Типирование мультилокусной последовательности

Типирование мультилокусных последовательностей ( MLST ) — это метод молекулярной биологии типирования нескольких локусов с использованием последовательностей ДНК внутренних фрагментов нескольких генов домашнего хозяйства для характеристики изолятов видов микробов.

Первая схема MLST, которая была разработана, была разработана для Neisseria meningitidis . ^{[ 1 ]} возбудитель менингококкового менингита и септицемии . С момента своего внедрения для исследования истории эволюции MLST использовался не только для патогенов человека, но и для патогенов растений. ^{[ 2 ]}

Принцип

MLST напрямую измеряет вариации последовательностей ДНК в наборе генов домашнего хозяйства и характеризует штаммы по их уникальным аллельным профилям. Принцип MLST прост: метод включает в себя ПЦР- амплификацию с последующим секвенированием ДНК . Нуклеотидные различия между штаммами можно проверить на различном количестве генов в зависимости от желаемой степени дискриминации.

Рабочий процесс MLST включает в себя: 1) сбор данных, 2) анализ данных и 3) анализ мультилокусных последовательностей. На этапе сбора данных окончательная идентификация вариаций достигается путем определения нуклеотидной последовательности фрагментов гена. На этапе анализа данных всем уникальным последовательностям присваиваются номера аллелей, объединяются в аллельный профиль и присваивается тип последовательности (ST). Если обнаруживаются новые аллели и ST, они сохраняются в базе данных после проверки. На заключительном этапе анализа MLST родство изолятов определяется путем сравнения аллельных профилей. Исследователи проводят эпидемиологические и филогенетические исследования, сравнивая ST различных клональных комплексов. В процессе секвенирования и идентификации создается огромный набор данных, поэтому биоинформационные методы используются для упорядочения, управления, анализа и объединения всех биологических данных.

Чтобы найти баланс между приемлемой способностью идентификации, временем и стоимостью типирования штамма, в лабораториях обычно используется от семи до восьми генов домашнего хозяйства. Если привести в качестве примера Staphylococcus aureus , то при типировании MLST используются семь генов домашнего хозяйства. Эти гены включают карбаматкиназу ( arcC ), шикиматдегидрогеназу ( aroE ), глицеринкиназу ( glpF ), гуанилаткиназу ( gmk ), фосфатацетилтрансферазу ( pta ), триозофосфатизомеразу ( tpi ) и ацетилкоэнзим А ацетилтрансферазу ( yqiL ), как указано в Сайт МЛСТ. Однако нередко используется до десяти генов домашнего хозяйства. Для Vibrio vulnificus используются гены домашнего хозяйства: глюкозо-6-фосфат-изомераза ( glp ), ДНК-гираза, субъединица B ( gyrB ), малат-лактатдегидрогеназа ( mdh ), метионил-тРНК-синтетаза ( metG ), фосфорибозиламиноимидазол-синтетаза ( purM ), треониндегидрогеназа ( dtdS ), диаминопимелатдекарбоксилаза ( lysA ), альфа-субъединица трансгидрогеназы ( pntA ), дигидрооротаза ( pyrC ) и триптофаназа. ( тнаА ). Таким образом, как количество, так и тип генов домашнего хозяйства, опрашиваемых MLST, могут различаться от вида к виду.

Для каждого из этих генов «домашнего хозяйства» различные последовательности назначаются как аллели, а аллели в локусах обеспечивают аллельный профиль. Ряд профилей может служить идентификационным маркером для типирования штамма. Последовательности, которые различаются даже в одном нуклеотиде, относят к разным аллелям, и не придается никакого взвешивания, учитывающего количество нуклеотидных различий между аллелями, поскольку мы не можем отличить, являются ли различия в нескольких нуклеотидных сайтах результатом множественных точковых мутаций или одной рекомбинационный обмен. Большое количество потенциальных аллелей в каждом локусе обеспечивает возможность различать миллиарды различных аллельных профилей, и можно ожидать, что штамм с наиболее распространенным аллелем в каждом локусе случайно появится только примерно один раз на 10 000 изолятов. ^{[ нужна ссылка ]} Несмотря на то, что MLST обеспечивает высокую дискриминационную способность, накопление нуклеотидных изменений в генах домашнего хозяйства является относительно медленным процессом, а аллельный профиль бактериального изолята достаточно стабилен во времени, чтобы этот метод был идеальным для глобальной эпидемиологии.

