Графическое обозначение системной биологии
Графическая нотация системной биологии (SBGN) — это стандартное графическое представление, предназначенное для содействия эффективному хранению, обмену и повторному использованию информации о сигнальных путях, метаболических сетях и сетях регуляции генов среди сообществ биохимиков, биологов и теоретиков. Система создавалась в течение нескольких лет сообществом биохимиков , разработчиков моделей и ученых-компьютерщиков . [1]
SBGN состоит из трех ортогональных языков для представления различных взглядов на биологические системы: описания процессов , отношения сущностей и потоки действий . Каждый язык определяет полный набор символов с точной семантикой, а также подробные синтаксические правила построения и интерпретации карт. Используя эти три обозначения, ученый-биолог может однозначно представить сети взаимодействий (например, биохимические взаимодействия). В этих обозначениях используются идеи и символы, аналогичные тем, которые используются инженерами-электриками и другими инженерами и известные как блок-схема . Простота синтаксиса и семантики SBGN делает карты SBGN пригодными для использования на уровне средней школы. [ нужна ссылка ]
Некоторая программная поддержка SBGN уже доступна, в основном для языка описания процессов. [2] Визуализации SBGN можно обменивать с файловым форматом SBGN-ML на основе XML. [3]
Язык описания процессов SBGN
[ редактировать ]
Язык описания процессов (PD) SBGN показывает временные ходы биохимических взаимодействий в сети. Его можно использовать для отображения всех молекулярных взаимодействий, происходящих в сети биохимических объектов, при этом один и тот же объект появляется несколько раз на одной и той же диаграмме. [4]
Язык отношений сущностей SBGN
[ редактировать ]
Язык Entity Relationship (ER) SBGN позволяет видеть все отношения, в которых участвует данная сущность, независимо от временных аспектов. Отношения можно рассматривать как правила, описывающие влияние узлов сущностей на другие отношения. [5]
Язык потока действий SBGN
[ редактировать ]
Язык потока активности SBGN (AF) описывает поток информации между биохимическими объектами в сети. Он опускает информацию о переходах состояний объектов и особенно удобен для представления эффектов возмущений, будь то генетических или экологических по своей природе. [6]
История
[ редактировать ]Работа по определению набора символов для описания взаимодействий и взаимоотношений молекул была начата Куртом Коном в Национальном институте рака с его картами молекулярных взаимодействий (MIM). [7] Разработка SBGN была инициирована Хироаки Китано при финансовой поддержке Японской организации по развитию новой энергетики и промышленных технологий . Встреча , положившая начало разработке графической нотации системной биологии, состоялась 11–12 февраля 2006 г. в Национальном институте передовых промышленных наук и технологий (AIST) в Токио, Япония.
Первая спецификация языка описания процессов SBGN, тогда называемая диаграммами процессов, была выпущена 23 августа 2008 г. (уровень 1, версия 1). [8] Исправления документа были выпущены 1 сентября 2009 г. (Уровень 1, версия 1.1). [9] 3 октября 2010 г. (уровень 1, версия 1.2) [10] и 14 февраля 2011 г. (уровень 1, версия 1.3). [4]
Первая спецификация языка отношений SBGN Entity была выпущена 1 сентября 2009 г. (уровень 1, версия 1). [11] Исправления к документу были выпущены 6 октября 2010 г. (Уровень 1, версия 1.1). [12] и 14 апреля 2011 г. (уровень 1, версия 1.2). [5]
Первая спецификация языка SBGN Activity Flow была выпущена 1 сентября 2009 года. [6]
Редакторы
[ редактировать ]Редакторы SBGN работают над разработкой последовательных спецификаций. Ниже приведен список бывших редакторов SBGN и даты их активности: [13]
- Невезение (январь 2022 г. – декабрь 2024 г.)
- Адриен Ругн (январь 2022 г. - декабрь 2024 г.)
- Александр Мазеин (январь 2021 г. - декабрь 2023 г.)
- Ирина Балаур (январь 2021 г. - декабрь 2023 г.)
- Эмек Демир (январь 2020 г. - декабрь 2022 г.)
- Андреас Дрэгер (январь 2018 г. – декабрь 2021 г.)
- Фальк Шрайбер (сентябрь 2008 г. - декабрь 2010 г., январь 2012 г. - декабрь 2014 г.)
