✖


Jump to content

СБМЛ

Язык разметки системной биологии (SBML)
Расширение имени файла
.xml, .sbml
Тип интернет-СМИ
приложение/sbml+xml
Первоначальный выпуск 2 марта 2001 г .; 23 года назад ( 2001-03-02 )
Последний выпуск
SBML уровня 3, версия 2, ядро, выпуск 2
26 апреля 2019 г .; 5 лет назад ( 26 апреля 2019 )
Тип формата Язык разметки
Расширено с XML
Открытый формат ? Да
Веб-сайт сбмл .org

Язык разметки системной биологии ( SBML ) — это формат представления, основанный на XML , для передачи и хранения вычислительных моделей биологических процессов. [1] Это бесплатный и открытый стандарт с широкой поддержкой программного обеспечения и сообществом пользователей и разработчиков. SBML может представлять множество различных классов биологических явлений , включая метаболические сети , клеточные сигнальные пути, регуляторные сети , инфекционные заболевания и многие другие. [2] [3] [4] Сегодня он был предложен в качестве стандарта для представления вычислительных моделей в системной биологии. [4]

История

[ редактировать ]

В конце 1999 — начале 2000 года при финансовой поддержке Японской научно-технической корпорации (JST) Хироаки Китано и Джон К. Дойл собрали небольшую команду исследователей для работы над разработкой более совершенной инфраструктуры программного обеспечения для компьютерного моделирования в системной биологии . Хамид Болури был руководителем команды разработчиков, в которую входили Эндрю Финни, Герберт Сауро и Майкл Хука. [5] Болури определил необходимость создания структуры, обеспечивающей функциональную совместимость и совместное использование различных программных систем моделирования биологии, существовавших в конце 1990-х годов, и организовал неформальный семинар в декабре 1999 года в Калифорнийском технологическом институте для обсуждения этого вопроса. На этом семинаре присутствовали группы, ответственные за разработку DBSolve, E-Cell, Gepasi, Jarnac, StochSim и The Virtual Cell. Отдельно, ранее в 1999 году, некоторые члены этих групп также обсуждали создание переносимого формата файлов для моделей метаболических сетей в группе BioThermoKinetics (BTK). [6] [7] Те же группы, которые присутствовали на первом семинаре Калифорнийского технологического института, снова встретились 28–29 апреля 2000 г. на первом из недавно созданной серии встреч под названием «Семинар по программным платформам для системной биологии» . [8] Во время второго семинара стало ясно, что необходим общий формат представления модели , чтобы обеспечить обмен моделями между программными инструментами в рамках любой функционирующей структуры взаимодействия, и участники семинара решили, что этот формат должен быть закодирован в XML .

Команда ERATO Калифорнийского технологического института разработала предложение по этому формату на основе XML и распространила проект определения среди участников 2-го семинара по программным платформам для системной биологии в августе 2000 года. Этот проект подвергся широкому обсуждению в списках рассылки и во время 2-го семинара по программному обеспечению. Платформы для системной биологии, [9] состоялся в Токио , Япония, в ноябре 2000 г. в качестве сопутствующего семинара конференции ICSB 2000. После дальнейших доработок, обсуждений и внедрения программного обеспечения команда Калифорнийского технологического института в марте 2001 года выпустила спецификацию для SBML Level 1, Version 1.

Уровень 2 SBML был задуман на 5-м семинаре по программным платформам для системной биологии, состоявшемся в июле 2002 года в Университете Хартфордшира , Великобритания. [10] К этому времени в нем было задействовано гораздо больше людей, чем в первоначальной группе сотрудников SBML, и дальнейшее развитие SBML стало более масштабным усилием сообщества, при этом многие новые инструменты были усовершенствованы для поддержки SBML. Участники семинара в 2002 году коллективно решили пересмотреть форму SBML на уровне 2. Первый проект спецификации уровня 2 версии 1 был выпущен в августе 2002 года, а окончательный набор функций был завершен в мае 2003 года на 7-м семинаре по программному обеспечению. Платформы для системной биологии в Ft. Лодердейл , Флорида.

