✖


Jump to content

Ферментная распущенность

Распущенность ферментов — это способность фермента катализировать неожиданную побочную реакцию в дополнение к своей основной реакции. Хотя ферменты являются чрезвычайно специфическими катализаторами, они часто могут осуществлять побочные реакции в дополнение к своей основной, нативной каталитической активности. Эти дикие виды деятельности обычно медленны по сравнению с основной деятельностью и находятся под нейтральным отбором. Несмотря на то, что обычно они физиологически нерелевантны, под новым давлением отбора эти виды деятельности могут принести пользу в фитнесе, что приводит к эволюции ранее беспорядочной деятельности и превращению ее в новую основную деятельность. [1] Примером этого является атразинхлоргидролаза ( кодируемая atzA ) из Pseudomonas sp. АДФ произошел от ) которая , меламиндезаминазы (кодируемой триА имеет очень небольшую беспорядочную активность по отношению к атразину, искусственному химическому веществу. [2]

Введение

[ редактировать ]

Ферменты разрабатываются для катализа определенной реакции на определенном субстрате с высокой каталитической эффективностью ( k cat /K M , ср . Кинетика Михаэлиса-Ментен ). Однако, кроме этой основной деятельности, они обладают и другими видами активности, обычно на несколько порядков ниже, не являющимися результатом эволюционного отбора и поэтому не принимающими участия в физиологии организма. [номер 1] Это явление позволяет приобретать новые функции, поскольку беспорядочная деятельность может принести пользу в приспособленности под новым давлением отбора, ведущим к ее дублированию и выбору в качестве новой основной деятельности.

Эволюция ферментов

[ редактировать ]

Дублирование и расхождение

[ редактировать ]

Существует несколько теоретических моделей, позволяющих предсказать порядок событий дупликации и специализации, но реальный процесс более переплетен и нечеток (§ Реконструированные ферменты ниже ). [3] С одной стороны, амплификация гена приводит к увеличению концентрации фермента и потенциально свободе от ограничительной регуляции, тем самым увеличивая скорость реакции ( v ) беспорядочной активности фермента, делая его эффекты более выраженными физиологически («эффект дозировки гена»). . [4] С другой стороны, ферменты могут развивать повышенную вторичную активность с небольшой потерей первичной активности («устойчивость») и с небольшим адаптивным конфликтом (см. § Устойчивость и пластичность ниже ). [5]

Прочность и пластичность

[ редактировать ]

Исследование четырех различных гидролаз (сывороточная параоксоназа человека (PON1), фосфотриэстераза псевдомонад (PTE), протеинтирозинфосфатаза (PTP) и карбоангидраза II человека (CAII)) показало, что основная активность «устойчива» к изменениям, тогда как беспорядочная активность гидролазы «устойчива» к изменениям. деятельность слабая и более «пластичная». В частности, выбор вида деятельности, который не является основным (посредством направленной эволюции ), изначально не уменьшает основной вид деятельности (отсюда и его устойчивость), но сильно влияет на невыбранные виды деятельности (отсюда и их пластичность). [5]

Фосфотриэстераза (PTE) Pseudomonas diminuta превратилась в арилэстеразу (гидролазу P–O в C–O) за восемнадцать раундов, получив 10 9 сдвиг в специфичности (отношение K M ), однако большая часть изменений произошла в начальных раундах, где невыбранная рудиментарная активность PTE сохранялась, а развитая активность арилэстеразы росла, в то время как в последних раундах наблюдался небольшой компромисс в пользу потеря рудиментарной активности ПТЕ в пользу активности арилэстеразы. [6]

Это означает, во-первых, что специализированный фермент (монофункциональный) при развитии проходит стадию генералиста (многофункционального), прежде чем снова стать специалистом — предположительно после дупликации гена согласно модели IAD, — и, во-вторых, что беспорядочные действия более пластичны, чем основная деятельность.

