✖


Jump to content

Микробиом

Это хорошая статья. Нажмите здесь для получения дополнительной информации.
Сравните биом (биоту).

Часть серии о
Микробиомы
Растительные микробиомы
Морские микробиомы
Микробиомы человека
Другие микробиомы
Микробиота
Голобионты
Виромы
Связанный
Проекты

Микробиом ( биос (от древнегреческого μικρός (микрос) «маленький» и βίος ) «жизнь») — это сообщество микроорганизмов , которые обычно живут вместе в любой среде обитания . Более точно он был определен в 1988 году Whipps et al. как «характерное микробное сообщество, занимающее достаточно четко определенную среду обитания и имеющее отчетливые физико-химические свойства. Таким образом, этот термин не только относится к вовлеченным микроорганизмам, но также охватывает и театр их активности». В 2020 году международная группа экспертов опубликовала результаты дискуссий по определению микробиома. Они предложили определение микробиома, основанное на возрождении «компактного, ясного и всеобъемлющего описания этого термина», первоначально предложенного Whipps et al. , но дополнен двумя пояснительными абзацами. В первом пояснительном абзаце подчеркивается динамический характер микробиома, а второй пояснительный абзац четко отделяет термин «микробиота» от термина «микробиом». .

Микробиота состоит из всех живых членов , образующих микробиом. Большинство исследователей микробиома согласны с тем, что бактерии , археи , грибы , водоросли и мелкие протисты следует рассматривать как членов микробиома. Интеграция фагов , вирусов , плазмид и мобильных генетических элементов является более спорной. «Театр активности» Уиппса включает важную роль, которую вторичные метаболиты играют в обеспечении сложных межвидовых взаимодействий и обеспечении выживания в конкурентной среде. Чувство кворума, индуцируемое небольшими молекулами, позволяет бактериям контролировать совместную деятельность и адаптирует свои фенотипы к биотической среде, что приводит, например, к межклеточной адгезии или образованию биопленок .

Все животные и растения образуют ассоциации с микроорганизмами, включая простейших, бактерии, археи, грибы и вирусы. В океане взаимоотношения животных и микробов исторически исследовались в системах с одним хозяином-симбионтом. Однако новые исследования разнообразия микроорганизмов, связанных с разнообразными морскими животными-хозяевами, продвигают область исследований, изучающих взаимодействие между животным-хозяином и многочленным микробиомом. Потенциал микробиомов влиять на здоровье, физиологию, поведение и экологию морских животных может изменить нынешние представления о том, как морские животные адаптируются к изменениям. Это особенно относится к растущим изменениям, связанным с климатом и антропогенной деятельностью, которые уже влияют на океан. играет Растительный микробиом ключевую роль в здоровье растений и производстве продуктов питания, и в последние годы ему уделяется значительное внимание. Растения живут в ассоциации с разнообразными микробными консорциумами , называемыми микробиотой растений , живущими как внутри ( эндосфера ) и снаружи (эписфера) растительных тканей. Они играют важную роль в экологии и физиологии растений. Считается, что основной микробиом растения содержит ключевые таксоны микробов, необходимые для здоровья растений и приспособленности холобионта растений . млекопитающих Аналогичным образом, микробиом кишечника стал ключевым регулятором физиологии хозяина, а совместная эволюция между хозяином и микробными линиями сыграла ключевую роль в адаптации млекопитающих к их разнообразному образу жизни.

Исследования микробиома зародились в микробиологии еще в семнадцатом веке. Разработка новых методов и оборудования стимулировала микробиологические исследования и вызвала сдвиги в парадигме понимания здоровья и болезней. [1] Создание первых микроскопов позволило открыть новый, неизведанный мир и привело к идентификации микроорганизмов. Инфекционные заболевания стали первым предметом интереса и исследований. Однако лишь небольшая часть микроорганизмов связана с заболеванием или патогенностью. Подавляющее большинство микробов необходимы для здорового функционирования экосистемы и известны своим полезным взаимодействием с другими микробами и организмами. Представление о том, что микроорганизмы существуют в виде отдельных клеток, начало меняться, поскольку становилось все более очевидным, что микробы встречаются в сложных сообществах , в которых взаимодействие и общение видов имеют решающее значение. Открытие ДНК , развитие технологий секвенирования , ПЦР и методов клонирования позволило исследовать микробные сообщества, используя подходы, независимые от культивирования. Дальнейшие сдвиги парадигмы произошли в начале этого столетия и продолжаются до сих пор, поскольку новые технологии секвенирования и накопленные данные о последовательностях выявили как повсеместное распространение микробных сообществ в ассоциациях внутри высших организмов, так и решающую роль микробов в здоровье человека, животных и растений. Они произвели революцию микробная экология . анализ геномов и метагеномов Высокопроизводительный . в настоящее время предоставляет высокоэффективные методы исследования функционирования как отдельных микроорганизмов, так и целых микробных сообществ в естественных средах обитания

Предыстория [ править ]

История [ править ]

Исследования микробиома зародились в микробиологии и начались еще в семнадцатом веке. Разработка новых методов и оборудования стимулировала микробиологические исследования и вызвала сдвиги в парадигме понимания здоровья и болезней. Поскольку инфекционные заболевания поражали население на протяжении большей части истории, медицинская микробиология была самым ранним направлением исследований и общественного интереса. Кроме того, пищевая микробиология является старой областью эмпирических приложений. Разработка первых микроскопов позволила открыть новый, неизведанный мир и привела к идентификации микроорганизмов . [2]

  • Смена парадигмы
  • Сдвиг парадигмы от микробов как асоциальных организмов, вызывающих заболевания, к целостному взгляду на микроорганизмы как центр Концепции Единого Здоровья, связывающей все сферы жизни человека.[2]
    Сдвиг парадигмы от микробов как асоциальных организмов, вызывающих заболевания, к целостному взгляду на микроорганизмы как центр Концепции Единого Здоровья, связывающей все сферы жизни человека. [2]

Доступ к ранее невидимому миру открыл глаза и разум исследователей XVII века. Антони ван Левенгук исследовал разнообразные бактерии различной формы, грибы и простейшие , которых он назвал анимакулами , в основном из образцов воды, грязи и зубного налета, и обнаружил биопленки как первый признак микроорганизмов, взаимодействующих внутри сложных сообществ . Объяснение Робертом Кохом происхождения болезней человека и животных вследствие микробной инфекции и разработка концепции патогенности явились важной вехой в микробиологии. Эти результаты сместили фокус исследовательского сообщества и общественности на роль микроорганизмов как болезнетворных агентов, которые необходимо устранить. [2]

Однако комплексные исследования, проведенные за последнее столетие, показали, что лишь небольшая часть микроорганизмов связана с болезнями или патогенностью. Подавляющее большинство микробов необходимы для функционирования экосистем и известны своим полезным взаимодействием с другими микробами, а также макроорганизмами. Фактически, поддержание здорового микробиома имеет важное значение для здоровья человека и может стать целью для новых методов лечения. [3] В конце девятнадцатого века микробная экология началась с новаторских работ Мартинуса В. Бейеринка и Сергея Виноградского . Недавно созданная наука экологическая микробиология привела к еще одному сдвигу парадигмы: микроорганизмы присутствуют повсюду в естественной среде, часто связаны с хозяевами , и впервые сообщалось о благотворном влиянии на своих хозяев. [4] [5] [2]

Впоследствии представление о том, что микроорганизмы существуют в виде отдельных клеток, начало меняться, поскольку становилось все более очевидным, что микробы встречаются в составе сложных сообществ, в которых взаимодействие и общение видов имеют решающее значение для динамики популяций и функциональной активности. [6] Открытие ДНК , развитие технологий секвенирования , ПЦР и методов клонирования позволило исследовать микробные сообщества с использованием независимых от культивирования подходов, основанных на ДНК и РНК . [7] [2]

Следующим важным шагом стало введение филогенетических маркеров , таких как ген 16S рРНК, для анализа микробного сообщества . Карлом Везе и Джорджем Э. Фоксом в 1977 году [8] Сегодня биологи могут штрих-кодировать бактерии, археи , грибы , водоросли и простейших в их естественной среде обитания, например, нацеливаясь на их гены 16S и 18S рРНК , внутренний транскрибируемый спейсер (ITS) или, альтернативно, на определенные функциональные области генов, кодирующих определенные ферменты. . [9] [10] [11] [2]

Еще один важный сдвиг парадигмы начался в начале этого столетия и продолжается до сих пор, поскольку новые технологии секвенирования и накопленные данные о последовательностях выявили как повсеместное распространение микробных сообществ в ассоциациях внутри высших организмов, так и решающую роль микробов в организме человека, животных и животных. здоровье растений. [12] Эти новые возможности произвели революцию в микробной экологии анализ геномов и метагеномов обеспечивает эффективные методы раскрытия функционального потенциала отдельных микроорганизмов, а также целых сообществ в их естественной среде обитания. , поскольку высокопроизводительный [13] [14] мультиомики, Технологии включая подходы метатранскриптома , метапротеома и метаболома, теперь предоставляют подробную информацию о микробной активности в окружающей среде. Основываясь на богатой базе данных, культивирование микробов, которое часто игнорировалось или недооценивалось в течение последних тридцати лет, приобрело новое значение, и высокопроизводительная культуромика теперь является важной частью набора инструментов для изучения микробиомов. Высокий потенциал и эффективность объединения нескольких методов «омики» для анализа взаимодействий хозяина и микроба подчеркиваются в нескольких обзорах. [15] [16] [2]

Хронология исследований микробиома с семнадцатого века до наших дней [2]
Technological advances
Year
Scientific discoveries
ScientistsSources
microscopy1670discovery of microorganismsAntonie van Leeuwenhoek
father of microbiology		[17]
1729classification of plants and fungiPier Antonio Micheli[18]
1796first vaccinationEdward Jenner[19]
1837yeast in alcoholic fermentationCharles de la Tour
Friedrich Kützing
Theodor Schwann		[20]
cultivation based approaches1855
-1857		pasteurisation, fermentation,
vaccine against rabies		Louis Pasteur[21]
1875foundation for bacteriological taxonomyFerdinand Cohn
1884Koch's postulatesRobert Koch[22]
1888start of microbial ecology
nitrification, nitrogen-fixation, soil microbiology, life cycle		Sergei Winogradsky[23]
1892tobacco mosaic virus extraction from leavesDmitri Ivanovsky
Martinus Beijerinck
1904concept of the rhizosphereLorenz Hiltner[24]
fluorescence microscopy1911[25]
mass spectrometry1919 Francis Aston[26]
1922chemolithotrophySergei Winogradsky[27]
1928transformation of genetic information
to offspring		Frederick Griffith[28][29]
1928discovery of antibioticsAlexander Fleming[30]
scanning electron microscopy1931
-1938		[31]
1944DNA as carrier of genetic informationOswald Avery
Colin Macleod
Maclyn McCarty		[32]
1946"sexual reproduction" of bacteriaJoshua Lederberg
Edward Tatum		[33]
19533D-double-helix structure [34]James Watson
Francis Crick
in situ hybridisation iSIS1969 [35]
HPLC1970scentral dogma of molecular biology [36]Francis Crick[37]
DNA array/colony hybridisation1975 [38]
Sanger sequencing1977Frederick Sanger[39][40]
1977discovery of ArchaeaCarl Woese
George E. Fox		[8][41]
1977first full genome sequence of a virus[42]
1982discovery of prionsStanley B. Prusiner[43]
PCR technique1983 [44][45]
fluorescence in situ hybridisation1988 [46][47]
1991theory of the holobiontEugene Rosenberg
Ilana Zilber-Rosenberg		[48]
quantitative real-time PCR1993 [49]
1993the complex structure of biofilmsHans-Curt Flemming[50][51]
full cycle rRNA approach1995 [52]
1995first full genome sequencing
of Haemophilus influenzae		Craig Venter
and colleagues		[53]
next-generation sequencing2005 [54]
2005HMP: Human Microbiome Project[55]
third-generation sequencing2008 [56]
2008TerraGenome:
Reference Soil Metagenome Project		[57]
2010Earth Microbiome Project[58]

Этимология [ править ]

Слово микробиом (от греческого micro, означающего «маленький», и bios, означающего «жизнь»), впервые было использовано Дж. Л. Мором в 1952 году в журнале The Scientific Monthly для обозначения микроорганизмов, обнаруженных в определенной среде. [59] [60]

Определения [ править ]

Микробные сообщества обычно определяют как совокупность микроорганизмов, живущих вместе. Более конкретно, микробные сообщества определяются как многовидовые совокупности, в которых (микро)организмы взаимодействуют друг с другом в смежной среде. [61] В 1988 году Уиппс и его коллеги, занимающиеся экологией ризосферных микроорганизмов, дали первое определение термина «микробиом». [62] Они описали микробиом как комбинацию слов «микро» и «биом» , назвав «характерное микробное сообщество» в «достаточно четко определенной среде обитания, которая имеет отчетливые физико-химические свойства» в качестве «арены деятельности». Это определение представляет собой существенное развитие определения микробного сообщества, поскольку оно определяет микробное сообщество с различными свойствами и функциями, а также его взаимодействием с окружающей средой, что приводит к образованию определенных экологических ниш. [2]

Однако в последние десятилетия было опубликовано множество других определений микробиома. К 2020 году наиболее цитируемое определение было предложено Ледербергом : [63] и описал микробиомы в экологическом контексте как сообщество комменсальных , симбиотических и патогенных микроорганизмов в пространстве тела или другой среде. Маркези и Равель в своем определении сосредоточили внимание на геномах , моделях экспрессии микробных (и вирусных) генов и протеомах в данной среде и преобладающих биотических и абиотических условиях. [64] Все эти определения подразумевают, что общие концепции макроэкологии могут быть легко применены к взаимодействиям микроб-микроб, а также к взаимодействиям микроб-хозяин. Однако насколько эти концепции, разработанные для макроэукариот , могут быть применимы к прокариотам с их разным образом жизни в отношении покоя , изменчивости фенотипа и горизонтального переноса генов? [65] как и для микроэукариотов, это не совсем ясно. Это поднимает задачу рассмотрения совершенно нового корпуса концептуальных экологических моделей и теории экологии микробиома, особенно в отношении разнообразных иерархий взаимодействий микробов друг с другом, а также с биотической и абиотической средой хозяина. Многие современные определения не отражают эту сложность и описывают термин «микробиом» как охватывающий только геномы микроорганизмов. [2]

Определения микробиома [2]
Тип определения Примеры
Экологический Определения, основанные на экологии, описывают микробиом, следуя концепциям, полученным из экологии многоклеточных организмов. Основная проблема здесь в том, что теории макроэкологии не всегда соответствуют правилам микробного мира.
  • «Удобной экологической основой для изучения систем биоконтроля является микробиом. Его можно определить как характерное микробное сообщество, занимающее достаточно четко определенную среду обитания и имеющее отчетливые физико-химические свойства. Таким образом, этот термин относится не только к микроорганизмам. вовлечены, но также охватывает их театр деятельности». [62]
  • «Этот термин относится ко всей среде обитания, включая микроорганизмы (бактерии, археи, низшие и высшие эукариоты и вирусы), их геномы (т. е. гены) и условия окружающей среды. Это определение основано на определении «биома, » биотические и абиотические факторы данной среды. Другие в этой области ограничивают определение микробиома совокупностью генов и геномов членов микробиоты. Утверждается, что это определение метагенома, который в сочетании с окружающей средой образует. микробиом Микробиом характеризуется применением одного или сочетания метагеномики, метабономики, метатранскриптомики и метапротеомики в сочетании с клиническими или экологическими метаданными». [64]
  • «Другие используют термин «микробиом» для обозначения всех микробов сообщества, и, в частности, для микробиома растения — тех микробных сообществ, связанных с растением, которые могут жить, процветать и взаимодействовать с различными тканями, такими как корни, побеги, листья, цветы и семена». [66]
  • «Экологическое сообщество комменсальных, симбиотических и патогенных микроорганизмов в пространстве тела или другой среде». [63]
Организмы/зависимые от хозяина Определения, зависящие от хозяина, основаны на взаимодействии микробов с хозяином. Основные пробелы здесь касаются вопроса, могут ли данные о взаимодействии микроба с хозяином, полученные от одного хозяина, быть переданы другому. Понимание коэволюции и отбора в определениях, зависящих от хозяина, также недостаточно представлено.
  • «Сообщество микроорганизмов (таких как бактерии, грибы и вирусы), населяющих определенную среду, и особенно совокупность микроорганизмов, живущих в организме человека или на нем». [67]
  • «Проект микробиома человека (HMP): [...] Микробиом человека представляет собой совокупность всех микроорганизмов, живущих в организме человека. Эти сообщества состоят из множества микроорганизмов, включая эукариоты, археи, бактерии и вирусы». [68]
Геномный/методический Существует множество определений микробиома, основанных на применяемых методах. В основном эти определения основаны на анализе последовательностей ДНК и описывают микробиом как коллективный геном микроорганизмов в определенной среде. Основным узким местом здесь является то, что каждая новая доступная технология приведет к необходимости нового определения.
  • «Коллективные геномы микроорганизмов, населяющих ту или иную среду обитания и особенно организм человека». [67]
  • «Микробиом включает в себя весь генетический материал микробиоты (вся совокупность микроорганизмов в определенной нише, например, в кишечнике человека). Его также можно назвать метагеномом микробиоты». [69]
  • «Микробиом — это термин, который описывает геном всех микроорганизмов, симбиотических и патогенных, живущих внутри и на всех позвоночных. Микробиом кишечника состоит из коллективного генома микробов, населяющих кишечник, включая бактерии, археи, вирусы и грибы». [70]
  • «Различные подходы к определению популяции дают разную информацию. a | Микробиота: исследования 16S рРНК используются для таксономической идентификации микроорганизмов в окружающей среде. b | Метагеном: гены и геномы микробиоты, включая плазмиды, подчеркивающие генетический потенциал c |Микробиом: гены и геномы микробиоты, а также продукты микробиоты и среды обитания». [71]
  • «Совокупность геномов микробиоты. Часто используется для описания совокупности микробных признаков (= функций), кодируемых микробиотой». [72]
Комбинированный Существует несколько определений микробиома, которые подходят к нескольким категориям со своими преимуществами и недостатками.
  • «Микробиом — это экологическое сообщество комменсальных, симбиотических и патогенных микроорганизмов, которые буквально делят пространство нашего тела». [73]
  • «Микробиом — это сумма микробов и их геномных элементов в определенной среде». [74]
  • «Гены и геномы микробиоты, а также продукты микробиоты и окружающей среды хозяина». [75]

В 2020 году группа международных экспертов, организованная финансируемым ЕС проектом MicrobiomeSupport, [76] опубликовали результаты своих дискуссий по определению микробиома. [2] В состав группы вошли около 40 лидеров из различных областей микробиома, а также около ста экспертов со всего мира, принявших участие в онлайн-опросе. Они предложили определение микробиома, основанное на возрождении того, что они охарактеризовали как «компактное, ясное и всеобъемлющее описание этого термина», первоначально предложенное Whipps et al . в 1988 году, [62] дополнен набором рекомендаций с учетом последующих технологических разработок и результатов исследований. Они четко разделяют термины «микробиом» и «микробиота» и обеспечивают всестороннее обсуждение, учитывая состав микробиоты, гетерогенность и динамику микробиомов во времени и пространстве, стабильность и устойчивость микробных сетей, определение основных микробиомов и функционально значимые ключевые виды как а также коэволюционные принципы взаимодействия микроб-хозяин и межвидовые взаимодействия внутри микробиома. [2]

Схема, показывающая состав термина «микробиом», включающего как микробиоту (сообщество микроорганизмов), так и их «театр активности» (структурные элементы, метаболиты/сигнальные молекулы и окружающие условия окружающей среды).
Термин «микробиом» охватывает как микробиоту (сообщество микроорганизмов), так и их «театр активности» (структурные элементы, метаболиты / сигнальные молекулы и окружающие условия окружающей среды). [2]

Комиссия расширила предложение Whipps et al . определение, которое содержит все важные положения, которые действительны даже через 30 лет после его публикации в 1988 году, в двух пояснительных параграфах, различающих термины «микробиом» и «микробиота» и подчеркивающих его динамический характер, а именно:

  • Микробиом . определяется как характерное микробное сообщество, занимающее разумно четко определенную среду обитания и имеющее отчетливые физико-химические свойства Микробиом относится не только к вовлеченным микроорганизмам, но и к сфере их деятельности, что приводит к образованию специфических экологических ниш. Микробиом, который образует динамичную и интерактивную микроэкосистему, склонную к изменениям во времени и масштабе, интегрирован в макроэкосистемы, включая эукариотических хозяев, и в этом случае имеет решающее значение для их функционирования и здоровья. [2]

  • Микробиота транспозоны состоит из совокупности микроорганизмов, принадлежащих к разным царствам (прокариоты (бактерии, археи), эукариоты (водоросли, простейшие, грибы и т. д.), а «театр их активности» включает микробные структуры, метаболиты, мобильные генетические элементы (например, , фаги и вирусы), а также реликтовую ДНК, встроенную в условия среды обитания. [2]

Членство [ править ]

Микробиота [ править ]

Основная статья: микробиота

Микробиота включает всех живых членов, образующих микробиом. Большинство исследователей микробиома согласны с тем, что бактерии, археи, грибы, водоросли и мелкие протисты следует рассматривать как членов микробиома. [64] [2] Интеграция фагов , вирусов , плазмид и мобильных генетических элементов является более спорным вопросом в определении микробиома. Также нет четкого консенсуса относительно того, принадлежит ли внеклеточная ДНК, полученная из мертвых клеток, так называемая «реликтовая ДНК», к микробиому. [77] [2] Реликтовая ДНК может составлять до 40% секвенированной ДНК в почве. [78] и составляла в среднем до 33% от общей бактериальной ДНК при более широком анализе местообитаний с самой высокой долей 80% в некоторых образцах. [79] Несмотря на свое повсеместное присутствие и обилие, реликтовая ДНК оказала минимальное влияние на оценки таксономического и филогенетического разнообразия. [79] [2]

Когда дело доходит до использования конкретных терминов, четкое разграничение между микробиомом и микробиотой помогает избежать споров относительно членов микробиома. [2] Микробиоту обычно определяют как совокупность живых микроорганизмов, присутствующих в определенной среде. [64] Поскольку фаги, вирусы, плазмиды, прионы, вироиды и свободная ДНК обычно не считаются живыми микроорганизмами. [80] они не принадлежат к микробиоте. [2]

Термин «микробиом», как он был первоначально предложен Уиппсом и его коллегами, [62] включает не только сообщество микроорганизмов, но и их «театр деятельности». Последний включает в себя весь спектр молекул, продуцируемых микроорганизмами, включая их структурные элементы (нуклеиновые кислоты, белки, липиды, полисахариды), метаболиты (сигнальные молекулы, токсины, органические и неорганические молекулы), а также молекулы, продуцируемые сосуществующими хозяевами и структурированные. от окружающих условий окружающей среды. Поэтому все мобильные генетические элементы, такие как фаги, вирусы, «реликтовая» и внеклеточная ДНК, должны включаться в термин «микробиом», но не являются частью микробиоты. Термин «микробиом» также иногда путают с метагеномом . Однако метагеном четко определяется как совокупность геномов и генов членов микробиоты. [64] [2]

Исследования микробиома иногда фокусируются на поведении определенной группы микробиоты, как правило, в связи с четкой гипотезой или оправданной ею. В научной литературе начинает появляться все больше и больше терминов, таких как бактериом , археом , микобиом или виром , но эти термины не относятся к биомам (региональной экосистеме с отчетливым набором (микро) организмов и физической средой, часто отражающей определенную климат и почва), как и сам микробиом. [2] Следовательно, было бы лучше использовать оригинальные термины (бактериальное, архейное или грибное сообщество). В отличие от микробиоты, которую можно изучать отдельно, микробиом всегда состоит из всех членов, которые взаимодействуют друг с другом, живут в одной среде обитания и вместе образуют свою экологическую нишу. Хорошо зарекомендовавший себя термин «виром» происходит от слов «вирус» и «геном» и используется для описания вирусных метагеномов, состоящих из набора нуклеиновых кислот, связанных с определенной экосистемой или холобионтом . [81] Вирусные метагеномы можно предложить как семантически и научно лучший термин. [2]

Сети [ править ]

  • Сети совпадения помогают визуализировать микробные взаимодействия. Узлы обычно представляют таксоны микроорганизмов, а края представляют собой статистически значимые ассоциации между узлами.[2] –––––––––––––––––––––––––––– Проверка гипотез, вытекающих из сетевого анализа, необходима для всестороннего изучения микробных взаимодействий.[2]
    Сети совпадения помогают визуализировать микробные взаимодействия
    Узлы обычно представляют таксоны микроорганизмов, а края представляют собой статистически значимые ассоциации между узлами. [2]
    –––––––––––––––––––––––––––
    Проверка гипотез, выдвинутых в результате сетевого анализа, необходима для всестороннего изучения микробных взаимодействий. [2]

Микробы взаимодействуют друг с другом, и эти симбиотические взаимодействия имеют разнообразные последствия для микробной приспособленности, динамики популяций и функциональных возможностей микробиома. [82] Микробные взаимодействия могут происходить либо между микроорганизмами одного и того же вида, либо между разными видами, родами, семействами и областями жизни. Взаимодействия можно разделить на позитивные, негативные и нейтральные. Позитивные взаимодействия включают мутуализм , синергизм и комменсализм . Негативные взаимодействия включают аменсализм , хищничество , паразитизм , антагонизм и конкуренцию. Нейтральные взаимодействия — это взаимодействия, при которых не наблюдается наблюдаемого влияния на функциональные возможности или приспособленность концепций жизненной стратегии взаимодействующих видов микробов. [83]