Следующая версия SBML заняла два года отчасти потому, что разработчикам программного обеспечения требовалось время, чтобы освоить и понять более крупный и сложный SBML Level 2. Неизбежное обнаружение ограничений и ошибок привело к разработке SBML Level 2 Version 2, выпущенной в сентябре 2006 года. К этому времени команда редакторов SBML (которые согласовывают предложения по изменениям и пишут последовательный окончательный документ спецификации) изменилась и теперь состояла из Эндрю Финни, Майкла Хака и Николя Ле Новера.

Версия 3 SBML Level 2 была опубликована в 2007 году после многочисленных вкладов и обсуждений с сообществом SBML. В 2007 году также были избраны еще два редактора SBML в рамках создания современной организации редакторов SBML в контексте процесса разработки SBML.

Версия 4 SBML уровня 2 была опубликована в 2008 году после того, как по многочисленным просьбам были запрошены некоторые изменения в уровне 2. (Например, электронное голосование сообщества SBML в конце 2007 года показало, что большинство предпочитает не требовать строгой согласованности единиц измерения, прежде чем модель SBML будет признана допустимой.) Версия 4 была окончательно доработана после заседания форума SBML, состоявшегося в Гетеборге , Швеция, в качестве сателлитный семинар ICSB 2008 осенью 2008 года. [11]

Базовая версия SBML Level 3 версии 1 была опубликована в окончательной форме в 2010 году после длительного обсуждения и доработки редакторами SBML и сообществом SBML. Он содержит многочисленные существенные изменения в синтаксисе и конструкциях по сравнению с версией 4 уровня 2, а также представляет собой новую модульную базу для дальнейшего расширения функций и возможностей SBML в будущем.

Версия 5 SBML Level 2 была опубликована в 2015 году. Эта редакция включала ряд текстовых (но не структурных) изменений в ответ на отзывы пользователей, тем самым устраняя список ошибок, собранных за многие годы для спецификации SBML Level 2 Version 4. Кроме того, в версии 5 появилась возможность использовать вложенные аннотации в формате аннотаций SBML (формат аннотаций, основанный на подмножестве RDF ).

Язык

[ редактировать ]

Иногда ошибочно полагают, что область применения SBML ограничена только моделями биохимических сетей, поскольку оригинальные публикации и раннее программное обеспечение были сосредоточены на этой области. В действительности, хотя основные особенности SBML действительно ориентированы на представление процессов, подобных химическим реакциям, которые действуют на объекты, тот же формализм служит аналогичным образом для многих других типов процессов; более того, SBML имеет языковые функции, поддерживающие прямое выражение математических формул и прерывистых событий отдельно от реакционных процессов, что позволяет SBML представлять гораздо больше, чем просто биохимические реакции. Доказательства того, что SBML можно использовать не только для описания биохимии, можно увидеть в разнообразии моделей, доступных в базе данных BioModels .

Цели

[ редактировать ]

SBML преследует три основные цели:

  • обеспечить возможность использования нескольких программных инструментов без необходимости переписывать модели в соответствии с уникальным форматом файлов каждого инструмента;
  • обеспечить совместное использование моделей и их публикацию в форме, которую другие исследователи смогут использовать даже при работе с различными программными средами;
  • обеспечить выживание моделей после окончания срока службы программного обеспечения, использованного для их создания.

SBML не является попыткой определить универсальный язык для количественных моделей. Цель SBML — служить лингва-франка — форматом обмена, используемым различными современными программными инструментами для передачи основных аспектов вычислительной модели. [12]

Основные возможности

[ редактировать ]

SBML может кодировать модели, состоящие из сущностей (называемых в SBML видами ), на которые воздействуют процессы (называемые реакциями ). Важным принципом является то, что модели разлагаются на явно помеченные составные элементы, набор которых напоминает подробное представление уравнений химических реакций (если модель использует реакции) вместе с необязательными явными уравнениями (опять же, если модель их использует); представление SBML намеренно не превращает модель непосредственно в набор дифференциальных уравнений или другую конкретную интерпретацию модели. Эта явная декомпозиция, не зависящая от платформы моделирования, упрощает программному инструменту интерпретацию модели и перевод формы SBML в любую внутреннюю форму, которую инструмент фактически использует.

Пакет программного обеспечения может читать описание модели SBML и переводить его в собственный внутренний формат для анализа модели. Например, пакет может предоставлять возможность моделировать модель путем построения дифференциальных уравнений, а затем выполнять численное интегрирование по времени для уравнений, чтобы исследовать динамическое поведение модели. Или, альтернативно, пакет может построить дискретное стохастическое представление модели и использовать метод моделирования Монте-Карло , такой как алгоритм Гиллеспи .

SBML позволяет представлять модели произвольной сложности. Каждый тип компонента в модели описывается с использованием определенного типа структуры данных, которая организует соответствующую информацию. Структуры данных определяют, как результирующая модель кодируется в XML.

В дополнение к вышеперечисленным элементам еще одной важной особенностью SBML является то, что к каждому объекту могут быть прикреплены машиночитаемые аннотации. Эти аннотации можно использовать для выражения отношений между сущностями в данной модели и сущностями во внешних ресурсах, таких как базы данных. Хорошим примером ценности этого является база данных BioModels, где каждая модель аннотирована и связана с соответствующими ресурсами данных, такими как публикации, базы данных соединений и путей, контролируемые словари и многое другое. Благодаря аннотациям модель становится больше, чем просто воспроизведением математической конструкции — она становится семантически обогащенной структурой для передачи знаний. [13] [14]

Уровни и версии

[ редактировать ]

SBML определяется как уровни : спецификации, совместимые с предыдущими версиями, которые добавляют функции и выразительную силу. Программные инструменты, которым не нужна или не может поддерживать сложность более высоких уровней, могут продолжать использовать более низкие уровни; инструменты, которые могут читать более высокие уровни, также могут интерпретировать модели, определенные на более низких уровнях. Таким образом, новые уровни не заменяют предыдущие. Однако каждый уровень может иметь несколько версий, и новые версии уровня заменяют старые версии того же уровня.

В настоящее время определены три уровня SBML. Текущие версии этих уровней следующие:

  • Ядро уровня 3 версии 2, для которого окончательная спецификация версии 2 была выпущена 26 апреля 2019 г.
  • Уровень 2 Версия 5 Выпуск 1
  • Уровень 1 Версия 2

Инфраструктура программного обеспечения с открытым исходным кодом, такая как libSBML и JSBML, позволяет разработчикам поддерживать все уровни SBML в своем программном обеспечении с минимальными усилиями.

Команда SBML поддерживает общедоступную систему отслеживания проблем, где читатели могут сообщать об ошибках или других проблемах в документах спецификации SBML. Сообщенные проблемы в конечном итоге включаются в список официальных ошибок, связанных с каждой версией спецификации. Списки ошибок задокументированы на странице «Спецификации» сайта SBML.org.

Пакеты уровня 3

[ редактировать ]

Разработка SBML уровня 3 ведется по модульному принципу. Спецификация Core представляет собой полный формат, который можно использовать отдельно. Дополнительные пакеты уровня 3 могут быть наложены на это ядро, чтобы обеспечить дополнительные, дополнительные функции.

Иерархическая композиция модели

[ редактировать ]

Пакет Hierarchical Model Composition, известный как « comp », был выпущен в ноябре 2012 года. Этот пакет предоставляет возможность включать модели в качестве подмоделей внутри другой модели. Цель – поддержать способность разработчиков моделей и программных инструментов для выполнения таких задач, как (1) разложение больших моделей на более мелкие, как способ управления сложностью; (2) включать несколько экземпляров данной модели в один или несколько вмещающие модели, чтобы избежать буквального дублирования повторяющихся элементов; и (3) создавать библиотеки многократного использования, протестированные модели, так же, как это делается в разработке программного обеспечения и других инженерных областях. Спецификация стала кульминацией многолетних обсуждений широкого круга людей.

Ограничения баланса потоков

[ редактировать ]

Пакет Flux Balance Constraints (по прозвищу « fbc ») был впервые выпущен. в феврале 2013 г. Изменения в импорте были внесены в рамках Версия 2, [15] выпущен в сентябре 2015 года. Пакет " fbc " обеспечивает поддержку моделирования на основе ограничений. [16] часто используется для анализа и изучения биологических сетей на как в малых, так и в больших масштабах. [17] Этот пакет SBML использует стандартные компоненты из базовой спецификации SBML Level 3, включая видов и реакций и расширяет их дополнительными атрибутами и структуры, позволяющие разработчикам моделей определять такие вещи, как границы потока и функции оптимизации.

