Соседняя сеть

Соседняя сеть ^{[ 1 ]} — это алгоритм построения филогенетических сетей , основанный на алгоритме объединения соседей . Как и присоединение соседей, этот метод принимает в качестве входных данных матрицу расстояний и работает путем агломерации кластеров. Однако алгоритм NeighborNet может привести к созданию коллекций кластеров, которые перекрываются и не образуют иерархию и представляются с использованием типа филогенетической сети, называемого графом расщепления . Если матрица расстояний удовлетворяет комбинаторным условиям Калмансона , то Neighbor-net вернет соответствующий круговой порядок. ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]} Метод реализован в SplitsTree и R /Phangorn. ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]} пакеты.

Примеры применения Neighbor-net можно найти в вирусологии, ^{[ 6 ]} садоводство, ^{[ 7 ]} генетика динозавров, ^{[ 8 ]} сравнительное языкознание , ^{[ 9 ]} и археология. ^{[ 10 ]}

Ссылки

^ Брайант Д., Моултон В. (февраль 2004 г.). «Сеть-сосед: агломеративный метод построения филогенетических сетей» . Молекулярная биология и эволюция . 21 (2): 255–65. дои : 10.1093/molbev/msh018 . PMID 14660700 .
^ Брайант Д., Моултон В., Спилнер А. (июнь 2007 г.). «Согласованность алгоритма соседней сети» . Алгоритмы молекулярной биологии . 2 :8. дои : 10.1186/1748-7188-2-8 . ЧВК 1948893 . ПМИД 17597551 .
^ Леви Д., Пахтер Л. (август 2011 г.). «Алгоритм соседней сети» . Достижения прикладной математики . 47 (2): 240–58. дои : 10.1016/j.aam.2010.09.002 .
^ Шлип КП (февраль 2011 г.). «Фангорн: филогенетический анализ в R» . Биоинформатика . 27 (4): 592–3. doi : 10.1093/биоинформатика/btq706 . ПМК 3035803 . ПМИД 21169378 .
^ Шлип К., Поттс А.А., Моррисон Д.А., Гримм Г.В. (2017). «Переплетение филогенетических деревьев и сетей» . Методы экологии и эволюции . 8 (10): 1212–1220. дои : 10.1111/2041-210X.12760 .
^ Шмидт-Чанасит Дж., Белонски А., Хайнеманн П., Ульрих Р.Г., Гюнтер С., Рабенау Х.Ф., Дорр Х.В. (март 2009 г.). «10-летнее молекулярное исследование вируса простого герпеса 1 типа в Германии демонстрирует стабильную и высокую распространенность генотипов А и В». Журнал клинической вирусологии . 44 (3): 235–7. дои : 10.1016/j.jcv.2008.12.016 . ПМИД 19186100 .
^ Килиан Б., Озкан Х., Дойш О., Эффген С., Брандолини А., Коль Дж. и др. (январь 2007 г.). «Независимое происхождение генома B и G пшеницы при скрещивании гаплотипов-предшественников эгилопса» . Молекулярная биология и эволюция . 24 (1): 217–27. дои : 10.1093/molbev/msl151 . hdl : 11858/00-001M-0000-0012-38C8-E . ПМИД 17053048 .
^ Бакли М., Уокер А., Хо С.Ю., Ян Ю., Смит С., Эштон П. и др. (январь 2008 г.). "Комментарий к статье "Последовательности белков мастодонта и тираннозавра рекса, выявленные методом масс-спектрометрии" " . Наука . 319 (5859): 33, ответ автора 33. Бибкод : 2008Sci...319...33B . дои : 10.1126/science.1147046 . ПМК 2694913 . ПМИД 18174420 .
^ Бауэрн, Клэр (2010). «Историческая лингвистика в Австралии: деревья, сети и их значение» . Философские труды Королевского общества B: Биологические науки . 365 (1559): 3845–3854. дои : 10.1098/rstb.2010.0013 . ISSN 0962-8436 . ПМК 2981908 . ПМИД 21041209 .
^ Шеннан С. (2009). Закономерность и процесс культурной эволюции . Издательство Калифорнийского университета.

Эта статья, посвященная биоинформатике, незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[pmid14660700-1] Брайант Д., Моултон В. (февраль 2004 г.). «Сеть-сосед: агломеративный метод построения филогенетических сетей» . Молекулярная биология и эволюция . 21 (2): 255–65. дои : 10.1093/molbev/msh018 . PMID 14660700 .

[pmid17597551-2] Брайант Д., Моултон В., Спилнер А. (июнь 2007 г.). «Согласованность алгоритма соседней сети» . Алгоритмы молекулярной биологии . 2 :8. дои : 10.1186/1748-7188-2-8 . ЧВК 1948893 . ПМИД 17597551 .

[3] Леви Д., Пахтер Л. (август 2011 г.). «Алгоритм соседней сети» . Достижения прикладной математики . 47 (2): 240–58. дои : 10.1016/j.aam.2010.09.002 .

[4] Шлип КП (февраль 2011 г.). «Фангорн: филогенетический анализ в R» . Биоинформатика . 27 (4): 592–3. doi : 10.1093/биоинформатика/btq706 . ПМК 3035803 . ПМИД 21169378 .

[5] Шлип К., Поттс А.А., Моррисон Д.А., Гримм Г.В. (2017). «Переплетение филогенетических деревьев и сетей» . Методы экологии и эволюции . 8 (10): 1212–1220. дои : 10.1111/2041-210X.12760 .

[pmid19186100-6] Шмидт-Чанасит Дж., Белонски А., Хайнеманн П., Ульрих Р.Г., Гюнтер С., Рабенау Х.Ф., Дорр Х.В. (март 2009 г.). «10-летнее молекулярное исследование вируса простого герпеса 1 типа в Германии демонстрирует стабильную и высокую распространенность генотипов А и В». Журнал клинической вирусологии . 44 (3): 235–7. дои : 10.1016/j.jcv.2008.12.016 . ПМИД 19186100 .

[pmid17053048-7] Килиан Б., Озкан Х., Дойш О., Эффген С., Брандолини А., Коль Дж. и др. (январь 2007 г.). «Независимое происхождение генома B и G пшеницы при скрещивании гаплотипов-предшественников эгилопса» . Молекулярная биология и эволюция . 24 (1): 217–27. дои : 10.1093/molbev/msl151 . hdl : 11858/00-001M-0000-0012-38C8-E . ПМИД 17053048 .

[pmid18174420-8] Бакли М., Уокер А., Хо С.Ю., Ян Ю., Смит С., Эштон П. и др. (январь 2008 г.). "Комментарий к статье "Последовательности белков мастодонта и тираннозавра рекса, выявленные методом масс-спектрометрии" " . Наука . 319 (5859): 33, ответ автора 33. Бибкод : 2008Sci...319...33B . дои : 10.1126/science.1147046 . ПМК 2694913 . ПМИД 18174420 .

[Bowern2010-9] Бауэрн, Клэр (2010). «Историческая лингвистика в Австралии: деревья, сети и их значение» . Философские труды Королевского общества B: Биологические науки . 365 (1559): 3845–3854. дои : 10.1098/rstb.2010.0013 . ISSN 0962-8436 . ПМК 2981908 . ПМИД 21041209 .

[10] Шеннан С. (2009). Закономерность и процесс культурной эволюции . Издательство Калифорнийского университета.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]