- Анатолий Сорокин (сентябрь 2008 г. - декабрь 2009 г., январь 2012 г. - декабрь 2014 г.)
- Стюарт Муди (сентябрь 2008 г. - декабрь 2011 г., сентябрь 2012 г. - декабрь 2015 г.)
- Николя Ле Новер (сентябрь 2008 г. - декабрь 2012 г., декабрь 2015 г. - декабрь 2016 г.)
- Эмек Демир (январь 2010 г. - декабрь 2012 г.)
- Алиса Виллегер (январь 2011 г. - декабрь 2013 г.)
- Хуайю Ми (январь 2009 г. – декабрь 2011 г., декабрь 2013 г. – декабрь 2016 г.)
- Тобиас Чаудерна (январь 2012 г. - декабрь 2015 г., декабрь 2016 г. - декабрь 2017 г.)
- Робин Хоу (декабрь 2014 г. - декабрь 2017 г.)
- Огюстен Луна (декабрь 2014 г. - декабрь 2017 г.)
- Александр Мазеин (декабрь 2015 г. - декабрь 2018 г.)
- Невезение (декабрь 2016 г. – декабрь 2019 г.)
- Васундра Туре (январь 2018 г. - февраль 2021 г.)
- Адриен Руньи (январь 2018 г. - февраль 2021 г.)
Внешние ссылки
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Ле Новер Н., Хука М., Ми Х., Муди С., Шрайбер Ф., Сорокин А. и др. (2009). «Графическая нотация системной биологии» . Нат Биотехнология . 27 (8): 735–41. дои : 10.1038/nbt.1558 . ПМИД 19668183 .
- ^ "Сообщество#SBGN_Software" . sbgn.org. Архивировано из оригинала 7 мая 2012 г. Проверено 30 ноября 2009 г.
- ^ «Графическая нотация системной биологии» . Графические обозначения системной биологии . Проверено 11 августа 2020 г.
- ^ Jump up to: а б Муди С.Л., Ле Новер Н., Демир Э., Ми Х. и Виллегер А. Графическая нотация системной биологии: язык описания процессов, уровень 1. Предшественники природы (2011) два : 10.1038/npre.2011.3721.4
- ^ Jump up to: а б Ле Новер Н., Демир Э., Ми Х., Муди С. и Виллегер А. Графическая нотация системной биологии: язык отношений сущностей, уровень 1. Предшествование природы (2010) два : 10.1038/npre.2011.5902.1
- ^ Jump up to: а б Ми Х., Шрайбер Ф., Ле Новер Н., Муди С., Сорокин А. Графические обозначения системной биологии: язык потока активности, уровень 1. Предшествование природы (2009) два : 10.1038/npre.2009.3724.1
- ^ Кон К.В., Аладжем М.И., Вайнштейн Дж.Н., Помье Ю. Карты молекулярного взаимодействия биорегуляторных сетей: общая рубрика для системной биологии. Мол Биол Клетка (2006) doi : 10.1091/mbc.E05-09-0824
- ^ Ле Новер Н., Муди С., Сорокин А., Хука М., Шрайбер Ф., Демир Э., Ми Х., Мацуока Ю., Вегнер К., Китано Х. Графические обозначения системной биологии: уровень диаграммы процесса 1. Предшественники природы (2008) doi: 10101 /npre.2008.2320.1
- ^ Муди С., Ле Новер Н., Сорокин А., Ми Х., Шрайбер Ф. Графические обозначения системной биологии: язык описания процессов, уровень 1. Предшественники природы (2009) два : 10.1038/npre.2009.3721.1
- ^ Муди С.Л., Ле Новер Н., Демир Э., Ми Х., Шрайбер Ф. Графическая нотация системной биологии: язык описания процессов, уровень 1. Предшествование природы (2010) doi: 10101/npre.2010.3721.2
- ^ Ле Новер Н., Муди С., Сорокин А., Шрайбер Ф., Ми Х. Графическая нотация системной биологии: язык отношений сущностей, уровень 1. Предшествование природы (2009) два : 10.1038/npre.2009.3719.1
- ^ Ле Новер Н., Муди С., Демир Э., Шрайбер Ф., Ми Х. Графическая нотация системной биологии: язык отношений сущностей, уровень 1. Предшествование природы (2010) два : 10.1038/npre.2010.3719.2
- ^ «О СБГН» . sbgn.org . 20 июля 2021 г.