Биоцифра
 | |
 | |
| Разработчик(и) | Прикладная математика, штат Невада |
|---|---|
| Стабильная версия | 8.0 |
| Операционная система | Окна |
| Платформа | С++ , Питон |
| Тип | Биоинформатика |
| Лицензия | коммерческий |
| Веб-сайт | http://www.applied-maths.com |
BioNumerics — это для биоинформатики настольное программное обеспечение , которое управляет микробиологическими данными. Он разработан Applied Maths NV , компанией bioMérieux .
История
[ редактировать ]BioNumerics была впервые выпущена в 1998 году. PulseNet , сеть, управляемая Центрами по контролю и профилактике заболеваний (CDC), использует BioNumerics для сравнения моделей гель-электрофореза в импульсном поле (PFGE) и полногеномных последовательностей различных бактериальных штаммов. [1] [2] CaliciNet, сеть наблюдения за вспышками норовирусов, является еще одним примером сети, которая использует BioNumerics для передачи последовательностей норовирусов и основной эпидемиологической информации в центральную базу данных. [3]
Функции
[ редактировать ]Основой BioNumerics является база данных, состоящая из записей. Записи соответствуют отдельным исследуемым организмам или образцам и характеризуются уникальным ключом и рядом определяемых пользователем информационных полей. Каждая запись в базе данных может характеризоваться одним или несколькими экспериментами, которые можно легко связать с записью. [4] В BioNumerics эксперименты разделены на семь классов: отпечатки пальцев, спектры, символы, последовательности, наборы считываний последовательностей, данные трендов и матрицы.
Примерами приложений BioNumerics являются полногеномное мультилокусное типирование последовательностей (wgMLST), полногеномные однонуклеотидные полиморфизмы (wgSNP), сравнение геномов , идентификация на основе масс-спектрометрии MALDI-TOF , PFGE-типирование, типирование по амплифицированному полиморфизму длины фрагмента (AFLP), секвенирование. основанное на типировании вирусов, профилировании устойчивости к антибиотикам и функциональном генотипировании. [5] [6] [7]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Протоколы BioNumerics, используемые Pulsenet. Архивировано 6 декабря 2011 г., в Wayback Machine.
- ^ Хантер С.Б., Вотерин П., Ламберт-Фэйр М.А., Ван Дуйн М.С., Кубота К., Грейвс Л. и др. (март 2005 г.). «Создание стандартного штамма универсального размера для использования со стандартизированными протоколами гель-электрофореза в импульсном поле PulseNet: преобразование национальных баз данных в новый стандарт размера» . Журнал клинической микробиологии . 43 (3): 1045–50. doi : 10.1128/JCM.43.3.1045-1050.2005 . ПМЦ 1081233 . ПМИД 15750058 .
- ^ Вега Э., Барклай Л., Грегорикус Н., Уильямс К., Ли Д., Винже Дж. (август 2011 г.). «Новая сеть эпиднадзора за вспышками норовирусного гастроэнтерита, США» . Новые инфекционные заболевания . 17 (8): 1389–95. дои : 10.3201/eid1708.101837 . ПМЦ 3381557 . ПМИД 21801614 .
- ^ Вотерен Л., Вотерен П. Интегрированное базирование данных и анализ. В: Молекулярная идентификация, систематика и популяционная структура прокариотов (под ред. Эрко Стакебрандта). Спрингер, 2006. ISBN 978-3-540-23155-4
- ^ Шоулс Л.М., Спалбург Э.К., ван Луит М., Хейсденс XW, Плюистер Г.Н., ван Сантен-Верхёвель М.Г. и др. (03 апреля 2009 г.). «Анализ тандемных повторов множественных локусов с переменным числом золотистого стафилококка: сравнение с гель-электрофорезом в импульсном поле и спа-типированием» . ПЛОС ОДИН . 4 (4): е5082. Бибкод : 2009PLoSO...4.5082S . дои : 10.1371/journal.pone.0005082 . ПМК 2661140 . ПМИД 19343175 .
- ^ «Полифазное исследование винных штаммов Lactobacillus: таксономические значения» . архив.ph . 14 июля 2012 г. Архивировано из оригинала 14 июля 2012 г. Проверено 15 апреля 2021 г.
- ^ Грёшель М.И., Михан С.Дж., Барилар И., Дирикс М., Гонзага А., Стеглих М. и др. (28 августа 2019 г.). «Глобальный филогенетический ландшафт и нозокомиальное распространение оппортуниста с множественной лекарственной устойчивостью Stenotropomonasmaltophilia» . bioRxiv : 748954. doi : 10.1101/748954 .