Качественные модели

[ редактировать ]

Качественные модели или пакет « qual » для SBML уровня 3 был выпущен в мае 2013 года. Этот пакет поддерживает представление моделей, в которых отсутствуют глубокие знания биохимических реакций и их кинетики. и необходимо использовать качественный подход. Примеры явлений, которые имеют были смоделированы таким образом, включают сети регуляции генов [18] и сигнальные пути, [19] основывая структуру модели на определение графиков регулирования или влияния. Определение и использование некоторые компоненты этого класса моделей отличаются от того, как виды и реакции определены и используются в основных моделях SBML. Например, качественные модели обычно связывают дискретные уровни деятельности с пулы сущностей; следовательно, процессы с их участием не могут быть описаны как реакции как таковые, а скорее как переходы между состояниями. Эти системы можно рассматривать как реактивные системы, динамика которых представлена ​​посредством графы переходов состояний (или другие структуры Крипке [20] ) в узлы которого являются достижимыми состояниями, а ребра — состоянием переходы.

Макет

[ редактировать ]

SBML Пакет макетов возник как набор соглашений о аннотациях. можно использовать на уровне 2 SBML. Он был представлен на форуме SBML в Сент-Луис в 2004 году. [21] Ральф Гейджес написал спецификация [22] и предоставил реализацию, которая широко использовался. Это первоначальное определение было переформулировано в SBML. Пакет уровня 3, а спецификация была официально выпущена в августе. 2013.

Пакет макетов SBML уровня 3 содержит спецификацию того, как представить реакционную сеть в графической форме. Таким образом, он лучше адаптирован задаче, чем использование произвольного рисунка или графика. СБМЛ Пакет уровня 3 содержит только информацию, необходимую для определения положение и другие аспекты макета графика; дополнительные детали необходимо для завершения графика, а именно, как подразумеваются визуальные аспекты для визуализации — являются компетенцией отдельного SBML уровня 3. пакет под названием Rendering (по прозвищу « рендеринг »). По состоянию на ноябрь 2015 года проект спецификация пакета " render " доступна, но ещё не опубликована. официально завершено. [23]

Пакеты в разработке

[ редактировать ]

В настоящее время ведется разработка пакетов SBML уровня 3, в ходе которых анализируются спецификации и реализуются пытались в процессе разработки. Если спецификация стабильна и существуют две реализации, которые ее поддерживают, посылка считается принятой. Все пакеты, описанные выше, достигли стадии приемки. В таблице ниже представлен краткий обзор пакетов, которые в настоящее время находятся на стадии разработки.

Имя пакета Этикетка Описание
Массивы массивы Поддержка выражения массивов компонентов
Распределения распределять Поддержка моделей кодирования, которые выбирают значения из статистических распределений или определяют статистику, связанную с числовыми значениями.
Динамика мужчина Поддержка создания и уничтожения объектов во время моделирования.
Группы группы Средство группировки элементов
Многогосударственные и многокомпонентные виды мульти Структуры объектов для представления пулов сущностей с несколькими состояниями и состоящими из нескольких компонентов, а также правила реакции, включающие их.
Рендеринг оказывать Поддержка определения графических символов и глифов, используемых на схеме модели; дополнение к пакету макетов
Обязательные элементы запрос Поддержка детальной индикации элементов SBML, которые были изменены присутствием другого пакета.
Пространственные процессы пространственный Поддержка описания процессов, включающих пространственный компонент, и описания задействованной геометрии.

Структура

[ редактировать ]

Определение модели на уровнях SBML 2 и 3 состоит из списков одного или нескольких из следующих компонентов:

  • Определение функции : именованная математическая функция, которую можно использовать в остальной части модели.
  • Определение единицы измерения : именованное определение новой единицы измерения или переопределение существующей единицы измерения по умолчанию SBML. Именованные единицы можно использовать для выражения величин в модели.
  • Тип отсека (только на уровне 2 SBML): тип места, где могут находиться реагирующие объекты, такие как химические вещества.
  • Тип вида (только на уровне SBML 2): тип объекта, который может участвовать в реакциях. Примеры типов видов включают такие ионы, как Ca. 2+ , молекулы, такие как глюкоза или АТФ, места связывания белка и многое другое.
  • Отделение : Хорошо перемешиваемый контейнер определенного типа и конечного размера, в котором могут находиться виды. Модель может содержать несколько отсеков одного типа. Каждый вид в модели должен находиться в отсеке.
  • Виды : Пул существ одного и того же вида, расположенный в определенном отсеке .
  • Параметр : величина с символическим именем. В SBML термин «параметр» используется в общем смысле для обозначения именованных величин независимо от того, являются ли они константами или переменными в модели.
  • Начальное задание : математическое выражение, используемое для определения начальных условий модели. Этот тип структуры можно использовать только для определения того, как значение переменной может быть рассчитано на основе других значений и переменных в начале моделируемого времени.
  • Правило : математическое выражение, используемое в сочетании с дифференциальными уравнениями, построенными на основе набора реакций в модели. Его можно использовать для определения того, как значение переменной может быть рассчитано на основе других переменных, или использоваться для определения скорости изменения переменной. Набор правил модели можно использовать с уравнениями скорости реакции, чтобы определить поведение модели во времени. Набор правил ограничивает модель на протяжении всего моделируемого времени.
  • Ограничение : математическое выражение, определяющее ограничение на значения переменных модели. Ограничение применяется во все моменты моделируемого времени. Набор ограничений в модели не следует использовать для определения поведения модели во времени.
  • Реакция : утверждение, описывающее некоторый процесс трансформации, транспортировки или связывания, который может изменить количество одного или нескольких видов. Например, реакция может описывать, как определенные объекты (реагенты) превращаются в некоторые другие объекты (продукты). Реакции имеют соответствующие выражения кинетической скорости, описывающие, насколько быстро они происходят.
  • Событие : утверждение, описывающее мгновенное, прерывистое изменение набора переменных любого типа (концентрация вида, размер отсека или значение параметра) при выполнении условия запуска.

DSL, поддерживающие SBML

[ редактировать ]

SBML — это прежде всего формат для обмена моделями системной биологии между программными инструментами моделирования или для архивирования моделей в репозиториях, таких как BiGG , BioModels или JWS Online . Поскольку SBML закодирован в XML и, в частности, использует MathML для представления математических вычислений, этот формат не читается человеком. В результате другие группы разработали удобочитаемые форматы, которые можно конвертировать в SBML и обратно.

SBML-сокращение

[ редактировать ]

Сокращение SBML — это спецификация и связанный с ним инструментарий Python для взаимного преобразования SBML и сокращенной нотации. Формат был разработан британской группой системной биологии Ньюкасла где-то до 2006 года. [24] Его цель заключалась в том, чтобы позволить разработчикам моделей быстрее создавать модели без необходимости писать необработанный XML или использовать инструменты графического пользовательского интерфейса. Предоставляются два инструмента Python: mod2sbml.py и sbml2mod.py. Пакет libSBML для Python необходим для помощи в преобразовании. В настоящее время сокращение SBML поддерживает SBML Level 3, версию 1.

Следующий код является примером сокращения SBML, используемого для описания простого механизма фермент-субстрат. 

@compartments
 cell=1
@species
 cell:Substrate=10
 cell:Enzyme=5
 cell:Complex=0
 cell:Product=0
@parameters
 k1=1
 k1r=2
@reactions
@rr=Binding
 Substrate+Enzyme -> Complex
 k1*Substrate*Enzyme-k1r*Complex
@r=Conversion
 Complex -> Product + Enzyme
 kcat*Complex : kcat=3

Сурьма

[ редактировать ]
Основная статья: Биохимический язык сурьмы

Antimony основан на более раннем DSL, реализованном в приложении моделирования Jarnac. [25] Это, в свою очередь, было основано на приложении моделирования SCAMP. [26] который в конечном итоге черпал вдохновение из языка DSL, разработанного Дэвидом Гарфинкелем для симулятора BIOSIM. [27]

Как и сокращение SBML, Antimony обеспечивает упрощенное текстовое представление SBML. В нем используется минимум знаков препинания, что облегчает чтение и понимание текста. Он также позволяет пользователям добавлять комментарии. Antimony реализован с использованием C/C++. [28] и Bison в качестве анализатора грамматики. Однако в дистрибутив также входят привязки Python, которые можно установить с помощью pip, чтобы упростить использование Python. Он также доступен через пакет Tellurium. [29] Совсем недавно появилась версия JavaScript/WASM. [30] был создан, что позволяет использовать язык Antimony в Интернете. Инструмент веб-сайта makebml использует версию Javascript. [31] Antimony поддерживает SBML Level 3, версию 2. Antimony также поддерживает следующие пакеты SBML: состав иерархической модели, ограничения баланса потоков и распределения.

Следующий пример иллюстрирует использование сурьмы для описания простой модели кинетики фермента: 

  binding:    Substrate + Enzyme -> Complex; k1*Substrate*Enzyme - k1r*Complex;
  Conversion: Complex -> Product + Enzyme;   kcat*Complex;

  // Species initializations
  Substrate = 10;
  Enzyme = 5;
  Complex = 0;
  Product = 0;

  // Variable initializations
  k1 = 1;
  k1r = 2;
  kcat = 3;

Сообщество

[ редактировать ]

По состоянию на февраль 2020 года около 300 программных систем рекламируют поддержку SBML. Текущий список доступен в виде Руководства по программному обеспечению SBML , размещенного на сайте SBML.org.

SBML разрабатывался и продолжает разрабатываться сообществом людей, создающих программные платформы для системной биологии, посредством активных дискуссионных списков по электронной почте и семинаров, проводимых два раза в год. Встречи часто проводятся одновременно с другими конференциями по биологии, особенно с Международной конференцией по системной биологии (ICSB). Усилия сообщества координируются избранным редакционным советом, состоящим из пяти членов. Каждый редактор избирается на трехлетний срок без права продления.

Такие инструменты, как онлайн-валидатор модели, а также библиотеки с открытым исходным кодом для включения SBML в программное обеспечение, написанное на C , C++ , Java , Python , Mathematica , MATLAB и других языках, разрабатываются частично командой SBML, а частично более широким сообществом SBML. . [32]

SBML — это официальный IETF тип MIME , указанный в RFC 3823. [33]

