Номер ферментной комиссии

Номер Комиссии по ферментам ( номер EC ) представляет собой числовую классификационную схему ферментов , основанную на химических реакциях, которые они катализируют . ^[1] В системе номенклатуры ферментов каждый номер EC связан с рекомендуемым названием соответствующей реакции, катализируемой ферментом.

Номера EC обозначают не ферменты, а реакции, катализируемые ферментами. Если разные ферменты (например, из разных организмов) катализируют одну и ту же реакцию, то они получают одинаковый номер ЕС. ^[2] Более того, в результате конвергентной эволюции совершенно разные белковые складки могут катализировать идентичную реакцию (их иногда называют негомологичными изофункциональными ферментами ). ^[3] и поэтому ему будет присвоен тот же номер ЕС. , напротив, Идентификаторы UniProt однозначно определяют белок по его аминокислотной последовательности. ^[4]

Формат числа

Каждый код фермента состоит из букв «EC», за которыми следуют четыре цифры, разделенные точками. Эти цифры представляют собой более точную классификацию фермента. Предварительные номера ЕС существуют и содержат букву «n» как часть четвертой (порядковой) цифры (например, EC 3.5.1.n3). ^[2]

Например, трипептидаминопептидазы имеют код «ЕС 3.4.11.4», компоненты которого обозначают следующие группы ферментов:

Ферменты EC 3 представляют собой гидролазы (ферменты, которые используют воду для расщепления какой-либо другой молекулы).
EC 3.4 - гидролазы, действующие на пептидные связи.
EC 3.4.11 представляют собой гидролазы, которые отщепляют аминоконцевую аминокислоту от полипептида.
EC 3.4.11.4 - это те, которые отщепляют аминоконцевой конец трипептида .

Коды верхнего уровня

Примечание: Классификационный номер фермента отличается от «ФОРМАТНОГО НОМЕРА».

Номера EC верхнего уровня ^[5]
Сорт	Реакция катализируется	Типичная реакция	Примеры ферментов с тривиальным названием
ЭК 1 Оксидоредуктазы	Реакции окисления /восстановления; перенос атомов H и O или электронов из одного вещества в другое	AH + B → A + BH ( сокращенный ) А + О → АО ( окисленный )	Дегидрогеназа , оксидаза
ЭК 2 Трансферазы	Перенос функциональной группы от одного вещества к другому. Группа может представлять собой метил-, ацил-, амино- или фосфатную группу.	АВ + С → А + ВС	Трансаминаза , киназа
ЭК 3 Гидролазы	Образование двух продуктов из субстрата путем гидролиза	АВ + Н ₂ О → АОН + ВН	Липаза , амилаза , пептидаза , фосфатаза
ЭК 4 Лиазы	Негидролитическое присоединение или удаление групп из субстратов. Связи CC, CN, CO или CS могут расщепляться.	RCOCOOH → RCOH + CO ₂ или [X-A+BY] → [A=B + XY]	Декарбоксилаза
ЭК 5 Изомеразы	Внутримолекулярная перегруппировка, т.е. изменения изомеризации внутри одной молекулы.	АВС → БСА	Изомераза , мутаза
ЭК 6 Лигазы	Соединение двух молекул путем синтеза новых связей CO, CS, CN или CC с одновременным расщеплением АТФ.	X + Y + АТФ → XY + АДФ + P _i	Синтетаза
ЭК 7 Транслоказы	Катализируют движение ионов или молекул через мембраны или их разделение внутри мембран.		Транспортер

Сходство реакции

Сходство между ферментативными реакциями можно рассчитать, используя изменения связей, реакционные центры или показатели субструктуры (ранее EC-BLAST), теперь ферментный портал EMBL-EBI). ^[6]

История

До разработки системы нумерации EC ферменты назывались произвольным образом, и такие названия, как старый желтый фермент и яблочный фермент широко использовались , которые мало или вообще не дают подсказки о том, какая реакция катализируется. Большинство из этих названий вышли из употребления, хотя некоторые, особенно протеолитические ферменты с очень низкой специфичностью, такие как пепсин и папаин , все еще используются, поскольку рациональная классификация на основе специфичности была очень сложной.

