Информационный ресурс о белках
Информационный ресурс о белках ( PIR ), расположенный в Медицинском центре Джорджтаунского университета , представляет собой интегрированный общественный биоинформатический ресурс для поддержки геномных и протеомных исследований, а также научных исследований. Он содержит базы данных последовательностей белков. [1] [2] [3] [4] [5] [6] [7]
История [ править ]
PIR был основан в 1984 году Национальным фондом биомедицинских исследований как ресурс для помощи исследователям и клиентам в идентификации и интерпретации информации о последовательностях белков . До этого фонд составил первую всеобъемлющую коллекцию макромолекулярных последовательностей в «Атласе последовательности и структуры белков», издававшемся с 1964 по 1974 год под редакцией Маргарет Дэйхофф . Дайхофф и ее исследовательская группа были пионерами в разработке компьютерных методов сравнения белковых последовательностей, обнаружения отдаленно родственных последовательностей и дупликаций внутри последовательностей, а также вывода эволюционных историй на основе выравнивания белковых последовательностей. [8]
Вайнона Баркер и Роберт Ледли взяли на себя руководство проектом после смерти Дейхоффа в 1983 году. В 1999 году Кэти Х. Ву присоединилась к Национальному фонду биомедицинских исследований, а затем к Медицинскому центру Джорджтаунского университета, чтобы возглавить биоинформатические усилия PIR и сначала работал главным следователем, а с 2001 года - директором. [ нужна ссылка ]
На протяжении четырех десятилетий PIR предоставил научному сообществу множество баз данных по белкам и инструментов анализа, в свободном доступе, включая Базу данных белковых последовательностей, первую международную базу данных (см. PIR-International), которая выросла из Атласа белковых последовательностей и структуры. [ нужна ссылка ]
В 2002 году PIR вместе со своими международными партнерами, Европейским институтом биоинформатики и Швейцарским институтом биоинформатики , получил грант от NIH на создание UniProt , единой всемирной базы данных о последовательностях и функциях белков, путем объединения информационного ресурса белков. База данных последовательностей, базы данных Swiss-Prot и TrEMBL . По состоянию на 2010 год [update]PIR предлагает широкий спектр ресурсов, в основном ориентированных на содействие распространению и стандартизации аннотаций белков: PIRSF, [9] iProClass и iProLINK.
Protein Ontology — еще одна популярная база данных, выпущенная Protein Information Resource. [10] [11]
Ссылки [ править ]
- ^ http://pir.georgetown.edu/ Архивировано 12 марта 2014 г. на официальном веб-сайте Wayback Machine PIR Джорджтаунского университета.
- ^ Ву, Кэти; Неберт, Дэниел В. (2004). «Обновленная информация о завершении генома и аннотациях: информационный ресурс о белках» . Геномика человека . 1 (3): 229–33. дои : 10.1186/1479-7364-1-3-229 . ПМК 3525084 . ПМИД 15588483 .
- ^ Ву, CH (2003). «Информационный ресурс о белках» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (1): 345–347. дои : 10.1093/нар/gkg040 . ПМК 165487 . ПМИД 12520019 .
- ^ Ву, CH; Хуанг, Х; Армински, Л; Кастро-Альвеар, Дж; Чен, Ю; Ху, ЗЗ; Ледли, РС; Льюис, КЦ; Мьюз, Х.В.; Оркатт, Британская Колумбия; Сузек, Б.Е.; Цугита, А; Винаяка, ЧР; Да, ЛС; Чжан, Дж; Баркер, WC (1 января 2002 г.). «Информационный ресурс о белках: интегрированный общедоступный ресурс функциональной аннотации белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 30 (1): 35–37. дои : 10.1093/нар/30.1.35 . ISSN 1362-4962 . ПМК 99125 . ПМИД 11752247 .
- ^ Баркер, туалет; Гаравелли, Дж. С.; Хоу, З.; Хуанг, Х.; Ледли, РС; МакГарви, ПБ; Мьюз, Х.В.; Оркатт, Британская Колумбия; Пфайффер, Ф.; Цугита, А.; Винаяка, ЧР; Сяо, К.; Да, ЛС; Ву, К. (2001). «Информационный ресурс о белках: ресурс сообщества для экспертных аннотаций данных о белках» . Исследования нуклеиновых кислот . 29 (1): 29–32. дои : 10.1093/нар/29.1.29 . ПМЦ 29802 . ПМИД 11125041 .
- ^ Баркер, WC (2000). «Информационный ресурс по белкам (PIR)» . Исследования нуклеиновых кислот . 28 (1): 41–44. дои : 10.1093/нар/28.1.41 . ПМЦ 102418 . ПМИД 10592177 .
- ^ Джордж, генеральный директор; Додсон, Р.Дж.; Гаравелли, Дж. С.; Хафт, Д.Х.; Хант, Лейтенант; Мажец, ЧР; Оркатт, Британская Колумбия; Сидман, Кентукки; Шринивасарао, Джорджия; Ага, Л.-СЛ; Армински, Л.М.; Ледли, РС; Цугита, А.; Баркер, WC (1997). «Информационный ресурс по белкам (PIR) и Международная база данных последовательностей белков PIR» . Исследования нуклеиновых кислот . 25 (1): 24–27. дои : 10.1093/нар/25.1.24 . ПМК 146415 . ПМИД 9016497 .
- ^ Изет, М (2016). «Самые влиятельные ученые в развитии медицинской информатики (13): Маргарет Белль Дайхофф». Акта Информ Мед . 24 (4).
- ^ Ву, CH; Никольская А.; Хуанг, Х.; Да, ЛС; Натале, округ Колумбия; Винаяка, ЧР; Ху, ЗЗ; Мазумдер, Р.; Кумар, С.; Куртезис, П.; Ледли, РС; Сузек, Б.Е.; Армински, Л.; Чен, Ю.; Чжан, Дж.; Карденас, Дж.Л.; Чунг, С.; Кастро-Альвеар Дж.; Динков Г.; Баркер, WC (2004). «PIRSF: Система классификации семейств на информационном ресурсе по белкам» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (90001): 112Д–114. дои : 10.1093/nar/gkh097 . ПМК 308831 . ПМИД 14681371 .
- ^ «GeorgeTown.edu — Онтология белков» . Архивировано из оригинала 10 марта 2011 г. Проверено 4 декабря 2017 г.
- ^ Чикко, Давиде; Массероли, Марко (2019). «Биологические и медицинские онтологии: белковая онтология (PRO)». Энциклопедия биоинформатики и вычислительной биологии . стр. 832–837. дои : 10.1016/B978-0-12-809633-8.20396-8 . ISBN 9780128114322 . S2CID 66974875 .
