Список программного обеспечения для визуализации филогенетического дерева
(Перенаправлено из программы просмотра филогенетического дерева )
Этот список программного обеспечения для просмотра филогенетических деревьев представляет собой подборку программных инструментов и веб-порталов, используемых для визуализации филогенетических деревьев .
Онлайн-программное обеспечение
[ редактировать ]Имя | Описание | Лицензия |
---|---|---|
Аннотации Быстрый анализ PhylOgenY (Aquapony [1] ) | Просмотрщик дерева Javascript для Beast | CeCILL |
Инструментарий ETE Просмотр дерева [2] | онлайн-инструмент для просмотра филогенетического дерева (формат newick), который позволяет отображать множественные выравнивания последовательностей вместе с деревьями (формат fasta) | |
ЭволВью [3] | онлайн-инструмент для визуализации, аннотирования и управления филогенетическими деревьями | |
ЛедяноеДерево [4] | Клиентская программа просмотра Javascript SVG для аннотированных корневых деревьев. Также поддерживает филогенетические сети. | |
Ирокс [5] | Автоматическая настройка и визуализация филогенетических деревьев | |
iTOL - интерактивное Древо Жизни [6] | аннотировать деревья различными типами данных и экспортировать в различные графические форматы; возможность написания сценариев через пакетный интерфейс | |
Микрореакт [7] | Связывайте, визуализируйте и исследуйте последовательности и метаданные, используя филогенетические деревья, карты и временные шкалы. | |
OneZoom [8] | использует IFIG (интерактивные фрактальные графики) для отображения филогенетических деревьев, которые можно увеличивать для увеличения детализации. | |
Карта жизни [9] | Фрактальное представление для интерактивного исследования древа жизни «в стиле Google Maps». | |
Phylo.io [10] | Просматривайте и сравнивайте до двух деревьев рядом с помощью интерактивной визуализации HTML5. | |
ФилоЭксплорер [11] | инструмент для облегчения оценки и управления коллекциями филогенетических деревьев. Учитывая входную коллекцию корневых деревьев, PhyloExplorer предоставляет возможности для получения статистики, описывающей коллекцию, исправления неверных названий таксонов, извлечения таксономически релевантных частей коллекции с использованием специального языка запросов и идентификации связанных деревьев в базе данных TreeBASE . | |
ФИЛОВиЗ Онлайн [12] | Веб-инструмент для визуализации, филогенетических выводов, анализа и обмена минимальными связующими деревьями. | |
ФилоВиджет [13] | просматривать, редактировать и публиковать филогенетические деревья в Интернете; интерфейсы с базами данных | |
СКОРО [14] | ВИЗУАЛИЗАЦИЯ ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКОГО ДЕРЕВА. | |
Таксониум [15] | веб-инструмент для исследования очень больших деревьев, в том числе с миллионами узлов, с поиском и раскраской метаданных. При наличии дерева с аннотациями мутаций оно иллюстрирует мутации на дереве и отображает окончательные генотипы. | |
T-REX (Веб-сервер) [16] | Вывод и визуализация дерева (иерархическое, радиальное и осевое древовидное представление), горизонтального переноса генов обнаружение и визуализация сети HGT | |
TidyДерево [17] | Клиентский рендерер филогенетического дерева HTML5/SVG на основе D3.js. | |
ДеревоВектор [18] | масштабируемые интерактивные филогенетические деревья для Интернета, создают динамический вывод в формате SVG или PNG, реализованный на Java. |
Программное обеспечение для настольных компьютеров
[ редактировать ]Имя | Описание | ТЫ 1 | Цитирование |
---|---|---|---|
АРБ | Интегрированная программная среда для визуализации дерева и аннотирования. | ЛМ | [19] |
Археоптерикс | Просмотрщик и редактор дерева Java (раньше был ATV) | [20] | |
Биоцифра | Универсальная платформа для управления, хранения и анализа всех типов биологических данных, включая древовидный и сетевой вывод данных о последовательностях. | В | [21] |
Дендроскоп | Интерактивный просмотрщик больших филогенетических деревьев и сетей. | Все | [22] |
ДенсиДерево | Средство просмотра, способное просматривать несколько наложенных деревьев. | Все | [23] |
РисДерево | Простой просмотрщик деревьев Java, способный читать файлы деревьев Newick и Nexus. Может использоваться для раскрашивания ветвей и создания векторных изображений. | Все | [24] |