К 1950-м годам хаос становился невыносимым, а после Хоффмана-Остенхофа ^[7] и Диксон и Уэбб ^[8] Предложив несколько схожие схемы классификации реакций, катализируемых ферментами, Международный конгресс биохимии в Брюсселе в 1955 году учредил Комиссию по ферментам под председательством Малкольма Диксона . Первая версия была опубликована в 1961 году, после чего Комиссия по ферментам была распущена. время, хотя его название сохранилось в термине EC Number . Текущее шестое издание, опубликованное Международным союзом биохимии и молекулярной биологии в 1992 году как последняя версия, опубликованная в виде печатной книги, содержит 3196 различных ферментов. Приложения 1–4 были опубликованы в 1993–1999 гг. Последующие приложения были опубликованы в электронном виде на сайте Номенклатурного комитета Международного союза биохимии и молекулярной биологии. ^[5] В августе 2018 года IUBMB модифицировал систему, добавив категорию EC 7 верхнего уровня, содержащую транслоказы. ^[9]

См. также

Список номеров ЕС
Список ферментов
Номер TC (классификация белков мембранного транспорта)

Ссылки

^ Уэбб, EC (1992). Номенклатура ферментов 1992: рекомендации Номенклатурного комитета Международного союза биохимии и молекулярной биологии по номенклатуре и классификации ферментов . Академическая пресса. ISBN 978-0-12-227164-9 .
^ Jump up to: ^а ^б «ЭНЗИМ (База данных номенклатуры ферментов)» . ЭксПАСи. Архивировано из оригинала 21 марта 2019 года . Проверено 24 апреля 2019 г.
^ Омельченко М.В., Гальперин М.Ю., Вольф Ю.И., Кунин Е.В. (2010). «Номологичные изофункциональные ферменты: систематический анализ альтернативных решений в эволюции ферментов» . Биология Директ . 5 (1): 31. дои : 10.1186/1745-6150-5-31 . ПМК 2876114 . ПМИД 20433725 .
^ Апвайлер Р., Байрох А., Ву Ч., Баркер В.К., Бекманн Б., Ферро С., Гастайгер Е., Хуан Х., Лопес Р., Магран М., Мартин М.Дж., Натале Д.А., О'Донован С., Редаски Н., Йе Л.С. (январь 2004 г.) . «UniProt: универсальная база знаний по белкам» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (Проблема с базой данных): D115–9. дои : 10.1093/nar/gkh131 . ПМК 308865 . ПМИД 14681372 .
^ Jump up to: ^а ^б Мосс ГП. «Рекомендации Номенклатурного комитета» . Международный союз биохимии и молекулярной биологии о номенклатуре и классификации ферментов по реакциям, которые они катализируют. Архивировано из оригинала 10 сентября 2018 г. Проверено 14 марта 2006 г.
^ Рахман С.А., Куэста С.М., Фернхэм Н., Холлидей Г.Л., Торнтон Дж.М. (февраль 2014 г.). «EC-BLAST: инструмент для автоматического поиска и сравнения ферментативных реакций» . Природные методы . 11 (2): 171–174. дои : 10.1038/nmeth.2803 . ПМК 4122987 . ПМИД 24412978 .
^ Хоффман-Остенхоф, О (1953). «Предложения по более рациональной классификации и номенклатуре ферментов». Достижения в области энзимологии и смежных вопросов биохимии . 14 : 219–260. дои : 10.1002/9780470122594.ch7 . ISBN 9780470122594 . ПМИД 13057718 .
^ Диксон, М; Уэбб, EC (1958). Ферменты . Лондон: Лонгманс Грин. стр. 183–227.
^ Типтон, Кейт (август 2018 г.). «Новости ферментной номенклатуры: транслоказы (EC 7): новый класс EC» . ExplorEnz: основной источник списка ферментов IUBMB. Архивировано из оригинала 10 сентября 2018 года . Проверено 3 ноября 2018 г.