Родство изолятов отображается в виде дендрограммы, построенной с использованием матрицы попарных различий между их аллельными профилями, eBURST или минимального связующего дерева (MST). Дендрограмма — это всего лишь удобный способ отображения тех изолятов, которые имеют идентичные или очень похожие аллельные профили, которые, как можно предположить, произошли от общего предка; отношения между изолятами, которые различаются более чем в трех локусах из семи, вероятно, будут ненадежными и не должны использоваться для вывода об их филогении. ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]} MST соединяет все выборки таким образом, чтобы суммарное расстояние всех ветвей дерева было минимальным. ^{[ 5 ]}

Альтернативно, родство изолятов также можно проанализировать с помощью анализа многолокусных последовательностей ( MLSA ). При этом не используются назначенные аллели, а вместо этого объединяются последовательности фрагментов генов домашнего хозяйства и используется эта объединенная последовательность для определения филогенетических взаимоотношений. В отличие от MLST, этот анализ действительно обнаруживает более высокое сходство между последовательностями, отличающимися только одним нуклеотидом, и более низкое сходство между последовательностями с многократными различиями нуклеотидов. В результате этот анализ больше подходит для организмов с клональной эволюцией и менее подходит для организмов, у которых рекомбинационные события происходят очень часто. Его также можно использовать для определения филогенетических связей между близкородственными видами. ^{[ 6 ]} Термины MLST и MLSA очень часто считаются взаимозаменяемыми. Однако это неверно, поскольку каждый метод анализа имеет свои отличительные особенности и области применения. Следует позаботиться о том, чтобы использовать правильный термин.

Сравнение с другими методами

Ранее для дифференциации бактериальных изолятов были разработаны подходы серологического типирования, но иммунологическое типирование имеет такие недостатки, как зависимость от небольшого числа антигенных локусов и непредсказуемая реактивность антител с различными антигенными вариантами. Для определения родства патогенов было предложено несколько схем молекулярного типирования, таких как гель-электрофорез в импульсном поле ( PFGE ), риботипирование и дактилоскопия на основе ПЦР . Но эти методы подтипирования на основе полос ДНК не обеспечивают значимого эволюционного анализа. Несмотря на то, что многие исследователи считают PFGE «золотым стандартом», многие штаммы не типируются с помощью этого метода из-за деградации ДНК во время процесса (мазки геля).

Подход MLST отличается от мультилокусного ферментного электрофореза (MLEE), который основан на различной электрофоретической подвижности (ЭМ) нескольких основных метаболических ферментов. Аллели в каждом локусе определяют EM своих продуктов, поскольку разные аминокислотные последовательности между ферментами приводят к разной подвижности и различным полосам при работе на геле. Родственность изолятов затем можно визуализировать с помощью дендрограммы, созданной на основе матрицы парных различий между электрофоретическими типами. Этот метод имеет более низкое разрешение, чем MLST, по нескольким причинам, все из которых связаны с тем, что разнообразие ферментативных фенотипов является всего лишь показателем разнообразия последовательностей ДНК. Во-первых, ферменты могут иметь разные аминокислотные последовательности, но не иметь достаточно разных ЭМ, чтобы давать разные полосы. Во-вторых, «тихие мутации» могут изменить последовательность ДНК гена, не изменяя кодируемые аминокислоты. В-третьих, фенотип фермента может легко изменяться в ответ на условия окружающей среды и плохо влиять на воспроизводимость результатов MLEE — распространенными модификациями ферментов являются фосфорилирование, связывание кофакторов и расщепление транспортных последовательностей. Это также ограничивает сопоставимость данных MLEE, полученных разными лабораториями, тогда как MLST предоставляет портативные и сопоставимые данные о последовательностях ДНК и имеет большой потенциал для автоматизации и стандартизации.

