Усиленный полиморфизм длины фрагментов

Полиморфизм длины амплифицированного фрагмента ( AFLP-PCR или AFLP ) — это инструмент на основе ПЦР, используемый в генетических исследованиях, дактилоскопии ДНК и в практике генной инженерии . Разработан в начале 1990-х годов компанией KeyGene . ^[1] использует рестрикционные ферменты для переваривания геномной ДНК с последующим лигированием адаптеров AFLP к липким концам рестрикционных фрагментов . Затем подмножество рестрикционных фрагментов отбирается для амплификации. Этот отбор достигается за счет использования праймеров, комплементарных адаптерной последовательности, последовательности сайта рестрикции и нескольких нуклеотидов внутри фрагментов сайта рестрикции (как подробно описано ниже). Амплифицированные фрагменты разделяют и визуализируют при денатурации с помощью электрофореза в агарозном геле либо с помощью авторадиографии , либо методом флуоресценции , либо с помощью автоматических инструментов капиллярного секвенирования.

Хотя AFLP не следует использовать в качестве аббревиатуры, его обычно называют «полиморфизмом длины амплифицированного фрагмента». Однако полученные данные оцениваются не как полиморфизмы длины, а как полиморфизмы присутствия-отсутствия. ^[2]

-PCR — высокочувствительный метод обнаружения полиморфизмов ДНК AFLP . Техника была первоначально описана Восом и Забо в 1993 году. ^[3]^[2] Подробно процедура этой техники разделена на три этапа:

Переваривание всей клеточной ДНК одним или несколькими рестрикционными ферментами и лигирование специфичных адаптеров половины сайта рестрикции ко всем фрагментам рестрикции.
Селективная амплификация некоторых из этих фрагментов с помощью двух праймеров для ПЦР, которые имеют соответствующие последовательности, специфичные для адаптера и сайта рестрикции.
Электрофоретическое разделение на ампликонов гелевой матрице с последующей визуализацией рисунка полос.

Приложения

Технология AFLP позволяет одновременно обнаруживать различные полиморфизмы в разных регионах генома. Он также очень чувствителен и воспроизводим. В результате AFLP стал широко использоваться для идентификации генетических вариаций штаммов или близкородственных видов растений, грибов, животных и бактерий. Технология AFLP использовалась в криминальных тестах и тестах на отцовство, а также для определения небольших различий внутри популяций, а также в исследованиях сцепления для создания карт для анализа локуса количественных признаков (QTL).

У AFLP есть много преимуществ по сравнению с другими маркерными технологиями, включая случайно амплифицированную полиморфную ДНК ( RAPD ), полиморфизм длины рестрикционных фрагментов (RFLP) и микросателлиты . AFLP не только имеет более высокую воспроизводимость, разрешение и чувствительность на уровне всего генома по сравнению с другими методами, ^[4] но он также способен амплифицировать от 50 до 100 фрагментов одновременно. Кроме того, для амплификации не требуется никакой предварительной информации о последовательности (Meudt & Clarke 2007). ^[5] В результате AFLP стал чрезвычайно полезным при изучении таксонов, включая бактерии, грибы и растения, где многое еще неизвестно о геномном составе различных организмов.

Технология AFLP защищена патентами и патентными заявками компании Keygene NV. AFLP является зарегистрированной торговой маркой компании Keygene NV.

Ссылки

^ «Кейген.com» . Проверено 10 февраля 2013 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б Вос П., Хогерс Р., Бликер М. и др. (ноябрь 1995 г.). «AFLP: новая техника снятия отпечатков пальцев ДНК» . Нуклеиновые кислоты Рез . 23 (21): 4407–14. дои : 10.1093/нар/23.21.4407 . ПМК 307397 . ПМИД 7501463 .
^ Забо, М. и П. Вос. 1993. Селективная амплификация рестрикционных фрагментов: общий метод снятия отпечатков пальцев ДНК. Европейское патентное ведомство, публикация 0 534 858 А1, бюллетень 93/13.
^ Мюллер У.Г., Вольфенбаргер Л.Л. (октябрь 1999 г.). «Генотипирование AFLP и дактилоскопия». Тенденции Экол. Эвол . 14 (10): 389–394. CiteSeerX 10.1.1.115.2957 . дои : 10.1016/S0169-5347(99)01659-6 . ПМИД 10481200 .
^ Медт Х.М., Кларк AC (март 2007 г.). «Почти забытая или новейшая практика? Приложения AFLP, анализ и достижения». Тенденции растениеводства . 12 (3): 106–17. doi : 10.1016/j.tplants.2007.02.001 . ПМИД 17303467 .

Внешние ссылки

Программное обеспечение для анализа данных AFLP

CLIQS 1D Pro Автоматический электрофорез (гелевой или капиллярный), сопоставление полос и база данных фрагментов AFLP
BioNumerics Gelcompar II (снято с производства) ^[1]) Одна универсальная платформа для управления и анализа всех ваших биологических данных, включая AFLP.
KeyGene Quantar Suite Универсальное программное обеспечение для оценки маркеров
SoftGenetics GeneMarker Программное обеспечение для анализа фрагментов

Бесплатное ПО для анализа данных AFLP

SourceForge Genographer Бесплатное программное обеспечение для ручной оценки (приложение Java)
SourceForge RawGeno Бесплатная автоматическая оценка (среда R CRAN, включая удобный графический интерфейс)

Онлайн-программы для моделирования AFLP-PCR

АЛФИ – BПрокариоты или загруженные последовательности
AFLP-PCR in silico для прокариотов , некоторых эукариотов или загруженных последовательностей
Ферменты для биолабораторий AFLP Новой Англии
Примечание о технологии AFLP на KeyGene
Приложения AFLP

^ «Внимание всем пользователям GelCompar II» . 8 мая 2018 г.

[1] «Кейген.com» . Проверено 10 февраля 2013 г.

[nar.oxfordjournals-2] Перейти обратно: ^а ^б Вос П., Хогерс Р., Бликер М. и др. (ноябрь 1995 г.). «AFLP: новая техника снятия отпечатков пальцев ДНК» . Нуклеиновые кислоты Рез . 23 (21): 4407–14. дои : 10.1093/нар/23.21.4407 . ПМК 307397 . ПМИД 7501463 .

[3] Забо, М. и П. Вос. 1993. Селективная амплификация рестрикционных фрагментов: общий метод снятия отпечатков пальцев ДНК. Европейское патентное ведомство, публикация 0 534 858 А1, бюллетень 93/13.

[4] Мюллер У.Г., Вольфенбаргер Л.Л. (октябрь 1999 г.). «Генотипирование AFLP и дактилоскопия». Тенденции Экол. Эвол . 14 (10): 389–394. CiteSeerX 10.1.1.115.2957 . дои : 10.1016/S0169-5347(99)01659-6 . ПМИД 10481200 .

[5] Медт Х.М., Кларк AC (март 2007 г.). «Почти забытая или новейшая практика? Приложения AFLP, анализ и достижения». Тенденции растениеводства . 12 (3): 106–17. doi : 10.1016/j.tplants.2007.02.001 . ПМИД 17303467 .

[6] «Внимание всем пользователям GelCompar II» . 8 мая 2018 г.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[1]