Геностар

Геностар
Тип компании	Частная компания
Промышленность	Биоинформатика
Основан	2004 г .; 20 лет назад
Штаб-квартира	Гренобль , Франция
Продукты	Программное обеспечение и база данных
Веб-сайт	www .геностар .с

Genostar – поставщик биоинформатики , базирующийся в Гренобле , Франция . Компания была основана в 2004 году на базе консорциума «Геностар». ^{[ 1 ]} который был создан в 1999 году как государственно-частный консорциум компаний Genome Express, Hybrigenics, INRIA (Национальный институт исследований в области информатики и автоматизации / Французский национальный институт исследований в области компьютерных наук и управления). ^{[ 2 ]} и Институт Пастера .

Программное обеспечение

Metabolic Pathway Builder — это биоинформатическая среда, предназначенная для микробных исследований. Это охватывает сборку последовательностей , картирование, передачу аннотаций и идентификацию белковых доменов , сравнительную геномику , структурный поиск, анализ метаболических путей , моделирование и симуляцию биологических сетей. Программное обеспечение Genostar не зависит от платформы и поэтому может использоваться как для Mac OS X , Windows , так и для Linux .

Последовательность сборки

Сопоставление ансамбля последовательностей с эталонной последовательностью
между эталонной последовательностью и контигами, между двумя последовательностями или между двумя наборами последовательностей
поиск точных совпадений минимальной длины с помощью MUMmer
обнаружение определенных регионов и SNP
создание собранной последовательности относительно эталонных последовательностей

Геномная аннотация

Прогнозирование генов: прогнозирование генов ab-initio с использованием скрытой марковской модели. метода, основанного на
BlastX
Автоматическая передача аннотаций с помощью BlastP

Белковая аннотация

Metabolic Pathway Builder объединяет несколько методов, предназначенных для белковой аннотации:

Pfam Прогнозирование домена с использованием HMMER
Несколько методов EMBOSS (антигенный, прогнозирование 2D-структуры)

Решение для экспрессионных данных (EDS)

Решение Genostar Expression Data Solution (EDS) связывает данные микрочипов с генами, генными продуктами и биохимическими реакциями на основе ключевых слов и аннотаций. Это программное обеспечение позволяет:

Присвойте значения выражения именам и идентификаторам генов.
Идентифицировать совместно экспрессируемые гены и визуально анализировать реакции и метаболические пути , в которых они участвуют.
Идентифицировать и провести анализ совместно регулируемых генов с точки зрения геномной локализации, функциональной аннотации и метаболизма.
Раскрасьте интересующие CDS на геномных картах в соответствии со значениями их экспрессии и выделите соответствующие реакции на интерактивных метаболических KEGG. картах
Анализ значимости функциональных данных коллекции или подколлекции CDS ( GO , KEGG и других): тест Фишера.
Собирайте и визуализируйте все функциональные данные в экспортируемых таблицах и картах.

База данных

База данных Genostar MicroB состоит из геномных, белковых, биохимических и метаболических данных примерно из 1100 бактериальных и архейных организмов.

Партнеры

INRIA (Национальный институт исследований в области компьютерных наук и автоматизации / Французский национальный институт исследований в области компьютерных наук и управления)
Швейцарский институт биоинформатики
ХимАксон ^{[ 3 ]}

Примечания и ссылки

^ «GenoStar: биоинформатическая платформа для исследовательской геномики» . www.ercim.eu . Проверено 23 июля 2024 г.
^ «ИНРИА - Технологические компании из ИНРИА» . Архивировано из оригинала 13 февраля 2010 г. Проверено 13 мая 2010 г.
^ «Интеграторы « ChemAxon - наборы инструментов и настольные приложения для химинформатики» . Архивировано из оригинала 11 мая 2010 г. Проверено 16 мая 2010 г.

Внешние ссылки

[1] «GenoStar: биоинформатическая платформа для исследовательской геномики» . www.ercim.eu . Проверено 23 июля 2024 г.

[2] «ИНРИА - Технологические компании из ИНРИА» . Архивировано из оригинала 13 февраля 2010 г. Проверено 13 мая 2010 г.

[3] «Интеграторы « ChemAxon - наборы инструментов и настольные приложения для химинформатики» . Архивировано из оригинала 11 мая 2010 г. Проверено 16 мая 2010 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]