MLST не следует путать со штрих-кодированием ДНК . Последний представляет собой таксономический метод, который использует короткие генетические маркеры для распознавания определенных видов эукариот. Он основан на том факте, что митохондриальная ДНК (мтДНК) или некоторые части цистрона рибосомальной ДНК имеют относительно высокую скорость мутаций, что приводит к значительным различиям в последовательностях между видами. Методы мтДНК возможны только у эукариот (поскольку у прокариот отсутствуют митохондрии), тогда как MLST, хотя изначально был разработан для прокариот, теперь находит применение у эукариот и в принципе может быть применен к любому царству.

Преимущества и применение

MLST очень однозначен и портативен. Материалы, необходимые для определения ST, могут обмениваться между лабораториями. Последовательности праймеров и протоколы доступны в электронном виде. Он воспроизводим и масштабируем. MLST автоматизирован и сочетает в себе достижения в области высокопроизводительного секвенирования и биоинформатики с признанными методами популяционной генетики. Данные MLST можно использовать для изучения эволюционных взаимоотношений между бактериями. MLST обеспечивает хорошую дискриминационную способность для дифференциации изолятов.

Применение MLST огромно и предоставляет ресурсы для научных, медицинских и ветеринарных сообществ, а также пищевой промышленности. Ниже приведены примеры приложений MLST.

Кампилобактер

Кампилобактер является частым возбудителем бактериальных инфекционных кишечных заболеваний, обычно возникающих из-за недоваренной птицы или непастеризованного молока. Однако его эпидемиология плохо изучена, поскольку вспышки выявляются редко, поэтому источники и пути передачи вспышек сложно отследить. Кроме того, геномы кампилобактерий генетически разнообразны и нестабильны, с частыми меж- и внутригеномными рекомбинациями, а также с фазовой изменчивостью, что усложняет интерпретацию данных многих методов типирования. До недавнего времени с применением метода MLST типирование Campylobacter достигло большого успеха и было добавлено в базу данных MLST. По состоянию на 1 мая 2008 г. база данных Campylobacter MLST содержит 3516 изолятов и около 30 публикаций, в которых MLST используется или упоминается в исследованиях Campylobacter ( http://pubmlst.org/campylobacter/ ).

Нейссерийный менингит

MLST предоставил более богатую картину бактерий в человеческих популяциях и вариантов штаммов, которые могут быть патогенными для человека, растений и животных. Техника MLST была впервые использована Maiden et al. (1) охарактеризовать Neisseria meningitidis с использованием шести локусов. Применение MLST четко определило основные линии менингококка, которые, как известно, ответственны за инвазивные заболевания во всем мире. Для повышения уровня различения основных инвазивных линий в настоящее время используются семь локусов, которые были приняты многими лабораториями в качестве метода выбора для характеристики изолятов менингококка. Это общеизвестный факт ^{[ 7 ]} что рекомбинационные обмены обычно происходят у N. meningitidis , что приводит к быстрой диверсификации менингококковых клонов. MLST успешно предоставил надежный метод характеристики клонов других видов бактерий, у которых скорость клональной диверсификации обычно ниже.

Золотистый стафилококк

S. aureus вызывает ряд заболеваний. Устойчивый к метициллину S. aureus ( MRSA ) вызывает растущую обеспокоенность по поводу его устойчивости почти ко всем антибиотикам, кроме ванкомицина. Однако наиболее серьезные инфекции S. aureus в обществе, а многие и в больницах, вызваны метициллин-чувствительными изолятами (MSSA), и было предпринято мало попыток идентифицировать гипервирулентные клоны MSSA, связанные с серьезным заболеванием. Поэтому MLST был разработан, чтобы обеспечить однозначный метод характеристики клонов MRSA и для идентификации клонов MSSA, связанных с серьезным заболеванием.

Стрептококк пиогенный

S. pyogenes вызывает заболевания от фарингита до опасного для жизни импетиго, включая некротический фасциит. схема MLST для S. pyogenes Разработана . В настоящее время база данных ( mlst.net ) ^{[ 8 ]} содержит аллельные профили изолятов, представляющих мировое разнообразие организма, а также изолятов серьезных инвазивных заболеваний. ^{[ 9 ]}

Кандида альбиканс

C. albicans является грибковым патогеном человека и вызывает внутрибольничные инфекции кровотока. Метод MLST использовался для характеристики изолятов C. albicans . Комбинация аллелей в разных локусах приводит к образованию уникальных типов диплоидных последовательностей, которые можно использовать для дискриминации штаммов. Было показано, что MLST успешно применяется для изучения эпидемиологии C. albicans в больнице, а также разнообразия изолятов C. albicans , полученных из различных экологических ниш, включая людей и животных-хозяев.

