Identifiers.org

Identifiers.org — это проект, предоставляющий стабильные и постоянные идентификаторы для записей данных, используемых в науках о жизни. Идентификаторы предоставляются в форме унифицированных идентификаторов ресурсов (URI). Identifiers.org также представляет собой систему разрешения, которая использует коллекции, перечисленные в реестре MIRIAM, для обеспечения прямого доступа к различным экземплярам идентифицированных записей.

URI Identifiers.org и система разрешения

URI Identifiers.org ^[1]^[2] — это постоянные идентификаторы, которые одновременно определяют набор данных, используя пространства имен реестра, и идентификатор записи внутри коллекции в виде уникального разрешимого URI . Система разрешения Identifiers.org построена на основе информации, хранящейся в реестре MIRIAM . ^[3] Это база данных, в которой хранятся пространства имен, назначенные часто используемым коллекциям данных (базам данных и онтологиям ) для наук о жизни. Он преобразует URI Identifiers.org в различные URL-адреса, ведущие к различным экземплярам записи, идентифицируемой этим URI. Identifiers.org является частью ELIXIR платформы взаимодействия .

Структура идентификатора

URI Identifiers.org состоит из нескольких частей:

Протокол. URI Identifiers.org являются HTTP URI и начинаются с «http:/».
Сбор данных. Это пространства имен, перечисленные в реестре MIRIAM . Например, «опубликовано» для ресурса публикации PubMed , «ec-code» для номенклатуры ферментов и «go» для онтологии генов.
Запись в коллекцию. Например, «9606» — это «3-фтортолуол» в коллекции PubChem, это «Homo sapiens» в коллекции «таксономия» и это публикация по общественным наукам в коллекции «опубликовано».
Необязательно: URI Identifiers.org могут быть дополнены параметрами, например, определяющими, какой ресурс использовать для разрешения, «профили», которые управляют поведением преобразователя и т. д.

Структура и примеры URI Identifiers.org.

Использование

Система обеспечивает согласованное и единообразное аннотирование наборов данных. Это, в свою очередь, облегчает согласование и интеграцию данных. URI Identifiers.org используются для кодирования метаданных в стандартных форматах инициативы COMBINE. ^[4] например, СБМЛ . В частности, такие базы данных, как BioModels Database и Reactome, экспортируют свои данные в формате SBML с перекрестными ссылками, закодированными с использованием URI Identifiers.org. Эти URI также используются в различных семантических веб-проектах, таких как Bio2RDF , Open PHACTS и платформа EBI RDF. ^[5] Identifiers.org является частью платформы совместимости Европейской инфраструктуры наук о жизни для биологической информации .

Сравнение с другими системами URI

URI Identifiers.org разрабатывались с 2011 года как разрешимая версия идентификаторов MIRIAM , разработанных с 2005 года, которые имели форму URN и не разрешались напрямую. URI Identifiers.org похожи на PURL , хотя и предоставляют альтернативные разрешения для коллекций с несколькими экземплярами. Они также похожи на DOI , но предоставляют удобочитаемые имена коллекций и повторно используют идентификатор записи, назначенный поставщиком данных.

См. также

Ссылки

^ Джути, Н; Ле Новер, Н.; Лайбе, К. (2012). «Identifiers.org и реестр MIRIAM: ресурсы сообщества для обеспечения постоянной идентификации» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D580–6. дои : 10.1093/nar/gkr1097 . ПМК 3245029 . ПМИД 22140103 .
^ http://identifiers.org/ Веб-сайт Identifiers.org
^ Лайбе, К; Ле Новер, Н. (2007). «Ресурсы MIRIAM: инструменты для создания и разрешения надежных перекрестных ссылок в системной биологии» . Системная биология BMC . 1:58 . дои : 10.1186/1752-0509-1-58 . ПМЦ 2259379 . ПМИД 18078503 .
^ http://co.mbine.org/ Веб-сайт вычислительной сети в области биологии.
^ С. Джапп, Дж. Мэлоун, Дж. Боллеман, М. Брандизи, М. Дэвис, Л. Гарсия, А. Голтон, С. Геант, К. Лайбе, Н. Редаски, С. М. Вималаратне, М. Мартин, Н. Ле Новер, Х. Паркинсон, Э. Бирни, А. М. Дженкинсон ( 2014) Платформа EBI RDF: Связанные открытые данные для наук о жизни. Биоинформатика doi : 10.1093/биоинформатика/btt765

Внешние ссылки

сайт идентификаторов.org
стандарты инициативы COMBINE
Open PHACTS , Открытое Фармакологическое Пространство

[pmid22140103-1] Джути, Н; Ле Новер, Н.; Лайбе, К. (2012). «Identifiers.org и реестр MIRIAM: ресурсы сообщества для обеспечения постоянной идентификации» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D580–6. дои : 10.1093/nar/gkr1097 . ПМК 3245029 . ПМИД 22140103 .

[2] ttp://identifiers.org/ Веб-сайт Identifiers.org

[pmid18078503-3] Лайбе, К; Ле Новер, Н. (2007). «Ресурсы MIRIAM: инструменты для создания и разрешения надежных перекрестных ссылок в системной биологии» . Системная биология BMC . 1:58 . дои : 10.1186/1752-0509-1-58 . ПМЦ 2259379 . ПМИД 18078503 .

[4] ttp://co.mbine.org/ Веб-сайт вычислительной сети в области биологии.

[5] С. Джапп, Дж. Мэлоун, Дж. Боллеман, М. Брандизи, М. Дэвис, Л. Гарсия, А. Голтон, С. Геант, К. Лайбе, Н. Редаски, С. М. Вималаратне, М. Мартин, Н. Ле Новер, Х. Паркинсон, Э. Бирни, А. М. Дженкинсон ( 2014) Платформа EBI RDF: Связанные открытые данные для наук о жизни. Биоинформатика doi : 10.1093/биоинформатика/btt765

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]