  • Сети совпадений показывают различия в микробиоте кишечника травоядных и плотоядных цихлид. Узлы окрашены в соответствии с типом. Сеть травоядных имеет более высокую сложность (156 узлов и 339 ребер) по сравнению с сетью хищников (21 узел и 70 ребер).[84]
    Сети совпадений показывают разницу в микробиоте кишечника травоядных и плотоядных цихлид.
    Узлы окрашены в соответствии с типом. Сеть травоядных имеет более высокую сложность (156 узлов и 339 ребер) по сравнению с сетью хищников (21 узел и 70 ребер). [84]

Микробиомы демонстрируют различные адаптивные стратегии . [2] Олиготрофы – это организмы, которые могут жить в среде с очень низким содержанием питательных веществ , особенно углерода . Для них характерны медленный рост, низкие темпы обмена веществ и, как правило, низкая плотность населения. Олиготрофная среда включает глубокие океанические отложения, пещеры, ледниковые и полярные льды, глубокие подземные почвы, водоносные горизонты, океанские воды и выщелоченные почвы. Напротив, копиотрофы , которые процветают при гораздо более высоких концентрациях углерода и хорошо себя чувствуют в условиях высокого содержания органического субстрата, таких как отстойники для сточных вод. [85] [86]

Помимо олиготрофных и копиотрофных стратегов, структура конкурент-толерант-стресс-рудералы . на результаты взаимодействий может влиять [87] Например, микроорганизмы, конкурирующие за один и тот же источник, также могут получать пользу друг от друга, конкурируя за одно и то же соединение на разных трофических уровнях . Стабильность сложной микробной экосистемы зависит от трофических взаимодействий одного и того же субстрата при разных уровнях концентрации. По состоянию на 2020 год социальные адаптации микробов в природе изучены недостаточно. [2] Здесь молекулярные маркеры могут дать представление о социальной адаптации, поддерживая теории, например, об альтруистах и ​​мошенниках в местных микробиомах. [88] [2]

Коэволюция [ править ]

  • Изменение в понимании коэволюции микроба и хозяина
  • от теорий «разделения» к целостному подходу. При целостном подходе предполагается, что хозяева и связанная с ними микробиота эволюционировали совместно друг с другом.
    от теорий «разделения» к целостному подходу
    При целостном подходе предполагается, что хозяева и связанная с ними микробиота эволюционировали совместно друг с другом. [2]
Смотрите также: Холобионтная и гологеномная теория эволюции.

Согласно «разделительному» подходу микроорганизмы можно разделить на патогенные, нейтральные и симбионты в зависимости от их взаимодействия с хозяином. Коэволюцию между хозяином и связанной с ним микробиотой можно соответственно описать как антагонистическую (основанную на отрицательных взаимодействиях) или мутуалистическую (основанную на положительных взаимодействиях). [2] [89]

Появление в 2020 году публикаций об условно-патогенных микроорганизмах и патобионтах привело к сдвигу в сторону целостного подхода в теории коэволюции. Холистический подход рассматривает хозяина и связанную с ним микробиоту как одну единицу (так называемый холобионт ), которая развивается совместно как единое целое. Согласно холистическому подходу, болезненное состояние холобионта связано с дисбиозом , низким разнообразием сопутствующей микробиоты и ее изменчивостью: так называемым состоянием патобиома . Здоровое же состояние сопровождается эубиозом , высоким разнообразием и однородностью соответствующей микробиоты. [2]

Типы [ править ]

морской пехотинец [ править ]

  • Взаимоотношения морских животных-хозяина и микробиома
  • Обычно считается, что отношения существуют в симбиотическом состоянии и обычно подвергаются воздействию факторов окружающей среды и животных, которые могут вызывать естественные вариации. Некоторые события могут превратить отношения в функционирующее, но измененное симбиотическое состояние, тогда как экстремальные стрессовые события могут вызвать дисбактериоз или разрыв отношений и взаимодействий.[90]
    Обычно считается, что отношения существуют в симбиотическом состоянии и обычно подвергаются воздействию факторов окружающей среды и животных, которые могут вызывать естественные вариации. Некоторые события могут превратить отношения в функционирующее, но измененное симбиотическое состояние, тогда как экстремальные стрессовые события могут вызвать дисбактериоз или разрыв отношений и взаимодействий. [90]
Основная статья: Морской микробиом

Все животные на Земле образуют ассоциации с микроорганизмами, включая простейших, бактерии, археи, грибы и вирусы. В океане взаимоотношения животных и микробов исторически исследовались в системах с одним хозяином-симбионтом. Однако новые исследования разнообразия микроорганизмов, связанных с разнообразными морскими животными-хозяевами, продвигают область исследований, которые изучают взаимодействие между животным-хозяином и более многочленным микробиомом. Потенциал микробиомов влиять на здоровье, физиологию, поведение и экологию морских животных может изменить нынешние представления о том, как морские животные адаптируются к изменениям, и особенно к растущим изменениям, связанным с климатом и антропогенным воздействием, которые уже влияют на окружающую среду океана. [90]

В настоящее время изучаются микробиомы разнообразных морских животных, от простых организмов, включая губки. [91] и гребневики [92] к более сложным организмам, таким как морские асцидии [93] и акулы. [94] [90]

Взаимоотношения между гавайским бобтейлом и биолюминесцентной бактерией Aliivibrio fischeri являются одними из наиболее изученных симбиотических отношений в море и представляют собой систему выбора для общих исследований симбиоза. Эти отношения позволили понять фундаментальные процессы в симбиозах животных и микробов, и особенно биохимические взаимодействия и передачу сигналов между хозяином и бактерией. [95] [96] [90]

Бескишечный морской -олигохета червь Olavius ​​algarvensis — еще один относительно хорошо изученный морской хозяин микробов. Эти трехсантиметровые черви обитают в неглубоких морских отложениях Средиземного моря. У червей нет рта, пищеварительной или выделительной системы, а вместо этого они питаются с помощью набора внеклеточных бактериальных эндосимбионтов, которые живут за счет скоординированного использования серы, присутствующей в окружающей среде. [97] В этой системе используются некоторые из самых сложных инструментов омики и визуализации. [98] Например, зондирование с несколькими метками улучшило визуализацию микробиома. [99] а транскриптомика и протеомика применялись для изучения взаимодействий хозяина и микробиома, включая передачу энергии между хозяином и микробами. [100] и распознавание консорциумов врожденной иммунной системой червя. [101] Основное преимущество этой системы заключается в том, что она дает возможность изучать взаимодействия хозяина и микробиома с микробным консорциумом с низким разнообразием, а также предлагает ряд геномных ресурсов хозяина и микробов. [98] [102] [90]

Колония кораллов Stylophora pistillata и бактерии Endozoicomonas (Ez) исследовали клетки (желтые) внутри щупалец S. pistillata, расположенные в агрегатах (Ez agg), а также непосредственно за пределами агрегатов (b). [103]

Кораллы являются одним из наиболее распространенных примеров животных-хозяев, чей симбиоз с микроводорослями может превратиться в дисбиоз, что визуально проявляется в обесцвечивании. Коралловые микробиомы изучались в различных исследованиях, которые демонстрируют, как изменения в океанской среде, особенно температура, свет и неорганические питательные вещества, влияют на численность и продуктивность симбионтов микроводорослей, а также на кальцификацию и физиологию хозяина. [104] [105] Исследования также показали, что резидентные бактерии, археи и грибы дополнительно способствуют круговороту питательных веществ и органических веществ внутри коралла, а вирусы также, возможно, играют роль в структурировании состава этих членов, что дает одно из первых проблесков многообразия. домен морских животных симбиоз. [106] Гаммапротеобактерия Endozoicomonas . становится центральным членом микробиома коралла и ведет гибкий образ жизни [103] [107] Учитывая недавнее массовое обесцвечивание рифов, [108] кораллы, вероятно, останутся полезной и популярной системой для исследования симбиоза и дисбиоза. [90]

Губки являются обычными представителями разнообразных донных сред обитания в океане, и их численность и способность фильтровать большие объемы морской воды привели к осознанию того, что эти организмы играют решающую роль во влиянии на бентосные и пелагические процессы в океане. [109] Они являются одной из старейших линий животных и имеют относительно простое строение тела, которое обычно ассоциируется с бактериями, архей, водорослями-протистами, грибами и вирусами. [110] Микробиомы губок состоят из специалистов и специалистов широкого профиля, и сложность их микробиома, по-видимому, определяется филогенией хозяина. [111] Исследования показали, что микробиом губок способствует круговороту азота в океанах, особенно за счет окисления аммиака архей и бактерий. [112] [113] Совсем недавно было показано, что микробные симбионты тропических губок производят и запасают гранулы полифосфата. [114] возможно, позволяя хозяину пережить периоды истощения фосфатов в олиготрофной морской среде. [115] Микробиомы некоторых видов губок действительно меняются в структуре сообщества в ответ на изменение условий окружающей среды, включая температуру. [116] и закисление океана, [117] [118] а также синергетический эффект. [119]

  • Сбор образца удара синего кита с помощью дрона-вертолета
    Сбор образца удара синего кита с помощью дрона-вертолета [120]
  • Относительная численность классов бактерий в пробах китового воздуха, воздуха и морской воды.[121]
    Относительная численность классов бактерий в пробах китового воздуха, воздуха и морской воды. [121]

Микробиомы китообразных может быть трудно оценить из-за трудностей с доступом к образцам микробов. Например, многие виды китов являются редкими и ныряют на большие глубины. Существуют различные методы отбора проб китовых микробиома кишечника . Наиболее распространенным является сбор образцов фекалий из окружающей среды и взятие зонда из незагрязненного центра. [122] Кожа является барьером , защищающим морских млекопитающих от внешнего мира. Эпидермальный микробиом на коже является показателем того, насколько здорово животное, а также является экологическим индикатором состояния окружающей среды. Знание того, как выглядит микробиом кожи морских млекопитающих в типичных условиях, позволяет понять, чем эти сообщества отличаются от свободных микробных сообществ, обнаруженных в море. [123] Китообразные находятся в опасности, поскольку на них воздействуют многочисленные стрессовые факторы, которые делают их более уязвимыми к различным заболеваниям. Они имеют высокую восприимчивость к инфекциям дыхательных путей, но об их респираторном микробиоме мало что известно. Отбор проб выдыхаемого воздуха или «удара» китообразных может дать оценку их состояния здоровья. Удар состоит из смеси микроорганизмов и органического материала , включая липиды , белки и клеточный мусор, образующийся из слизистой оболочки дыхательных путей, которые при попадании в относительно более прохладный наружный воздух конденсируются с образованием видимой массы пара, которая может собрано. Существуют различные методы сбора проб выдыхаемого воздуха, один из последних — использование воздушных дронов. Этот метод обеспечивает более безопасную, тихую и менее инвазивную альтернативу и зачастую экономически эффективный вариант мониторинга фауны и флоры. Пробы отбираются в лабораторию, где микробиота дыхательных путей амплифицируется и секвенируется. Использование воздушных дронов было более успешным для крупных китообразных из-за низкой скорости плавания и большего размера ударов. [124] [125] [120] [126]

Земной [ править ]

Растение [ править ]

  • Микробиомы в растительной экосистеме
    Микробиомы в растительной экосистеме  [127]
Основная статья: Микробиом растений

играет Растительный микробиом роль в здоровье растений и производстве продуктов питания, и в последние годы ему уделяется значительное внимание. [128] [129] Растения живут в ассоциации с разнообразными микробными консорциумами . Эти микробы, называемые микробиотой растения , живут как внутри ( эндосфера ), так и снаружи ( эписфера ) тканей растения и играют важную роль в экологии и физиологии растений. [130] «Считается, что основной микробиом растения состоит из ключевых микробных таксонов, которые важны для приспособленности растений и созданы посредством эволюционных механизмов отбора и обогащения микробных таксонов, содержащих гены, важные функции для приспособленности растительного холобионта». [131]

Микробиомы растений формируются как факторами, связанными с самим растением, такими как генотип, орган, вид и состояние здоровья, так и факторами, связанными с окружающей средой растения, такими как управление, землепользование и климат. [132] В некоторых исследованиях сообщалось, что состояние здоровья растения отражается его микробиомом или связано с ним. [133] [128] [134] [129]

Растения и ассоциированная с растениями микробиота колонизируют различные ниши на поверхности и внутри растительной ткани. Все надземные части растений вместе, называемые филлосферой , представляют собой постоянно развивающуюся среду обитания из-за ультрафиолетового (УФ) излучения и изменения климатических условий. В основном он состоит из листьев. Подземные части растений, главным образом корни, обычно подвержены влиянию свойств почвы. Вредные взаимодействия влияют на рост растений через патогенную активность некоторых представителей микробиоты. С другой стороны, полезные микробные взаимодействия способствуют росту растений. [127]

Животное [ править ]