Кронобактер

Род Cronobacter состоит из 7 видов. единое видовое название Enterobacter sakazakii До 2007 года к этим организмам применялось . Первоначально Cronobacter поскольку MLST применялся для различения C. sakazakii и C. Malonaticus, секвенирование 16S рДНК не всегда достаточно точно, а биотипирование слишком субъективно. ^{[ 10 ]} Схема Cronobacter MLST использует 7 аллелей; atpD , fusA , glnS , gltB , gyrB , infB и ppsA, дающие конкатенированную последовательность длиной 3036 п.н. для филогенетического анализа (MLSA) и сравнительной геномики . ^{[ 11 ]} MLST также использовался для официального признания новых видов Cronobacter . ^{[ 12 ]} Метод выявил сильную связь между одной генетической линией, типом последовательности 4 (ST4), и случаями неонатального менингита. ^{[ 13 ]} Сайт Cronobacter MLST находится по адресу http://www.pubMLST.org/cronobacter .

Ограничения

MLST лучше всего подходит для популяционно-генетических исследований, но он дорог. Из-за консервативности последовательности генов домашнего хозяйства MLST иногда не обладает дискриминационной способностью дифференцировать бактериальные штаммы, что ограничивает его использование в эпидемиологических исследованиях. Чтобы улучшить дискриминационную способность MLST, был разработан подход типирования последовательностей мультивирулентных локусов (MVLST) с использованием Listeria monocytogenes . ^{[ 14 ]} MVLST расширяет преимущества MLST, но нацелен на гены вирулентности, которые могут быть более полиморфными, чем гены «домашнего хозяйства». Популяционная генетика — не единственный важный фактор эпидемии. Факторы вирулентности также играют важную роль в возникновении заболеваний, и популяционно-генетические исследования изо всех сил пытаются их отслеживать. Это связано с тем, что задействованные гены часто сильно рекомбинируют и мобильны между штаммами по сравнению с популяционной генетической структурой. Таким образом, например, в случае Escherichia coli идентификация штаммов, несущих гены токсинов, более важна, чем оценка распространенных штаммов на основе популяционной генетики.

Появление технологий секвенирования второго поколения позволило получить информацию о последовательностях всего бактериального генома при относительно скромных затратах и усилиях, и теперь MLST можно назначать на основе информации о последовательностях всего генома, а не секвенировать каждый локус отдельно, как это было практика, когда MLST был впервые разработан. ^{[ 15 ]} Полногеномное секвенирование дает более полную информацию для дифференциации бактериальных штаммов (MLST использует примерно 0,1% геномной последовательности для определения типа, игнорируя при этом остальную часть бактериального генома). Например, полногеномное секвенирование многочисленных изолятов выявило единственную линию MLST ST258 Klebsiella pneumoniae , которая включает две отдельные генетические клады: ^{[ 16 ]} предоставление дополнительной информации об эволюции и распространении этих организмов с множественной лекарственной устойчивостью и опровержение предыдущей гипотезы о единственном клональном происхождении ST258. ^{[ 17 ]}

Базы данных

Базы данных MLST содержат эталонные последовательности аллелей и типы последовательностей для каждого организма, а также изолируют эпидемиологические данные. Веб-сайты содержат программное обеспечение для опросов и анализа, которое позволяет пользователям запрашивать их последовательности аллелей и типы последовательностей. MLST широко используется в качестве инструмента для исследователей и работников здравоохранения.

Большинство баз данных MLST размещены на веб-сервере, который в настоящее время находится в Оксфордском университете ( pubmlst.org ).

База данных, размещенная на сайте, содержит последовательности эталонных аллелей, специфичные для конкретного организма, и списки ST для отдельных организмов.

