Реестр МИРИАМ
Реестр MIRIAM , побочный продукт MIRIAM Guidelines, представляет собой базу данных пространств имен и связанной с ними информации, которая используется при создании унифицированных идентификаторов ресурсов . Он содержит набор одобренных сообществом пространств имен для баз данных и ресурсов, обслуживающих, в первую очередь, область биологических наук. Эти общие пространства имен в сочетании с идентификаторами «сбора данных» могут использоваться для создания глобальных уникальных идентификаторов знаний, содержащихся в репозиториях данных. Дополнительные сведения об использовании URI для аннотирования моделей см. в спецификации SBML Level 2 версии 2 (и выше).
«Сбор данных» определяется как набор данных, генерируемых поставщиком. «Ресурс» определяется как распространитель этих данных. Такое описание позволяет связать многочисленные ресурсы с одной коллекцией, обеспечивая точное представление о том, как биологическая информация доступна во Всемирной паутине; часто одна и та же информация из одного набора данных может быть отражена в разных ресурсах или основная информация может быть дополнена другими данными.
- имя коллекции данных: Gene Ontology
- идентификатор сбора данных: MIR:00000022
- Синонимы сбора данных: GO
- Шаблон идентификатора сбора данных: ^GO:\d{7}$
- пространство имен для сбора данных: urn:miriam:obo.go
- сбор данных «Корневой URL»: http://identifiers.org/obo.go/
- сбор данных «Корневой URN»: urn:miriam:obo.go :
- Ресурсы коллекции:
- ресурс №1
- идентификатор ресурса: MIR:00100012
- веб-сайт местоположения ресурса: http://www.ebi.ac.uk/ego/
- URL-адрес доступа к ресурсу (токенизированный): http://www.ebi.ac.uk/ego/DisplayGoTerm?selected=$1
- Описание ресурса: QuickGO (браузер Gene Ontology)
- Ресурсное учреждение: Европейский институт биоинформатики, Великобритания.
- ресурс №2
- [...]
- ресурс №1
Реестр MIRIAM — это курируемый ресурс, который находится в свободном доступе и открыт для всех. Заявки на новые коллекции можно подать через сайт. [1]
Идентификаторы с использованием системы МИРИАМ
[ редактировать ]Рекомендации MIRIAM требуют использования единых идентификаторов ресурсов в аннотациях компонентов модели. Они создаются с использованием общего списка пространств имен, определенного в реестре MIRIAM.
ЧУДЕСНЫЕ ОЖОГИ
[ редактировать ]Используя пространства имен, определенные в реестре MIRIAM, можно создавать идентификаторы как в форме URN, так и в форме URL. Для этого требуется уникальный идентификатор коллекции, а также пространство имен для глобального ограничения информационного пространства. И пространство имен, и корень каждой формы URI задаются для каждой коллекции данных в реестре. Обе формы происходят из одного и того же пространства имен. Например:
- форма урны:
urn:miriam:pubmed:16333295 - URL-форма:
http://identifiers.org/pubmed/16333295
В этом примере идентификатор коллекции — 16333295, а пространство имен опубликовано.
Форма идентификаторов URN требует использования веб-служб или программных средств для доступа к ссылочной записи. Это означает, что невозможно просто поместить форму URN в окно браузера и получить указанную информацию. Форма URL-адреса разрешается напрямую и опирается на уровень разрешения, предоставленный Identifiers.org .
Поддержка функций и доступности
[ редактировать ]Чтобы обеспечить эффективное использование реестра MIRIAM и быстрое внедрение схемы аннотаций, предусмотрен ряд вспомогательных функций. [2] К ним относятся веб-службы , интерфейс веб-сайта. [3] для доступа к самому реестру и библиотеке Java [4]
Реестр MIRIAM разработан группой службы протеомики Европейского института биоинформатики . Исходный код всего проекта, включая вспомогательные функции, доступен на SourceForge.net . [5]
Реестр MIRIAM используется несколькими всемирными проектами, такими как База данных биомоделей , [6] [7] ВАЙС-РК, [8] КОПАСИ, [9] Более подробный список можно найти на сайте. [10]
См. также
[ редактировать ]- Минимальные информационные стандарты
- МИРИАМ
- Identifiers.org
- Стандарты метаданных
- Вычислительная системная биология
- База данных биомоделей
- СБМЛ
- CellML
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Страница подачи новой коллекции» . Ebi.ac.uk. Проверено 9 октября 2012 г.
- ^ Лайбе, Камилла; Ле Новер, Николя (2007). «Ресурсы MIRIAM: инструменты для создания и разрешения надежных перекрестных ссылок в системной биологии» . Системная биология BMC . 1:58 . дои : 10.1186/1752-0509-1-58 . ПМЦ 2259379 . ПМИД 18078503 .
- ^ «Веб-сайт ресурсов MIRIAM» . Ebi.ac.uk. Проверено 9 октября 2012 г.
- ^ Ли, К.; Курто, М.; Ле Новер, Н.; Лайбе, К. (2009). «Веб-сервисы BioModels.net, бесплатный интегрированный набор инструментов для программного обеспечения для компьютерного моделирования» . Брифинги по биоинформатике . 11 (3): 270–7. дои : 10.1093/bib/bbp056 . ПМЦ 2913671 . ПМИД 19939940 .
- ^ «MIRIAM | Бесплатная загрузка программного обеспечения для науки и техники на SourceForge.net» . Архивировано из оригинала 10 мая 2012 г. Проверено 23 октября 2012 г. Проект MIRIAM на SourceForge.net [ нужен неосновной источник ]
- ^ Ли, С; Донизелли, М; Родригес, Н.; Дхарури, Х; Эндлер, Л; Челия, В; Ли, Л; Он, Э; Генри, А; Стефан, Мелани I; Снуп, Джеки Л; Хука, Майкл; Ле Новер, Николя; Лайбе, Камилла (2010). «База данных биомоделей: расширенный, курируемый и аннотированный ресурс для опубликованных количественных кинетических моделей» . Системная биология BMC . 4:92 . дои : 10.1186/1752-0509-4-92 . ПМК 2909940 . ПМИД 20587024 .
- ^ «Веб-сайт базы данных биомоделей» . Ebi.ac.uk. Проверено 9 октября 2012 г.
- ^ СДБВ. «Виртуальная ячейка базы данных кинетики реакций SABIO» . Sabio.villa-bosch.de . Проверено 9 октября 2012 г.
- ^ «Симулятор сложного пути и SBMLeditor» . Копаси.org . Проверено 9 октября 2012 г.
- ^ «Использование МИРИАМ» . Ebi.ac.uk. Проверено 9 октября 2012 г.