Микробиом кишечника млекопитающих стал ключевым регулятором физиологии хозяина . [136] а коэволюция между хозяином и микробными линиями сыграла ключевую роль в адаптации млекопитающих к их разнообразному образу жизни. Диета, особенно травоядная , является важным коррелятом микробного разнообразия млекопитающих. [137] [138] Большинство микробиомов млекопитающих также тесно коррелируют с филогенией хозяина , несмотря на глубокие изменения в рационе питания. [137] [139] [140] [141] Это предполагает, что факторы хозяина, которые сами изменяются в зависимости от филогении хозяина, такие как физиология кишечника, играют важную роль в структурировании микробиома кишечника у млекопитающих. позвоночных адаптивная иммунная система Предполагается, что стала именно таким фактором избирательного поддержания симбиотического гомеостаза . [142] [135]

Важность факторов, коррелирующих с филогенией, для разнообразия микробиомов позвоночных в целом все еще плохо изучена. Филосимбиоз , или наблюдение, что более близкие виды-хозяева имеют более похожие микробиомы. [143] [144] был описан у ряда таксонов немлекопитающих. [145] [146] Другие анализы обнаружили существенные различия в филосимбиотических сигналах среди таксонов млекопитающих. [147] иногда с противоречивыми результатами. [148] [149] Наличие устойчивой филосимбиотической корреляции означает, что факторы хозяина контролируют сборку микроорганизмов . Даже если конкретные механизмы неизвестны, вариации в силе или присутствии измеримого филосимбиотического сигнала в филогении хозяина могут оказаться полезными для идентификации таких механизмов посредством сравнительных исследований. Однако по состоянию на 2020 год большинство исследований были сосредоточены всего на нескольких таксонах одновременно, а различные методы как исследования микробиома, так и измерения филосимбиоза и специфичности хозяина (или ограничения микробов конкретными линиями хозяина) затруднили обобщения. [135]

Без более широкого эволюционного контекста неясно, насколько на самом деле являются универсально консервативными паттерны филосимбиоза хозяин-микроб. Все больше данных указывает на то, что сильные закономерности, выявленные у млекопитающих, являются скорее исключением, чем правилом для позвоночных. Метаанализ рыбы [150] и птицы [151] не смогли обнаружить силу корреляции с диетой и филогенией, зарегистрированную у млекопитающих. Недавний анализ образцов более чем 100 видов позвоночных также показал, что сила филогенетической корреляции у млекопитающих намного выше, чем у птиц, рептилий, амфибий или рыб. [152] У беспозвоночных животных все больше осознается, что фундаментальные аспекты отношений хозяина с его симбиотическим сообществом могут радикально меняться в зависимости от таксона: многие насекомые полностью зависят от микробов в плане получения ключевых метаболитов , в то время как другие, по-видимому, лишены резидентных кишечных микробов. [153] [135]

Человек [ править ]

Основная статья: Микробиом человека

Микробиом человека представляет собой совокупность всей микробиоты , которая находится на или внутри тканей и биожидкостей человека , а также соответствующих анатомических участков, в которых они находятся. [154] включая кожу, молочные железы, семенную жидкость, матку, фолликулы яичников, легкие, слюну, слизистую оболочку полости рта , конъюнктиву , желчные пути и желудочно-кишечный тракт . Типы микробиоты человека включают бактерии , археи , грибы , простейшие и вирусы . Хотя микроживотные также могут жить на теле человека, они обычно исключаются из этого определения. В контексте геномики термин «микробиом человека» иногда используется для обозначения коллективных геномов резидентных микроорганизмов; [155] термин метагеном человека имеет то же значение. [154]

Люди колонизированы многими микроорганизмами, содержащими клетки, не относящиеся к человеку, примерно того же порядка, что и клетки человека. [156] Некоторые микроорганизмы, колонизирующие людей, являются комменсальными , то есть сосуществуют, не причиняя вреда и не принося людям пользы; у других есть мутуалистические отношения со своими человеческими хозяевами. [155] : 700  [157] И наоборот, некоторые непатогенные микроорганизмы могут нанести вред человеку через метаболиты , которые они производят, например, триметиламин , который организм человека преобразует в N-оксид триметиламина посредством окисления, опосредованного FMO3 . [158] [159] Определенные микроорганизмы выполняют задачи, которые, как известно, полезны для человека-хозяина, но роль большинства из них недостаточно изучена. Те, которые, как ожидается, присутствуют и которые при нормальных обстоятельствах не вызывают заболевания, иногда считаются нормальной флорой или нормальной микробиотой . [155]

Проект «Микробиом человека» (HMP) взялся за проект секвенирования генома микробиоты человека, уделяя особое внимание микробиоте, которая обычно населяет кожу, рот, нос, пищеварительный тракт и влагалище. [155] Важным событием стало 2012 год, когда были опубликованы первые результаты. [160]

Оценка [ править ]

Доступные в настоящее время методы изучения микробиомов, так называемые мультиомики , варьируются от высокопроизводительной изоляции ( культуромика ) и визуализации ( микроскопия ) до определения таксономического состава ( метабаркодирование ) или обращения к метаболическому потенциалу ( метабаркодирование функциональных генов, метагеномика ). анализировать микробную активность ( метатранскриптомика , метапротеомика , метаболомика ). На основе метагеномных данных микробные геномы можно реконструировать . Хотя первые геномы, собранные с помощью метагенома, были реконструированы из образцов окружающей среды, [161] в последние годы несколько тысяч бактериальных геномов были собраны без культивирования стоящих за ними организмов. 154 723 микробных генома глобального микробиома человека . Например, в 2019 году из 9428 метагеномов было реконструировано [162] [2]

Компьютерное моделирование микробиомов использовалось в качестве дополнения к экспериментальным методам исследования микробной функции путем использования мультиомных данных для прогнозирования сложной межвидовой динамики и динамики между видами-хозяевами. [163] [164] Популярный метод in silico заключается в объединении моделей метаболических сетей микробных таксонов, присутствующих в сообществе, и использовании стратегии математического моделирования, такой как анализ баланса потоков, для прогнозирования метаболической функции микробного сообщества на уровне таксона и сообщества. [165] [166]

По состоянию на 2020 год понимание остается ограниченным из-за отсутствия связи между массовой доступностью данных о последовательностях ДНК микробиома , с одной стороны, и ограниченной доступностью микробных изолятов, необходимых для подтверждения метагеномных предсказаний функции генов, с другой стороны. [2] Данные метагенома предоставляют площадку для новых предсказаний, однако необходимо гораздо больше данных для укрепления связей между последовательностями и строгими функциональными предсказаниями. Это становится очевидным, если учесть, что замена одного аминокислотного остатка на другой может привести к радикальному функциональному изменению, приводящему к неправильному функциональному назначению данной последовательности гена. [167] Кроме того, необходимо культивирование новых штаммов, чтобы помочь идентифицировать большую долю неизвестных последовательностей, полученных в результате метагеномного анализа, которая для плохо изученных экосистем может составлять более 70%. В зависимости от применяемого метода, даже в хорошо изученных микробиомах 40–70% аннотированных генов в полностью секвенированных микробных геномах не имеют известной или предсказанной функции. [168] По состоянию на 2019 год в 85 из 118 типов, установленных на тот момент, не было описано ни одного вида, что представляет собой проблему для понимания функционального разнообразия прокариот . [169] [2]

Число типов прокариот может достигать сотен, а архейные относятся к числу наименее изученных. [169] Растущий разрыв между разнообразием бактерий и архей, содержащихся в чистой культуре , и теми, которые обнаруживаются молекулярными методами, привел к предложению создать формальную номенклатуру для еще не культивируемых таксонов, в первую очередь на основе информации о последовательностях. [170] [171] Согласно этому предложению, концепция Candidatus видов будет распространена на группы близкородственных последовательностей генома, а их названия будут опубликованы в соответствии с установленными правилами бактериальной номенклатуры . [2]

Каждая система микробиома подходит для решения различных типов вопросов, основанных на возможности культивирования микробов, генетической совместимости микробов и хозяина (где это применимо), способности поддерживать систему в лабораторных условиях и способности обеззараживать хозяина/окружающую среду. [172]

  • Основная сложность
  • Компромисс между экспериментальными вопросами и сложностью систем микробиома [172] (A) Парные взаимодействия между почвенными бактериями Bacillus subtilis и Streptomyces spp. хорошо подходят для характеристики функций вторичных метаболитов в микробных взаимодействиях. (B) Симбиоз кальмара-кубика и морской бактерии Aliivibrio fischeri имеет основополагающее значение для понимания хозяина и микробных факторов, влияющих на колонизацию. (C) Использование мышей-гнотобиотиков имеет решающее значение для установления связи между диетой хозяина и воздействием на определенные микробные таксоны в сообществе.
    Компромиссы между экспериментальными вопросами и сложностью систем микробиома  [172]
    (А) Парные взаимодействия между почвенными бактериями Bacillus subtilis и Streptomyces spp. хорошо подходят для характеристики функций вторичных метаболитов в микробных взаимодействиях.
    (B) Симбиоз кальмара-кубика и морской бактерии Aliivibrio fischeri имеет основополагающее значение для понимания хозяина и микробных факторов, влияющих на колонизацию.
    (C) Использование мышей -гнотобиотиков имеет решающее значение для установления связи между диетой хозяина и воздействием на определенные микробные таксоны в сообществе. [172]

См. также [ править ]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Боктор, Джозеф; Оведа, Мариам; Эль-Хадиди, Мохамед (2023), Митра, Супарна (редактор), «Комплексное руководство по анализу микробиома с использованием R» , Анализ метагеномных данных , том. 2649, Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: Springer US, стр. 393–436, doi : 10.1007/978-1-0716-3072-3_20 , ISBN.  978-1-0716-3071-6 , PMID   37258874 , получено 24 ноября 2023 г.
  2. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с д и ж г час я дж к л м н тот п д р с т в v В х и С аа аб и объявление но из в ах есть также и Берг, Габриэле ; Рыбакова Дарья; Фишер, Дорин; Чернава, Томислав; и др. (2020). «Повторное рассмотрение определения микробиома: старые концепции и новые проблемы» . Микробиом . 8 (1): 103. дои : 10.1186/s40168-020-00875-0 . ПМЦ   7329523 . ПМИД   32605663 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  3. ^ Мерчак А., Готье А. Микробные метаболиты и иммунная регуляция: новые мишени для большого депрессивного расстройства. Мозговое поведение, иммунное здоровье. 2 ноября 2020 г.;9:100169. дои: 10.1016/j.bbih.2020.100169. ПМИД 34589904; PMCID: PMC8474524.
  4. ^ Хилтнер Л. (1902) «Условия прорастания семян бобовых и их влияние на организм». В: Парей П. и Спрингер Дж. (ред.) Arb Biol Abt Land u Forstw K Gsndhtsamt , 3 , Берлин. Страницы 1–545.
  5. ^ Мечников Э. Продление жизни: оптимистические исследования. Сыновья ГП Патнэма; 1908.
  6. ^ Басслер, Б.Л. (2002) «Светская беседа: межклеточное общение у бактерий». Cell , 109 (4): 421–424. дои : 10.1016/S0092-8674(02)00749-3 .
  7. ^ Брюл С., Каллемейн В. и Смитс Г. (2008) «Функциональная геномика для пищевой микробиологии: молекулярные механизмы адаптации слабых консервантов органических кислот в дрожжах». CAB Откр. , 3 : 1–14. дои : 10.1079/PAVSNNR20083005 .
  8. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Вёзе, ЧР; Фокс, GE (1977). «Филогенетическая структура прокариотической области: первичные царства» . Труды Национальной академии наук . 74 (11): 5088–5090. Бибкод : 1977PNAS...74.5088W . дои : 10.1073/pnas.74.11.5088 . ПМК   432104 . ПМИД   270744 .
  9. ^ Укса, М., Шлотер, М., Эндесфельдер, Д., Кублик, С., Энгель, М., Каутц, Т., Кёпке, У. и Фишер, Д. (2015) «Прокариоты в недрах - свидетельства существования сильное пространственное разделение различных типов путем анализа сетей совместного возникновения». Границы микробиологии , 6 : 1269. два : 10.3389/fmicb.2015.01269 .
  10. ^ Мариц, Дж. М., Роджерс, К. Х., Рок, Т. М., Лю, Н., Джозеф, С., Лэнд, К. М. и Карлтон, Дж. М. (2017) «Рабочий процесс 18S рРНК для характеристики протистов в сточных водах с акцентом на зоонозных трихомонадах ". Микробная экология , 74 (4): 923–936. два : 10.1007/s00248-017-0996-9 .
  11. ^ Пурахонг, В., Вубет, Т., Лентенду, Г., Шлотер, М., Пецина, М.Дж., Каптурска, Д., Хофрихтер, М., Крюгер, Д. и Бускот, Ф. (2016) «Жизнь в листовой опад: новое понимание динамики сообщества бактерий и грибов во время разложения подстилки». Молекулярная экология , 25 (16): 4059–4074. два : 10.1111/mec.13739 .
  12. ^ Лозупоне, Калифорния, Стомбо, Дж.И., Гордон, Дж.И., Янссон, Дж.К. и Найт, Р. (2012) «Разнообразие, стабильность и устойчивость микробиоты кишечника человека». Природа , 489 (7415): 220–230. дои : 10.1038/nature11550 .
  13. ^ Вентер, Дж.К., Ремингтон, К., Гейдельберг, Дж.Ф., Халперн, А.Л., Раш, Д., Эйзен, Дж.А., Ву, Д., Полсен, И., Нельсон, К.Э., Нельсон, В. и Фаутс, Д.Э. ( 2004) «Секвенирование экологического генома Саргассова моря». Science , 304 (5667): 66–74. дои : 10.1126/science.1093857 .
  14. ^ Лю, Л., Ли, Ю., Ли, С., Ху, Н., Хэ, Ю., Понг, Р., Лин, Д., Лу, Л. и Лоу, М. (2012) «Сравнение систем секвенирования нового поколения». BioMed Research International , 2012 : 251364. дои : 10.1155/2012/251364 .
  15. ^ Стеген, Дж. К., Боттос, Э. М. и Янссон, Дж. К. (2018) «Единая концептуальная основа для прогнозирования и контроля микробиомов». Текущее мнение по микробиологии , 44 : 20–27. дои : 10.1016/j.mib.2018.06.002 .
  16. ^ Найт, Р., Врбанац, А., Тейлор, Б.К., Аксенов, А., Каллеварт, К., Дебелиус, Дж., Гонсалес, А., Косциолек, Т., Макколл, Л.И., Макдональд, Д. и Мельник , А.В. (2018) «Лучшие практики анализа микробиомов». Nature Reviews Microbiology , 16 (7): 410–422. два : 10.1038/s41579-018-0029-9 .
  17. ^ Лейн, Ник (2015). «Невидимый мир: Размышления о Левенгуке (1677) 'О зверушках' » . Философские труды Королевского общества B: Биологические науки . 370 (1666). дои : 10.1098/rstb.2014.0344 . ПМК   4360124 . ПМИД   25750239 .
  18. ^ Джарвис, Чарльз Э. (2016). «Пьер Антонио Микели (1679–1737) и Карл Линней (1707–1778)». Веббиа . 71 (1): 1–24. Бибкод : 2016Webbi..71....1J . дои : 10.1080/00837792.2016.1147210 . S2CID   88308313 .
  19. ^ Ридель, Стефан (2005). «Эдвард Дженнер и история оспы и вакцинации» . Труды Медицинского центра Университета Бэйлора . 18 (1): 21–25. дои : 10.1080/08998280.2005.11928028 . ПМК   1200696 . ПМИД   16200144 .
  20. ^ Мартини, Алессандро (1993). «Происхождение и одомашнивание винных дрожжей Saccharomyces cerevisiae». Журнал винных исследований . 4 (3): 165–176. дои : 10.1080/09571269308717966 .
  21. ^ Берш, П. (2012). «Луи Пастер: от кристаллов жизни до вакцинации» . Клиническая микробиология и инфекции . 18 . Эльзевир Б.В.: 1–6. дои : 10.1111/j.1469-0691.2012.03945.x . ISSN   1198-743X . ПМИД   22882766 .
  22. ^ Эванс, А.С. (1976) «Причинно-следственная связь и болезнь: новый взгляд на постулаты Генле-Коха . Йельский журнал биологии и медицины , 49 (2): 175.
  23. ^ Дворкин, Мартин; Гутник, Дэвид (2012). «Сергей Виноградский: основатель современной микробиологии и первый микробный эколог» (PDF) . Обзоры микробиологии FEMS . 36 (2): 364–379. дои : 10.1111/j.1574-6976.2011.00299.x . ПМИД   22092289 .
  24. ^ Хартманн, Антон; Ротбаллер, Майкл; Шмид, Майкл (2008). «Лоренц Хилтнер, пионер в области микробной экологии ризосферы и исследований почвенной бактериологии». Растение и почва . 312 (1–2): 7–14. Бибкод : 2008PlSoi.312....7H . дои : 10.1007/s11104-007-9514-z . S2CID   4419735 .
  25. ^ «Флуоресцентный микроскоп» . Микроскопы помогают ученым исследовать скрытые миры . Нобелевский фонд . Проверено 28 сентября 2008 г.
  26. ^ Борман, С., Рассел, Х. и Сюздак, Г., (2003) «Хронология массовых спектров. Разработка методов измерения массы была нобелевской целью. Todays Chemist at Work , 12 (9): 47–50.
  27. ^ Ваксман, Сельман А. (1953). «Сергей Николаевич Виноградский: 1856-1953». Наука . 118 (3054): 36–37. Бибкод : 1953Sci...118...36W . дои : 10.1126/science.118.3054.36 . ПМИД   13076173 .
  28. ^ Гриффит, Фред (1928). «Значение типов пневмококков» . Журнал гигиены . 27 (2): 113–159. дои : 10.1017/S0022172400031879 . ПМК   2167760 . ПМИД   20474956 .
  29. ^ Хейс, В. (1966) «Генетическая трансформация: ретроспективная оценка», Первая лекция памяти Гриффита. Микробиология , 45 (3): 385–397.
  30. ^ Американское химическое общество (1999) Открытие и разработка пенициллина, 1928–1945 . Международные исторические химические достопримечательности, Лаборатория-музей Александра Флеминга, Лондон.
  31. ^ Руска, Эрнст (1987). «Развитие электронного микроскопа и электронной микроскопии (Нобелевская лекция)». Angewandte Chemie International Edition на английском языке . 26 (7): 595–605. дои : 10.1002/anie.198705953 .
  32. ^ Эйвери, ОТ; Маклауд, CM; Маккарти, М. (1979). «Исследование химической природы вещества, индуцирующего трансформацию пневмококков типа. Индукция трансформации фракцией дезоксирибонуклеиновой кислоты, выделенной из пневмококка III типа» . Журнал экспериментальной медицины . 149 (2): 297–326. дои : 10.1084/jem.149.2.297 . ПМК   2184805 . ПМИД   33226 .
  33. ^ о'Мэлли, Морин А. (2018). «Экспериментальное исследование эволюции бактерий и ее последствий для современного синтеза эволюционной биологии». Журнал истории биологии . 51 (2): 319–354. дои : 10.1007/s10739-017-9493-8 . ПМИД   28980196 . S2CID   4055566 .
  34. ^ Рич, Александр (2003). «Двойная спираль: история о двух морщинках». Структурная и молекулярная биология природы . 10 (4): 247–249. дои : 10.1038/nsb0403-247 . ПМИД   12660721 . S2CID   6089989 .
  35. ^ Кэссиди, Эндрю; Джонс, Джулия (2014). «Развитие гибридизации in situ». Методы . 70 (1): 39–45. дои : 10.1016/j.ymeth.2014.04.006 . ПМИД   24747923 .
  36. ^ Крик, Фрэнсис (1970). «Центральная догма молекулярной биологии». Природа . 227 (5258): 561–563. Бибкод : 1970Natur.227..561C . дои : 10.1038/227561a0 . ПМИД   4913914 . S2CID   4164029 .
  37. ^ Мейер, Вероника (2013). Практическая высокоэффективная жидкостная хроматография . Хобокен, Нью-Джерси: Уайли. ISBN  978-1-118-68134-3 . OCLC   864917338 .
  38. ^ Грунштейн, М.; Хогнесс, DS (1975). «Гибридизация колоний: метод выделения клонированных ДНК, содержащих определенный ген» . Труды Национальной академии наук . 72 (10): 3961–3965. Бибкод : 1975PNAS...72.3961G . дои : 10.1073/pnas.72.10.3961 . ПМК   433117 . ПМИД   1105573 .
  39. ^ Сэнгер, Ф.; Никлен, С.; Коулсон, Арканзас (1977). «Секвенирование ДНК с ингибиторами обрыва цепи» . Труды Национальной академии наук . 74 (12): 5463–5467. Бибкод : 1977PNAS...74.5463S . дои : 10.1073/pnas.74.12.5463 . ПМК   431765 . ПМИД   271968 .
  40. ^ Хизер, Джеймс М.; Цепочка, Бенджамин (2016). «Последовательность секвенаторов: История секвенирования ДНК» (PDF) . Геномика . 107 (1): 1–8. дои : 10.1016/j.ygeno.2015.11.003 . ПМЦ   4727787 . ПМИД   26554401 . S2CID   27846422 .
  41. ^ Эме, Лаура; Спанг, Аня; Ломбард, Джонатан; Лестница, Кортни В.; Эттема, Тийс Дж.Г. (2017). «Археи и происхождение эукариот». Обзоры природы Микробиология . 15 (12): 711–723. дои : 10.1038/nrmicro.2017.133 . ПМИД   29123225 . S2CID   8666687 .
  42. ^ Фирс, В.; Контрерас, Р.; Дюринк, Ф.; Хегеман, Г.; Изерентант, Д.; Меррегарт, Дж.; Мин Джоу, В.; Молеманс, Ф.; Раймакерс, А.; Ван Ден Берге, А.; Волкарт, Г.; Изеберт, М. (1976). «Полная нуклеотидная последовательность РНК бактериофага MS2: первичная и вторичная структура гена репликазы». Природа . 260 (5551): 500–507. Бибкод : 1976Natur.260..500F . дои : 10.1038/260500a0 . ПМИД   1264203 . S2CID   4289674 .
  43. ^ Прусинер, Стэнли Б. (1982). «Новые белковые инфекционные частицы вызывают царапины». Наука . 216 (4542): 136–144. Бибкод : 1982Sci...216..136P . дои : 10.1126/science.6801762 . ПМИД   6801762 .
  44. ^ Муллис, КБ (1990) «Необычное происхождение полимеразной цепной реакции» . Scientific American , 262 (4): 56–65.
  45. ^ Хигучи, Рассел; Фоклер, Карита; Доллинджер, Гэвин; Уотсон, Роберт (1993). «Кинетический ПЦР-анализ: мониторинг реакций амплификации ДНК в реальном времени». Природная биотехнология . 11 (9): 1026–1030. дои : 10.1038/nbt0993-1026 . ПМИД   7764001 . S2CID   5714001 .
