Минимальная информация, необходимая в аннотации моделей

МИРИАМ (Минимум информации, необходимой в аннотации моделей) ^[1]) — это попытка сообщества стандартизировать процессы аннотирования и курирования количественных моделей биологических систем. ^[2] Он состоит из набора руководств, подходящих для использования в любом структурированном формате, что позволяет различным группам сотрудничать и обмениваться полученными моделями. Соблюдение этих рекомендаций также облегчает совместное использование программного обеспечения и сервисных инфраструктур, созданных на основе моделирования.

Идея «набора передовых практик», включающего «некоторые обязательные метаданные», была впервые предложена Николя Ле Новером в октябре 2004 года в рамках дискуссии по разработке общей базы данных моделей системной биологии (что привело к созданию базы данных BioModels Database). ). Эти первоначальные идеи получили дальнейшее развитие на встрече в Гейдельберге во время ICSB 2004 года с участием представителей многих других заинтересованных групп.

MIRIAM является зарегистрированным проектом MIBBI (минимум информации для биологических и биомедицинских исследований). ^[3]

Рекомендации МИРИАМ

Рекомендации MIRIAM состоят из трех частей: справочная переписка , аннотация атрибуции и аннотация внешних ресурсов , каждая из которых посвящена отдельному аспекту информации, которая должна быть включена в модель.

Справочная переписка

«Справочное соответствие» имеет дело с основной справочной информацией, необходимой для использования модели, детализируя на грубом уровне формат файла модели и ее возможность создания экземпляров для целей моделирования.

Файл модели должен быть закодирован в общедоступном стандартизированном машиночитаемом формате ( SBML , CellML , GENESIS , ...).
Файл модели должен быть действительным с точки зрения его схемы кодирования.
Модель должна быть связана со справочным описанием или публикацией, подробно описывающей ее происхождение, даже если она является составной.
Структура закодированной модели должна отражать (биологический) процесс(ы), подробно описанный в справочном описании.
Модель должна быть инстанцируемой; необходимые количественные параметры, такие как начальные условия, должны быть предоставлены, если они необходимы для моделирования.
При создании экземпляра модель должна быть способна воспроизводить репрезентативные результаты, указанные в справочном описании, в пределах эпсилона (алгоритмы, ошибки округления).

Аннотация атрибуции

«Аннотация атрибуции» касается информации об атрибуции, которая должна быть встроена в файл модели.

Модель должна иметь имя.
Модель должна включать ссылку на справочное описание с указанием авторов модели.
Модель должна содержать имена и контактные данные создателей модели.
Необходимо указать дату и время создания модели и последней модификации. История модели полезна, но не обязательна.
Модель должна быть связана с точным заявлением об условиях ее использования и распространения, независимо от того, является ли она «бесплатной для использования» или нет.

Аннотация внешнего ресурса

«Аннотация внешнего ресурса» определяет способ создания аннотаций. Эти аннотации содержат ссылки на объекты в базах данных, классификациях, онтологиях и т. д. Одна из целей аннотаций — обеспечить однозначную идентификацию различных компонентов модели.

Аннотация должна однозначно связывать часть знаний с компонентом модели.
Справочная информация должна быть описана с использованием тройки {data collection, collection-specific identifier, optional qualifier}:
- Аннотация должна быть выражена в виде универсального идентификатора ресурса (URI).
- Идентификатор, специфичный для коллекции, следует анализировать в рамках сбора данных.
- Квалификаторы (необязательно) следует использовать для уточнения связи между компонентами модели и справочной информацией, например «has_a», «is_version_of» и «is_homolog_to».

Дополнительную информацию о существующих квалификаторах можно получить на сайте BioModels.net. ^[4]

До сих пор аннотации — это в основном ручная работа, поэтому для обеспечения их долговечности необходимо использование постоянных URI. Было признано, что создание действительных и уникальных URI для аннотаций требует создания каталога общих пространств имен для использования сообществом. Эту функцию предоставляет реестр MIRIAM . Реестр также предоставляет множество вспомогательных функций, позволяющих автоматизировать процедуры на основе этих URI. Возможность генерировать разрешимые идентификаторы обеспечивается за счет использования разрешающего слоя Identifiers.org .

См. также

Ссылки

^ В исходной статье использовался глагол «запрашивается», но благодаря использованию сообществом он превратился в «обязательный» и соответствует другим стандартам минимальной информации (MI), доступным на портале MIBBI.
^ Ле Новер, Николя ; Финни, Эндрю; Хука, Майкл; Бхалла, Упиндер С; Кампань, Фабьен; Кольядо-Видес, Хулио; Крампин, Эдмунд Дж; Холстед, Мэтт; и др. (2005). «Минимум информации, запрашиваемый в аннотации биохимических моделей (МИРИАМ)» . Природная биотехнология . 23 (12): 1509–15. дои : 10.1038/nbt1156 . hdl : 11858/00-001M-0000-0010-853F-C . ПМИД 16333295 .
^ http://www.mibbi.org/ Минимальная информация для биологических и биомедицинских исследований. ^{[ нужен неосновной источник ]}
^ "веб-сайт" . Биомодели.нет. 22 февраля 1999 г. Проверено 9 октября 2012 г.

[1] В исходной статье использовался глагол «запрашивается», но благодаря использованию сообществом он превратился в «обязательный» и соответствует другим стандартам минимальной информации (MI), доступным на портале MIBBI.

[pmid16333295-2] Ле Новер, Николя ; Финни, Эндрю; Хука, Майкл; Бхалла, Упиндер С; Кампань, Фабьен; Кольядо-Видес, Хулио; Крампин, Эдмунд Дж; Холстед, Мэтт; и др. (2005). «Минимум информации, запрашиваемый в аннотации биохимических моделей (МИРИАМ)» . Природная биотехнология . 23 (12): 1509–15. дои : 10.1038/nbt1156 . hdl : 11858/00-001M-0000-0010-853F-C . ПМИД 16333295 .

[3] ttp://www.mibbi.org/ Минимальная информация для биологических и биомедицинских исследований. ^{[ нужен неосновной источник ]}

[4] "веб-сайт" . Биомодели.нет. 22 февраля 1999 г. Проверено 9 октября 2012 г.

[1]

[2]

[3]

[4]