Экспаси
Expasy — это онлайн- ресурс по биоинформатике, управляемый Швейцарским институтом биоинформатики SIB . Это расширяемый и интегрированный портал, который обеспечивает доступ к более чем 160 базам данных и программным инструментам и поддерживает ряд областей наук о жизни и клинических исследований, от геномики , протеомики и структурной биологии до эволюции и филогении , системной биологии и медицинской химии . Отдельные ресурсы (базы данных, веб-инструменты и загружаемые программные инструменты) размещаются децентрализованно различными группами Швейцарского института биоинформатики SIB и партнерскими учреждениями.
Поисковая система [ править ]
Запросы Expasy позволяют:
- параллельный поиск по базам данных SIB за один поиск
- агрегированные результаты поиска из полного набора из >160 ресурсов, доступных на портале. [1]
Expasy предоставляет актуальную информацию из самой последней версии каждого ресурса.
Термины, используемые в Expasy, основаны на комплексной онтологии EDAM . [2]
История [ править ]
Expasy была создана в августе 1993 года. Первоначально она называлась ExPASy ( Expert Analysis Protein System сервер для . двумерного ) и действовала как протеомный анализа белковых последовательностей и структур, а также гель-электрофореза (2-D Page-электрофореза) [3] Среди прочего, на ExPASy размещалась база знаний о последовательностях белков UniProtKB/Swiss-Prot и ее компьютерное аннотированное приложение UniProtKB/TrEMBL. [4]
ExPASy был первым веб-сайтом, посвященным наукам о жизни , и одним из первых 150 веб-сайтов в мире. По состоянию на 5 апреля 2007 г. [update]С момента его установки 1 августа 1993 года к ExPASy обращались 1 миллиард раз. [5]
В июне 2011 года он стал порталом ресурсов по биоинформатике SIB ExPASy: разнообразным каталогом ресурсов по биоинформатике, разработанным SIB Groups. [6] Текущая версия Expasy была выпущена в октябре 2020 года. [7] [8]
Примечания и ссылки [ править ]
- ^ «СИБ Ресурсы» . сиб.швейцарский . Проверено 27 октября 2020 г. .
- ^ Исон Дж., Калас М., Йонассен И., Болсер Д., Улудаг М., МакВильям Х. и др. (май 2013 г.). «EDAM: онтология биоинформатических операций, типы данных и идентификаторов, темы и форматы» . Биоинформатика . 29 (10): 1325–32. doi : 10.1093/биоинформатика/btt113 . ПМЦ 3654706 . ПМИД 23479348 .
- ^ Гастайгер Э., Гаттикер А., Хугланд С., Ивани И., Аппель Р.Д., Байрох А. (июль 2003 г.). «ExPASy: сервер протеомики для углубленных знаний и анализа белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (13): 3784–8. дои : 10.1093/нар/gkg563 . ПМК 168970 . ПМИД 12824418 .
- ^ "UniProtKB/Swiss-Prot - SIB Швейцарский институт биоинформатики | Expasy" . www.expasy.org . Проверено 15 марта 2024 г.
- ^ ExPASy: Портал ресурсов SIB по биоинформатике
- ^ Артимо П., Джонналагедда М., Арнольд К., Баратин Д., Чарди Г., де Кастро Э. и др. (июль 2012 г.). «ExPASy: Ресурсный портал биоинформатики SIB» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (проблема с веб-сервером): W597-603. дои : 10.1093/нар/gks400 . ПМЦ 3394269 . ПМИД 22661580 .
- ^ Дюво, Северин; Габелла, Кьяра; Лисачек, Фредерик; Стокингер, Хайнц; Иоаннидис, Василиос; Дюринкс, Кристина (13 апреля 2021 г.). «Expasy, швейцарский портал ресурсов по биоинформатике, разработанный его пользователями» . Исследования нуклеиновых кислот . 49 (П1): W216–W227. дои : 10.1093/nar/gkab225 . ISSN 0305-1048 . ПМК 8265094 . ПМИД 33849055 .
- ^ «Откройте для себя новый Expasy.org, швейцарский портал ресурсов по биоинформатике» . сиб.швейцарский . Проверено 26 октября 2020 г.
