Карты молекулярных взаимодействий
Карты молекулярных взаимодействий , также известные как MIM , представляют собой графические обозначения, изображающие клеточные и молекулярные взаимодействия. Он был создан Куртом В. Коном в 1999 году. [ 1 ] Соглашение MIM способно однозначно представлять сети, содержащие мультибелковые комплексы , модификации белков и ферменты , являющиеся субстратами других ферментов. Это графическое представление позволяет просматривать все многочисленные взаимодействия, в которых может участвовать данная молекула , а также отображать конкурирующие взаимодействия, которые распространены в биорегуляторных сетях. Чтобы облегчить связь с базами данных, каждый вид молекул представлен на диаграмме только один раз. Нотация MIM составляет основу, а дальнейшее развитие нотации MIM координируется с консорциумом графической нотации системной биологии (SBGN), международной инициативой по стандартизации диаграмм, изображающих биохимические и клеточные процессы, изучаемые в системной биологии . Обновление обозначений было опубликовано в 2006 году. [ 2 ]
Режимы интерпретации
[ редактировать ]- Явное: состояния существуют только в результате взаимодействий, показанных явно.
- Эвристика: сущности рассматриваются как пулы состояний, где возможны состояния, не показанные явно.
- Комбинаторный: аналогичен эвристике, но предполагается, что все состояния имеют место. Комбинаторная интерпретация обозначения MIM была описана в публикации 2006 года. [ 3 ]
Связанные метаданные
[ редактировать ]Диаграммы MIM обычно сопровождаются набором цитат и комментариев, относящихся к научным публикациям, описывающим взаимодействия внутри диаграммы. Кроме того, диаграммы сопровождаются списком, связывающим элементы на диаграмме с часто используемыми идентификаторами, такими как названия генов, как описано Комитетом по генной номенклатуре HUGO .
Внешние ссылки
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Кон К.В. Карта молекулярного взаимодействия систем контроля клеточного цикла и репарации ДНК млекопитающих. Мол Биол Клетка (1999)
- ^ Кон К.В., Аладжем М.И., Вайнштейн Дж.Н., Помье Ю. Карты молекулярного взаимодействия биорегуляторных сетей: общая рубрика для системной биологии. Мол Биол Клетка (2006) doi : 10.1091/mbc.E05-09-0824
- ^ Кон К.В., Аладжем М.И., Ким С., Вайнштейн Дж.Н., Помье Ю. Изображение комбинаторной сложности с помощью обозначения карты молекулярного взаимодействия. Мол сист биол. 2006; 2:51. (2006) дои : 10.1038/msb4100088