  46. ^ Бентлилоуренс, Дж.; Вильнэйв, Калифорния; Певица, Р.Х. (1988). «Чувствительное картирование хроматина и хромосом in situ с высоким разрешением: наличие и ориентация двух тесно интегрированных копий EBV в линии лимфомы». Клетка . 52 (1): 51–61. дои : 10.1016/0092-8674(88)90530-2 . ПМИД   2830981 . S2CID   17565963 .
  47. ^ Хубер, Д.; Фойт фон Фойтенберг, Л.; Кайгала, Г.В. (2018). «Флуоресцентная гибридизация in situ (FISH): история, ограничения и чего ожидать от микромасштабной FISH?» . Микро- и наноинженерия . 1 . Эльзевир Б.В.: 15–24. дои : 10.1016/j.mne.2018.10.006 . ISSN   2590-0072 .
  48. ^ Маргулис, Линн (1991). Симбиоз как источник эволюционных инноваций: видообразование и морфогенез . Кембридж, Массачусетс: MIT Press. ISBN  978-0-262-13269-5 . OCLC   22597587 .
  49. ^ Чжан, Тонг; Фанг, Герберт HP (2006). «Применение полимеразной цепной реакции в реальном времени для количественного определения микроорганизмов в пробах окружающей среды». Прикладная микробиология и биотехнология . 70 (3). ООО «Спрингер Сайенс энд Бизнес Медиа»: 281–289. дои : 10.1007/s00253-006-0333-6 . ISSN   0175-7598 . ПМИД   16470363 . S2CID   206934494 .
  50. ^ Флемминг, Ханс-Курт (1993). «Биопленки и защита окружающей среды». Водные науки и технологии . 27 (7–8): 1–10. дои : 10.2166/wst.1993.0528 .
  51. ^ Флемминг (2011). Основные моменты биопленки . Гейдельберг, Нью-Йорк: Springer-Verlag Berlin Heidelberg. ISBN  978-3-642-19940-0 . OCLC   769756150 .
  52. ^ Аманн, Род-Айленд; Людвиг, В.; Шлейфер, К.Х. (1995). «Филогенетическая идентификация и обнаружение in situ отдельных микробных клеток без культивирования» . Микробиологические обзоры . 59 (1): 143–169. дои : 10.1128/мр.59.1.143-169.1995 . ПМК   239358 . ПМИД   7535888 .
  53. ^ Флейшманн, Роберт Д.; и др. (1995). «Случайное секвенирование всего генома и сборка Haemophilus influenzae Rd». Наука . 269 ​​(5223): 496–512. Бибкод : 1995Sci...269..496F . дои : 10.1126/science.7542800 . ПМИД   7542800 .
  54. ^ Кульский, Ежи К. (2016). «Секвенирование следующего поколения — обзор истории, инструментов и приложений «омик»». Секвенирование следующего поколения – достижения, применения и проблемы . дои : 10.5772/61964 . ISBN  978-953-51-2240-1 . S2CID   86041893 .
  55. ^ Стерн, А.; Мик, Э.; Тирош, И.; Сэги, О.; Сорек, Р. (2012). «Нацеливание на CRISPR выявляет резервуар распространенных фагов, связанных с микробиомом кишечника человека» . Геномные исследования . 22 (10): 1985–1994. дои : 10.1101/гр.138297.112 . ПМК   3460193 . ПМИД   22732228 .
  56. ^ Шадт, Э.Э.; Тернер, С.; Касарскис, А. (2010). «Окно в секвенирование третьего поколения» . Молекулярная генетика человека . 19 (С2): Р227–Р240. дои : 10.1093/hmg/ddq416 . ПМИД   20858600 .
  57. ^ Фогель, Тимоти М.; Симоне, Паскаль; Янссон, Джанет К.; Хирш, Пенни Р.; Тидже, Джеймс М.; Ван Эльзас, Ян Дирк; Бейли, Марк Дж.; Налин, Рено; Филиппо, Лоран (2009). Терры « Геном : консорциум по секвенированию метагенома почвы» . Обзоры природы Микробиология . 7 (4): 252. doi : 10.1038/nrmicro2119 . S2CID   2144462 .
  58. ^ Гилберт, Джек А.; Мейер, Фолкер; Янссон, Джанет; Гордон, Джефф; Пейс, Норман; Тидже, Джеймс; Лей, Рут; Фирер, Ной; Поле, Рассвет; Кирпид, Никос; Глёкнер, Франк-Оливер; Кленк, Ханс-Петер; Уоммак, К. Эрик; Гласс, Элизабет; Дочерти, Кэтрин; Галерея Рэйчел; Стивенс, Рик; Найт, Роб (2010). «Проект земного микробиома: отчет о совещании «1-го совещания EMP по отбору и сбору образцов» в Аргоннской национальной лаборатории 6 октября 2010 г.» . Стандарты в геномных науках . 3 (3): 249–253. дои : 10.4056/aigs.1443528 . ПМК   3035312 . ПМИД   21304728 .
  59. ^ «Биоконцепции» . www.biological-concepts.com . Архивировано из оригинала 4 июня 2023 года . Проверено 18 декабря 2020 г.
  60. ^ «микробиом» . Оксфордский словарь английского языка (онлайн-изд.). Издательство Оксфордского университета . Проверено 18 декабря 2020 г. (Требуется подписка или членство участвующей организации .)
  61. ^ Конопка, А. (2009) «Что такое экология микробного сообщества?» Журнал ISME , 3 (11): 1223–1230. Конопка А., 2009. Что такое экология микробного сообщества?. Журнал ISME, 3 (11), стр. 1223–1230. два : 10.1038/ismej.2009.88 .
  62. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с д Уиппс Дж., Льюис К. и Кук Р. (1988) «Микопаразитизм и борьба с болезнями растений». В: Бердж М. (ред.) Грибы в системах биологического контроля , Издательство Манчестерского университета, страницы 161–187. ISBN   9780719019791 .
  63. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Ледерберг Дж. и МакКрей А.Т. (2001) «Ome Sweet'Omics - генеалогическая сокровищница слов». Ученый , 15 (7): 8.
  64. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с д и Маркези, Дж. Р. и Равель, Дж. (2015) «Словарь исследований микробиома: предложение». Микробиом , 3 (31). два : 10.1186/s40168-015-0094-5 .
  65. ^ Проссер, Дж. И., Боханнан, Би Джей, Кертис, Т. П., Эллис, Р. Дж., Файерстоун, МК, Фреклтон, Р. П., Грин, Дж. Л., Грин, Л. Е., Киллхэм, К., Леннон, Джей Джей и Осборн, AM (2007) «The роль экологической теории в микробной экологии». Nature Reviews Microbiology , 5 (5): 384–392. два : 10.1038/nrmicro1643 .
  66. ^ дель Кармен Ороско-Москеда, М., дель Кармен Роча-Гранадос, М., Глик, Б.Р. и Сантойо, Г. (2018) «Инженерия микробиома для улучшения механизмов биоконтроля и стимулирования роста растений». Микробиологические исследования , 208 : 25–31. doi : 10.1016/j.microns.2018.01.005 .
  67. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Словарь Мерриам-Вебстера – микробиом .
  68. ^ Проект микробиома человека . По состоянию на 25 августа 2020 г.
  69. ^ Nature.com: Микробиом . По состоянию на 25 августа 2020 г.
  70. ^ ScienceDirect: Доступ к микробиому 25 августа 2020 г.
  71. ^ Аревало П., ВанИнсберге Д., Эльшербини Дж., Гор Дж. и Полц М.Ф. (2019) «Подход обратной экологии, основанный на биологическом определении микробных популяций». Cell , 178 (4): 820–834. дои : 10.1016/j.cell.2019.06.033 .
  72. ^ Шлеппи К. и Булгарелли Д. (2015) «Микробиом растений в действии». Молекулярные взаимодействия растений и микробов , 28 (3): 212–217. два : 10.1094/MPMI-10-14-0334-FI .
  73. ^ Роджерс Ю.Х. и Чжан К. (2016) «Геномные технологии в медицине и здравоохранении: прошлое, настоящее и будущее» . В: Кумар Д. и Антонаракис С. (ред.) Медицинская и медицинская геномика . Оксфорд: Academic Press, страницы 15–28. ISBN   9780127999227 .
  74. ^ Хо, Х.Э. и Буньяванич, С. (2018) «Роль микробиома в пищевой аллергии». Текущие отчеты об аллергии и астме , 18 (4): 27. дои : 10.1007/s11882-018-0780-z .
  75. ^ Уайтсайд, С.А., Разви, Х., Дэйв, С., Рид, Г., Бертон и Дж.П. (2015) «Микробиом мочевыводящих путей — роль, выходящая за рамки инфекции». Nature Reviews Urology , 12 (2): 81–90. два : 10.1038/nrurol.2014.361 .
  76. ^ Проект поддержки микробиома
  77. ^ Карини, Пол (2016) Перепись мертвых: история микробной «реликтовой ДНК» в почве. Архивировано 28 сентября 2021 года в Wayback Machine Nature Research: Microbiology .
  78. ^ Карини, П., Марсден, П.Дж., Лефф, Дж.В., Морган, Э.Э., Стрикленд, М.С. и Фирер, Н. (2016) «Реликтовая ДНК в изобилии содержится в почве и скрывает оценки микробного разнообразия почвы». Природная микробиология , 2 (3): 1–6. doi : 10.1038/nmicrobiol.2016.242 .
  79. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Леннон, Дж.Т., Мускарелла, М.Э., Плацелла, С.А. и Лемкуль, Б.К. (2018) «Как, когда и где реликтовая ДНК влияет на микробное разнообразие». мБио , 9 (3). дои : 10.1128/mBio.00637-18 .
  80. ^ Дюпре Ж.О., О'Мэлли М.А. (2009) «Многообразие живых существ: жизнь на стыке происхождения и метаболизма». В: Нормандин С. и Вулф С. (ред.) Витализм и научный образ в науке о жизни после эпохи Просвещения 1800–2010 гг . Дордрехт: Springer, страницы 311–344. ISBN   9789400724457 .
  81. ^ МакДэниел Л., Брейтбарт М., Мобберли Дж., Лонг А., Хейнс М., Ровер Ф. и Пол Дж. Х., 2008. Метагеномный анализ лизогении в заливе Тампа: значение для экспрессии генов профагов. . ПЛоС Один, 3(9), стр.е3263. дои : 10.1371/journal.pone.0003263 .
  82. ^ Банерджи, Самиран; Шлеппи, Клаус; Ван дер Хейден, Марсель Джорджия (2018). «Ключевые таксоны как движущие силы структуры и функционирования микробиома» (PDF) . Обзоры природы Микробиология . 16 (9): 567–576. дои : 10.1038/s41579-018-0024-1 . ПМИД   29789680 . S2CID   46895123 .
  83. ^ Керн, Лара; Абдин, Сухайб К.; Колодзейчик, Александра А; Элинав, Эран (октябрь 2021 г.). «Комменсальные межбактериальные взаимодействия, формирующие микробиоту». Современное мнение в микробиологии . 63 : 158–171. дои : 10.1016/j.mib.2021.07.011 . ПМИД   34365152 .
  84. ^ Риера, Жоан Луис; Бальдо, Лаура (29 сентября 2020 г.). «Микробные сети совместного возникновения кишечной микробиоты показывают сохранение сообществ и изменения, связанные с питанием у цихлид» . Микробиом животных . 2 (1). Springer Science and Business Media LLC: 36. doi : 10.1186/s42523-020-00054-4 . ISSN   2524-4671 . ПМЦ   7807433 . ПМИД   33499972 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  85. ^ Кох, Артур Л. (2001). «Олиготрофы против копиотрофов». Биоэссе . 23 (7). Уайли: 657–661. дои : 10.1002/bies.1091 . ISSN   0265-9247 . ПМИД   11462219 . S2CID   39126203 .
  86. ^ Эй, Адриан; Лонардо, Д. Паоло Ди; Боделье, Поль Ле (22 января 2017 г.). «Пересмотр концепций жизненной стратегии в экологической микробной экологии». ФЭМС Микробиология Экология . 93 (3). Издательство Оксфордского университета (OUP): fix006. дои : 10.1093/femsec/fix006 . hdl : 20.500.11755/97637b47-779a-413c-8397-81f77393a479 . ISSN   1574-6941 . ПМИД   28115400 .
  87. ^ Эй, Адриан; Лонардо, Д. Паоло Ди; Боделье, Поль Ле (2017). «Пересмотр концепций жизненной стратегии в экологической микробной экологии» . ФЭМС Микробиология Экология . 93 (3): fix006. дои : 10.1093/femsec/fix006 . hdl : 20.500.11755/97637b47-779a-413c-8397-81f77393a479 . ПМИД   28115400 .
  88. ^ Банерджи, Самиран; Шлеппи, Клаус; Ван дер Хейден, Марсель Джорджия (2018). «Ключевые таксоны как движущие силы структуры и функционирования микробиома» (PDF) . Обзоры природы Микробиология . 16 (9): 567–576. дои : 10.1038/s41579-018-0024-1 . ПМИД   29789680 . S2CID   46895123 .
  89. ^ Лефтвич, Филип Т.; Эджингтон, Мэтью П.; Чепмен, Трейси (9 сентября 2020 г.). «Эффективность передачи стимулирует ассоциации хозяина и микроба» . Труды Королевского общества B: Биологические науки . 287 (1934): 20200820. doi : 10.1098/rspb.2020.0820 . ISSN   0962-8452 . ПМЦ   7542779 . ПМИД   32873208 .
