Археоптерикс (программное обеспечение)

Археоптерикс
Разработчик(и)	Кристиан М. Змасек
Стабильная версия	0.972+ beta 9M / 2012.08.08
Репозиторий	github .с /cmzmas /лесник ;
Операционная система	Windows, Linux, Mac OS X
Тип	Биоинформатика , филогеномика
Лицензия	LGPL
Веб-сайт	сайты .Google .с /сайт /cmzmas /дом /программное обеспечение /археоптерикс [ мертвая ссылка ]

Archeopteryx — это интерактивная компьютерная программа, написанная на Java , предназначенная для просмотра , редактирования и анализа филогенетических деревьев . Этот тип программы можно использовать для различных анализов наборов молекулярных данных , но она особенно предназначена для филогеномики . Помимо форматов описания деревьев с ограниченной выразительностью (таких как Newick/New Hamphshire, Nexus), он также реализует phyloXML. ^{[ 1 ]} формат. Archeopteryx является преемником Java-программы A Tree Viewer (ATV). ^{[ 2 ]}

Ссылки

^ Хан, Мира В.; Змасек, Кристиан М. (2009). «phyloXML: XML для эволюционной биологии и сравнительной геномики» . БМК Биоинформатика . 10 :356. дои : 10.1186/1471-2105-10-356 . ПМЦ 2774328 . ПМИД 19860910 .
^ Змасек, Кристиан М.; Эдди, Шон Р. (2001). «ATV: отображение аннотированных филогенетических деревьев и манипулирование ими» . Биоинформатика . 17 (4): 383–384. дои : 10.1093/биоинформатика/17.4.383 . ПМИД 11301314 .

Внешние ссылки

[1] Хан, Мира В.; Змасек, Кристиан М. (2009). «phyloXML: XML для эволюционной биологии и сравнительной геномики» . БМК Биоинформатика . 10 :356. дои : 10.1186/1471-2105-10-356 . ПМЦ 2774328 . ПМИД 19860910 .

[2] Змасек, Кристиан М.; Эдди, Шон Р. (2001). «ATV: отображение аннотированных филогенетических деревьев и манипулирование ими» . Биоинформатика . 17 (4): 383–384. дои : 10.1093/биоинформатика/17.4.383 . ПМИД 11301314 .

[ 1 ]

[ 2 ]

v т и Геномика
Поля	Когнитивная геномика Вычислительная геномика Сравнительная геномика Функциональная геномика Геномный проект Проект «Геном человека» Метагеномика Проект микробиома человека Пангеномика Персональная геномика Популяционная геномика Социальная геномика Структурная геномика
Биоинформатика	Биочип Хеминформатика Хемогеномика Коннектомика Проект человеческого коннектома Эпигеномика Проект эпигенома человека гликомика Иммуномика Липидомика Метаболомика Микробиомика Нутригеномика Палеополиплоидия Фармакогенетика Фармакогеномика Системная биология Токсикогеномика Транскриптомика
Структурная биология	Протеомика Проект протеома человека Протеомика карты вызовов Структурно-ориентированный дизайн лекарств Экспрессионная протеомика
Инструменты исследования	2-D электрофорез Масс-спектрометр Ионизация электрораспылением Лазерная десорбция ионизация с помощью матрицы Матрично-активированная лазерная десорбция ионизационно-времяпролетный масс-спектрометр Микрофлюидные инструменты Метки изотопного сродства Захват конформации хромосомы
Организации	Банк данных ДНК Японии (JP) Европейская лаборатория молекулярной биологии (ЕС) Национальные институты здравоохранения (США) Wellcome Sanger Institute (Великобритания)
Список Категория