См. также

[ редактировать ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Энциклопедия системной биологии Дубицкий В., Волькенхауэр О., Йокота Х., Чо К.-Х. (Ред.) СБМЛ, стр. 2057-2062. Спрингер 2013 ISBN   978-1-4419-9863-7
  2. ^ Хука, М.; Финни, А.; Сауро, HM; Болури, Х.; Дойл, Дж. К.; Китано, Х .; Аркин, AP; Борнштейн, Би Джей; Брей, Д; Корниш-Боуден, А.; Куэльяр, А.А.; Дронов С.; Жиль, Эд; Гинкель, М; Гор, В.; Горянин, И.И.; Хедли, штат Вашингтон; Ходжман, Калифорния; Хофмейр, Ж.-Х. Хантер, Пи Джей; Джути, Н.С.; Касбергер, JL; Кремлинг, А.; Куммер, У.; Ле Новер, Н.; Лоу, Л.М.; Пайк, Д.; Мендес, П .; Минч, Э.; Мьёлснесс, Эд; Накаяма, Ю.; Нельсон, MR; Нильсен, ПФ; Сакурада, Т.; Шафф, Дж. К.; Шапиро, Бельгия; Симидзу, ТС; Спенс, HD; Стеллинг, Дж.; Такахаши, К.; Томита, М.; Вагнер, Дж.; Ван, Дж. (2003). «Язык разметки системной биологии (SBML): среда для представления и обмена моделями биохимических сетей» . Биоинформатика . 19 (4): 524–531. CiteSeerX   10.1.1.562.1085 . doi : 10.1093/биоинформатика/btg015 . ПМИД   12611808 .
  3. ^ Финни, А.; Хука, М. (2003). «Язык разметки системной биологии: уровень 2 и выше». Труды Биохимического общества . 31 (6): 1472–3. дои : 10.1042/BST0311472 . ПМИД   14641091 .
  4. ^ Перейти обратно: а б Хука, М.; Финни, А.; Борнштейн, Би Джей; Китинг, С.М.; Шапиро, Бельгия; Мэтьюз, Дж.; Ковиц, БЛ; Шилстра, MJ; Фунахаси, А.; Дойл, Дж. К.; Китано, Х. (2004). «Развитие лингва-франка и связанной с ней инфраструктуры программного обеспечения для вычислительной системной биологии: проект языка разметки системной биологии (SBML)» (PDF) . Системная биология . 1 (1): 41–53. дои : 10.1049/сб:20045008 . ПМИД   17052114 .
  5. ^ Хука, Майкл. «История СБМЛ» . Проверено 3 января 2010 г.
  6. ^ бионет.метаболик-рег. «ОБЪЯВЛЕНИЕ: Портативный метаболический бинарный стандарт» . Проверено 13 декабря 2010 г.
  7. ^ Келл, Д.Б .; Мендес, П. (2008). «Разметка - это модель: рассуждения о моделях системной биологии в эпоху семантической сети». Журнал теоретической биологии . 252 (3): 538–543. Бибкод : 2008JThBi.252..538K . дои : 10.1016/j.jtbi.2007.10.023 . ПМИД   18054049 .
  8. ^ Команда СБМЛ. «1-й семинар по программным платформам для системной биологии» . Проверено 3 декабря 2010 г.
  9. ^ Команда СБМЛ. «2-й семинар по программным платформам для системной биологии» . Проверено 13 декабря 2010 г.
  10. ^ Команда СБМЛ. «5-й семинар по программным платформам для системной биологии» . Проверено 3 января 2010 г.
  11. ^ Команда СБМЛ. «13-й Форум СБМЛ» . Проверено 3 января 2010 г.
  12. ^ Финни, А., Хука, М., Борнштейн, Б.Дж., Китинг, С.М., Шапиро, Б.Е., Мэтьюз, Дж., Ковиц, Б.Л., Шилстра, М.Дж., Фунахаши, А., Дойл, Дж.К., Китано, Х. (2006 г.) ). «Программная инфраструктура для эффективной коммуникации и повторного использования вычислительных моделей». Системное моделирование в клеточной биологии: от концепций к гайкам и болтам . МТИ Пресс. стр. 369–378. {{cite conference}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  13. ^ Краузе, Фалько; Улендорф, Яннис; Любиц, Тимо; Шульц, Марвин; Клипп, Эдда; Либермейстер, Вольфрам (2009). «Аннотация и объединение моделей SBML с семантикой SBML» . Биоинформатика . 26 (3): 421–2. doi : 10.1093/биоинформатика/btp642 . ПМИД   19933161 .
  14. ^ Альм, Ребекка; Валтемат, Дагмар; Вулфиен, Маркус; Волькенхауэр, Олаф; Хенкель, Рон (2015). «Извлечение признаков на основе аннотаций из наборов моделей SBML» . Журнал биомедицинской семантики . 6:20 . дои : 10.1186/s13326-015-0014-4 . ПМЦ   4405863 . ПМИД   25904997 .
  15. ^ Бретт Г. Оливье и Фрэнк Т. Бергманн. «Пакет SBML уровня 3: ограничения баланса потока ('fbc')» . Проверено 24 ноября 2015 г.
