Оксианионная дырка

Оксианионная дырка — это карман в активном центре фермента , который стабилизирует переходного состояния отрицательный заряд депротонированного кислорода или алкоксида . ^[1] Карман обычно состоит из амидов основной цепи или положительно заряженных остатков. Стабилизация переходного состояния снижает энергию активации, необходимую для реакции, и тем самым способствует катализу . ^[2] Например, протеазы, такие как химотрипсин, содержат оксианионную дырку для стабилизации тетраэдрического промежуточного аниона, образующегося во время протеолиза , и защищают молекул отрицательно заряженный кислород субстрата от воды . ^[3] Кроме того, это может обеспечить возможность введения или позиционирования субстрата, который страдал бы от стерических препятствий , если бы он не мог занять отверстие (например, BPG в гемоглобине ). Ферменты, катализирующие многостадийные реакции, могут иметь несколько оксианионных дырок, которые стабилизируют различные переходные состояния реакции. ^[4]

См. также

Ссылки

^ Страйер Л., Берг Дж.М., Тимочко Дж.Л. (2002). «9 каталитических стратегий» . Биохимия (5-е изд.). Сан-Франциско: WH Freeman. ISBN 978-0-7167-4955-4 .
^ Симон, Луис; Гудман, Джонатан М. (19 марта 2010 г.). «Ферментативный катализ водородными связями: баланс между связыванием в переходном состоянии и связыванием субстрата в оксианионных дырках». Журнал органической химии . 75 (6): 1831–1840. дои : 10.1021/jo901503d . ISSN 0022-3263 . ПМИД 20039621 .
^ Менар, Робер; Сторер, Эндрю К. (1992). «Взаимодействие оксианионных дырок в сериновых и цистеиновых протеазах». Биологическая химия Хоппе-Сейлера . 373 (2): 393–400. дои : 10.1515/bchm3.1992.373.2.393 . ПМИД 1387535 .
^ Курсула, Петри; Оджала, Юха; Ламбейр, Анн-Мари; Веренга, Рик К. (1 декабря 2002 г.). «Каталитический цикл биосинтетической тиолазы: конформационное путешествие ацетильной группы через четыре режима связывания и две оксианионные дырки‡». Биохимия . 41 (52): 15543–15556. дои : 10.1021/bi0266232 . ISSN 0006-2960 . ПМИД 12501183 .

Альберт Ленингер ; и др. (2008). Принципы биохимии (5-е изд.). Макмиллан. п. 207. ИСБН 9780716771081 .

[Stryer_Ch9-1] Страйер Л., Берг Дж.М., Тимочко Дж.Л. (2002). «9 каталитических стратегий» . Биохимия (5-е изд.). Сан-Франциско: WH Freeman. ISBN 978-0-7167-4955-4 .

[2] Симон, Луис; Гудман, Джонатан М. (19 марта 2010 г.). «Ферментативный катализ водородными связями: баланс между связыванием в переходном состоянии и связыванием субстрата в оксианионных дырках». Журнал органической химии . 75 (6): 1831–1840. дои : 10.1021/jo901503d . ISSN 0022-3263 . ПМИД 20039621 .

[3] Менар, Робер; Сторер, Эндрю К. (1992). «Взаимодействие оксианионных дырок в сериновых и цистеиновых протеазах». Биологическая химия Хоппе-Сейлера . 373 (2): 393–400. дои : 10.1515/bchm3.1992.373.2.393 . ПМИД 1387535 .

[4] Курсула, Петри; Оджала, Юха; Ламбейр, Анн-Мари; Веренга, Рик К. (1 декабря 2002 г.). «Каталитический цикл биосинтетической тиолазы: конформационное путешествие ацетильной группы через четыре режима связывания и две оксианионные дырки‡». Биохимия . 41 (52): 15543–15556. дои : 10.1021/bi0266232 . ISSN 0006-2960 . ПМИД 12501183 .

[1]

[2]

[3]

[4]

v т и Ферменты
Активность	Активный сайт Связывающий сайт Каталитическая триада Оксианионная дырка Ферментная распущенность Фермент, ограниченный диффузией Кофактор Ферментативный катализ
Регулирование	Аллостерическая регуляция Кооперативность Ингибитор ферментов Активатор ферментов
Классификация	Номер ЕС Суперсемейство ферментов Семейство ферментов Список ферментов
Кинетика	Кинетика ферментов Диаграмма Иди – Хофсти Заговор Хейнса – Вульфа График Лайнуивера – Берка Кинетика Михаэлиса – Ментен
Типы	EC1 Оксидоредуктазы ( список ) EC2 Трансферазы ( список ) EC3 Гидролазы ( список ) EC4- лиазы ( список ) EC5 Изомеразы ( список ) EC6- лигазы ( список ) EC7 Транслоказы ( список )