JEvTrace | Многовалентный браузер для выравнивания последовательностей, филогении и структуры. Выполняет интерактивный эволюционный след [25] и другой анализ, основанный на филогении. | Все | [26] |
МЕГА | Программное обеспечение для статистического анализа молекулярной эволюции. Он включает в себя различные функции визуализации дерева. | Все | [27] |
Мультидендрограммы | Интерактивное приложение с открытым исходным кодом для расчета и построения филогенетических деревьев. | Все | [28] |
ФИЛОВиЗ | Филогенетический вывод и визуализация данных для профилей последовательностей аллелей/SNP с использованием минимальных остовных деревьев | Все | [29] |
РасколыДерево | Программное обеспечение для просмотра деревьев, кладограмм , NeighborNets и других графов | Все | [30] |
ДеревоДин | Программное обеспечение с открытым исходным кодом для манипулирования деревьями и аннотирования, позволяющее включать метаинформацию. | Все | [31] |
Древесная эволюция | Инструмент с открытым исходным кодом для круговой визуализации с искажением сечения и кольца, а также некоторыми другими функциями, такими как кластеризация и обрезка ветвей. | Все | [32] |
ДеревоГрафик 2 | Редактор деревьев с открытым исходным кодом с многочисленными операциями редактирования и форматирования, включая объединение различных филогенетических анализов. | Все | [33] |
Древовидное представление | Программное обеспечение для просмотра деревьев | Все | [34] [35] |
ГЕН | Визуальный интерфейс с открытым исходным кодом для пакета Phylip 3.6. | Все | [36] |
Просмотрщик деревьев | Гибкое модульное программное обеспечение для визуализации и управления филогенетическими деревьями. | Все | [37] |
1 «Все» относится к Microsoft Windows, Apple OSX и Linux; L=Linux, M=Apple Mac, W=Microsoft Windows
Библиотеки
[ редактировать ]Имя | Язык | Описание | Цитирование |
---|---|---|---|
Био.Фило | Питон | Phylo : часть Biopython, этот модуль предоставляет классы, функции и поддержку ввода-вывода для работы с филогенетическими деревьями. | [38] |
Био::Фило | Перл | Коллекция модулей Perl для управления и визуализации филогенетических данных. Bio::Phylo — это часть комплексного набора биологических инструментов Perl. | [21] |
CGRфило | Р | Конвейер, основанный на методе CGR для точной классификации и отслеживания быстро развивающихся вирусов. | [39] |
ЧТО | Питон | ETE (Среда для исследования деревьев) — это набор инструментов, который помогает автоматически манипулировать, анализировать и визуализировать деревья. | [40] |
ггтри | Р | Пакет R для визуализации дерева и аннотаций с поддержкой грамматики графики. | [41] |
ГраФлан | Питон | GraPhlAn — это программный инструмент для создания высококачественных циклических представлений таксономических и филогенетических деревьев. | |
jsPhyloSVG | Javascript | библиотека javascript с открытым исходным кодом для визуализации настраиваемых филогенетических деревьев с широкими возможностями расширения; используется для интерактивных деревьев Elsevier | [42] [43] |
ФиД3 | Javascript | интерактивная визуализация филогенетического дерева с числовыми аннотациями, с выводом в формате SVG или PNG, реализованная в D3.js | [44] |
филодерево.js | Javascript | phylotree.js — это библиотека, расширяющая популярную среду визуализации данных D3.js и подходящая для создания приложений JavaScript, в которых пользователи могут просматривать филогенетические деревья и взаимодействовать с ними. | [45] |
PhyloPlots.jl | Юлия | PhyloPlots.jl — это пакет julia для построения филогенетических деревьев и сетей, интегрированный с PhyloNetworks.jl. | [46] |
Фитуалы | Р | Филогенетические инструменты для сравнительной биологии (и других вещей) на основе R | [47] |
игрушечное дерево | Питон | Toytree: минималистичная библиотека визуализации и манипулирования деревьями для Python. | [48] |
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Казо Б, Кастель Ж, Ривалс Е (сентябрь 2019 г.). «АКВАПОНИ: визуализация и интерпретация филогеографической информации на филогенетических деревьях» . Биоинформатика . 35 (17): 3163–3165. doi : 10.1093/биоинформатика/btz011 . ПМИД 30649190 . Архивировано из оригинала 3 февраля 2019 г.