  90. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с д и ж Апприл, А. (2017) «Микробиомы морских животных: к пониманию взаимодействия хозяина и микробиома в меняющемся океане». Границы морской науки , 4 : 222. два : 10.3389/fmars.2017.00222 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  91. ^ Вебстер, Н.С., Негри, А.П., Ботте, Э.С., Лаффи, П.В., Флорес, Ф., Нунан, С., Шмидт, К. и Утик, С. (2016) «Микробы коралловых рифов, связанные с хозяином, реагируют на кумулятивные давление потепления и закисления океана». Научные отчеты , 6 : 19324. дои : 10.1038/srep19324 .
  92. ^ Дэниелс К. и Брейтбарт М. (2012) «Бактериальные сообщества, связанные с гребневиками Mnemiopsis leidyi и Beroe ovata ». FEMS Микробиология Экология , 82 (1): 90–101. дои : 10.1111/j.1574-6941.2012.01409.x .
  93. ^ Блазиак, Л.К., Зиндер, С.Х., Бакли, Д.Х. и Хилл, RT (2014) «Бактериальное разнообразие, связанное с туникой модельной хордовой Ciona кишечной ». Журнал ISME , 8 (2): 309–320. два : 10.1038/ismej.2013.156 .
  94. ^ Гивенс, К.Э., Рэнсом, Б., Бано, Н. и Холлибо, Дж.Т. (2015) «Сравнение кишечных микробиомов 12 костистых рыб и 3 видов акул». Серия достижений морской экологии , 518 : 209–223. два : 10.3354/meps11034 .
  95. ^ Макфолл-Нгай, MJ (2000) «Переговоры между животными и бактериями:« дипломатия »симбиоза кальмара и вибриона». Сравнительная биохимия и физиология , Часть A: Молекулярная и интегративная физиология , 126 (4): 471–480. два : 10.1016/S1095-6433(00)00233-6 .
  96. ^ Макфолл-Нгай, М. (2014) «Разгадка сущности симбиоза: выводы из модели кальмар-вибрион». PLoS Biology , 12 (2): e1001783. дои : 10.1371/journal.pbio.1001783 .
  97. ^ Дюбилье, Н., Мюлдерс, К., Фердельман, Т., де Бир, Д., Пернталер, А., Кляйн, М., Вагнер, М., Эрсеус, К., Тирманн, Ф., Кригер, Дж. и Жир О. (2001) «Эндосимбиотические сульфатредуцирующие и сульфидокисляющие бактерии у олигохетных червей». Природа , 411 (6835): 298–302. дои : 10.1038/35077067 .
  98. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Войк Т., Тилинг Х., Иванова Н.Н., Хантеманн М., Рихтер М., Глекнер Ф.О., Боффелли Д., Андерсон И.Дж., Бэрри К.В., Шапиро Х.Дж. и Сзето Э. ( 2006) «Понимание симбиоза посредством метагеномного анализа микробного консорциума». Природа , 443 (7114): 950–955. дои : 10.1038/nature05192 .
  99. ^ Шимак, М.П., ​​Кляйнер, М., Ветцель, С., Либеке, М., Дубилье, Н. и Фукс, Б.М. (2016) «MiL-FISH: мультимеченые олигонуклеотиды для флуоресцентной гибридизации in situ улучшают визуализацию бактериальных клеток». Прикладная и экологическая микробиология , 82 (1): 62–70. дои : 10.1128/АЕМ.02776-15 .
  100. ^ Кляйнер, М., Вентруп, К., Лотт, К., Тилинг, Х., Ветцель, С., Янг, Дж., Чанг, Ю.Дж., Шах, М., Верберкмоэс, Северная Каролина, Заржицкий, Дж. и Фукс , Г. (2012) «Метапротеомика бескишечного морского червя и его симбиотического микробного сообщества раскрывает необычные пути использования углерода и энергии». Труды Национальной академии наук , 109 (19): E1173–E1182. дои : 10.1073/pnas.1121198109 .
  101. ^ Випплер, Дж., Кляйнер, М., Лотт, К., Грул, А., Абрахам, П.Е., Джанноне, Р.Дж., Янг, Дж.К., Хеттич, Р.Л. и Дубилье, Н. (2016) «Транскриптомные и протеомные взгляды на врожденный иммунитет и приспособления к симбиотическому образу жизни у бескишечного морского червя Olavius ​​algarvensis ». BMC Genomics , 17 (1): 942. дои : 10.1186/s12864-016-3293-y .
  102. ^ Рюланд, К., Блазежак, А., Лотт, К., Лой, А., Эрсеус, К. и Дюбилье, Н. (2008) «Множественные бактериальные симбионты в двух видах одновременно встречающихся бескишечных червей-олигохет из Средиземного моря». травяные отложения». Экологическая микробиология , 10 (12): 3404–3416. дои : 10.1111/j.1462-2920.2008.01728.x .
  103. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Нив М.Дж., Апприлль А., Феррье-Пажес К. и Вулстра Ч.Р. (2016) «Разнообразие и функции распространенных симбиотических морских бактерий рода Endozoicomonas ». Прикладная микробиология и биотехнология , 100 (19): 8315–8324. два : 10.1007/s00253-016-7777-0 .
  104. ^ Дубинский З. и Джокиел П.Л. (1994) «Соотношение потоков энергии и питательных веществ регулирует симбиоз между зооксантеллами и кораллами». Pacific Science , 48 (3): 313–324.
  105. ^ Энтони, К.Р., Клайн, Д.И., Диас-Пулидо, Г., Дав, С. и Хоег-Гульдберг, О. (2008) «Закисление океана вызывает обесцвечивание и потерю производительности строителей коралловых рифов». Труды Национальной академии наук , 105 (45): 17442–17446. дои : 10.1073/pnas.0804478105 .
  106. ^ Борн, Д.Г., Морроу, К.М. и Вебстер, Н.С. (2016) «Изучение кораллового микробиома: поддержка здоровья и устойчивости рифовых экосистем». Ежегодный обзор микробиологии , 70 : 317–340. doi : 10.1146/annurev-micro-102215-095440 .
  107. ^ Нив, М.Дж., Мичелл, К.Т., Аппилл, А. и Вулстра, К.Р. (2017) «Геномы Endozoicomonas обнаруживают функциональную адаптацию и пластичность бактериальных штаммов, симбиотически связанных с различными морскими хозяевами». Научные отчеты , 7 : 40579. дои : 10.1038/srep40579 .
  108. ^ Хьюз, Т.П., Керри, Дж.Т., Альварес-Норьега, М., Альварес-Ромеро, Дж.Г., Андерсон, К.Д., Бэрд, А.Х., Бэбкок, Р.С., Бегер, М., Беллвуд, Д.Р., Беркельманс, Р. и Бридж, ТК (2017) «Глобальное потепление и периодическое массовое обесцвечивание кораллов». Природа , 543 (7645): 373–377. дои : 10.1038/nature21707 .
  109. ^ Белл, Дж. Дж. (2008) «Функциональная роль морских губок». Эстуарий, Наука о прибрежных зонах и шельфе , 79 (3): 341–353. дои : 10.1016/j.ecss.2008.05.002 .
  110. ^ Вебстер, Н.С. и Томас, Т. (2016) «Гологеном губки». мБио , 7 (2). дои : 10.1128/mBio.00135-16 .
  111. ^ Томас, Т., Мойтиньо-Сильва, Л., Лурги, М., Бьорк, Дж. Р., Иссон, К., Астудильо-Гарсия, К., Олсон, Дж. Б., Эрвин, П. М., Лопес-Легентиль, С., Лютер , Х. и Чавес-Фоннегра, А. (2016) «Разнообразие, структура и конвергентная эволюция глобального микробиома губок». Природные коммуникации , 7 (1): 1–12. дои : 10.1038/ncomms11870 .
  112. ^ Байер К., Шмитт С. и Хентшель У. (2008) «Физиология, филогения и данные in situ о бактериальных и архейных нитрификаторах в морской губке Aplysina aerophoba ». Экологическая микробиология , 10 (11): 2942–2955. дои : 10.1111/j.1462-2920.2008.01582.x .
  113. ^ Радакс Р., Хоффманн Ф., Рапп Х.Т., Лейнингер С. и Шлепер К. (2012) «Археи, окисляющие аммиак, как основные движущие силы нитрификации в холодноводных губках». Экологическая микробиология , 14 (4): 909_923. дои : 10.1111/j.1462-2920.2011.02661.x .
  114. ^ Чжан Ф., Блазиак, Л.К., Каролин, Дж.О., Пауэлл, Р.Дж., Геддес, К.Д. и Хилл, RT (2015) «Связывание фосфора в форме полифосфата микробными симбионтами в морских губках». Труды Национальной академии наук , 112 (14): 4381–4386. дои : 10.1073/pnas.1423768112 .
  115. ^ Колман, А.С. (2015) «Губковые симбионты и морской P-цикл». Труды Национальной академии наук , 112 (14): 4191–4192. дои : 10.1073/pnas.1502763112 .
  116. ^ Симистер Р., Тейлор М.В., Цай П., Фан Л., Брюснер Т.Дж., Кроу М.Л. и Вебстер Н. (2012) «Реакции на термический стресс в бактериальной биосфере губки Большого Барьерного рифа, Rhopaloeides odorabile . Микробиология окружающей среды , 14 (12): 3232–3246. дои : 10.1111/1462-2920.12010 .
  117. ^ Морроу, К.М., Борн, Д.Г., Хамфри, К., Ботте, Э.С., Лаффи, П., Заневельд, Дж., Утик, С., Фабрициус, К.Э. и Вебстер, Н.С. (2015) «Природные вулканические выходы CO 2 обнаруживают будущие траектории ассоциаций хозяина и микробов в кораллах и губках». Журнал ISME , 9 (4): 894–908. два : 10.1038/ismej.2014.188 .
  118. ^ Рибес М., Кальво Э., Мовилла Дж., Логарес Р., Кома Р. и Пелейеро К. (2016) «Реструктуризация микробиома губок способствует устойчивости к закислению океана . Отчеты по экологической микробиологии , 8 (4): 536–544. дои : 10.1111/1758-2229.12430 .
  119. ^ Лессер, М.П., ​​Фиоре, К., Слэттери, М. и Заневельд, Дж. (2016) «Стрессоры изменения климата дестабилизируют микробиом карибской бочковой губки, Xestospongia muta ». Журнал экспериментальной морской биологии и экологии , 475 : 11–18. дои : 10.1016/j.jembe.2015.11.004 .
  120. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Асеведо-Уайтхаус К., Роча-Госселин А., Гендрон Д. (апрель 2010 г.). «Новый неинвазивный инструмент для наблюдения за болезнями китов, находящихся на свободном выгуле, и его актуальность для программ сохранения». Охрана животных . 13 (2): 217–225. дои : 10.1111/j.1469-1795.2009.00326.x . S2CID   86518859 .
  121. ^ Пиротта В., Смит А., Островски М., Рассел Д., Йонсен И.Д., Греч А., Харкорт Р. (декабрь 2017 г.). «Экономичный дрон, изготовленный по индивидуальному заказу для оценки здоровья китов» . Границы морской науки . 4 : 425. дои : 10.3389/fmars.2017.00425 .
  122. ^ Сузуки А, Уэда К, Сегава Т, Сузуки М (июнь 2019 г.). «Фекальная микробиота антильского ламантина в неволе Trichechus manatus manatus». Письма FEMS по микробиологии . 366 (11). дои : 10.1093/femsle/fnz134 . ПМИД   31210263 .
  123. ^ Апприл А., Муни Т.А., Лайман Э., Симперерт А.К., Раппе М.С. (апрель 2011 г.). «Горбатые киты содержат комбинацию специфических и разнообразных кожных бактерий». Отчеты по экологической микробиологии . 3 (2): 223–232. Бибкод : 2011EnvMR...3..223A . дои : 10.1111/j.1758-2229.2010.00213.x . ПМИД   23761254 .
  124. ^ Вендл С., Феррари БК, Томас Т., Славич Е., Чжан Е., Нельсон Т., Роджерс Т. (август 2019 г.). «Межгодовое сравнение основных таксонов и состава сообщества ударной микробиоты горбатых китов Восточной Австралии» . ФЭМС Микробиология Экология . 95 (8). дои : 10.1093/femsec/fiz102 . ПМИД   31260051 .
  125. ^ Сентеллеге С, Карраро Л, Гонсалво Дж, Россо М, Эспости Е, Гили С, Бонато М, Педротти Д, Кардаццо Б, Повинелли М, Маццариол С (2020). «Использование беспилотных летательных аппаратов (БПЛА) для отбора проб микробиома мелких китообразных» . ПЛОС ОДИН . 15 (7): e0235537. Бибкод : 2020PLoSO..1535537C . дои : 10.1371/journal.pone.0235537 . ПМЦ   7332044 . ПМИД   32614926 .
  126. ^ Геохеган Дж.Л., Пиротта В., Харви Э., Смит А., Бухманн Дж.П., Островски М., Иден Дж.С., Харкорт Р., Холмс Э.К. (июнь 2018 г.). «Вирусологический отбор проб недоступных диких животных с помощью дронов» . Вирусы . 10 (6): 300. дои : 10.3390/v10060300 . ПМК   6024715 . ПМИД   29865228 .
  127. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Шелаке Р.М., Праманик Д. и Ким Дж.Я. (2019) «Исследование взаимодействий растений и микробов для устойчивого сельского хозяйства в эпоху CRISPR». Микроорганизмы , 7 (8): 269. doi : 10.3390/microorganisms7080269 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  128. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Тернер, Томас Р.; Джеймс, Юан К.; Пул, Филип С. (2013). «Микробиом растений» . Геномная биология . 14 (6): 209. doi : 10.1186/gb-2013-14-6-209 . ПМК   3706808 . ПМИД   23805896 .
