую базу данных и веб-ресурс известных и предсказанных белок-белковых взаимодействий . ^[1]^[2]^[3]^[4]^[5]^[6]

База данных STRING содержит информацию из многочисленных источников, включая экспериментальные данные, методы вычислительного прогнозирования и общедоступные коллекции текстов. Он находится в свободном доступе и регулярно обновляется. Ресурс также служит для выделения функциональных обогащений в списках белков, предоставленных пользователями, с использованием ряда систем функциональной классификации, таких как GO , Pfam и KEGG . Последняя версия 11b содержит информацию о примерно 24,5 миллионах белков более чем 5000 организмов. STRING был разработан консорциумом академических учреждений, включая CPR , EMBL , KU , SIB , TUD и UZH .

Использование

Сети белок-белкового взаимодействия являются важным компонентом понимания клеточных процессов на системном уровне. Такие сети можно использовать для фильтрации и оценки данных функциональной геномики, а также для предоставления интуитивно понятной платформы для аннотирования структурных, функциональных и эволюционных свойств белков. Изучение предсказанных сетей взаимодействия может предложить новые направления для будущих экспериментальных исследований и предоставить межвидовые прогнозы для эффективного картирования взаимодействий. ^[7]

Функции

Данные взвешиваются и интегрируются, и для всех белковых взаимодействий рассчитывается показатель достоверности. Результаты различных вычислительных прогнозов можно проверять с разных назначенных ракурсов. Существует два режима STRING: режим белка и режим COG . Предсказанные взаимодействия распространяются на белки других организмов , для которых взаимодействие было описано путем вывода ортологии . Доступен веб-интерфейс для доступа к данным и быстрого обзора белков и их взаимодействий. плагин для Cytoscape, Доступен позволяющий использовать данные STRING. Другая возможность доступа к данным STRING — использовать интерфейс прикладного программирования (API), создав URL-адрес, содержащий запрос.

Источники данных

Как и многие другие базы данных, в которых хранятся знания об ассоциациях белков, STRING импортирует данные экспериментально полученных межбелковых взаимодействий посредством подбора литературы. Кроме того, STRING также хранит предсказанные вычислениями взаимодействия из: (i) интеллектуального анализа научных текстов, (ii) взаимодействий, вычисленных на основе геномных особенностей, и (iii) взаимодействия, перенесенные с модельных организмов на основе ортологии. ^[8]

Все предсказанные или импортированные взаимодействия сравниваются с общей ссылкой на функциональное партнерство, аннотированной KEGG (Киотская энциклопедия генов и геномов).

Импортированные данные

STRING импортирует знания об ассоциациях белков из баз данных о физическом взаимодействии и баз данных контролируемых биологических путей. ( MINT , HPRD , BIND , DIP , BioGRID , KEGG , Reactome , IntAct , EcoCyc , база данных взаимодействия путей NCI-Nature , GO ). Предоставляются ссылки на исходные данные соответствующих экспериментальных репозиториев и ресурсов баз данных.

Анализ текста

Большой объем научных текстов ( SGD , OMIM , FlyBase , PubMed ) анализируется для поиска статистически значимых совпадений названий генов.

Прогнозируемые данные

Соседство: схожий геномный контекст у разных видов предполагает схожую функцию белков.
События слияния-деления: белки, слитые в некоторых геномах, с большой вероятностью будут функционально связаны (как и в других геномах, где гены не слиты).
Возникновение: Белки, которые имеют сходную функцию или участвуют в одном и том же метаболическом пути, должны экспрессироваться вместе и иметь сходный филогенетический профиль .
Коэкспрессия: предсказанная ассоциация между генами на основе наблюдаемых закономерностей одновременной экспрессии генов.

Ссылки

^ Шклярчик, Дамиан; Гейбл, Анника Л.; Лион, Дэвид; Юнге, Александр; Уайдер, Стефан; Уэрта-Сепас, Хайме; Симонович, Милан; Дончева Надежда Т.; Моррис, Джон Х.; Борк, Пер; Дженсен, Ларс Дж. (8 января 2019 г.). «STRING v11: сети белково-белковых ассоциаций с расширенным охватом, поддерживающие функциональные открытия в полногеномных экспериментальных наборах данных» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (Д1): Д607–Д613. дои : 10.1093/nar/gky1131 . ISSN 1362-4962 . ПМК 6323986 . ПМИД 30476243 .
^ Шклярчик, Дамиан; Моррис, Джон Х.; Кук, Хелен; Кун, Майкл; Уайдер, Стефан; Симонович, Милан; Сантос, Альберто; Дончева Надежда Т.; Рот, Александр; Борк, Пер; Дженсен, Ларс Дж. (4 января 2017 г.). «База данных STRING в 2017 году: сети белково-белковых ассоциаций с контролируемым качеством стали широко доступными» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (Д1): Д362–Д368. дои : 10.1093/nar/gkw937 . ISSN 1362-4962 . ПМК 5210637 . ПМИД 27924014 .
^ Шкларчик Д., Франческини А., Видер С., Форслунд К., Хеллер Д., Уэрта-Сепас Дж., Симонович М., Рот А., Сантос А., Цафу К.П., Кун М., Борк П., Йенсен Л.Дж., фон Меринг С. (2015). «STRING v10: сети белок-белкового взаимодействия, интегрированные в древо жизни» . Нуклеиновые кислоты Рез . 43 (Проблема с базой данных): D447–52. дои : 10.1093/nar/gku1003 . ПМЦ 4383874 . ПМИД 25352553 .
^ Франческини А., Шклярчик Д., Франкилд С., Кун М., Симонович М., Рот А., Лин Дж., Мингес П., Борк П., фон Меринг С., Йенсен Л.Дж. (2013). «STRING v9.1: сети белок-белкового взаимодействия с расширенным охватом и интеграцией» . Нуклеиновые кислоты Рез . 41 (Проблема с базой данных): D808–15. дои : 10.1093/нар/gks1094 . ПМЦ 3531103 . ПМИД 23203871 .
^ Шклярчик Д., Франческини А., Кун М., Симонович М., Рот А., Мингес П., Доркс Т., Старк М., Мюллер Дж., Борк П., Йенсен Л.Дж., фон Меринг С. (2011). «База данных STRING в 2011 году: сети функциональных взаимодействий белков, глобально интегрированные и оцененные» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных): D561–8. дои : 10.1093/нар/gkq973 . ПМК 3013807 . ПМИД 21045058 .
^ Снел, Б; Леманн, Г; Борк, П. и Хайнен, Массачусетс (2000). «STRING: веб-сервер для получения и отображения неоднократно встречающихся окрестностей гена» . Нуклеиновые кислоты Рез . 28 (18): 3442–4. дои : 10.1093/нар/28.18.3442 . ПМЦ 110752 . ПМИД 10982861 .
^ Шварц, А.С.; Ю, Дж; Гарденур, КР; Финли-младший; Р.Л. и Идекер, Т. (2008). «Экономичные стратегии завершения интерактома» . Природные методы . 6 (1): 55–61. дои : 10.1038/nmeth.1283 . ПМК 2613168 . ПМИД 19079254 .
^ Водак, С.Дж.; Пу, С; Власблом Дж. и Серафин Б. (2009). «Проблемы и преимущества протеомики взаимодействия» . Мол клеточная протеомика . 8 (1): 3–18. дои : 10.1074/mcp.R800014-MCP200 . ПМИД 18799807 .