- ^ Уэрта-Сепас Х., Допасо Х., Габальдон Т. (январь 2010 г.). «ETE: среда Python для исследования деревьев» . БМК Биоинформатика . 11:24 . дои : 10.1186/1471-2105-11-24 . ПМК 2820433 . ПМИД 20070885 .
- ^ Чжан Х., Гао С., Лерчер М.Дж., Ху С., Чен У.Х. (июль 2012 г.). «EvolView, онлайн-инструмент для визуализации, аннотирования и управления филогенетическими деревьями» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (проблема с веб-сервером): W569–72. дои : 10.1093/nar/gks576 . ПМЦ 3394307 . ПМИД 22695796 .
- ^ Воган Т.Г. (август 2017 г.). «IcyTree: быстрая визуализация филогенетических деревьев и сетей на основе браузера» . Биоинформатика . 33 (15): 2392–2394. doi : 10.1093/биоинформатика/btx155 . ПМК 5860111 . ПМИД 28407035 .
- ^ Мур Р.М., Харрисон А.О., Макаллистер С.М., Полсон С.В., Уоммак К.Е. (февраль 2020 г.). «Ироки: автоматическая настройка и визуализация филогенетических деревьев» . ПерДж . 8 (е8584): е8584. дои : 10.7717/peerj.8584 . ПМК 7049256 . ПМИД 32149022 .
- ^ Летунич И., Борк П. (январь 2007 г.). «Интерактивное древо жизни (iTOL): онлайн-инструмент для отображения и аннотирования филогенетического дерева» (PDF) . Биоинформатика . 23 (1): 127–8. doi : 10.1093/биоинформатика/btl529 . ПМИД 17050570 .
- ^ Аргимон С., Абудахаб К., Гоутер Р.Дж., Федосеев А., Бхаи Дж., Гласнер С. и др. (ноябрь 2016 г.). «Микрореакт: визуализация и обмен данными для геномной эпидемиологии и филогеографии» . Микробная геномика . 2 (11): e000093. дои : 10.1099/mgen.0.000093 . ПМК 5320705 . ПМИД 28348833 .
- ^ Розинделл Дж., Хармон Л.Дж. (2012). «OneZoom: фрактальный исследователь древа жизни» . ПЛОС Биология . 10 (10): е1001406. дои : 10.1371/journal.pbio.1001406 . ПМЦ 3472976 . ПМИД 23091419 .
- ^ де Вьен ДМ (2016). «Карта жизни: исследование всего Древа Жизни» . ПЛОС Биология . 14 (12): e2001624. дои : 10.1371/journal.pbio.2001624 . ПМК 5179005 . ПМИД 28005907 .
- ^ Робинсон О., Дилус Д., Дессимоз С. (август 2016 г.). «Phylo.io: интерактивный просмотр и сравнение больших филогенетических деревьев в сети» . Молекулярная биология и эволюция . 33 (8): 2163–6. arXiv : 1602.04258 . Бибкод : 2016arXiv160204258R . дои : 10.1093/molbev/msw080 . ПМЦ 4948708 . ПМИД 27189561 .
- ^ Ранвез В., Клерон Н., Дельсук Ф., Пурали С., Оберваль Н., Дизер С., Берри В. (май 2009 г.). «PhyloExplorer: веб-сервер для проверки, исследования и запроса филогенетических деревьев» . Эволюционная биология BMC . 9. 9 (1): 108. Бибкод : 2009BMCEE...9..108R . дои : 10.1186/1471-2148-9-108 . ПМК 2695458 . ПМИД 19450253 .
