ЭМБОСС
 | |
| Написано в | С |
|---|---|
| Доступно в | Английский |
| Тип | биоинформатики Инструмент |
| Лицензия | Стандартная общественная лицензия GNU |
| Веб-сайт | тиснять |
EMBOSS — это бесплатный пакет программного обеспечения для анализа, разработанный для нужд сообщества пользователей молекулярной биологии и биоинформатики . [1] Программное обеспечение автоматически обрабатывает данные в различных форматах и даже позволяет прозрачно извлекать данные о последовательностях из Интернета. Кроме того, поскольку в пакет включены обширные библиотеки, он представляет собой платформу, позволяющую другим ученым разрабатывать и выпускать программное обеспечение в истинно открытом духе. EMBOSS также объединяет ряд доступных в настоящее время пакетов и инструментов для анализа последовательностей в единое целое.
EMBOSS аббревиатура European Molecular Biology Open Software Suite . это — от Европейская часть названия намекает на более широкую сферу применения. Основные группы EMBOSS сотрудничают со многими другими группами для разработки новых приложений, которые нужны пользователям. С самого начала это было сделано с помощью EMBnet , Европейской сети молекулярной биологии. EMBnet имеет множество узлов по всему миру, большинство из которых являются национальными службами биоинформатики. EMBnet обладает опытом программирования.В сентябре 1998 года состоялся первый семинар, на котором 30 человек из EMBnet отправились в Хинкстон, чтобы узнать о EMBOSS и обсудить дальнейшие действия. [2]
Пакет EMBOSS содержит множество приложений для выравнивания последовательностей , быстрого поиска в базе данных по шаблонам последовательностей, идентификации белковых мотивов (включая анализ доменов) и многого другого.
Библиотеки AJAX и NUCLEUS выпускаются под лицензией GNU Library General Public License . Приложения EMBOSS выпускаются под лицензией GNU General Public License . [3]
Группы приложений EMBOSS [ править ]
| Группа | Описание |
|---|---|
| акк | Acd-файловые утилиты |
| Консенсус согласования | Объединение последовательностей для достижения консенсуса |
| Различия в выравнивании | Поиск различий между последовательностями |
| Точечные графики выравнивания | Сравнение последовательностей точечных графиков |
| Выравнивание глобальное | Глобальное выравнивание последовательностей |
| Выравнивание локальное | Локальное выравнивание последовательностей |
| Выравнивание несколько | Множественное выравнивание последовательностей |
| Отображать | Дисплей публикационного качества |
| Редактировать | Редактирование последовательности |
| Кинетика ферментов | Расчеты кинетики ферментов |
| Таблицы функций | Манипулирование и отображение аннотации последовательности |
| ХМ | Анализ скрытой марковской модели |
| Информация | Информация и общая помощь для пользователей |
| Меню | Интерфейс(ы) меню |
| Нуклеиновая 2d структура | Вторичная структура нуклеиновой кислоты |
| Использование нуклеиновых кодонов | Анализ использования кодонов |
| Нуклеиновый состав | Состав нуклеотидных последовательностей |
| Нуклеиновые CpG-островки | Обнаружение и анализ CpG-островков |
| Поиск нуклеинового гена | Прогнозы генов и других геномных особенностей |
| Нуклеиновые мотивы | Поиск мотивов нуклеиновой кислоты |
| Нуклеиновая мутация | Мутация последовательности нуклеиновой кислоты |
| Нуклеиновые праймеры | Праймер предсказания |
| Нуклеиновые профили | Создание и поиск профиля нуклеиновых кислот |
| Нуклеиновые повторы | Обнаружение повторов нуклеиновой кислоты |
| Нуклеиновое ограничение | Сайты рестрикционных ферментов в нуклеотидных последовательностях |
| Складывание нуклеиновой РНК | Методы и анализ сворачивания РНК |
| Нуклеиновая транскрипция | Факторы транскрипции, промоторы и предсказание терминаторов |
| Нуклеиновая трансляция | Перевод нуклеотидной последовательности в последовательность белка |
| Консенсус филогении | Методы филогенетического консенсуса |
| Филогения непрерывных персонажей | Филогенетические методы непрерывного характера |
| Дискретные признаки филогении | Филогенетические методы дискретных признаков |
| Матрица филогенных расстояний | Методы матрицы филогенетических расстояний |
| Частоты генов филогении | Филогенетические методы частоты генов |
| Молекулярная последовательность филогении | Методы филогенетической молекулярной последовательности |
| Рисунок дерева филогении | Методы рисования филогенетического дерева |
| 2d структура белка | Вторичная структура белка |
| Трехмерная структура белка | Третичная структура белка |
| Белковый состав | Состав белковых последовательностей |
| Белковые паттерны | Поиск белковых мотивов |
| Белковая мутация | Мутация последовательности белка |
| Белковые профили | Создание и поиск профиля белка |
| Тест | Инструменты тестирования, не для общего использования |
| Создание базы данных утилит | Установка базы данных |
| Индексирование базы данных Utils | Индексирование базы данных |
| Утилиты разное | Вспомогательные инструменты |
См. также [ править ]
- Открытый фонд биоинформатики
- Soaplab — интерфейс веб-сервиса SOAP, включая EMBOSS.
- Genostar - Интеграция некоторых инструментов EMBOSS в графическое приложение.
Ссылки [ править ]
- ^ Райс П., Лонгден И., Блисби А. (2000). «EMBOSS: Европейский пакет открытого программного обеспечения для молекулярной биологии». Тенденции в генетике . 16 (6): 276–277. дои : 10.1016/S0168-9525(00)02024-2 . ПМИД 10827456 .
- ^ Райс П., Блисби А. (1999). «EMBOSS: Европейский пакет открытого программного обеспечения для молекулярной биологии» . Биохимик E-volution . 16 (6): 276–7. дои : 10.1016/s0168-9525(00)02024-2 . ПМИД 10827456 .
- ^ «1.1. Информация о лицензии» .