Реконструированные ферменты

[ редактировать ]

Самым последним и наиболее ярким примером эволюции ферментов является появление биовосстановления за последние 60 лет ферментов . Из-за очень небольшого количества аминокислотных замен они представляют собой отличную модель для изучения эволюции ферментов в природе. Однако использование существующих ферментов для определения того, как развивалось семейство ферментов, имеет тот недостаток, что недавно возникший фермент сравнивается с паралогами без знания истинной личности предка до того, как два гена разошлись. Эту проблему можно решить благодаря наследственной реконструкции.Впервые предложенная в 1963 году Лайнусом Полингом и Эмилем Цукеркандлем, наследственная реконструкция представляет собой вывод и синтез гена из наследственной формы группы генов. [7] который недавно возродился благодаря улучшенным методам вывода [8] и недорогой искусственный синтез генов, [9] в результате появилось несколько наследственных ферментов, названных некоторыми «стемзимами». [10] — предстоит изучить. [11]

Данные, полученные с помощью реконструированного фермента, позволяют предположить, что порядок событий, при которых новая активность улучшается и происходит дупликация гена, не ясен, в отличие от того, что предполагают теоретические модели эволюции генов.

Одно исследование показало, что предковый ген семейства протеаз иммунной защиты млекопитающих обладал более широкой специфичностью и более высокой каталитической эффективностью, чем современное семейство паралогов. [10] тогда как другое исследование показало, что предковый стероидный рецептор позвоночных был рецептором эстрогена с небольшой неопределенностью субстрата для других гормонов, что указывает на то, что они, вероятно, не синтезировались в то время. [12]

Эта изменчивость предковой специфичности наблюдалась не только между разными генами, но и внутри одного и того же семейства генов.В свете большого количества паралогичных грибных генов α-глюкозидазы с рядом специфических мальтозоподобных (мальтоза, тураноза, мальтотриоза, мальтулоза и сахароза) и изомальтозоподобных (изомальтоза и палатиноза) субстратов исследование реконструировало всех ключевых предков и обнаружили, что последний общий предок паралогов был в основном активен в отношении мальтозоподобных субстратов с лишь незначительной активностью в отношении изомальтозоподобных сахаров, несмотря на то, что это привело к линии изомальтозных глюкозидаз и линии, которая в дальнейшем разделилась на мальтозоподобные глюкозидазы и изомальтоза. глюкозидазы. Напротив, предок до последнего разделения имел более выраженную изомальтозоподобную глюкозидазную активность. [3]

Первичный метаболизм

[ редактировать ]

Рой Дженсен в 1976 году предположил, что первичные ферменты должны быть очень беспорядочными, чтобы метаболические сети могли собираться лоскутным способом (отсюда и название — лоскутная модель ). Эта изначальная каталитическая универсальность позже была утеряна в пользу высококаталитических специализированных ортологичных ферментов. [13] Как следствие, многие ферменты центрального метаболизма имеют структурные гомологи , которые разошлись до появления последнего универсального общего предка . [14]

Распределение

[ редактировать ]

Распущенность — это не только первая черта, но и очень широко распространенное свойство современных геномов. Была проведена серия экспериментов для оценки распределения беспорядочной активности ферментов в E. coli . У E. coli 21 из 104 протестированных одногенных нокаутов (из коллекции Кейо) [15] ) можно было бы спасти путем сверхэкспрессии неродственного белка E. coli (с использованием объединенного набора плазмид коллекции ASKA). [16] ). Механизмы, с помощью которых неродственная ORF может спасти нокаут, можно сгруппировать в восемь категорий: сверхэкспрессия изоферментов (гомологи), неопределенность субстрата, неопределенность транспорта (очистка), каталитическая распущенность, поддержание метаболического потока (включая сверхэкспрессию большого компонента синтазы в отсутствие субъединицы аминотрансферазы), обход пути, регуляторные эффекты и неизвестные механизмы. [4] Аналогичным образом, сверхэкспрессия коллекции ORF позволила E. coli на порядок повысить устойчивость к 86 из 237 токсических сред. [17]

Гомология

[ редактировать ]

Иногда известно, что гомологи демонстрируют распущенность в отношении основных реакций друг друга. [18] Эта перекрестная распущенность наиболее изучена на членах суперсемейства щелочных фосфатаз , которые катализируют гидролитические реакции по сульфатной, фосфонатной, монофосфатной, дифосфатной или трифосфатной сложноэфирной связи нескольких соединений. [19] Несмотря на разделение, гомологи имеют различную степень взаимной распущенности: различия в распущенности обусловлены задействованными механизмами, особенно необходимым промежуточным соединением. [19]