- ^ Рибейру-Гонсалвес Б., Франсиско А.П., Вас С., Рамирес М., Каррису Х.А. (июль 2016 г.). «PHYLOViZ Online: веб-инструмент для визуализации, филогенетических выводов, анализа и обмена минимальными связующими деревьями» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (П1): W246–51. дои : 10.1093/nar/gkw359 . ПМЦ 4987911 . ПМИД 27131357 .
- ^ Джордан Г.Э., Пил В.Х. (июль 2008 г.). «PhyloWidget: веб-визуализация древа жизни» . Биоинформатика . 24 (14): 1641–2. doi : 10.1093/биоинформатика/btn235 . ПМИД 18487241 .
- ^ Гуиндон, Стефан; Гаскюэль, Оливье (01 октября 2003 г.). «Простой, быстрый и точный алгоритм для оценки крупных филогений по максимальному правдоподобию» . Систематическая биология . 52 (5): 696–704. дои : 10.1080/10635150390235520 . ISSN 1063-5157 . ПМИД 14530136 . S2CID 13857323 .
- ^ Сандерсон (2021). «Таксониум» .
- ^ Бок А., Диалло А.Б., Макаренков В. (июль 2012 г.). «T-REX: веб-сервер для вывода, проверки и визуализации филогенетических деревьев и сетей» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (проблема с веб-сервером): W573–9. дои : 10.1093/nar/gks485 . ПМК 3394261 . ПМИД 22675075 .
- ^ Бойлз А (2019). «TidyTree: бескомпромиссно гибкие филогенетические деревья» . CDC.
- ^ Петика Р., Баркер Г., Ковач Т., Гоф Дж. (январь 2010 г.). «TreeVector: масштабируемые интерактивные филогенетические деревья для Интернета» . ПЛОС ОДИН . 5 (1): e8934. Бибкод : 2010PLoSO...5.8934P . дои : 10.1371/journal.pone.0008934 . ПМЦ 2812488 . ПМИД 20126613 .
- ^ Людвиг В., Странк О, Вестрам Р., Рихтер Л., Мейер Х., Бюхнер А., Лай Т., Степпи С., Джобб Г., Фёрстер В., Бреттске И., Гербер С., Гинхарт А.В., Гросс О., Груманн С., Герман С., Йост Р. , Кениг А, Лисс Т, Люссманн Р, Мэй М, Нонхофф Б, Райхель Б, Штрелов Р, Стаматакис А, Штукманн Н, Вилбиг А, Ленке М, Людвиг Т, Боде А, Шлейфер КХ (2004). «ARB: программная среда для данных о последовательностях» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (4): 1363–71. дои : 10.1093/nar/gkh293 . ПМК 390282 . ПМИД 14985472 .
- ^ Змасек CM, Эдди SR (апрель 2001 г.). «ATV: отображение аннотированных филогенетических деревьев и манипулирование ими» . Биоинформатика . 17 (4): 383–4. дои : 10.1093/биоинформатика/17.4.383 . ПМИД 11301314 .
- ^ Перейти обратно: а б Протоколы BioNumerics, используемые Pulsenet. Архивировано 6 декабря 2011 г. в Wayback Machine.
- ^ Хьюсон Д.Х., Рихтер Д.К., Рауш К., Дезулиан Т., Франц М., Рупп Р. (ноябрь 2007 г.). «Дендроскоп: интерактивный просмотрщик больших филогенетических деревьев» . БМК Биоинформатика . 8 : 460. дои : 10.1186/1471-2105-8-460 . ПМК 2216043 . ПМИД 18034891 .
- ^ Букерт Р., Хелед Дж. (08 декабря 2014 г.). «DensiTree 2: Видеть деревья в лесу». биоRxiv 10.1101/012401 .
- ^ Рамбо А. 2018. FigTree 1.4.4 github.com, доступ 17 апреля 2018 г.
