КОМБИНИРОВАТЬ
COMBINE , сеть вычислительного моделирования в биологии, представляет собой инициативу по координации разработки различных стандартов и форматов сообщества для вычислительных моделей, первоначально в системной биологии и смежных областях. [1]
История
[ редактировать ]Инициатива COMBINE была начата в 2010 году в попытке начать более широкую серию научных встреч, чтобы заменить несколько более мелких и более целенаправленных встреч и хакатонов , в частности встречи по графической нотации системной биологии (SBGN) и языку разметки системной биологии (SBML). Первая встреча COMBINE была организована Игорем Горяниным и прошла в Школе информатики Эдинбургского университета в октябре 2010 года. За заключительной сессией встречи последовало мероприятие, посвященное 10-летию SBML. [2] С тех пор собрания COMBINE проводятся ежегодно; COMBINE 2014 был организован Университетом Южной Калифорнии , а COMBINE 2015 будет организован группой Криса Майерса из Университета Юты . [3]
Форматы представления
[ редактировать ]Инициатива COMBINE направлена на координацию разработки общественных стандартов и форматов компьютерного моделирования, особенно в системной биологии. При этом ожидается, что будет разработан набор дополнительных, но непересекающихся стандартов, охватывающих все аспекты компьютерного моделирования во всех областях биологии. [1] Основными форматами представления, охватываемыми деятельностью COMBINE, являются язык стандартов BioPAX , SBGN , SBML , а также SED-ML и CellML языки разметки . [4] Соответствующими усилиями по стандартизации являются MIRIAM , SBO , KiSAO и BioModels.net . репозиторий моделей [4]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б «Вычислительное моделирование в биологической сети» . объединить . Проверено 23 апреля 2014 г.
- ^ «События/Форумы/COMBINE 2010 — SBML.caltech.edu» . Проверено 6 августа 2015 г.
- ^ «События – ОБЪЕДИНЯЙТЕ» . Проверено 6 августа 2015 г.
- ^ Jump up to: а б «Стандарты, охватываемые деятельностью КОМБИНИРОВАНИЯ или связанные с ней» . объединить . Проверено 23 апреля 2014 г.