Внешние ссылки

Номенклатура ферментов , авторитетный веб-сайт Номенклатурного комитета Международного союза биохимии и молекулярной биологии, поддерживаемый Г. П. Моссом.
База данных номенклатуры ферментов — ExPASy
Список всех номеров EC — от BRENDA
Просмотр структур PDB по номеру EC
Просмотр доменов SCOP по номеру EC — с помощью dcGO
Сравните номера EC с помощью EC-Blast. Архивировано 30 мая 2019 г. на Wayback Machine.

[isbn0-12-227164-5-1] Уэбб, EC (1992). Номенклатура ферментов 1992: рекомендации Номенклатурного комитета Международного союза биохимии и молекулярной биологии по номенклатуре и классификации ферментов . Академическая пресса. ISBN 978-0-12-227164-9 .

[expasy-2] Jump up to: ^а ^б «ЭНЗИМ (База данных номенклатуры ферментов)» . ЭксПАСи. Архивировано из оригинала 21 марта 2019 года . Проверено 24 апреля 2019 г.

[pmid20433725-3] Омельченко М.В., Гальперин М.Ю., Вольф Ю.И., Кунин Е.В. (2010). «Номологичные изофункциональные ферменты: систематический анализ альтернативных решений в эволюции ферментов» . Биология Директ . 5 (1): 31. дои : 10.1186/1745-6150-5-31 . ПМК 2876114 . ПМИД 20433725 .

[pmid14681372-4] Апвайлер Р., Байрох А., Ву Ч., Баркер В.К., Бекманн Б., Ферро С., Гастайгер Е., Хуан Х., Лопес Р., Магран М., Мартин М.Дж., Натале Д.А., О'Донован С., Редаски Н., Йе Л.С. (январь 2004 г.) . «UniProt: универсальная база знаний по белкам» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (Проблема с базой данных): D115–9. дои : 10.1093/nar/gkh131 . ПМК 308865 . ПМИД 14681372 .

[moss-5] Jump up to: ^а ^б Мосс ГП. «Рекомендации Номенклатурного комитета» . Международный союз биохимии и молекулярной биологии о номенклатуре и классификации ферментов по реакциям, которые они катализируют. Архивировано из оригинала 10 сентября 2018 г. Проверено 14 марта 2006 г.

[asad-6] Рахман С.А., Куэста С.М., Фернхэм Н., Холлидей Г.Л., Торнтон Дж.М. (февраль 2014 г.). «EC-BLAST: инструмент для автоматического поиска и сравнения ферментативных реакций» . Природные методы . 11 (2): 171–174. дои : 10.1038/nmeth.2803 . ПМК 4122987 . ПМИД 24412978 .

[7] Хоффман-Остенхоф, О (1953). «Предложения по более рациональной классификации и номенклатуре ферментов». Достижения в области энзимологии и смежных вопросов биохимии . 14 : 219–260. дои : 10.1002/9780470122594.ch7 . ISBN 9780470122594 . ПМИД 13057718 .

[8] Диксон, М; Уэбб, EC (1958). Ферменты . Лондон: Лонгманс Грин. стр. 183–227.

[9] Типтон, Кейт (август 2018 г.). «Новости ферментной номенклатуры: транслоказы (EC 7): новый класс EC» . ExplorEnz: основной источник списка ферментов IUBMB. Архивировано из оригинала 10 сентября 2018 года . Проверено 3 ноября 2018 г.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

v т и Ферменты
Активность	Активный сайт Связывающий сайт Каталитическая триада Оксианионная дырка Ферментная распущенность Фермент, ограниченный диффузией Кофактор Ферментативный катализ
Регулирование	Аллостерическая регуляция Кооперативность Ингибитор ферментов Активатор ферментов
Классификация	Номер ЕС Суперсемейство ферментов Семейство ферментов Список ферментов
Кинетика	Кинетика ферментов Диаграмма Иди – Хофсти Заговор Хейнса – Вульфа График Лайнуивера – Берка Кинетика Михаэлиса – Ментен
Типы	EC1 Оксидоредуктазы ( список ) EC2 Трансферазы ( список ) EC3 Гидролазы ( список ) EC4- лиазы ( список ) EC5 Изомеразы ( список ) EC6- лигазы ( список ) EC7 Транслоказы ( список )