- ^ Лихтардж О., Борн Х.Р., Коэн Ф.Е. (март 1996 г.). «Метод эволюционного отслеживания определяет поверхности связывания, общие для семейств белков». Журнал молекулярной биологии . 257 (2): 342–358. дои : 10.1006/jmbi.1996.0167 . ПМИД 8609628 .
- ^ Йоахимиак, член парламента, Коэн Ф.Е. (2002). «JEvTrace: уточнение и вариации эволюционного следа в JAVA» . Геномная биология . 3 (12): ИССЛЕДОВАНИЕ0077. doi : 10.1186/gb-2002-3-12-research0077 . ПМЦ 151179 . ПМИД 12537566 .
- ^ Кумар С., Стечер Г., Ли М., Князь С., Тамура К. (июнь 2018 г.). «MEGA X: Молекулярно-эволюционно-генетический анализ на компьютерных платформах» . Молекулярная биология и эволюция . 35 (6): 1547–1549. дои : 10.1093/molbev/msy096 . ПМЦ 5967553 . ПМИД 29722887 .
- ^ Фернандес А., Гомес С. (2008). «Решение неоднозначности в агломеративной иерархической кластеризации с использованием мультидендрограмм». Журнал классификации . 25 (1): 43–65. arXiv : cs/0608049 . дои : 10.1007/s00357-008-9004-x . S2CID 434036 .
- ^ Франсиско А.П., Вас С., Монтейру П.Т., Мело-Кристино Х., Рамирес М., Каррису Х.А. (май 2012 г.). «PHYLOViZ: филогенетический вывод и визуализация данных для методов типирования на основе последовательностей» . БМК Биоинформатика . 13:87 . дои : 10.1186/1471-2105-13-87 . ПМК 3403920 . ПМИД 22568821 .
- ^ Хьюсон Д.Х., Брайант Д. (февраль 2006 г.). «Применение филогенетических сетей в эволюционных исследованиях» . Молекулярная биология и эволюция . 23 (2): 254–267. дои : 10.1093/molbev/msj030 . ПМИД 16221896 .
- ^ Шевене Ф., Брун С., Баньюлс А.Л., Жак Б., Кристен Р. (октябрь 2006 г.). «TreeDyn: к динамической графике и аннотациям для анализа деревьев» . БМК Биоинформатика . 7 : 439. дои : 10.1186/1471-2105-7-439 . ПМК 1615880 . ПМИД 17032440 .
- ^ Сантамария Р., Терон Р. (август 2009 г.). «Древовидная эволюция: визуальный анализ филогенетических деревьев» . Биоинформатика . 25 (15): 1970–1. doi : 10.1093/биоинформатика/btp333 . ПМИД 19470585 .
- ^ Стёвер БК, Мюллер КФ (январь 2010 г.). «TreeGraph 2: объединение и визуализация данных различных филогенетических анализов» . БМК Биоинформатика . 11 :7. дои : 10.1186/1471-2105-11-7 . ПМК 2806359 . ПМИД 20051126 .
- ^ «Анализ публикаций по эволюционной биологии 1996–2006 гг.» (PDF) . Архивировано из оригинала (PDF) 14 февраля 2015 г. Проверено 22 октября 2008 г.
- ^ Пейдж РД (август 1996 г.). «TreeView: приложение для отображения филогенетических деревьев на персональных компьютерах» . Компьютерные приложения в биологических науках . 12 (4): 357–8. дои : 10.1093/биоинформатика/12.4.357 . ПМИД 8902363 .
- ^ Okonechnikov K, Golosova O, Fursov M, the UGENE team (2012). "Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit" . Bioinformatics . 28 (8): 1166–7. doi : 10.1093/bioinformatics/bts091 . PMID 22368248 .
- ^ Бьянкини, Дж; Санчес-Баракальдо, П (2023). «TreeViewer Версия 2.1.0» . дои : 10.5281/zenodo.7768343 .
