СплитДерево
| Разработчик(и) | Дэниел Хьюсон и Дэвид Брайант |
|---|---|
| Стабильная версия | 4.17.1
/ 2021 |
| Предварительный выпуск | 5.3
/ 2021 |
| Операционная система | Windows, Linux, Mac OS X |
| Тип | Биоинформатика |
| Лицензия | Собственный |
| Веб-сайт | уни-тюбинген |
SplitsTree — популярная бесплатная программа для построения филогенетических деревьев , филогенетических сетей или, в более общем плане, графов разделения на основе различных типов данных, таких как выравнивание последовательностей , матрица расстояний или набор деревьев. [ 1 ] [ 2 ] SplitsTree реализует опубликованные методы, такие как разбиение на части , [ 3 ] соседняя сеть , консенсусные сети, [ 4 ] методы суперсетей или методы вычислений гибридизации или простых рекомбинационных сетей. Он использует формат файла NEXUS . Граф разбиений определяется с помощью специального блока данных (блок SPLITS).
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Платье, А.; КТ Хубер ; В. Моултон (2001). «Метрические пространства в чистой и прикладной математике» (PDF) . Документа Математика : 121–139.
- ^ Хьюсон, Д.Х.; Д. Брайант (2006). «Применение филогенетических сетей в эволюционных исследованиях» . Мол. Биол. Эвол . 23 (2): 254–267. дои : 10.1093/molbev/msj030 . ПМИД 16221896 .
- ^ Бандельт, HJ; Платье, AW (1992). «Сплит-декомпозиция: новый и полезный подход к филогенетическому анализу данных о расстоянии». Молекулярная филогенетика и эволюция . 1 (3): 242–252. дои : 10.1016/1055-7903(92)90021-8 . ISSN 1055-7903 . ПМИД 1342941 .
- ^ Холланд, Барбара; Моултон, Винсент (2003). Бенсон, Гэри; Пейдж, Родерик Д.М. (ред.). «Консенсусные сети: метод визуализации несовместимости в коллекциях деревьев». Алгоритмы в биоинформатике . Конспекты лекций по информатике. 2812 . Шпрингер Берлин Гейдельберг: 165–176. дои : 10.1007/978-3-540-39763-2_13 . ISBN 9783540397632 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Домашняя страница SplitsTree (новый веб-сайт с информацией о SplitsTree)
- Альтернативная страница загрузки последней версии (4.15) и руководства (июнь 2019 г.), размещенная на компьютерных наук факультете Тюбингенского университета Эберхарда Карлса.
- Алгоритмы в биоинформатике , рабочая группа Дэниела Хьюсона, разрабатывающая SplitsTree и другое программное обеспечение для биоинформатики.
- Список программного обеспечения для филогении , размещенного в Вашингтонском университете.
- Генеалогический мир филогенетических сетей предоставляет широкий спектр примеров графов разделения, большинство из которых были созданы с помощью SplitsTree.
- «Кто есть кто в филогенетических сетях» перечисляет программное обеспечение, исследователей и литературу, посвященную филогенетическим сетям.
 | Эта научная статья о программном обеспечении незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |