ФилоXML

ФилоXML

Расширения имен файлов	.phyloxml
Тип интернет-СМИ	text/x-phyloxml+xml
Разработано	Мира В. Хан и Кристиан М. Змасек
Первоначальный выпуск	27 октября 2009 г. ( 27.10.2009 )
Тип формата	филогенетические деревья
Расширено с	XML
Открытый формат ?	Да
Веб-сайт	филоксмл .org

PhyloXML — это язык XML для анализа, обмена и хранения филогенетических деревьев (или сетей) и связанных с ними данных. Структура phyloXML описывается языком определения схемы XML ( XSD ).

Недостатком нынешних форматов описания филогенетических деревьев (таких как Nexus и Newick/New Hampshire ) является отсутствие стандартизированных средств для аннотирования узлов и ветвей дерева с отдельными полями данных (которые в случае базового дерева видов могут быть: виды имена, длины ветвей и, возможно, несколько поддерживаемых значений). Хранение и обмен данными еще более затруднительно в исследованиях, в которых деревья являются результатом какого-либо согласования:

• исследования функций генов (требуются аннотации узлов с таксономической информацией, а также названиями генов и, возможно, данными о дупликации генов)
• эволюция взаимодействий хозяин-паразит (требуется аннотация узлов дерева с таксономической информацией как для хозяина, так и для паразита)
• филогеографические исследования (требуется аннотация узлов дерева с таксономической и географической информацией)

Чтобы облегчить эту проблему, стали использоваться различные специальные форматы специального назначения (например, формат NHX , который фокусируется на потребностях исследований функций генов и филогеномных исследований).

Четко определенный формат XML решает эти проблемы в общем и расширяемом виде и обеспечивает совместимость между специализированным и универсальным программным обеспечением.

Примером программы для визуализации phyloXML является Archeopteryx .

Базовый пример phyloXML

<phyloxml xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
  xsi:schemaLocation="http://www.phyloxml.org http://www.phyloxml.org/1.10/phyloxml.xsd" 
  xmlns="http://www.phyloxml.org">
  <phylogeny rooted="true">
    <name>example from Prof. Joe Felsenstein's book "Inferring Phylogenies"</name>
    <description>MrBayes based on MAFFT alignment</description>
    <clade>
      <clade branch_length="0.06">
        <confidence type="probability">0.88</confidence>
        <clade branch_length="0.102">
          <name>A</name>
        </clade>
        <clade branch_length="0.23">
          <name>B</name>
        </clade>
      </clade>
      <clade branch_length="0.5">
        <name>C</name>
      </clade>
    </clade>
  </phylogeny>
</phyloxml>

Внешние ссылки

• www.phyloxml.org
• Программа Археоптерикс