- ^ Кок, Питер Дж.А.; Антао, Тьяго; Чанг, Джеффри Т.; Чепмен, Брэд А.; Кокс, Саймон Дж.; Далк, Эндрю; Фридберг, Иддо; Хамелрик, Томас; Кауфф, Фрэнк; Вильчинский, Бартек; де Хун, Мишель Дж.Л. (1 июня 2009 г.). «Биопитон: свободно доступные инструменты Python для вычислительной молекулярной биологии и биоинформатики» . Биоинформатика . 25 (11): 1422–1423. doi : 10.1093/биоинформатика/btp163 . ISSN 1367-4811 . ПМЦ 2682512 . ПМИД 19304878 .
- ^ Подумайте, Амариндер Сингх; Синха, Сомдатта (май 2023 г.). «Использование представления хаос-игры для анализа линий SARS-CoV-2, новых штаммов и рекомбинантов» . Современная геномика . 24 (3): 187–195. дои : 10.2174/0113892029264990231013112156 . ПМЦ 10761335 . ПМИД 38178984 . S2CID 264500732 .
- ^ Уэрта-Сепас, Хайме; Серра, Франсуа; Борк, Пер (июнь 2016 г.). «ETE 3: Реконструкция, анализ и визуализация филогеномных данных» . Молекулярная биология и эволюция . 33 (6): 1635–1638. дои : 10.1093/molbev/msw046 . ISSN 0737-4038 . ПМЦ 4868116 . ПМИД 26921390 .
- ^ Ю Г, Смит Д.К., Чжу Х, Гуань Ю, Лам Т.Т. (1 января 2017 г.). «ggtree: пакет R для визуализации и аннотирования филогенетических деревьев с их ковариатами и другими связанными данными» . Методы экологии и эволюции . 8 (1): 28–36. Бибкод : 2017MEcEv...8...28Y . дои : 10.1111/2041-210X.12628 . S2CID 63705866 .
- ^ интерактивные филогенетические деревья www.elsevier.com. Архивировано 31 мая 2017 г. в Wayback Machine.
- ^ Smits SA, Ouverney CC (август 2010 г.). Пун А.Ф. (ред.). «jsPhyloSVG: библиотека JavaScript для визуализации интерактивных и векторных филогенетических деревьев в Интернете» . ПЛОС ОДИН . 5 (8): e12267. Бибкод : 2010PLoSO...512267S . дои : 10.1371/journal.pone.0012267 . ПМЦ 2923619 . ПМИД 20805892 .
- ^ Крефт Л., Ботцки А., Коппенс Ф., Вандеполе К., Ван Бел М. (сентябрь 2017 г.). «PhyD3: программа просмотра филогенетических деревьев с расширенной поддержкой phyloXML для визуализации данных функциональной геномики» . Биоинформатика . 33 (18): 2946–2947. doi : 10.1093/биоинформатика/btx324 . ПМИД 28525531 .
- ^ Шанк С.Д., Уивер С., Косаковский пруд С.Л. (июль 2018 г.). «phylotree.js — библиотека JavaScript для разработки приложений и интерактивной визуализации данных в филогенетике» . БМК Биоинформатика . 19 (1): 276. дои : 10.1186/s12859-018-2283-2 . ПМК 6060545 . ПМИД 30045713 .
- ^ Солис-Лемус С., Бастид П., Ане С. (2017). «PhyloNetworks: Пакет для филогенетических сетей» . Молекулярная биология и эволюция . 34 (12): 3292–3298. дои : 10.1093/molbev/msx235 . ПМИД 28961984 .
- ^ Ревелл, ЖЖ (2012). «phytools: пакет R для филогенетической сравнительной биологии (и прочего)» . Методы Экол. Эвол . 3 (2): 217–223. Бибкод : 2012MEcEv...3..217R . дои : 10.1111/j.2041-210X.2011.00169.x . S2CID 32670711 .
- ^ Итон, ДАР (2019). «Toytree: минималистская библиотека визуализации и манипулирования деревьями для Python» . Методы Экол. Эвол . 11 (1): 187–191. дои : 10.1111/2041-210X.13313 .