Нексус-файл
| Расширения имен файлов | обычно .nex или .nxs |
|---|---|
| Тип интернет-СМИ | приложение/октет-поток |
| Магическое число | '#NEXUS\n' |
| Разработано | Мэддисон Д.Р., Суоффорд Д.Л., Мэддисон В.П. |
| Первоначальный выпуск | декабрь 1997 г. |
| Тип формата | биоинформатика |
| Открытый формат ? | Да |
Расширяемый формат файлов NEXUS широко используется в биоинформатике . Он хранит информацию о таксонах, морфологических и молекулярных признаках, расстояниях, генетических кодах, предположениях, множествах, деревьях и т. д. [1] Несколько популярных филогенетических программ, таких как PAUP* , [2] Мистер Байес , [3] Мескит, [4] МакКлейд [5] и расщепленное дерево [6] используйте этот формат.
Синтаксис [ править ]
Файл NEXUS состоит из фиксированного заголовка. #NEXUS за которым следует несколько блоков. Каждый блок начинается с BEGIN block_name; и заканчивается END;. Ключевые слова нечувствительны к регистру. Комментарии заключаются в квадратные скобки. [...]. [7]
Существует несколько предопределенных имен блоков для распространенных типов данных. Примеры включают в себя: [7]
- блок ТАКСА
- Блок TAXA содержит информацию о таксонах.
- блок ДАННЫХ
- Блок DATA содержит матрицу данных (например, выравнивание последовательностей).
- блок ДЕРЕВО
- Блок TREES содержит филогенетические деревья, описанные в формате Ньюика , например
((A,B),C);:
В следующем примере используются три типа блоков, описанные выше:
#NEXUS
Begin TAXA;
Dimensions ntax=4;
TaxLabels SpaceDog SpaceCat SpaceOrc SpaceElf;
End;
Begin data;
Dimensions nchar=15;
Format datatype=dna missing=? gap=- matchchar=.;
Matrix
[ When a position is a "matchchar", it means that it is the same as the first entry at the same position. ]
SpaceDog atgctagctagctcg
SpaceCat ......??...-.a.
SpaceOrc ...t.......-.g. [ same as atgttagctag-tgg ]
SpaceElf ...t.......-.a.
;
End;
BEGIN TREES;
Tree tree1 = (((SpaceDog,SpaceCat),SpaceOrc,SpaceElf));
END;
См. также [ править ]
Ссылки [ править ]
- ^ Мэддисон Д.Р., Суоффорд Д.Л., Мэддисон В.П. (1997). «NEXUS: расширяемый формат файла для систематической информации» . Систематическая биология . 46 (4): 590–621. дои : 10.1093/sysbio/46.4.590 . ПМИД 11975335 .
- ^ PAUP * Архивировано 3 сентября 2006 г. в Wayback Machine - Филогенетический анализ с использованием экономии * и других методов.
- ^ Мистер Байес
- ^ Мескит: модульная система эволюционного анализа.
- ^ МакКлейд
- ^ Хьюсон и Брайант, Применение филогенетических сетей в эволюционных исследованиях, Mol Biol Evol (2005) 23 (2): 254-267. https://doi.org/10.1093/molbev/msj030
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Подробная спецификация NEXUS
Внешние ссылки [ править ]
- Формат файла NEXUS — подробное объяснение со множеством примеров
- Формат NEXUS — хорошее описание формата и его использования в полевых условиях.
- Конвертер Nexus в phyloXML
- НеXML
- Конвертер Nexus в Fasta
