DCGO

DCGO
Содержание
Описание	База данных dcGO представляет собой комплексный доменно-ориентированный ресурс онтологии белковых доменов.
Типы данных ; захвачен	Белковые домены, онтологии
Контакт
Исследовательский центр	Бристольский университет
Первичное цитирование	ПМИД 23161684
Доступ
Веб-сайт	Сайт DCGO
URL-адрес загрузки	dcGO СКАЧАТЬ
Инструменты
Интернет	PSnet , sTOL , dcGOR , dcGO Predictor , dcGO Enrichment

dcGO — это комплексная база данных онтологий белковых доменов. ^[1] В качестве ресурса онтологий dcGO интегрирует открытые биомедицинские онтологии из различных контекстов: от функциональной информации, такой как онтология генов, до других сведений о ферментах и путях, от информации о фенотипах основных модельных организмов до информации о болезнях человека и лекарствах. В качестве ресурса белкового домена dcGO включает аннотации как к отдельным доменам, так и к супрадоменам (т. е. комбинациям двух или более последовательных доменов).

Концепции

В основе dcGO лежат две ключевые концепции. Первая концепция заключается в маркировке белковых доменов с помощью онтологии, например, Gene Ontology. Вот почему она называется dcGO, доменно-ориентированной генной онтологией. Вторая концепция заключается в использовании белковых доменов, помеченных онтологией, например, для прогнозирования функций белка. Проще говоря, первая концепция касается того, как создать ресурс dcGO, а вторая концепция — как использовать ресурс dcGO.

Сроки

В 2010 году алгоритм dcGO был первоначально опубликован как улучшение базы данных SUPERFAMILY . ^[2]
В 2011 году «dcGO Predictor» занял 10-е место в конкурсе CAFA 2011 года применительно к онтологии генов . ^[3]^[4] Этот предиктор представляет собой только доменный метод без машинного обучения.
В 2012 году база данных была официально выпущена и опубликована в выпуске базы данных НАР.
В 2013 году веб-сервер был улучшен для поддержки многих видов анализа с использованием ресурса dcGO.
В начале 2014 года «dcGO Predictor» был представлен как для предсказания функций, так и для предсказания фенотипа, заняв 4-е место в предсказании фенотипа CAFA.
В конце 2014 года был разработан пакет R с открытым исходным кодом dcGOR, помогающий анализировать онтологии и аннотации белковых доменов.

Веб-сервер

Недавнее использование dcGO заключается в построении доменной сети с функциональной точки зрения для межонтологического сравнения. ^[5] и в сочетании с древом жизни видов (sTOL), чтобы обеспечить филогенетический контекст для функций и фенотипа. ^[6]

Программное обеспечение

Программное обеспечение с открытым исходным кодом dcGOR разработано с использованием языка программирования R для анализа предметно-ориентированных онтологий и аннотаций. ^[7] Поддерживаемые анализы включают в себя:

легкий доступ к широкому спектру онтологий и их предметно-ориентированных аннотаций;
возможность создавать индивидуальные онтологии и аннотации;
анализ и визуализация обогащения на основе предметной области;
построение сети предметной области (семантического сходства) по аннотациям онтологий;
анализ значимости для оценки контактной (статистической значимости) сети с использованием алгоритма случайного блуждания ;
высокопроизводительные параллельные вычисления.

Функциональные возможности, находящиеся в активной разработке:

алгоритм и реализации для создания предметно-ориентированных аннотаций онтологий;
прогнозирование терминов онтологии для входных архитектур белковых доменов;
реконструкция предковых дискретных персонажей с использованием максимального правдоподобия/экономности.

См. также

Ссылки

^ Фанг, Х.; Гоф, Дж. (2012). «DcGO: База данных предметно-ориентированных онтологий по функциям, фенотипам, заболеваниям и т. д.» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Проблема с базой данных): D536–D544. дои : 10.1093/нар/gks1080 . ПМЦ 3531119 . ПМИД 23161684 .
^ Де Лима Мораис, окружной прокурор; Фанг, Х.; Рэкхэм, OJL; Уилсон, Д.; Петика, Р.; Чотия, К. ; Гоф, Дж. (2010). «СУПЕРСЕМЕЙСТВО 1.75, включая доменно-ориентированный метод онтологии генов» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (Проблема с базой данных): D427–D434. дои : 10.1093/нар/gkq1130 . ПМК 3013712 . ПМИД 21062816 .
^ Фанг, Х.; Гоф, Дж. (2013). «Доменоориентированное решение функциональной геномики с помощью dcGO Predictor» . БМК Биоинформатика . 14 (Приложение 3): S9. дои : 10.1186/1471-2105-14-S3-S9 . ПМЦ 3584936 . ПМИД 23514627 .
^ Радивояк, П.; Кларк, WT; Орон, ТР; Шнос, AM; Виткоп, Т.; Соколов А.; Грейм, К.; Функ, К.; Верспур, К.; Бен-Гур, А.; Панди, Г.; Юнес, Дж. М.; Талвалкар, AS; Репо, С.; Соуза, МЛ; Пиовесан, Д.; Касадио, Р.; Ван, З.; Ченг, Дж.; Фанг, Х.; Гоф, Дж.; Коскинен, П.; Тёрёнен, П.; Ноксо-Койвисто, Дж.; Холм, Л.; Коццетто, Д.; Бьюкен, DWA; Брайсон, К.; Джонс, DT; и др. (2013). «Крупномасштабная оценка вычислительного предсказания функций белка» . Природные методы . 10 (3): 221–227. дои : 10.1038/nmeth.2340 . ПМЦ 3584181 . ПМИД 23353650 .
^ Фанг, Х; Гоф, Дж (2013). «Матрица болезни-лекарства-фенотипа, полученная путем прогулки по сети функциональных доменов». Молекулярные биосистемы . 9 (7): 1686–96. дои : 10.1039/c3mb25495j . ПМИД 23462907 .
^ Фанг, Х.; Оутс, Мэн; Петика, РБ; Гринвуд, Дж. М.; Сардар, Эй Джей; Рэкхэм, OJL; Донохью, PCJ; Стаматакис, А.; Де Лима Мораис, окружной прокурор; Гоф, Дж. (2013). «Ежедневно обновляемое древо (секвенированной) жизни как справочник для исследований генома» . Научные отчеты . 3 : 2015. Бибкод : 2013NatSR...3E2015F . дои : 10.1038/srep02015 . ПМК 6504836 . ПМИД 23778980 .
^ Фанг, Х (2014). «DcGOR: пакет R для анализа онтологий и аннотаций белковых доменов» . PLOS Вычислительная биология . 10 (10): e1003929. Бибкод : 2014PLSCB..10E3929F . дои : 10.1371/journal.pcbi.1003929 . ПМК 4214615 . ПМИД 25356683 .

Внешние ссылки

[1] Фанг, Х.; Гоф, Дж. (2012). «DcGO: База данных предметно-ориентированных онтологий по функциям, фенотипам, заболеваниям и т. д.» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Проблема с базой данных): D536–D544. дои : 10.1093/нар/gks1080 . ПМЦ 3531119 . ПМИД 23161684 .

[2] Де Лима Мораис, окружной прокурор; Фанг, Х.; Рэкхэм, OJL; Уилсон, Д.; Петика, Р.; Чотия, К. ; Гоф, Дж. (2010). «СУПЕРСЕМЕЙСТВО 1.75, включая доменно-ориентированный метод онтологии генов» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (Проблема с базой данных): D427–D434. дои : 10.1093/нар/gkq1130 . ПМК 3013712 . ПМИД 21062816 .

[3] Фанг, Х.; Гоф, Дж. (2013). «Доменоориентированное решение функциональной геномики с помощью dcGO Predictor» . БМК Биоинформатика . 14 (Приложение 3): S9. дои : 10.1186/1471-2105-14-S3-S9 . ПМЦ 3584936 . ПМИД 23514627 .

[4] Радивояк, П.; Кларк, WT; Орон, ТР; Шнос, AM; Виткоп, Т.; Соколов А.; Грейм, К.; Функ, К.; Верспур, К.; Бен-Гур, А.; Панди, Г.; Юнес, Дж. М.; Талвалкар, AS; Репо, С.; Соуза, МЛ; Пиовесан, Д.; Касадио, Р.; Ван, З.; Ченг, Дж.; Фанг, Х.; Гоф, Дж.; Коскинен, П.; Тёрёнен, П.; Ноксо-Койвисто, Дж.; Холм, Л.; Коццетто, Д.; Бьюкен, DWA; Брайсон, К.; Джонс, DT; и др. (2013). «Крупномасштабная оценка вычислительного предсказания функций белка» . Природные методы . 10 (3): 221–227. дои : 10.1038/nmeth.2340 . ПМЦ 3584181 . ПМИД 23353650 .

[5] Фанг, Х; Гоф, Дж (2013). «Матрица болезни-лекарства-фенотипа, полученная путем прогулки по сети функциональных доменов». Молекулярные биосистемы . 9 (7): 1686–96. дои : 10.1039/c3mb25495j . ПМИД 23462907 .

[6] Фанг, Х.; Оутс, Мэн; Петика, РБ; Гринвуд, Дж. М.; Сардар, Эй Джей; Рэкхэм, OJL; Донохью, PCJ; Стаматакис, А.; Де Лима Мораис, окружной прокурор; Гоф, Дж. (2013). «Ежедневно обновляемое древо (секвенированной) жизни как справочник для исследований генома» . Научные отчеты . 3 : 2015. Бибкод : 2013NatSR...3E2015F . дои : 10.1038/srep02015 . ПМК 6504836 . ПМИД 23778980 .

[7] Фанг, Х (2014). «DcGOR: пакет R для анализа онтологий и аннотаций белковых доменов» . PLOS Вычислительная биология . 10 (10): e1003929. Бибкод : 2014PLSCB..10E3929F . дои : 10.1371/journal.pcbi.1003929 . ПМК 4214615 . ПМИД 25356683 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]