Степень распущенности

[ редактировать ]

Ферменты обычно находятся в состоянии, которое является не только компромиссом между стабильностью и каталитической эффективностью, но также специфичностью и способностью к развитию, причем последние два определяют, является ли фермент универсальным (с высокой степенью эволюции из-за большой неразборчивости, но низкой основной активности) или специалист (высокая основная активность, плохо развивающийся из-за низкой распущенности). [20] Примерами являются ферменты первичного и вторичного метаболизма в растениях (§ Вторичный метаболизм растений ниже ). Могут сыграть роль и другие факторы, например, глицерофосфодиэстераза ( gpdQ ) из Enterobacter aerogenes демонстрирует разные значения своей беспорядочной активности в зависимости от двух ионов металлов, которые она связывает, что диктуется доступностью ионов. [21] В некоторых случаях беспорядочные связи можно увеличить, ослабив специфичность активного сайта путем его увеличения с помощью одной мутации, как это было в случае мутанта D297G E. coli эпимеразы L-Ala-D/L-Glu ( ycjG ) и E323G. мутант лактонизирующего фермента II псевдомонад, позволяющий им беспорядочно катализировать активность О-сукцинилбензоатсинтазы ( menC ). [22] И наоборот, беспорядочные связи могут быть уменьшены, как это было в случае с γ-гумуленсинтазой (сесквитерпенсинтазой) Abies grandis , которая, как известно, производит 52 различных сесквитерпена из фарнезилдифосфата при нескольких мутациях. [23]

Исследования ферментов с широкой специфичностью - не беспорядочных, но концептуально близких - таких как трипсин и химотрипсин млекопитающих, а также бифункциональная изопропилмалат-изомераза/гомоаконитаза Pyrococcus horikoshii, показали, что подвижность петли активного центра существенно способствует каталитической эластичности фермента. [24] [25]

Токсичность

[ редактировать ]

Неразборчивая активность — это ненативная активность, для выполнения которой фермент не эволюционировал, но возникает из-за аккомодационной конформации активного центра. Однако основная активность фермента является результатом не только отбора в сторону высокой каталитической скорости в отношении определенного субстрата для получения определенного продукта, но и предотвращения образования токсичных или ненужных продуктов. [1] Например, если в результате синтеза тРНК в тРНК будет загружена неверная аминокислота, полученный пептид будет иметь неожиданно измененные свойства, следовательно, для повышения точности будут присутствовать несколько дополнительных доменов. [26] Подобно реакции на синтез тРНК, первая субъединица тироцидинсинтетазы ( tyrA ) из Bacillus brevis аденилирует молекулу фенилаланина, чтобы использовать аденильный фрагмент в качестве ручки для производства тироцидина , циклического нерибосомального пептида . Когда была исследована специфичность фермента, было обнаружено, что он обладает высокой избирательностью в отношении природных аминокислот, не являющихся фенилаланином, но гораздо более толерантен к неприродным аминокислотам. [27] В частности, большинство аминокислот не катализировались, тогда как следующей наиболее катализируемой нативной аминокислотой был тирозин, структурно сходный, но в тысячной степени меньше, чем фенилаланин, тогда как некоторые неприродные аминокислоты катализировались лучше, чем тирозин, а именно D-фенилаланин, β- циклогексил-L-аланин, 4-амино-L-фенилаланин и L-норлейцин. [27]

Одним из особых случаев выбранной вторичной активности являются полимеразы и эндонуклеазы рестрикции, неправильная активность которых на самом деле является результатом компромисса между точностью и эволюционируемостью. Например, для эндонуклеаз рестрикции неправильная активность ( «звездная активность ») часто оказывается летальной для организма, но небольшое количество позволяет развиваться новым функциям против новых патогенов. [28]

Вторичный метаболизм растений

[ редактировать ]
Антоцианы ( на фото дельфинидин ) придают растениям, особенно их цветам, разнообразную окраску для привлечения опылителей и являются типичным примером вторичного метаболита растений.