  16. ^ Орт, Джеффри Д.; Тиле, Инес; Палссон, Бернхард О (2010). «Что такое анализ баланса потоков?» . Природная биотехнология . 28 (3): 245–8. дои : 10.1038/nbt.1614 . ПМК   3108565 . ПМИД   20212490 .
  17. ^ Оберхардт, Мэтью А; Палссон, Бернхард О; Папин, Джейсон А. (2009). «Применение метаболических реконструкций в масштабе генома» . Молекулярная системная биология . 5 : 320. дои : 10.1038/msb.2009.77 . ПМК   2795471 . ПМИД   19888215 .
  18. ^ Батт, Грегори; Роперс, Дельфина; де Йонг, Хидде; Гейзельманн, Йоханнес; Матееску, Раду; Пейдж, Мишель; Шнайдер, Доминик (2005). «Подтверждение качественных моделей генетических регуляторных сетей путем проверки моделей: анализ реакции пищевого стресса у Escherichia coli» . Биоинформатика . 21 : i19–28. doi : 10.1093/биоинформатика/bti1048 . ПМИД   15961457 .
  19. ^ Хеликар, Томас; Конвалина, Джон; Хидель, Джек; Роджерс, Джим А. (2008). «Экстренное принятие решений в сетях передачи биологических сигналов» . Труды Национальной академии наук . 105 (6): 1913–1918. Бибкод : 2008PNAS..105.1913H . дои : 10.1073/pnas.0705088105 . ПМЦ   2538858 . ПМИД   18250321 .
  20. ^ Кларк, Э.М., Грумберг, О., Пелед, Д.А. (1999). Модальная проверка . МТИ Пресс. {{cite conference}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  21. ^ Команда СБМЛ. «8-й Форум СБМЛ» . Проверено 3 января 2010 г.
  22. ^ Калибры, Ральф; Рост, Урсула; Сале, Свен; Вегнер, Катя (2006). «Расширение макета диаграммы модели для SBML» . Биоинформатика . 22 (15): 1879–85. doi : 10.1093/биоинформатика/btl195 . ПМИД   16709586 .
  23. ^ Ральф Манометры; Свен Сале; Катя Венглер; Фрэнк Т. Бергманн и Сара М. Китинг. «Пакет SBML уровня 3: рендеринг («рендеринг»)» . Проверено 24 ноября 2015 г.
  24. ^ Уилкинсон, Даррен Джеймс (2006). Стохастическое моделирование в системной биологии (1-е изд.). Бока-Ратон, Флорида: Chapman & Hall / CRC. ISBN  1-58488-540-8 .
  25. ^ Сауро, Герберт (2001). «ЖАРНАК: система интерактивного метаболического анализа» (PDF) . Анимация карты сотовой связи . Материалы 9-го Международного совещания по биотермокинетике: 221–228.
  26. ^ Сауро, Герберт М. (1993). «SCAMP: универсальный симулятор и программа анализа метаболического контроля». Биоинформатика . 9 (4): 441–450. дои : 10.1093/биоинформатика/9.4.441 . ПМИД   8402211 .
  27. ^ Гарфинкель, Дэвид (август 1968 г.). «Машинно-независимый язык для моделирования сложных химических и биохимических систем». Компьютеры и биомедицинские исследования . 2 (1): 31–44. дои : 10.1016/0010-4809(68)90006-2 . ПМИД   5743538 .
  28. ^ "sys-био/сурьма" . Лаборатория UW Сауро. 25 июня 2023 г.
  29. ^ Чой, Кири; Медли, Дж. Кайл; Кениг, Матиас; Чулок, Кейлин; Смит, Люциан; Гу, Стэнли; Сауро, Герберт М. (сентябрь 2018 г.). «Теллурий: расширяемая среда моделирования на основе Python для систем и синтетической биологии» . Биосистемы . 171 : 74–79. doi : 10.1016/j.biosystems.2018.07.006 . ПМК   6108935 . ПМИД   30053414 .
  30. ^ «Сайт MakeSBML» . Лаборатория UW Сауро. 6 июля 2023 г.
  31. ^ «Сайт MakeSBML» . Лаборатория UW Сауро. 6 июля 2023 г.
  32. ^ Родригес, Николас; Петти, Жан-Батист; Далле Пецце, Пьеро; Ли, Лу; Генри, Арно (2016). «Конвертер форматов системной биологии» . БМК Биоинформатика . 17 (1): 1–7. дои : 10.1186/s12859-016-1000-2 . ПМЦ   4820913 . ПМИД   27044654 .
  33. ^ Ковиц, Бенджамин (июнь 2004 г.). «Тип носителя MIME для языка разметки системной биологии (SBML)» . Запрос IETF на комментарии 3823 . Проверено 3 января 2010 г.
[ редактировать ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=SBML&oldid=1192696077"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 7843a417ec92c706a1dcfe90b1004174__1703959560
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/78/74/7843a417ec92c706a1dcfe90b1004174.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
SBML - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)