Jump to content

Реестр МИРИАМ

Реестр MIRIAM , побочный продукт MIRIAM Guidelines, представляет собой базу данных пространств имен и связанной с ними информации, которая используется при создании унифицированных идентификаторов ресурсов . Он содержит набор одобренных сообществом пространств имен для баз данных и ресурсов, обслуживающих, в первую очередь, область биологических наук. Эти общие пространства имен в сочетании с идентификаторами «сбора данных» могут использоваться для создания глобальных уникальных идентификаторов знаний, содержащихся в репозиториях данных. Дополнительные сведения об использовании URI для аннотирования моделей см. в спецификации SBML Level 2 версии 2 (и выше).

«Сбор данных» определяется как набор данных, генерируемых поставщиком. «Ресурс» определяется как распространитель этих данных. Такое описание позволяет связать многочисленные ресурсы с одной коллекцией, обеспечивая точное представление о том, как биологическая информация доступна во Всемирной паутине; часто одна и та же информация из одного набора данных может быть отражена в разных ресурсах или основная информация может быть дополнена другими данными.

Пример записи, хранящейся в реестре MIRIAM
  • имя коллекции данных: Gene Ontology
  • идентификатор сбора данных: MIR:00000022
  • Синонимы сбора данных: GO
  • Шаблон идентификатора сбора данных: ^GO:\d{7}$
  • пространство имен для сбора данных: urn:miriam:obo.go
  • сбор данных «Корневой URL»: http://identifiers.org/obo.go/
  • сбор данных «Корневой URN»: urn:miriam:obo.go :
  • Ресурсы коллекции:
    • ресурс №1
      • идентификатор ресурса: MIR:00100012
      • веб-сайт местоположения ресурса: http://www.ebi.ac.uk/ego/
      • URL-адрес доступа к ресурсу (токенизированный): http://www.ebi.ac.uk/ego/DisplayGoTerm?selected=$1
      • Описание ресурса: QuickGO (браузер Gene Ontology)
      • Ресурсное учреждение: Европейский институт биоинформатики, Великобритания.
    • ресурс №2
      • [...]

Реестр MIRIAM — это курируемый ресурс, который находится в свободном доступе и открыт для всех. Заявки на новые коллекции можно подать через сайт. [1]

Идентификаторы с использованием системы МИРИАМ

[ редактировать ]

Рекомендации MIRIAM требуют использования единых идентификаторов ресурсов в аннотациях компонентов модели. Они создаются с использованием общего списка пространств имен, определенного в реестре MIRIAM.

ЧУДЕСНЫЕ ОЖОГИ

[ редактировать ]

Используя пространства имен, определенные в реестре MIRIAM, можно создавать идентификаторы как в форме URN, так и в форме URL. Для этого требуется уникальный идентификатор коллекции, а также пространство имен для глобального ограничения информационного пространства. И пространство имен, и корень каждой формы URI задаются для каждой коллекции данных в реестре. Обе формы происходят из одного и того же пространства имен. Например:

В этом примере идентификатор коллекции — 16333295, а пространство имен опубликовано.

Форма идентификаторов URN требует использования веб-служб или программных средств для доступа к ссылочной записи. Это означает, что невозможно просто поместить форму URN в окно браузера и получить указанную информацию. Форма URL-адреса разрешается напрямую и опирается на уровень разрешения, предоставленный Identifiers.org .

Поддержка функций и доступности

[ редактировать ]

Чтобы обеспечить эффективное использование реестра MIRIAM и быстрое внедрение схемы аннотаций, предусмотрен ряд вспомогательных функций. [2] К ним относятся веб-службы , интерфейс веб-сайта. [3] для доступа к самому реестру и библиотеке Java [4]

Реестр MIRIAM разработан группой службы протеомики Европейского института биоинформатики . Исходный код всего проекта, включая вспомогательные функции, доступен на SourceForge.net . [5]

Реестр MIRIAM используется несколькими всемирными проектами, такими как База данных биомоделей , [6] [7] ВАЙС-РК, [8] КОПАСИ, [9] Более подробный список можно найти на сайте. [10]

См. также

[ редактировать ]
  1. ^ «Страница подачи новой коллекции» . Ebi.ac.uk. ​Проверено 9 октября 2012 г.
  2. ^ Лайбе, Камилла; Ле Новер, Николя (2007). «Ресурсы MIRIAM: инструменты для создания и разрешения надежных перекрестных ссылок в системной биологии» . Системная биология BMC . 1:58 . дои : 10.1186/1752-0509-1-58 . ПМЦ   2259379 . ПМИД   18078503 .
  3. ^ «Веб-сайт ресурсов MIRIAM» . Ebi.ac.uk. ​Проверено 9 октября 2012 г.
  4. ^ Ли, К.; Курто, М.; Ле Новер, Н.; Лайбе, К. (2009). «Веб-сервисы BioModels.net, бесплатный интегрированный набор инструментов для программного обеспечения для компьютерного моделирования» . Брифинги по биоинформатике . 11 (3): 270–7. дои : 10.1093/bib/bbp056 . ПМЦ   2913671 . ПМИД   19939940 .
  5. ^ «MIRIAM | Бесплатная загрузка программного обеспечения для науки и техники на SourceForge.net» . Архивировано из оригинала 10 мая 2012 г. Проверено 23 октября 2012 г. Проект MIRIAM на SourceForge.net [ нужен неосновной источник ]
  6. ^ Ли, С; Донизелли, М; Родригес, Н.; Дхарури, Х; Эндлер, Л; Челия, В; Ли, Л; Он, Э; Генри, А; Стефан, Мелани I; Снуп, Джеки Л; Хука, Майкл; Ле Новер, Николя; Лайбе, Камилла (2010). «База данных биомоделей: расширенный, курируемый и аннотированный ресурс для опубликованных количественных кинетических моделей» . Системная биология BMC . 4:92 . дои : 10.1186/1752-0509-4-92 . ПМК   2909940 . ПМИД   20587024 .
  7. ^ «Веб-сайт базы данных биомоделей» . Ebi.ac.uk. ​Проверено 9 октября 2012 г.
  8. ^ СДБВ. «Виртуальная ячейка базы данных кинетики реакций SABIO» . Sabio.villa-bosch.de . Проверено 9 октября 2012 г.
  9. ^ «Симулятор сложного пути и SBMLeditor» . Копаси.org . Проверено 9 октября 2012 г.
  10. ^ «Использование МИРИАМ» . Ebi.ac.uk. ​Проверено 9 октября 2012 г.
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: c4c09ce2a94c9953f878cd8a0e43c853__1701612120
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/c4/53/c4c09ce2a94c9953f878cd8a0e43c853.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
MIRIAM Registry - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)