Растения производят большое количество вторичных метаболитов благодаря ферментам, которые, в отличие от тех, которые участвуют в первичном метаболизме, менее каталитически эффективны, но имеют большую механистическую эластичность (типы реакций) и более широкую специфичность. Либеральный порог дрейфа (вызванный низким давлением отбора из-за небольшого размера популяции) позволяет приросту приспособленности, обеспечиваемому одним из продуктов, поддерживать другие виды деятельности, даже если они могут быть физиологически бесполезными. [29]

Биокатализ

[ редактировать ]
Основная статья: биокатализ

В биокатализе ищут многие реакции, отсутствующие в природе. Для этого идентифицируются и развиваются посредством направленной эволюции или рационального проектирования ферменты с небольшой беспорядочной активностью в отношении необходимой реакции . [30]

Примером широко распространенного фермента является ω-трансаминаза , которая может заменять кетон хиральным амином. [31] и, следовательно, библиотеки различных гомологов коммерчески доступны для быстрого биодобычи ( например, Codexis [32] ).

Другим примером является возможность использования беспорядочной активности цистеинсинтазы ( цисМ ) по отношению к нуклеофилам для производства непротеиногенных аминокислот . [33]

Сходство реакции

[ редактировать ]

Сходство между ферментативными реакциями ( EC ) можно рассчитать, используя изменения связей, реакционные центры или показатели субструктуры ( EC-BLAST. Архивировано 30 мая 2019 г. на Wayback Machine ). [34]

Наркотики и распущенность

[ редактировать ]

В то время как беспорядочные связи в основном изучаются с точки зрения стандартной кинетики ферментов, связывание лекарств и последующая реакция представляют собой беспорядочную деятельность, поскольку фермент катализирует инактивирующую реакцию на новый субстрат, для катализа которого он не эволюционировал. [5] Это может быть связано с демонстрацией того, что в белках существует лишь небольшое количество отдельных лиганд-связывающих карманов.

млекопитающих С другой стороны, метаболизм ксенобиотиков приобрел широкую специфичность в окислении, связывании и удалении чужеродных липофильных соединений, которые могут быть токсичными, таких как растительные алкалоиды, поэтому их способность детоксикации антропогенных ксенобиотиков является продолжением этого. [35]

См. также

[ редактировать ]

