База данных взаимодействия NCI-Nature Pathway

ПИД
Содержание
Описание	База данных взаимодействия путей.
Контакт
Лаборатория	Национальный институт рака ; NIH ; Издательская группа «Природа»
Первичное цитирование	Шефер и др. (2009)
Дата выпуска	2005
Доступ
Стандарты	БиоПАКС
Формат данных	XML
Веб-сайт	http://www.ndexbio.org

База данных взаимодействия путей (PID) — это бесплатная биомедицинская база данных клеточных сигнальных путей человека. ^[1] База данных содержит информацию о молекулярных взаимодействиях и реакциях, происходящих в клетках, с особым упором на процессы, которые могут иметь отношение к исследованию и лечению рака. База данных была создана в результате сотрудничества Национального института рака США , НИЗ и Nature Publishing Group в 2005 году и запущена в ноябре 2006 года. В сентябре 2012 года активное курирование было остановлено, и данные PID теперь доступны в Network Data Exchange, NDEx .

Содержимое базы данных

По состоянию на ноябрь 2007 года база данных содержала 59 путей (включая 3309 молекулярных взаимодействий), курируемых редакционной группой NCI-Nature. Новые маршруты добавляются каждый месяц. База данных также содержит 254 пути (в том числе 3003 взаимодействия), импортированных из BioCarta базы данных путей за июнь 2004 г.

Данные, курируемые NCI-Nature, собираются из опубликованной исследовательской литературы и проверяются учеными-экспертами перед публикацией. Каждому молекулярному взаимодействию присваиваются коды доказательств, что позволяет пользователям оценивать надежность взаимодействий или искать взаимодействия, выявленные с помощью конкретных экспериментальных методов.

Вывод и загрузка данных

Содержимое базы данных можно просматривать автономными, заранее определенными способами. База данных также может динамически создавать сети взаимодействия для визуализации результатов поиска в базе данных. Пути и динамически генерируемые сети отображаются в изображениях GIF и SVG и могут быть загружены в формате XML (включая стандартный формат обмена путями BioPAX ). Вся база данных также доступна для скачивания.

См. также

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Шефер, Карл Ф; Энтони Кира; Крупа Шива; Бухофф Джеффри; Дэй Мэтью; Ханней Тимо; Бьютоу Кеннет Х. (январь 2009 г.). «PID: база данных взаимодействия путей» . Нуклеиновые кислоты Рез . 37 (Проблема с базой данных). Англия: D674-9. дои : 10.1093/нар/gkn653 . ПМЦ 2686461 . ПМИД 18832364 .

Другие ссылки

Внешние ссылки

[pmid18832364-1] Jump up to: ^а ^б Шефер, Карл Ф; Энтони Кира; Крупа Шива; Бухофф Джеффри; Дэй Мэтью; Ханней Тимо; Бьютоу Кеннет Х. (январь 2009 г.). «PID: база данных взаимодействия путей» . Нуклеиновые кислоты Рез . 37 (Проблема с базой данных). Англия: D674-9. дои : 10.1093/нар/gkn653 . ПМЦ 2686461 . ПМИД 18832364 .

[1]