База данных геномов сахаромицетов
| Разработчик(и) | Джей Майкл Черри , Гэйл Бинкли , Стейша Энгел , Роб Нэш , Стюарт Миясато , Эдит Вонг , Шуай Венг |
|---|---|
| Операционная система | Unix , Mac , MS-Windows |
| Тип | Инструмент биоинформатики, база данных модельных организмов |
| Лицензия | Бесплатно |
| Веб-сайт | http://www.yeastgenome.org |
База Saccharomyces данных геномов ( SGD ) — это научная база данных по молекулярной биологии и генетике дрожжей Saccharomyces cerevisiae , которые широко известны как пекарские или почкующиеся дрожжи. [1] Дополнительная информация находится в курируемом репозитории Yeasttract . [2]
сахаромицетов геномов данных База
SGD обеспечивает доступ в Интернет к полной Saccharomyces cerevisiae последовательности геномной ДНК , ее генам и их продуктам, фенотипам ее мутантов и литературе, подтверждающей эти данные. В рецензируемом литературном отчете результаты экспериментов по функциям и взаимодействию дрожжевых генов извлечены путем высококачественного ручного курирования и интегрированы в хорошо развитую базу данных. Данные объединяются с качественными результатами с высокой пропускной способностью и публикуются на страницах Locus Summary, которые представляют собой мощный механизм запросов и браузер с богатым геномом. Ввиду сложности сбора информации для интеграции информации и обеспечения продуктивного открытия новых биологических деталей используются многочисленные биоинформационные инструменты. [3] Золотой стандарт функционального описания почкующихся дрожжей предоставлен ресурсом SGD. Ресурс SGD также предоставляет платформу для исследования родственных генов и путей развития у высших организмов. Объем информации и количество функций, предоставляемых SGD, значительно возросли после публикации геномной последовательности S. cerevisiae . SGD помогает исследователям, предоставляя не только базовую информацию, но и такие инструменты, как поиск сходства последовательностей, которые приводят к подробной информации об особенностях генома и отношениях между генами. SGD представляет информацию с помощью множества удобных для пользователя динамически создаваемых графических дисплеев, иллюстрирующих физические, генетические карты и карты последовательностей. Все данные в SGD находятся в свободном доступе для исследователей и преподавателей по всему миру через веб-страницы, разработанные для оптимального удобства использования. [3]
Сбор информации [ править ]
Биокуратор включает обзор опубликованной литературы или наборов данных, что приводит к выявлению и обобщению ключевых результатов. Затем результат включают в базу данных и используют контролируемые словари для сопоставления с соответствующими генами или хромосомными областями. По мере того, как регистрируется все больше данных, биокурирование становится все более важным для биомедицинских исследований.
SGD хранит эталонную последовательность генома почкующихся дрожжей S.cerevisiae . SGD являются источником последовательности генома штамма S. cerevisiae S288C, включая каталог генов и хромосомных особенностей генома.
Одной из важных функций SGD является биокурирование дрожжевой литературы. Биокуратор SGD ищет всю научную литературу, имеющую отношение к S. cerevisiae , читает статьи и фиксирует свои основные открытия в различных определенных областях базы данных. [3]
Биокураторы SGD стремятся аннотировать каждый ген, определяя функцию(и) из первичной литературы и связывая их с терминами, используя структурированное представление знаний в онтологии гена . [4] Кроме того, в проект GO Annotation включены функции, определенные в результате экспериментов с высокой пропускной способностью, а также аннотации функций, предсказанные с помощью вычислений. [5]
Биохимические пути вручную курируются SGD и предоставляются с помощью браузера Pathway Tools версии 15.0 (13). Набор данных SGD о биохимических путях S. cerevisiae, один из наиболее тщательно курируемых наборов данных среди всех доступных наборов данных Pathway Tools, является золотым стандартом для почкующихся дрожжей; SGD поддерживает постоянные усилия по обновлению и расширению этих данных. Интерфейс Pathway Tools предоставляет полное описание каждого пути с молекулярными структурами, номерами ЕС и полным списком ссылок. Обновленный браузер путей предоставляет несколько расширенных функций, включая загрузку списка генов, обнаруженных в пути, для дальнейшего анализа с помощью других инструментов, доступных на SGD. На браузер путей имеется гиперссылка через раздел «Пути» на странице «Сводка локуса». Отображение Pathway доступно на сайте http://pathway.yeastgenome.org . [3]
Номенклатура [ править ]
SGD продолжает поддерживать геномную номенклатуру S. cerevisiae . Задача состоит в том, чтобы продвигать стандарты номенклатуры, определенные сообществом, и обеспечивать соблюдение согласованных руководящих принципов при присвоении названий новым генам или присвоении новых названий ранее идентифицированным генам. В правилах сообщества говорится, что первое опубликованное название гена становится стандартным названием. Однако до публикации название гена может быть зарегистрировано и отображено в SGD, чтобы уведомить сообщество о его предполагаемом использовании. Если возникают разногласия или конфликты имен, мы общаемся с соответствующими исследователями внутри сообщества и, когда это возможно, договариваемся о соглашении. Большинство тех, кто работает над рассматриваемым геном, должны согласиться на любое изменение номенклатуры, прежде чем оно будет реализовано в SGD. Помимо сохранения генетических названий, SGD гарантирует, что имена ORF, элементов ARS, тРНК и других хромосомных функций также соответствуют согласованным форматам. За последние два года было присвоено 154 новых названия генов и обработано 21 изменение названия по инициативе сообщества. [3]
Методы анализа [ править ]
SGD предоставляет несколько различных инструментов анализа.