Для облегчения сбора и форматирования используемых последовательностей был разработан простой и бесплатный плагин для Firefox ( ссылка заархивирована 22 февраля 2014 г. на Wayback Machine ).

Ссылки

^ Мейден, MC; Бигрейвс, Дж.А.; Фейл, Э.; Морелли, Г.; Рассел, Дж.; Урвин, Р.; Чжан, К.; Чжоу, Дж.; и др. (март 1998 г.). «Мультилокусное типирование последовательностей: портативный подход к идентификации клонов в популяциях патогенных микроорганизмов» . Proc Natl Acad Sci США . 95 (6): 3140–5. Бибкод : 1998PNAS...95.3140M . дои : 10.1073/pnas.95.6.3140 . ЧВК 19708 . ПМИД 9501229 .
^ Саррис, ПФ; Трантас, Э.А.; Мпалантинаки, Э; Верверидис, Ф; Гумас, Делавэр (2012). « Pseudomonas viridiflava , патоген растений с несколькими хозяевами и значительными генетическими вариациями на молекулярном уровне» . ПЛОС ОДИН . 7 (4): e36090. Бибкод : 2012PLoSO...736090S . дои : 10.1371/journal.pone.0036090 . ПМЦ 3338640 . ПМИД 22558343 .
^ Спратт, Брайан Дж. (1999). «Мультилокусное типирование последовательностей: молекулярное типирование бактериальных патогенов в эпоху быстрого секвенирования ДНК и Интернета». Современное мнение в микробиологии . 2 (3): 312–316. дои : 10.1016/S1369-5274(99)80054-X . ПМИД 10383857 .
^ Спратт, Б.Г.; Мейден, MC (1999). «Бактериальная популяционная генетика, эволюция и эпидемиология» . Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci . 354 (1384): 701–710. дои : 10.1098/rstb.1999.0423 . ПМК 1692550 . ПМИД 10365396 .
^ Джолли, Кейт. «Минимальное связующее дерево» . пабМЛСТ. Архивировано из оригинала 15 сентября 2007 года . Проверено 10 октября 2013 г.
^ Геверс Д., Кохан Ф.М., Лоуренс Дж.Г., Спратт Б.Г., Коэнье Т., Фейл Э.Дж., Стакебрандт Э., Ван де Пер Ю., Вандамм П., Томпсон Ф.Л., Свингс Дж. (2005). «Мнение: переоценка видов прокариот». Nat Rev Микробиол . 3 (9): 733–739. дои : 10.1038/nrmicro1236 . ПМИД 16138101 . S2CID 41706247 .
^ Э. Дж. Фейл; МС Мейден; М Ахтман; Б. Г. Спратт (1999). «Относительный вклад рекомбинации и мутации в расхождение клонов Neisseria meningitidis» . Мол Биол Эвол . 16 (11): 1496–1502. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026061 . ПМИД 10555280 .
^ Энрайт MC, Спратт Б.Г., Калия А., Кросс Дж.Х., Бессен Д.Е. (2001). «Мультилокусное типирование последовательностей Streptococcus pyogenes и взаимосвязь между типом emm и клоном» . Заразить иммунитет . 69 (4): 2416–2427. дои : 10.1128/iai.69.4.2416-2427.2001 . ПМК 98174 . ПМИД 11254602 .
^ МакГрегор К.Ф., Спратт Б.Г., Калия А., Беннетт А., Билек Н., Билл Б., Бессен Д.Е. (2004). «Мультилокусное типирование последовательностей Streptococcus pyogenes, представляющее наиболее известные типы эмм и различия между генетическими структурами субпопуляций» . J Бактериол . 186 (13): 4285–4294. дои : 10.1128/jb.186.13.4285-4294.2004 . ПМК 421626 . ПМИД 15205431 .
^ Болдуин; и др. (2009). «Мультилокусное типирование последовательностей Cronobacter sakazakii и Cronobacter Malonaticus выявляет стабильные клональные структуры с клиническим значением, которые не коррелируют с биотипами» . БМК Микробиология . 9 : 223. дои : 10.1186/1471-2180-9-223 . ПМК 2770063 . ПМИД 19852808 .
^ Кучерова; и др. (2011). « Кронобактер : разнообразие и повсеместность» . Обеспечение качества и безопасности пищевых продуктов и сельскохозяйственных культур . 3 (3): 104–122. дои : 10.1111/j.1757-837X.2011.00104.x .
^ Джозеф; и др. (2011). « Cronobacter condimenti sp. nov., выделенный из мяса с пряностями, и Cronobacter Universalis sp. nov., новое видовое обозначение для геномотипа 1 Cronobacter sp., выделенного из инфекции ног, воды и пищевых ингредиентов» . Int J Syst Evol Microbiol . 62 (Часть 6): 1277–83. дои : 10.1099/ijs.0.032292-0 . ПМИД 22661070 .
^ Джозеф и Форсайт (2011). «Ассоциация Cronobacter sakazakii ST4 с неонатальными инфекциями» . Новые инфекционные заболевания . 17 (9): 1713–5. дои : 10.3201/eid1709.110260 . ПМК 3322087 . ПМИД 21888801 .
^ Чжан, В.; Джаярао, Б.М.; Кнабель, С.Дж. (2004). «Типирование мультивирулентных локусов Listeria monocytogenes» . Прикладная и экологическая микробиология . 70 (2): 913–920. Бибкод : 2004ApEnM..70..913Z . дои : 10.1128/АЕМ.70.2.913-920.2004 . ISSN 0099-2240 . ПМЦ 348834 . ПМИД 14766571 .
^ «Центр геномной эпидемиологии» .
^ ДеЛео, Ф.; и др. (2014). «Молекулярное исследование эволюции устойчивой к карбапенемам мультилокусной последовательности типа 258 Klebsiella pneumoniae » . Труды Национальной академии наук . 111 (13): 4988–93. Бибкод : 2014PNAS..111.4988D . дои : 10.1073/pnas.1321364111 . ПМЦ 3977278 . ПМИД 24639510 .
^ Вудфорд Н., Тертон Дж. Ф., Ливермор Д. М.; Тертон; Ливермор (2011). «Мультирезистентные грамотрицательные бактерии: роль клонов высокого риска в распространении устойчивости к антибиотикам». Обзоры микробиологии FEMS . 35 (5): 736–55. дои : 10.1111/j.1574-6976.2011.00268.x . ПМИД 21303394 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )

Дальнейшее чтение

Maiden MC, Bygraves JA, Feil E и др. (март 1998 г.). «Мультилокусное типирование последовательностей: портативный подход к идентификации клонов в популяциях патогенных микроорганизмов» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 95 (6): 3140–5. Бибкод : 1998PNAS...95.3140M . дои : 10.1073/pnas.95.6.3140 . ЧВК 19708 . ПМИД 9501229 .
Урвин Р., Maiden MC; Девица (октябрь 2003 г.). «Мультилокусное типирование последовательностей: инструмент глобальной эпидемиологии». Тенденции Микробиол . 11 (10): 479–87. дои : 10.1016/j.tim.2003.08.006 . ПМИД 14557031 .
Фоли С.Л., Уайт Д.Г., МакДермотт П.Ф. и др. (октябрь 2006 г.). «Сравнение методов подтипирования для дифференциации изолятов Salmonella enterica Serovar Typhimurium, полученных из пищевых источников животного происхождения» . Дж. Клин. Микробиол . 44 (10): 3569–77. дои : 10.1128/JCM.00745-06 . ПМК 1594788 . ПМИД 17021084 .
Джонсон Дж.К., Ардуино С.М., Стайн О.К., Джонсон Дж.А., Харрис А.Д.; Ардуино; Стайн; Джонсон; Харрис (ноябрь 2007 г.). «Типирование мультилокусных последовательностей по сравнению с гель-электрофорезом в импульсном поле для молекулярного типирования Pseudomonas aeruginosa» . Дж. Клин. Микробиол . 45 (11): 3707–12. дои : 10.1128/JCM.00560-07 . ПМК 2168506 . ПМИД 17881548 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
Наллапаредди С.Р., Дух Р.В., Сингх К.В., Мюррей Б.Е.; Дааа; Сингх; Мюррей (март 2002 г.). «Молекулярное типирование выбранных изолятов Enterococcus faecalis: пилотное исследование с использованием типирования мультилокусных последовательностей и гель-электрофореза в импульсном поле» . Дж. Клин. Микробиол . 40 (3): 868–76. doi : 10.1128/JCM.40.3.868-876.2002 . ПМК 120268 . ПМИД 11880407 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
Фахр М.К., Нолан Л.К., Лог К.М.; Нолан; Лог (май 2005 г.). «Типирование мультилокусных последовательностей не обеспечивает различительной способности гель-электрофореза в импульсном поле для типирования Salmonella enterica Serovar Typhimurium» . Дж. Клин. Микробиол . 43 (5): 2215–9. doi : 10.1128/JCM.43.5.2215-2219.2005 . ПМЦ 1153745 . ПМИД 15872244 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
Чен Ю, Чжан В, Кнабель С.Дж.; Чжан; Кнабель (октябрь 2005 г.). «Типирование мультивирулентных локусов последовательностей проясняет эпидемиологию недавних вспышек листериоза в Соединенных Штатах» . Дж. Клин. Микробиол . 43 (10): 5291–4. doi : 10.1128/JCM.43.10.5291-5294.2005 . ПМЦ 1248515 . ПМИД 16208000 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )

Внешние ссылки

PubMLST - Оксфордский университет
базы данных, размещенные в Университетском колледже Корка
базы данных, хранящиеся в Институте Пастера
BioNumerics Одно универсальное биоинформатическое решение для хранения и анализа всех ваших биологических данных. Можно выполнить весь рабочий процесс MLST и сравнить результаты с другими методами набора текста и/или метаданными. Последовательности и идентификаторы аллелей также могут быть получены из последовательностей целого генома.
Модуль CLC Microbial Genomics включает в себя набор инструментов и готовых к использованию рабочих процессов для MLST в контексте метаинформации, такой как вспышка, хозяин, географическое положение и т. д., и позволяет легко сравнивать результаты типирования, полученные с использованием других методов типирования.

[Maiden-1998-1] Мейден, MC; Бигрейвс, Дж.А.; Фейл, Э.; Морелли, Г.; Рассел, Дж.; Урвин, Р.; Чжан, К.; Чжоу, Дж.; и др. (март 1998 г.). «Мультилокусное типирование последовательностей: портативный подход к идентификации клонов в популяциях патогенных микроорганизмов» . Proc Natl Acad Sci США . 95 (6): 3140–5. Бибкод : 1998PNAS...95.3140M . дои : 10.1073/pnas.95.6.3140 . ЧВК 19708 . ПМИД 9501229 .

[2] Саррис, ПФ; Трантас, Э.А.; Мпалантинаки, Э; Верверидис, Ф; Гумас, Делавэр (2012). « Pseudomonas viridiflava , патоген растений с несколькими хозяевами и значительными генетическими вариациями на молекулярном уровне» . ПЛОС ОДИН . 7 (4): e36090. Бибкод : 2012PLoSO...736090S . дои : 10.1371/journal.pone.0036090 . ПМЦ 3338640 . ПМИД 22558343 .

[3] Спратт, Брайан Дж. (1999). «Мультилокусное типирование последовательностей: молекулярное типирование бактериальных патогенов в эпоху быстрого секвенирования ДНК и Интернета». Современное мнение в микробиологии . 2 (3): 312–316. дои : 10.1016/S1369-5274(99)80054-X . ПМИД 10383857 .

[4] Спратт, Б.Г.; Мейден, MC (1999). «Бактериальная популяционная генетика, эволюция и эпидемиология» . Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci . 354 (1384): 701–710. дои : 10.1098/rstb.1999.0423 . ПМК 1692550 . ПМИД 10365396 .

[5] Джолли, Кейт. «Минимальное связующее дерево» . пабМЛСТ. Архивировано из оригинала 15 сентября 2007 года . Проверено 10 октября 2013 г.

[6] Геверс Д., Кохан Ф.М., Лоуренс Дж.Г., Спратт Б.Г., Коэнье Т., Фейл Э.Дж., Стакебрандт Э., Ван де Пер Ю., Вандамм П., Томпсон Ф.Л., Свингс Дж. (2005). «Мнение: переоценка видов прокариот». Nat Rev Микробиол . 3 (9): 733–739. дои : 10.1038/nrmicro1236 . ПМИД 16138101 . S2CID 41706247 .