Внешние ссылки

STRING сайт
Веб-сайт STITCH , соответствующая база данных по взаимодействиям белков с малыми молекулами.

[1] Шклярчик, Дамиан; Гейбл, Анника Л.; Лион, Дэвид; Юнге, Александр; Уайдер, Стефан; Уэрта-Сепас, Хайме; Симонович, Милан; Дончева Надежда Т.; Моррис, Джон Х.; Борк, Пер; Дженсен, Ларс Дж. (8 января 2019 г.). «STRING v11: сети белково-белковых ассоциаций с расширенным охватом, поддерживающие функциональные открытия в полногеномных экспериментальных наборах данных» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (Д1): Д607–Д613. дои : 10.1093/nar/gky1131 . ISSN 1362-4962 . ПМК 6323986 . ПМИД 30476243 .

[2] Шклярчик, Дамиан; Моррис, Джон Х.; Кук, Хелен; Кун, Майкл; Уайдер, Стефан; Симонович, Милан; Сантос, Альберто; Дончева Надежда Т.; Рот, Александр; Борк, Пер; Дженсен, Ларс Дж. (4 января 2017 г.). «База данных STRING в 2017 году: сети белково-белковых ассоциаций с контролируемым качеством стали широко доступными» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (Д1): Д362–Д368. дои : 10.1093/nar/gkw937 . ISSN 1362-4962 . ПМК 5210637 . ПМИД 27924014 .

[3] Шкларчик Д., Франческини А., Видер С., Форслунд К., Хеллер Д., Уэрта-Сепас Дж., Симонович М., Рот А., Сантос А., Цафу К.П., Кун М., Борк П., Йенсен Л.Дж., фон Меринг С. (2015). «STRING v10: сети белок-белкового взаимодействия, интегрированные в древо жизни» . Нуклеиновые кислоты Рез . 43 (Проблема с базой данных): D447–52. дои : 10.1093/nar/gku1003 . ПМЦ 4383874 . ПМИД 25352553 .

[4] Франческини А., Шклярчик Д., Франкилд С., Кун М., Симонович М., Рот А., Лин Дж., Мингес П., Борк П., фон Меринг С., Йенсен Л.Дж. (2013). «STRING v9.1: сети белок-белкового взаимодействия с расширенным охватом и интеграцией» . Нуклеиновые кислоты Рез . 41 (Проблема с базой данных): D808–15. дои : 10.1093/нар/gks1094 . ПМЦ 3531103 . ПМИД 23203871 .

[5] Шклярчик Д., Франческини А., Кун М., Симонович М., Рот А., Мингес П., Доркс Т., Старк М., Мюллер Дж., Борк П., Йенсен Л.Дж., фон Меринг С. (2011). «База данных STRING в 2011 году: сети функциональных взаимодействий белков, глобально интегрированные и оцененные» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных): D561–8. дои : 10.1093/нар/gkq973 . ПМК 3013807 . ПМИД 21045058 .

[6] Снел, Б; Леманн, Г; Борк, П. и Хайнен, Массачусетс (2000). «STRING: веб-сервер для получения и отображения неоднократно встречающихся окрестностей гена» . Нуклеиновые кислоты Рез . 28 (18): 3442–4. дои : 10.1093/нар/28.18.3442 . ПМЦ 110752 . ПМИД 10982861 .

[7] Шварц, А.С.; Ю, Дж; Гарденур, КР; Финли-младший; Р.Л. и Идекер, Т. (2008). «Экономичные стратегии завершения интерактома» . Природные методы . 6 (1): 55–61. дои : 10.1038/nmeth.1283 . ПМК 2613168 . ПМИД 19079254 .

[8] Водак, С.Дж.; Пу, С; Власблом Дж. и Серафин Б. (2009). «Проблемы и преимущества протеомики взаимодействия» . Мол клеточная протеомика . 8 (1): 3–18. дои : 10.1074/mcp.R800014-MCP200 . ПМИД 18799807 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]