ВЗРЫВ , Базовый . поиска инструмент локального биологическими Программа . между последовательностями предназначена для поиска сходных участков SGD позволяет пользователям выполнять поиск BLAST в наборах данных последовательностей S. cerevisiae .
Fungal BLAST позволяет осуществлять поиск между несколькими последовательностями грибов.
Средство поиска терминов Gene Ontology (GO) ищет важные общие термины GO или их родителей и используется для описания запрашиваемых генов, чтобы помочь пользователям обнаружить, что общего между этими генами.
GO Slim Mapper отображает аннотации группы генов в более общие термины и/или группирует их в более широкие категории.
Pattern Matching — это ресурс, который позволяет пользователям искать короткие нуклеотидные или пептидные последовательности длиной менее 20 остатков, а также неоднозначные/вырожденные шаблоны.
Рестрикционный анализ позволяет пользователям выполнять рестрикционный анализ путем ввода имени последовательности или произвольной последовательности ДНК. [6]
Ссылки [ править ]
- ^ Черри Дж.М.; Мяч С; Венг С; Ювик Г; Шмидт Р; Адлер С; Данн Б; Дуайт С; Райлз Л; Мортимер Р.К.; Ботштейн Д. (май 1997 г.). «Генетические и физические карты Saccharomyces cerevisiae» . Природа . 387 (6632 Приложение): 67–73. дои : 10.1038/387s067 . ПМК 3057085 . ПМИД 9169866 .
- ^ Тейшейра, MC; Монтейро, П; Джайн, П; Тенрейро, С; Фернандес, Арканзас; Мира, НП; Аленкер, М; Фрейтас, АТ; Оливейра, Алабама; Са-Коррейя, I (январь 2006 г.). «База данных YEASTRACT: инструмент для анализа регуляторных ассоциаций транскрипции у Saccharomyces cerevisiae» . Нуклеиновые кислоты Рез . 34 (Проблема с базой данных). Англия: D446–51. дои : 10.1093/нар/gkj013 . ПМЦ 1347376 . ПМИД 16381908 .
- ^ Jump up to: Перейти обратно: а б с д и Черри, Майкл; Хонг, Юри ; Амундсен, Крейг; балакришнан, рама; Бинкли, Гейл; чан, Эстер; Кристи, Карен; Костанцо, Мария; Дуайт, Селина; Энгель, Стейша; Фиск, Дайанна; Хиршман, Джоди; Хитц, Бенджамин; карра, калпана; Кригер, Синтия; Миясато, Стюарт; Нэш, Роб; Парк, Джули; скшипек, Марек; Симисон, Мэтт; вэн, шуай; Вонг, Эдит (2011). «База данных генома Saccharomyces: геномный ресурс почкующихся дрожжей» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (2012): Д700–Д705. дои : 10.1093/nar/gkr1029 . ПМК 3245034 . ПМИД 22110037 .
- ^ Дуайт С.С., Харрис М.А., Долински К. и др. (январь 2002 г.). «База данных генома Saccharomyces (SGD) предоставляет аннотации вторичных генов с использованием онтологии генов (GO)» . Нуклеиновые кислоты Рез . 30 (1): 69–72. дои : 10.1093/нар/30.1.69 . ПМК 99086 . ПМИД 11752257 .
- ^ Хонг Э.Л., Балакришнан Р., Донг К. и др. (январь 2008 г.). «Аннотации генной онтологии в SGD: новые источники данных и методы аннотаций» . Нуклеиновые кислоты Рез . 36 (Проблема с базой данных): D577–81. дои : 10.1093/нар/gkm909 . ПМЦ 2238894 . ПМИД 17982175 .
- ^ «База данных геномов сахаромицетов» . База данных геномов сахаромицетов . Стэнфордский университет . Проверено 26 апреля 2018 г.
Внешние ссылки [ править ]
