СЭД-МЛ
 | |
| Расширение имени файла |
.xml |
|---|---|
| Первоначальный выпуск | 25 марта 2011 г |
| Последний выпуск | Уровень 1 Версия 2, Выпуск 1 2 декабря 2013 г |
| Тип формата | Язык разметки |
| Расширено с | XML |
| Открытый формат ? | Да |
| Веб-сайт | СЭД-мл |
Язык разметки описания эксперимента моделирования (SED-ML) — это формат представления, основанный на XML , для кодирования и обмена описаниями моделирования вычислительных моделей биологических систем. [ 1 ] Это бесплатный и открытый проект развития сообщества.
SED-ML Уровень 1 Версия 1, [ 2 ] первая версия SED-ML позволяет описывать эксперименты по моделированию динамики времени.
Структура
[ редактировать ]Формат SED-ML состоит из пяти основных блоков:
- Сущность Модель используется для ссылки на модели, используемые в эксперименте по моделированию, и для определения процедур предварительной обработки этих моделей перед моделированием. Модели должны быть в стандартных форматах представления (например, SBML , CellML , NeuroML ). Примерами предварительной обработки являются, например, изменение значения наблюдаемой величины, вычисление изменения значения с использованием математических вычислений или общие изменения в любом XML-элементе представления модели.
- Объект «Моделирование» содержит всю информацию о настройках моделирования и шагах, предпринятых во время моделирования, например, конкретный тип моделирования и алгоритм, используемый для выполнения моделирования. Алгоритм моделирования задается термином онтологии алгоритма кинетического моделирования .
- Сущность Задача одновременно применяет одно из определенных симуляций к одной из моделей, на которые ссылаются.
- Объект DataGenerator кодирует процедуры постобработки, которые необходимо применить к результату моделирования перед выводом, например, нормализацию данных.
- Сущность «Выход» определяет выходные данные моделирования, например, конкретные графики, которые будут показаны.
Дополнительную информацию о структуре SED-ML можно найти на домашней странице SED-ML. [ 1 ] и справочное издание. [ 3 ]
История
[ редактировать ]Идея разработки стандартного формата для кодирования симуляционных экспериментов родилась в Европейском институте биоинформатики (EMBL-EBI). В 2007 году Дагмар Валтемат и Николя Ле Новер начали разрабатывать такой формат во время стажировки Дагмар, финансируемой Марией-Кюри, в группе вычислительной нейронауки в EMBL-EBI. [ 4 ]
Проект SED-ML впервые публично обсуждался на 12-м заседании форума SBML в 2007 году в Лонг-Бич (США). Первая версия SED-ML была затем представлена на «Суперхакатоне «Стандарты и онтологии для системной биологии»» на Окинаве в 2008 году. Тогда язык назывался MIASE-ML (в соответствии с рекомендациями MIASE ). На Окинаве многие исследователи проявили большой интерес к этому формату, и дискуссии были жизненно важны. MIASE стал руководством по минимальной информации для симуляционных экспериментов. MIASE-ML был переименован в «Язык разметки описания симуляционных экспериментов» (SED-ML).
Версия 1 SED-ML уровня 1 официально появилась в марте 2011 года, но SED-ML был представлен, обсужден и уточнен во время нескольких встреч сообщества в промежуточные годы, включая объединенный «семинар CellML-SBGN-SBO-BioPAX-MIASE». в 2009 году или «Хакатон SBML-BioModels.net 2010».
С тех пор SED-ML разрабатывался в сотрудничестве с сообществами, образующими «сеть вычислительного моделирования в биологии» COMBINE . Помимо специальных сессий на различных собраниях, развитие SED-ML выигрывает от взаимодействия сообщества в списке рассылки для обсуждения SED-ML. [ 5 ]
Сообщество SED-ML
[ редактировать ]SED-ML является частью сети вычислительного моделирования в биологии (COMBINE) . Разработку формата координирует редакционная коллегия, избираемая сообществом. [ 6 ] Обсуждения проходят на SED-ML-discuss. [ 5 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б «Язык разметки описания эксперимента по моделированию» . СЭД-МЛ . Проверено 6 июля 2017 г.
- ^ Д. Уолтемат; Ф.Т. Бергманн; Р. Адамс; Н. Ле Новер (2011). «Язык разметки описания эксперимента по моделированию (SED-ML): уровень 1, версия 1». Предшественники природы . дои : 10.1038/npre.2011.5846.1 .
- ^ Д. Уолтемат; Р. Адамс; Ф.Т. Бергманн; М. Хука; Ф. Колпаков; АК Миллер; II Морару; Д. Никерсон; Дж. Л. Сноп; Н. Ле Новер (2011). «Воспроизводимые эксперименты по вычислительной биологии с помощью SED-ML — язык разметки описания симуляционных экспериментов» . Системная биология BMC . 5 : 198. дои : 10.1186/1752-0509-5-198 . hdl : 20.500.11820/1b2fc55b-d3b0-4e6b-8b60-6614254b020a .
- ^ «Группа нейробиологии вычислительных систем» . ЭМБЛ-ЭБИ. 1 октября 2012 года . Проверено 24 апреля 2014 г.
- ^ Jump up to: а б «Информационная страница SED-ML-обсудить» . СЭД-МЛ . Проверено 6 июля 2017 г.
- ^ «Текущие редакторы SED-ML» . СЭД-МЛ . Проверено 6 июля 2017 г.