Сноски

[ редактировать ]
  1. ^ Большинство авторов называют беспорядочной деятельностью неразвитую деятельность, а не развившуюся второстепенную деятельность. [1] Следовательно, глутатион S-трансферазы (GST) и монооксигеназы цитохрома P450 (CYP) называются ферментами мультиспецифической или широкой специфичности . [1] Способность катализировать различные реакции часто называют каталитической неразборчивостью или неразборчивостью реакций , тогда как способность действовать на различные субстраты называется неразборчивостью субстратов или неоднозначностью субстратов . Термин «латентный» имеет разные значения в зависимости от автора, а именно: либо относится к беспорядочной активности, которая возникает при мутации одного или двух остатков, либо просто как синоним беспорядочной активности, чтобы избежать последнего термина. Распущенность здесь означает неразбериху , а не разврат — последнее — недавно обретенное значение этого слова. [36]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Jump up to: а б с д Херсонский О., Тауфик Д.С. (2010). «Ферментная распущенность: механистическая и эволюционная перспектива». Ежегодный обзор биохимии . 79 : 471–505. doi : 10.1146/annurev-biochem-030409-143718 . ПМИД   20235827 .
  2. ^ Скотт С., Джексон С.Дж., Коппин С.В., Мурант Р.Г., Хилтон М.Э., Сазерленд Т.Д., Рассел Р.Дж., Окшотт Дж.Г. (апрель 2009 г.). «Каталитическое улучшение и эволюция атразинхлоргидролазы» . Прикладная и экологическая микробиология . 75 (7): 2184–91. Бибкод : 2009ApEnM..75.2184S . дои : 10.1128/АЕМ.02634-08 . ПМЦ   2663207 . ПМИД   19201959 .
  3. ^ Jump up to: а б Вурдекерс К., Браун К.А., Ваннест К., ван дер Занде Э., Воет А., Маере С., Верстрепен К.Дж. (2012). Торнтон Дж.В. (ред.). «Реконструкция наследственных метаболических ферментов раскрывает молекулярные механизмы, лежащие в основе эволюционных инноваций посредством дупликации генов» . ПЛОС Биология . 10 (12): e1001446. дои : 10.1371/journal.pbio.1001446 . ПМК   3519909 . ПМИД   23239941 .
  4. ^ Jump up to: а б Патрик В.М., Квандт Э.М., Шварцландер Д.Б., Мацумура I (декабрь 2007 г.). «Подавление множественности лежит в основе метаболической эволюции» . Молекулярная биология и эволюция . 24 (12): 2716–22. дои : 10.1093/molbev/msm204 . ПМЦ   2678898 . ПМИД   17884825 .
  5. ^ Jump up to: а б с Ахарони А., Гайдуков Л., Херсонский О., МакКью Гулд С., Рудвельдт С., Тауфик Д.С. (январь 2005 г.). «Развитие» беспорядочных белковых функций». Природная генетика . 37 (1): 73–6. дои : 10.1038/ng1482 . ПМИД   15568024 . S2CID   8245673 .
  6. ^ Токурики Н., Джексон С.Дж., Африат-Журну Л., Выгановский К.Т., Тан Р., Тауфик Д.С. (2012). «Убывающая отдача и компромиссы ограничивают лабораторную оптимизацию фермента» . Природные коммуникации . 3 : 1257. Бибкод : 2012NatCo...3.1257T . дои : 10.1038/ncomms2246 . ПМИД   23212386 .
  7. ^ Полинг, Л. и Э. Цукеркандл, Химическая палеогенетика, исследования молекулярного восстановления вымерших форм жизни. Acta Chemica Scandinavica, 1963. 17: с. 9-&.
  8. ^ Уильямс П.Д., Поллок Д.Д., Блэкберн Б.П., Гольдштейн Р.А. (июнь 2006 г.). «Оценка точности методов реконструкции предковых белков» . PLOS Вычислительная биология . 2 (6): е69. Бибкод : 2006PLSCB...2...69W . дои : 10.1371/journal.pcbi.0020069 . ПМЦ   1480538 . ПМИД   16789817 .
  9. ^ Стеммер В.П., Крамери А., Ха К.Д., Бреннан Т.М., Хейнекер Х.Л. (октябрь 1995 г.). «Одноэтапная сборка гена и всей плазмиды из большого количества олигодезоксирибонуклеотидов». Джин . 164 (1): 49–53. дои : 10.1016/0378-1119(95)00511-4 . ПМИД   7590320 .
  10. ^ Jump up to: а б Воутерс М.А., Лю К., Риек П., Хусейн А. (август 2003 г.). «Шаг деспециализации, лежащий в основе эволюции семейства сериновых протеаз» . Молекулярная клетка . 12 (2): 343–54. дои : 10.1016/s1097-2765(03)00308-3 . hdl : 10536/DRO/DU:30038994 . ПМИД   14536074 .
