Формат переноса генов

Формат передачи генов ( GTF ) — это формат файла, используемый для хранения информации о структуре генов . Это текстовый формат , разделенный табуляцией, основанный на общем формате объектов (GFF), но содержащий некоторые дополнительные соглашения, специфичные для информации о генах. Важная особенность GTF, которую можно проверить: по последовательности и файлу GTF можно проверить правильность формата. Это существенно уменьшает проблемы с обменом данными между группами.

GTF идентичен GFF версии 2. ^[1]

Ссылки

[ редактировать ]

^ Информация GFF/GTF от Ensembl

Внешние ссылки

[ редактировать ]

v т и Биоинформатика
Базы данных	Базы данных последовательностей: GenBank , Европейский архив нуклеотидов , Банк данных ДНК Японии и Национальный банк генов Китая. Вторичные базы данных: UniProt , база данных последовательностей белков, группирующихся вместе Swiss-Prot , TrEMBL и ресурс информации о белках. Другие базы данных: BioNumbers , Protein Data Bank , Ensembl , InterPro , KEGG и Gene Ontology. Специализированные геномные базы данных: BOLD , База данных генома Saccharomyces , FlyBase , VectorBase , WormBase , База данных генома крысы , PHI-база , Информационный ресурс Arabidopsis , GISAID и Информационная сеть данио-рерио.
Программное обеспечение	ВЗРЫВ Галстук-бабочка Кластал ЭМБОСС ХММЕР МЫШЦЫ ЯЩЕР SAMtools Мыльный пакет Цилиндр
Другой	Сервер: ExPASy Розалинда (образовательная платформа)
Учреждения	Броуд Институт Департамент вычислительной биологии (CBD) Microsoft Research - Центр вычислительной и системной биологии Университета Тренто (COSBI) Центр баз данных по наукам о жизни (DBCLS) Банк данных ДНК Японии (DDBJ) Европейский институт биоинформатики (EMBL-EBI) Европейская лаборатория молекулярной биологии (EMBL) Институт Флэтайрон Институт Дж. Крейга Вентера (JCVI) Институт молекулярно-клеточной биологии и генетики Макса Планка (MPI-CBG) Национальный центр биотехнологической информации США (NCBI) Японский институт генетики Нидерландский центр биоинформатики (NBIC) Филиппинский геномный центр (PGC) Исследования Скриппса Швейцарский институт биоинформатики (SIB) Добро пожаловать в Институт Сэнгера Институт Уайтхеда
Организации	Африканское общество биоинформатики и вычислительной биологии (ASBCB) Австралийский ресурс по биоинформатике (EMBL-AR) Европейская сеть молекулярной биологии (EMBnet) Международное сотрудничество по базам данных нуклеотидных последовательностей (INSDC) Международное общество биокурации (ISB) Международное общество вычислительной биологии (ISCB) Студенческий совет (ISCB-SC) Институт геномики и интегративной биологии (CSIR-IGIB) Японское общество биоинформатики (JSBi)
Встречи	Базельская конференция по вычислительной биологии ‎ ([BC ²]) Европейская конференция по вычислительной биологии (ECCB) Интеллектуальные системы молекулярной биологии (ISMB) Международная конференция по биоинформатике (InCoB) Международная конференция по методам вычислительного интеллекта для биоинформатики и биостатистики (CIBB) ISCB Africa Конференция ABCCB по биоинформатике Тихоокеанский симпозиум по биокомпьютингу (PSB) Исследования в области вычислительной молекулярной биологии (RECOMB)
Форматы файлов	Формат CRAM ФИКСИРОВАННЫЙ формат Формат FASTQ Формат NeXML Формат Нексуса Формат Пайлапа Формат SAM Стокгольмский формат Формат VCF формат GFF формат GTF
Связанные темы	Вычислительная биология Список биобанков Список биологических баз данных Молекулярная филогенетика Секвенирование База данных последовательностей Выравнивание последовательности
Категория Коммонс