Прикладная математика

Прикладная математика
Промышленность	Биоинформатика , Биотехнология
Основан	1992
Штаб-квартира	Синт-Мартенс-Латем , Бельгия
Продукты	БИОНУМЕРИКА, GelCompar II, Сервер БИОНУМЕРИКА
Веб-сайт	www .прикладная математика .с

Applied Maths NV, компания bioMérieux со штаб-квартирой в Синт-Мартенс-Латеме , Бельгия , является биоинформатической компанией, разрабатывающей программное обеспечение для биологических наук.

История [ править ]

Компания Applied Maths была основана в 1992 году и получила мировое признание благодаря программному обеспечению GelCompar, используемому в качестве стандартного инструмента для нормализации и сравнительного анализа закономерностей электрофореза ( PFGE , AFLP , RAPD , REP-PCR и варианты и т. д.). ^[1]^[2]

GelCompar II был выпущен в 1998 году для обработки постоянно растущих объемов информации после успеха и распространения электрофореза и других методов снятия отпечатков пальцев в различных областях применения в микробиологии , вирусологии и микологии . После введения концепций полифазной таксономии ^[3] и растущая потребность объединить генотипическую , фенотипическую , электрофорезную и секвенирующую информацию, компания Applied Maths выпустила в 1996 году пакет программного обеспечения BIONUMERICS , который до сих пор является платформой для управления, хранения и (статистического) анализа всех типов биологических данных. ^[4] BIONUMERICS и GelCompar II используются несколькими сетями по всему миру, такими как PulseNet и CaliciNet, для обмена и идентификации информации о штаммах. ^[5]^[6]

В январе 2016 года компания Applied Maths была приобретена компанией bioMérieux . ^[7] В октябре 2021 года компания объявила о прекращении выпуска своего флагманского программного обеспечения BIONUMERICS к концу 2024 года. В июне 2023 года Applied Maths объединилась с bioMérieux .

Продукты [ править ]

БИОНУМЕРИКА : БИОНУМЕРИКА — это коммерческий набор из 4 конфигураций, используемых для анализа всех основных приложений в (микробной) биоинформатике: одномерные гели для электрофореза , хроматографические и спектрометрические профили, фенотипа признаки , микрочипы , последовательности нуклеиновых кислот , последовательности целого генома и т. д.

GelCompar II : GelCompar II представляет собой набор из 5 модулей, разработанных для анализа шаблонов отпечатков пальцев, включая нормализацию, импорт в реляционную базу данных и сравнительный анализ. ^[8]

BNServer : BNserver — это веб-платформа, обычно устанавливаемая между централизованно поддерживаемой базой данных и распределенными клиентами, использующими BIONUMERICS, GelCompar II или веб-браузер для обмена биологической информацией и результатами анализа. BNServer используется с девяностых годов для обнаружения вспышек пищевых продуктов. ^[9]

EPISEQ CS: облачное программное обеспечение для анализа клинических микробных вспышек.

EPISEQ 16S: облачное программное обеспечение для исследований профиля микробиома на основе гена 16S рРНК .

EPISEQ SARS-CoV-2: облачное программное обеспечение для идентификации вариантов SARS-CoV-2 .

Прием [ править ]

Более 20 000 рецензируемых исследовательских статей упоминают использование программных пакетов прикладной математики BIONUMERICS или Gelcompar II. ^[10]

Ссылки [ править ]

