Дрожжевой экстракт
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Регуляторные ассоциации транскрипции у Saccharomyces cerevisiae |
| Организмы | Сахаромицеты cerevisiae |
| Контакт | |
| Авторы | http://yeastract.com/credits.php |
| Первичное цитирование | Тейшейра и др. (2006) [ 1 ] |
| Дата выпуска | 2006 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://www.yeastract.com |
YEASTRACT ( Deast подобранное Search for Transscriptional Regulators тщательно Tracking Consensus And (TF) и генами , основанное на факторами ) — это хранилище более 48 000 регуляторных ассоциаций между транскрипции -мишенями в Saccharomyces cerevisiae более чем 1 200 библиографических ссылках. [ 1 ] Он также включает описание около 300 специфических сайтов связывания ДНК для более чем сотни охарактеризованных ТФ. Дополнительная информация о каждом гене дрожжей была получена из базы данных геномов Saccharomyces (SGD). Для каждого гена соответствующие термины Онтологии генов (GO) и их иерархия в GO были получены от консорциума GO. В настоящее время YEASTRACT поддерживает более 7100 терминов GO. Нуклеотидные последовательности промотора и кодирующих областей дрожжевых генов были получены с помощью Regulatory Sequence Analysis Tools (RSAT). Вся информация в YEASTRACT регулярно обновляется, чтобы соответствовать последним данным SGD, консорциума GO, RSA Tools и последней литературе по сетям регулирования дрожжей.
YEASTRACT включает DISCOVERER — набор инструментов, которые можно использовать для идентификации сложных мотивов, которые, как обнаружено, чрезмерно представлены в промоторных областях совместно регулируемых генов. [ 2 ] DISCOVERER основан на алгоритме MUSA. Эти алгоритмы принимают в качестве входных данных список генов и идентифицируют чрезмерно представленные мотивы, которые затем можно сравнить с сайтами связывания факторов транскрипции, описанными в базе данных YEASTRACT.
Также предоставляются средства, позволяющие использовать собранные данные при решении ряда биологических вопросов, как показано в Учебном пособии. YEASTRACT позволяет идентифицировать документированные или потенциальные регуляторы транскрипции данного гена, а также документированные или потенциальные регуляторы для каждого фактора транскрипции. Это также делает возможным сравнение мотивов ДНК и сайтов связывания факторов транскрипции, описанных в литературе. Система также обеспечивает полезный механизм для группировки списка генов (например, набора генов со схожими профилями экспрессии, выявленными с помощью микроматричного анализа) на основе их регуляторных ассоциаций с известными факторами транскрипции.
YEASTRACT предоставляет набор запросов для поиска и извлечения важной биологической информации из собранных данных, а также для прогнозирования сетей регуляции транскрипции у дрожжей на основе данных, полученных в результате погенного анализа или глобальных подходов.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Тейшейра, MC; Монтейро, П; Джайн, П; Тенрейро, С; Фернандес, Арканзас; Мира, НП; Аленкер, М; Фрейтас, АТ; Оливейра, Алабама; Са-Коррейя, I (январь 2006 г.). «База данных YEASTRACT: инструмент для анализа регуляторных ассоциаций транскрипции у Saccharomyces cerevisiae» . Нуклеиновые кислоты Рез . 34 (Проблема с базой данных). Англия: D446–51. дои : 10.1093/нар/gkj013 . ПМЦ 1347376 . ПМИД 16381908 .
- ^ Монтейро, штат Пенсильвания; Мендес, Северная Дакота; ТЕЙШЕЙРА, MC; д'Орей, С; Тенрейро, С; Мира, НП; РОДИТЕЛИ, Ч; Франциско, AP; Карвальо, AM; Лоренсо, AB; Са-Коррейя, я; Оливейра, Алабама; Фрейтас, AT (2008). «YEASTRACT-DISCOVERER: Новые инструменты для улучшения анализа ассоциаций регуляции транскрипции у Saccharomyces cerevisiae» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (Проблема с базой данных): D132–6. дои : 10.1093/нар/gkm976 . ПМК 2238916 . ПМИД 18032429 .