  11. ^ Торнтон Дж.В. (май 2004 г.). «Воскресение древних генов: экспериментальный анализ вымерших молекул» (PDF) . Обзоры природы Генетика . 5 (5): 366–75. дои : 10.1038/nrg1324 . ПМИД   15143319 . S2CID   205482979 . Архивировано (PDF) из оригинала 27 марта 2012 г.
  12. ^ Торнтон Дж.В., Need E, Crews D (сентябрь 2003 г.). «Возрождение предкового стероидного рецептора: древнее происхождение передачи сигналов эстрогена». Наука . 301 (5640): 1714–7. Бибкод : 2003Sci...301.1714T . дои : 10.1126/science.1086185 . ПМИД   14500980 . S2CID   37628350 .
  13. ^ Дженсен Р.А. (1976). «Привлечение ферментов в развитие новой функции». Ежегодный обзор микробиологии . 30 : 409–25. дои : 10.1146/annurev.mi.30.100176.002205 . ПМИД   791073 .
  14. ^ Фонди М., Брилли М., Эмилиани Г., Паффетти Д., Фани Р. (2007). «Первоначальный метаболизм: наследственная взаимосвязь между биосинтезом лейцина, аргинина и лизина» . Эволюционная биология BMC . 7 (Дополнение 2): S3. Бибкод : 2007BMCEE...7S...3F . дои : 10.1186/1471-2148-7-S2-S3 . ЧВК   1963480 . ПМИД   17767731 .
  15. ^ Баба Т., Ара Т., Хасегава М., Такаи Ю., Окумура Ю., Баба М., Даценко К.А., Томита М., Ваннер Б.Л., Мори Х. (2006). «Создание мутантов Escherichia coli K-12 с нокаутом одного гена в рамке: коллекция Кейо» . Молекулярная системная биология . 2 : 2006.0008. дои : 10.1038/msb4100050 . ПМК   1681482 . ПМИД   16738554 .
  16. ^ Китагава М., Ара Т., Арифуззаман М., Иока-Накамичи Т., Инамото Э., Тойонага Х., Мори Х. (2006). «Полный набор ORF-клонов Escherichia coli библиотеки АСКА (полный набор ORF-архива E.coli К-12): уникальные ресурсы для биологических исследований» . Исследование ДНК . 12 (5): 291–9. дои : 10.1093/dnares/dsi012 . ПМИД   16769691 .
  17. ^ Су Фольксваген, Хэнсон-Манфул П., Патрик В.М. (январь 2011 г.). «Искусственная амплификация генов выявляет обилие беспорядочных детерминант устойчивости у Escherichia coli» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 108 (4): 1484–9. Бибкод : 2011PNAS..108.1484S . дои : 10.1073/pnas.1012108108 . ПМК   3029738 . ПМИД   21173244 .
  18. ^ О'Брайен П.Дж., Хершлаг Д. (май 2001 г.). «Функциональные взаимосвязи в суперсемействе щелочных фосфатаз: фосфодиэстеразная активность щелочной фосфатазы Escherichia coli». Биохимия . 40 (19): 5691–9. CiteSeerX   10.1.1.322.8876 . дои : 10.1021/bi0028892 . ПМИД   11341834 .
  19. ^ Jump up to: а б Чжао С., Кумада Ю., Иманака Х., Имамура К., Наканиши К. (июнь 2006 г.). «Клонирование, сверхэкспрессия, очистка и характеристика О-ацетилсеринсульфгидрилазы-B из Escherichia coli». Экспрессия и очистка белков . 47 (2): 607–13. дои : 10.1016/j.pep.2006.01.002 . ПМИД   16546401 .
  20. ^ Токурики Н., Тауфик Д.С. (октябрь 2009 г.). «Эффекты стабильности мутаций и эволюции белков». Современное мнение в области структурной биологии . 19 (5): 596–604. дои : 10.1016/j.sbi.2009.08.003 . ПМИД   19765975 .
  21. ^ Дауманн Л.Дж., Маккарти Б.И., Хадлер К.С., Мюррей Т.П., Гахан Л.Р., Ларраби Дж.А., Оллис Д.Л., Шенк Г. (январь 2013 г.). «За распущенность приходится платить: каталитическая универсальность и эффективность различных производных ионов металлов потенциального биоремедиатора GpdQ». Biochimica et Biophysical Acta (BBA) - Белки и протеомика . 1834 (1): 425–32. дои : 10.1016/j.bbapap.2012.02.004 . ПМИД   22366468 .
  22. ^ Шмидт Д.М., Мундорфф Э.К., Дойка М., Бермудес Э., Несс Дж.Э., Говиндараджан С., Бэббит ПК, Миншалл Дж., Герлт Дж.А. (июль 2003 г.). «Эволюционный потенциал (бета / альфа) 8-бочек: функциональная распущенность, вызванная одиночными заменами в суперсемействе енолаз». Биохимия . 42 (28): 8387–93. дои : 10.1021/bi034769a . ПМИД   12859183 .
