БиоПАКС
BioPAX (Обмен биологическими путями) — это программа RDF / OWL. на основе стандартный язык для представления биологических путей на молекулярном и клеточном уровне. Его основное назначение – облегчить обмен данными о маршрутах. Данные о путях отражают наше понимание биологических процессов, ноего быстрый рост требует разработки баз данных и вычислительных инструментов для облегчения интерпретации. Однако текущая фрагментация информации о путях распространения по многимбазы данных несовместимых форматов создают препятствия для их эффективного использования. BioPAX решает эту проблемупроблему, существенно упрощая сбор, индексацию, интерпретацию и обмен данными о маршрутах.BioPAX может представлять метаболические и сигнальные пути, молекулярные и генетические взаимодействия исети регуляции генов. BioPAX был создан в рамках процесса сообщества. Благодаря BioPAX миллионы взаимодействий организованы в тысячи путей во многих организмах, начиная сстановится доступным все больше источников. Таким образом, большие объемы данных о путях доступны ввычислимая форма для поддержки визуализации, анализа и биологических открытий.
Он поддерживается множеством онлайн-баз данных (например, Reactome ) и инструментов. Последней выпущенной версией является BioPAX Level 3. Также предпринимаются попытки создать версию BioPAX в рамках OBO .
Управление и развитие
[ редактировать ]Следующая версия BioPAX, Level 4, разрабатывается сообществом исследователей. Разработка координируется советом редакторов и поддерживается различными рабочими группами BioPAX.
Systems Biology Pathway Exchange (SBPAX) — это расширение для уровня 3 и предложение для уровня 4 с целью добавления количественных данных и терминов системной биологии (таких как онтология системной биологии ). Экспорт SBPAX реализован с помощью путей баз данных Signaling Gateway Molecule Pages , [1] и база данных кинетики реакций SABIO . Импорт SBPAX реализован с помощью среды моделирования сотовой связи Virtual Cell .
Другие предложения для уровня 4 включают улучшенную поддержку Semantic Web , валидацию и визуализацию.
Базы данных с экспортом BioPAX
[ редактировать ]Онлайн-базы данных, предлагающие экспорт BioPAX, включают:
- Страницы молекул сигнальных шлюзов (SGMP)
- Реактом
- БиоЦик
- ИНОН
- Биомодели
- База данных взаимодействия путей природы и NCI
- Карта раковых клеток
- Путь Commons
- Netpath — тщательно подобранный ресурс о путях передачи сигналов у человека.
- ConsensusPathDB — база данных, объединяющая сети функционального взаимодействия человека.
- ПАНТЕРА ( Список путей )
- WikiPathways
- ФармГКБ / ФармГКБ *
Программное обеспечение
[ редактировать ]Программное обеспечение, поддерживающее BioPAX, включает:
- Paxtools , Java API для обработки файлов BioPAX.
- Systems Biology Linker (Sybil) — приложение для визуализации BioPAX и преобразования BioPAX в SBML , как часть Virtual Cell .
- ChiBE (редактор Chisio BioPAX), [2] приложение для визуализации и редактирования BioPAX.
- BioPAX Validator — синтаксические и семантические правила и лучшие практики ( вики проекта )
- Cytoscape включает в себя программу чтения BioPAX и другие расширения, такие как плагин PathwayCommons и приложение CyPath2.
- BiNoM , плагин цитоскейпа для сетевого анализа с функциями импорта и экспорта файлов BioPAX уровня 3.
- BioPAX-pattern — Java API для определения и поиска графических шаблонов в файлах BioPAX.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Динасарапу А.Р.; Сондерс Б; Озерлат I; Азам К; Субраманиам С (2010). «Страницы молекул сигнальных шлюзов – взгляд на модель данных» . Биоинформатика . 27 (12): 1736–1738. doi : 10.1093/биоинформатика/btr190 . ПМК 3106186 . ПМИД 21505029 .
- ^ Бабур, Озгун, Угур Догрусоз, Эмек Демир и Крис Сандер. «ChiBE: интерактивная визуализация и манипулирование моделями путей BioPAX». Биоинформатика 26, вып. 3 (2010): 429-431.