^ Дейксхоорн Л., Таунер К.Дж., Струленс М., 2001. Новые подходы к получению и анализу данных микробного типирования. Эльзевир, ISBN 0-444-50740-X , ISBN 978-0-444-50740-2 .
^ Вотерен Л. и П. Вотерен. 1992. Компьютерное объективное сравнение моделей электрофореза для группировки и идентификации микроорганизмов. Евро. Микробиол. 1:37-41.
^ [1] Вандам и др., Полифазная таксономия, консенсусный подход к бактериальной систематике. Микробиол. Мол. Биол. Ред., июнь 1996 г., том. 60 нет. 2 407-438.
^ Вотерен Л., Вотерен П. Интегрированное базирование данных и анализ. В: Молекулярная идентификация, систематика и популяционная структура прокариотов (под ред. Эрко Стакебрандта). Спрингер, 2006. ISBN 978-3-540-23155-4
^ Хантер С.Б., Вотерен П., Ламберт-Фэйр М.А., Ван Дуйн М.С., Кубота К., Грейвс Л., Ригли Д., Барретт Т., Рибо Э. (2005). «Создание стандартного штамма универсального размера для использования со стандартизированными протоколами гель-электрофореза в импульсном поле PulseNet: преобразование национальных баз данных в новый стандарт размера» . Дж. Клин. Микробиол . 43 (3): 1045–1050. doi : 10.1128/JCM.43.3.1045-1050.2005 . ПМЦ 1081233 . ПМИД 15750058 .
^ Вега Э.; Барклай Л.; Грегорикус Н.; Уильямс К.; Ли Д.; Винье Дж. (2011). «Новая сеть наблюдения за вспышками норовирусного гастроэнтерита, США» . Экстренное заражение Dis . 17 (8): 1389–95. дои : 10.3201/eid1708.101837 . ПМК 3381557 . ПМИД 21801614 .
^ bioMérieux приобретает Applied Maths и расширяет свои возможности в области биоинформатики за счет передового опыта и решений для разумного использования сложных биологических данных.
^ «Учебные фильмы по BioNumerics и GelCompar II | BIONUMERICS» . www.bionumerics.com . Проверено 19 июня 2023 г.
^ Сваминатан Б., Гернер-Смидт П., Нг Л.К., Лукинмаа С., Кам К.М., Роландо С., Гутьеррес Е.П., Бинштейн Н., 2006. «Создание PulseNet International : взаимосвязанная система лабораторных сетей для содействия своевременному распознаванию проблем общественного здравоохранения и реагированию на них ». Вспышки болезней пищевого происхождения и новые болезни пищевого происхождения». Пищевые патогены и болезни. Весна 2006 г., 3 (1): 36–50. дои : 10.1089/fpd.2006.3.36
^ Научные статьи с использованием программных продуктов прикладной математики . Проверено 11 октября 2023 г.

Внешние ссылки [ править ]

Официальный сайт

[1] Дейксхоорн Л., Таунер К.Дж., Струленс М., 2001. Новые подходы к получению и анализу данных микробного типирования. Эльзевир, ISBN 0-444-50740-X , ISBN 978-0-444-50740-2 .

[2] Вотерен Л. и П. Вотерен. 1992. Компьютерное объективное сравнение моделей электрофореза для группировки и идентификации микроорганизмов. Евро. Микробиол. 1:37-41.

[3] [1] Вандам и др., Полифазная таксономия, консенсусный подход к бактериальной систематике. Микробиол. Мол. Биол. Ред., июнь 1996 г., том. 60 нет. 2 407-438.

[4] Вотерен Л., Вотерен П. Интегрированное базирование данных и анализ. В: Молекулярная идентификация, систематика и популяционная структура прокариотов (под ред. Эрко Стакебрандта). Спрингер, 2006. ISBN 978-3-540-23155-4

[5] Хантер С.Б., Вотерен П., Ламберт-Фэйр М.А., Ван Дуйн М.С., Кубота К., Грейвс Л., Ригли Д., Барретт Т., Рибо Э. (2005). «Создание стандартного штамма универсального размера для использования со стандартизированными протоколами гель-электрофореза в импульсном поле PulseNet: преобразование национальных баз данных в новый стандарт размера» . Дж. Клин. Микробиол . 43 (3): 1045–1050. doi : 10.1128/JCM.43.3.1045-1050.2005 . ПМЦ 1081233 . ПМИД 15750058 .

[6] Вега Э.; Барклай Л.; Грегорикус Н.; Уильямс К.; Ли Д.; Винье Дж. (2011). «Новая сеть наблюдения за вспышками норовирусного гастроэнтерита, США» . Экстренное заражение Dis . 17 (8): 1389–95. дои : 10.3201/eid1708.101837 . ПМК 3381557 . ПМИД 21801614 .

[7] Mérieux приобретает Applied Maths и расширяет свои возможности в области биоинформатики за счет передового опыта и решений для разумного использования сложных биологических данных.

[8] «Учебные фильмы по BioNumerics и GelCompar II | BIONUMERICS» . www.bionumerics.com . Проверено 19 июня 2023 г.

[9] Сваминатан Б., Гернер-Смидт П., Нг Л.К., Лукинмаа С., Кам К.М., Роландо С., Гутьеррес Е.П., Бинштейн Н., 2006. «Создание PulseNet International : взаимосвязанная система лабораторных сетей для содействия своевременному распознаванию проблем общественного здравоохранения и реагированию на них ». Вспышки болезней пищевого происхождения и новые болезни пищевого происхождения». Пищевые патогены и болезни. Весна 2006 г., 3 (1): 36–50. дои : 10.1089/fpd.2006.3.36

[10] Научные статьи с использованием программных продуктов прикладной математики . Проверено 11 октября 2023 г.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]