[7] Э. Дж. Фейл; МС Мейден; М Ахтман; Б. Г. Спратт (1999). «Относительный вклад рекомбинации и мутации в расхождение клонов Neisseria meningitidis» . Мол Биол Эвол . 16 (11): 1496–1502. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026061 . ПМИД 10555280 .

[8] Энрайт MC, Спратт Б.Г., Калия А., Кросс Дж.Х., Бессен Д.Е. (2001). «Мультилокусное типирование последовательностей Streptococcus pyogenes и взаимосвязь между типом emm и клоном» . Заразить иммунитет . 69 (4): 2416–2427. дои : 10.1128/iai.69.4.2416-2427.2001 . ПМК 98174 . ПМИД 11254602 .

[9] МакГрегор К.Ф., Спратт Б.Г., Калия А., Беннетт А., Билек Н., Билл Б., Бессен Д.Е. (2004). «Мультилокусное типирование последовательностей Streptococcus pyogenes, представляющее наиболее известные типы эмм и различия между генетическими структурами субпопуляций» . J Бактериол . 186 (13): 4285–4294. дои : 10.1128/jb.186.13.4285-4294.2004 . ПМК 421626 . ПМИД 15205431 .

[10] Болдуин; и др. (2009). «Мультилокусное типирование последовательностей Cronobacter sakazakii и Cronobacter Malonaticus выявляет стабильные клональные структуры с клиническим значением, которые не коррелируют с биотипами» . БМК Микробиология . 9 : 223. дои : 10.1186/1471-2180-9-223 . ПМК 2770063 . ПМИД 19852808 .

[11] Кучерова; и др. (2011). « Кронобактер : разнообразие и повсеместность» . Обеспечение качества и безопасности пищевых продуктов и сельскохозяйственных культур . 3 (3): 104–122. дои : 10.1111/j.1757-837X.2011.00104.x .

[12] Джозеф; и др. (2011). « Cronobacter condimenti sp. nov., выделенный из мяса с пряностями, и Cronobacter Universalis sp. nov., новое видовое обозначение для геномотипа 1 Cronobacter sp., выделенного из инфекции ног, воды и пищевых ингредиентов» . Int J Syst Evol Microbiol . 62 (Часть 6): 1277–83. дои : 10.1099/ijs.0.032292-0 . ПМИД 22661070 .

[13] Джозеф и Форсайт (2011). «Ассоциация Cronobacter sakazakii ST4 с неонатальными инфекциями» . Новые инфекционные заболевания . 17 (9): 1713–5. дои : 10.3201/eid1709.110260 . ПМК 3322087 . ПМИД 21888801 .

[14] Чжан, В.; Джаярао, Б.М.; Кнабель, С.Дж. (2004). «Типирование мультивирулентных локусов Listeria monocytogenes» . Прикладная и экологическая микробиология . 70 (2): 913–920. Бибкод : 2004ApEnM..70..913Z . дои : 10.1128/АЕМ.70.2.913-920.2004 . ISSN 0099-2240 . ПМЦ 348834 . ПМИД 14766571 .

[15] «Центр геномной эпидемиологии» .

[16] ДеЛео, Ф.; и др. (2014). «Молекулярное исследование эволюции устойчивой к карбапенемам мультилокусной последовательности типа 258 Klebsiella pneumoniae » . Труды Национальной академии наук . 111 (13): 4988–93. Бибкод : 2014PNAS..111.4988D . дои : 10.1073/pnas.1321364111 . ПМЦ 3977278 . ПМИД 24639510 .

[17] Вудфорд Н., Тертон Дж. Ф., Ливермор Д. М.; Тертон; Ливермор (2011). «Мультирезистентные грамотрицательные бактерии: роль клонов высокого риска в распространении устойчивости к антибиотикам». Обзоры микробиологии FEMS . 35 (5): 736–55. дои : 10.1111/j.1574-6976.2011.00268.x . ПМИД 21303394 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]