  23. ^ Йошикуни Ю., Феррин Т.Е., Кислинг Дж.Д. (апрель 2006 г.). «Планируемая дивергентная эволюция функций ферментов». Природа . 440 (7087): 1078–82. Бибкод : 2006Natur.440.1078Y . дои : 10.1038/nature04607 . ПМИД   16495946 . S2CID   4394693 .
  24. ^ Ма В., Тан С., Лай Л. (август 2005 г.). «Специфика трипсина и химотрипсина: динамическая корреляция, контролируемая движением петли, как определяющий фактор» . Биофизический журнал . 89 (2): 1183–93. arXiv : q-bio/0505037 . Бибкод : 2005BpJ....89.1183M . дои : 10.1529/biophysj.104.057158 . ПМЦ   1366603 . ПМИД   15923233 .
  25. ^ Ясутаке Ю, Яо М, Сакаи Н, Кирита Т, Танака И (ноябрь 2004 г.). «Кристаллическая структура малой субъединицы изопропилмалат-изомеразы Pyrococcus horikoshii дает представление о двойной субстратной специфичности фермента». Журнал молекулярной биологии . 344 (2): 325–33. дои : 10.1016/j.jmb.2004.09.035 . ПМИД   15522288 .
  26. ^ Перона Джей-Джей, Хадд А. (ноябрь 2012 г.). «Структурное разнообразие и белковая инженерия аминоацил-тРНК-синтетаз». Биохимия . 51 (44): 8705–29. дои : 10.1021/bi301180x . ПМИД   23075299 .
  27. ^ Jump up to: а б Вильерс Б.Р., Холлфельдер Ф. (март 2009 г.). «Картирование границ субстратной специфичности домена аденилирования TycA». ХимБиоХим . 10 (4): 671–82. дои : 10.1002/cbic.200800553 . ПМИД   19189362 . S2CID   21536526 .
  28. ^ Васу К., Нагамаллесвари Э., Нагараджа В. (май 2012 г.). «Беспорядочное ограничение — это стратегия клеточной защиты, которая дает бактериям преимущество в фитнесе» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 109 (20): E1287–93. Бибкод : 2012PNAS..109E1287V . дои : 10.1073/pnas.1119226109 . ПМЦ   3356625 . ПМИД   22509013 .
  29. ^ Венг Дж.К., Филипп Р.Н., Ноэль Дж.П. (июнь 2012 г.). «Рост хеморазнообразия растений». Наука . 336 (6089): 1667–70. Бибкод : 2012Sci...336.1667W . дои : 10.1126/science.1217411 . ПМИД   22745420 . S2CID   206539148 .
  30. ^ Борншойер, Юта, Хьюсман Г.В., Казлаускас Р.Дж., Лутц С., Мур Дж.К., Робинс К. (май 2012 г.). «Инженерия третьей волны биокатализа». Природа . 485 (7397): 185–94. Бибкод : 2012Natur.485..185B . дои : 10.1038/nature11117 . ПМИД   22575958 . S2CID   4379415 .
  31. ^ Шин Дж.С., Ким Б.Г. (август 2001 г.). «Сравнение омега-трансаминаз разных микроорганизмов и применение к получению хиральных аминов» . Бионауки, биотехнологии и биохимия . 65 (8): 1782–8. дои : 10.1271/bbb.65.1782 . ПМИД   11577718 .
  32. ^ «Ферментные платформы Codexis®» . www.facebook.com . 14 марта 2021 г. Проверено 11 июня 2024 г.
  33. ^ Майер Т.Х. (апрель 2003 г.). «Полусинтетическое производство неприродных L-альфа-аминокислот путем метаболической инженерии пути биосинтеза цистеина». Природная биотехнология . 21 (4): 422–7. дои : 10.1038/nbt807 . ПМИД   12640465 . S2CID   22280900 .
  34. ^ Рахман С.А., Куэста С.М., Фернхэм Н., Холлидей Г.Л., Торнтон Дж.М. (февраль 2014 г.). «EC-BLAST: инструмент для автоматического поиска и сравнения ферментативных реакций» . Природные методы . 11 (2): 171–4. дои : 10.1038/nmeth.2803 . ПМК   4122987 . ПМИД   24412978 .
  35. ^ Якоби В.Б., Циглер Д.М. (декабрь 1990 г.). «Ферменты детоксикации» . Журнал биологической химии . 265 (34): 20715–8. дои : 10.1016/S0021-9258(17)45272-0 . ПМИД   2249981 .
  36. ^ «распущенность» . Оксфордский словарь английского языка (онлайн-изд.). Издательство Оксфордского университета . (Требуется подписка или членство участвующей организации .)
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Enzyme_promiscuity&oldid=1231500215"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 91e69b4f6f4a45f15d1acf28ff6da518__1719582240
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/91/18/91e69b4f6f4a45f15d1acf28ff6da518.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Enzyme promiscuity - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)