  129. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Пурахонг, Витун; Орру, Луиджи; Донати, Ирен; Перпетуини, Джорджия; Челлини, Антонио; Ламонтанара, Антонелла; Микелотти, Ваня; Таккони, Джанни; Спинелли, Франческо (2018). «Микробиом растений и его связь со здоровьем растений: виды-хозяева, органы и Pseudomonas syringae pv. Инфекция Actinidiae, формирующая бактериальные филлосферные сообщества растений киви» . Границы в науке о растениях . 9 : 1563. doi : 10.3389/fpls.2018.01563 . ПМК   6234494 . ПМИД   30464766 . . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  130. ^ Дастогер, К.М., Тумпа, Ф.Х., Султана, А., Актер, М.А. и Чакраборти, А. (2020) «Микробиом растений - отчет о факторах, которые формируют состав и разнообразие сообщества». Текущая биология растений : 100161. дои : 10.1016/j.cpb.2020.100161 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  131. ^ Компант С., Самад А., Фаист Х. и Сессич А. (2019) «Обзор микробиома растений: экология, функции и новые тенденции в применении микробов». Журнал перспективных исследований , 19 :29_37. дои : 10.1016/j.jare.2019.03.004 .
  132. ^ Брингель, Франсуаза; Куаэ, Иван (2015). «Основная роль микроорганизмов филлосферы на стыке между функционированием растений и динамикой газовых примесей в атмосфере» . Границы микробиологии . 06 : 486. дои : 10.3389/fmicb.2015.00486 . ПМК   4440916 . ПМИД   26052316 .
  133. ^ Берендсен, Роланд Л.; Питерс, Корне MJ; Баккер, Питер АХМ (2012). «Ризосферный микробиом и здоровье растений». Тенденции в науке о растениях . 17 (8): 478–486. doi : 10.1016/j.tplants.2012.04.001 . hdl : 1874/255269 . ПМИД   22564542 . S2CID   32900768 .
  134. ^ Берг, Габриэле; Грубе, М.; Шлотер, М.; Смолла, К. (2014). «Микробиом растений и его значение для здоровья растений и человека» . Границы микробиологии . 5 : 491. дои : 10.3389/fmicb.2014.00491 . ПМК   4166366 . ПМИД   25278934 .
  135. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с д Сон, Се Джин; Сандерс, Джон Г.; Дельсук, Фредерик; Меткалф, Джессика; и др. (2020). «Сравнительный анализ микробиомов кишечника позвоночных показывает конвергенцию между птицами и летучими мышами» . мБио . 11 (1). дои : 10.1128/mBio.02901-19 . ПМК   6946802 . ПМИД   31911491 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  136. ^ Макфолл-Нгай, Маргарет; Хэдфилд, Майкл Г.; Босх, Томас К.Г.; Кэри, Ханна В.; и др. (2013). «Животные в бактериальном мире: новый императив наук о жизни» . Труды Национальной академии наук . 110 (9): 3229–3236. Бибкод : 2013PNAS..110.3229M . дои : 10.1073/pnas.1218525110 . ПМЦ   3587249 . ПМИД   23391737 .
  137. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Лей, Рут Э.; Хамади, Мика; Лозупоне, Кэтрин; Тернбо, Питер Дж.; Рэми, Роб Рой; Бирчер, Дж. Стивен; Шлегель, Майкл Л.; Такер, Тэмми А.; Шренцель, Марк Д.; Найт, Роб; Гордон, Джеффри И. (2008). «Эволюция млекопитающих и их кишечных микробов» . Наука . 320 (5883): 1647–1651. Бибкод : 2008Sci...320.1647L . дои : 10.1126/science.1155725 . ПМК   2649005 . ПМИД   18497261 .
  138. ^ Мюгге, Брайан Д.; Кучински, Джастин; Найтс, Дэн; Клементе, Хосе К.; Гонсалес, Антонио; Фонтана, Луиджи; Анрисса, Бернар; Найт, Роб; Гордон, Джеффри И. (2011). «Диета способствует сближению функций кишечного микробиома в филогении млекопитающих и у человека» . Наука . 332 (6032): 970–974. Бибкод : 2011Sci...332..970M . дои : 10.1126/science.1198719 . ПМК   3303602 . ПМИД   21596990 .
  139. ^ Амато, Кэтрин Р.; г. Сандерс, Джон; Сон, Се Джин; Нут, Майкл; Меткалф, Джессика Л.; Томпсон, Люк Р.; Мортон, Джеймс Т.; Амир, Амнон; Дж. Маккензи, Валери; Хамфри, Грегори; Гогул, Грант; Гаффни, Джеймс; л. Баден, Андреа; ао Бриттон, Джиллиан; п. Куоццо, Фрэнк; Ди Фьоре, Энтони; Дж. Домини, Натаниэль; л. Голдберг, Тони; Гомес, Андрес; Ковалевски, Мартин М.; Дж. Льюис, Ребекка; Линк, Андрес; л. Заутер, Мишель; Текот, Стейси; а. Уайт, Брайан; е. Нельсон, Карен; м. Штумпф, Ребекка; Найт, Роб; р. Ли, Стивен (2019). «Эволюционные тенденции в физиологии хозяина перевешивают диетическую нишу в структурировании микробиома кишечника приматов» . Журнал ISME . 13 (3): 576–587. Бибкод : 2019ISMEJ..13..576A . дои : 10.1038/s41396-018-0175-0 . ПМК   6461848 . ПМИД   29995839 .
  140. ^ Груссен, Матье; Мазель, Флоран; Сандерс, Джон Г.; Смилли, Крис С.; Лавернь, Себастьен; Тюллер, Вильфрид; Альм, Эрик Дж. (2017). «Раскрытие процессов формирования микробиома кишечника млекопитающих в течение эволюционного времени» . Природные коммуникации . 8 : 14319. Бибкод : 2017NatCo...814319G . дои : 10.1038/ncomms14319 . ПМЦ   5331214 . ПМИД   28230052 .
  141. ^ Сандерс, Джон Г.; Бейхман, Аннабель К.; Роман, Джо; Скотт, Джаррод Дж.; Эмерсон, Дэвид; Маккарти, Джеймс Дж.; Гиргис, Питер Р. (2015). «У усатых китов имеется уникальный кишечный микробиом, сходный как с плотоядными, так и с травоядными» . Природные коммуникации . 6 : 8285. Бибкод : 2015NatCo...6.8285S . дои : 10.1038/ncomms9285 . ПМЦ   4595633 . ПМИД   26393325 .
  142. ^ Макфолл-Нгай, Маргарет (2007). «Забота об обществе» . Природа . 445 (7124): 153. дои : 10.1038/445153a . ПМИД   17215830 . S2CID   9273396 .
  143. ^ Брукер, Роберт М.; Борденштейн, Сет Р. (2012). «Роль эволюционных отношений хозяина (род: Nasonia) и развития в структурировании микробных сообществ» . Эволюция . 66 (2): 349–362. дои : 10.1111/j.1558-5646.2011.01454.x . ПМИД   22276533 . S2CID   13850805 .
  144. ^ Брукс, Эндрю В.; Коль, Кевин Д.; Брукер, Роберт М.; Ван Опстал, Эдвард Дж.; Борденштейн, Сет Р. (2016). «Филосимбиоз: взаимоотношения и функциональные эффекты микробных сообществ в истории эволюции хозяина» . ПЛОС Биология . 14 (11): e2000225. дои : 10.1371/journal.pbio.2000225 . ПМЦ   5115861 . ПМИД   27861590 .
  145. ^ Сандерс, Джон Г.; Пауэлл, Скотт; Кронауэр, Дэниел Дж. К.; Васконселос, Эральдо Л.; Фредериксон, Меган Э.; Пирс, Наоми Э. (2014). «Стабильность и филогенетическая корреляция микробиоты кишечника: уроки муравьев и обезьян». Молекулярная экология . 23 (6): 1268–1283. Бибкод : 2014MolEc..23.1268S . дои : 10.1111/mec.12611 . ПМИД   24304129 . S2CID   8854653 .
  146. ^ Поллок, Ф. Джозеф; МакМиндс, Райан; Смит, Стайлз; Борн, Дэвид Г.; Уиллис, Бетт Л.; Медина, Моника; Тербер, Ребекка Вега; Заневельд, Джесси Р. (2018). «Бактерии, ассоциированные с кораллами, демонстрируют филосимбиоз и кофилогению» . Природные коммуникации . 9 (1): 4921. Бибкод : 2018NatCo...9.4921P . дои : 10.1038/s41467-018-07275-x . ПМК   6250698 . ПМИД   30467310 .
  147. ^ Нисида, Алекс Х.; Охман, Ховард (2018). «Степень расхождения микробиома кишечника у млекопитающих» . Молекулярная экология . 27 (8): 1884–1897. Бибкод : 2018MolEc..27.1884N . дои : 10.1111/mec.14473 . ПМЦ   5935551 . ПМИД   29290090 .
  148. ^ Филлипс, Калеб Д.; Фелан, Джорджина; Дауд, Скот Э.; Макдонаф, Молли М.; и др. (2012). «Анализ микробиома летучих мышей описывает влияние филогении хозяина, истории жизни, физиологии и географии». Молекулярная экология . 21 (11): 2617–2627. Бибкод : 2012MolEc..21.2617P . CiteSeerX   10.1.1.258.9368 . дои : 10.1111/j.1365-294X.2012.05568.x . ПМИД   22519571 . S2CID   12320060 .
  149. ^ Каррильо-Араужо, Марио; Таа, Неслихан; АльканНтара-ЭрнанНдез, Росио Х.; Гаона, Осирис; Шондубе, Хорхе Э.; Медельан, Родриго А.; Янссон, Джанет К.; Фалькан, Луиза И. (2015). «Состав микробиома летучих мышей-филлостомид связан с филогенией хозяина и стратегиями питания» . Границы микробиологии . 6 : 447. дои : 10.3389/fmicb.2015.00447 . ПМЦ   4437186 ​​. ПМИД   26042099 .
  150. ^ Саллам, Карен Э.; Эссингер, Стивен Д.; Лозупоне, Кэтрин А.; о'Коннор, Майкл П.; Розен, Гейл Л.; Найт, Роб; Килхэм, Сьюзен С.; Рассел, Джейкоб А. (2012). «Экологические и экологические факторы, которые формируют бактериальные сообщества кишечника рыб: метаанализ» . Молекулярная экология . 21 (13): 3363–3378. Бибкод : 2012MolEc..21.3363S . дои : 10.1111/j.1365-294X.2012.05552.x . ПМЦ   3882143 . ПМИД   22486918 .
  151. ^ Уэйт, Дэвид В.; Тейлор, Майкл В. (2015). «Изучение микробиоты кишечника птиц: текущие тенденции и будущие направления» . Границы микробиологии . 6 : 673. дои : 10.3389/fmicb.2015.00673 . ПМК   4490257 . ПМИД   26191057 .
  152. ^ Янгблут, Николас Д.; Райшер, Георг Х.; Уолтерс, Уильям; Шустер, Натали; Уолцер, Крис; Сталдер, Габриэль; Лей, Рут Э.; Фарнляйтнер, Андреас Х. (2019). «Диета хозяина и история эволюции объясняют различные аспекты разнообразия кишечного микробиома среди кладов позвоночных» . Природные коммуникации . 10 (1): 2200. Бибкод : 2019NatCo..10.2200Y . дои : 10.1038/s41467-019-10191-3 . ПМК   6522487 . ПМИД   31097702 .
  153. ^ Хаммер, Тобин Дж.; Сандерс, Джон Г.; Фирер, Ной (2019). «Не всем животным нужен микробиом». Письма FEMS по микробиологии . 366 (10). дои : 10.1093/femsle/fnz117 . ПМИД   31132110 .
  154. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Маркези-младший, Равель Дж (2015). «Словарь исследования микробиома: предложение» . Микробиом . 3:31 . дои : 10.1186/s40168-015-0094-5 . ПМК   4520061 . ПМИД   26229597 .
    Микробиом
    Этот термин относится ко всей среде обитания, включая микроорганизмы (бактерии, археи, низшие и высшие эукариоты и вирусы), их геномы (т. е. гены) и условия окружающей среды. Это определение основано на определении «биома», биотических и абиотических факторов данной среды. Другие специалисты в этой области ограничивают определение микробиома совокупностью генов и геномов членов микробиоты. Утверждается, что это определение метагенома , который в сочетании с окружающей средой образует микробиом.
  155. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с д Шервуд Л., Уилли Дж., Вулвертон С. (2013). Микробиология Прескотта (9-е изд.). Нью-Йорк: МакГроу Хилл. стр. 713–721. ISBN  9780073402406 . ОСЛК   886600661 .
  156. ^ Отправитель Р., Фукс С., Майло Р. (январь 2016 г.). «Действительно ли нас значительно превосходит численность? Пересматривая соотношение бактерий и клеток-хозяев у людей» . Клетка . 164 (3): 337–40. дои : 10.1016/j.cell.2016.01.013 . ПМИД   26824647 .
  157. ^ Куигли Э.М. (сентябрь 2013 г.). «Кишечные бактерии в здоровье и болезни» . Гастроэнтерология и гепатология . 9 (9): 560–9. ПМЦ   3983973 . ПМИД   24729765 .
  158. ^ Фалони Г., Виейра-Сильва С., Раес Дж. (2015). «Микробиология и большие данные: случай триметиламина, полученного из микробиоты кишечника» . Ежегодный обзор микробиологии . 69 : 305–21. doi : 10.1146/annurev-micro-091014-104422 . ПМИД   26274026 . мы рассматриваем литературу о триметиламине (ТМА), метаболите, вырабатываемом микробиотой, связанном с развитием атеросклероза.
  159. ^ Гаси Н., Боррель Дж., Тотти В., О'Тул П.В., Брюжер Дж.Ф. (ноябрь 2014 г.). «Архея и кишечник человека: новое начало старой истории» . Всемирный журнал гастроэнтерологии . 20 (43): 16062–78. дои : 10.3748/wjg.v20.i43.16062 . ПМЦ   4239492 . ПМИД   25473158 . Триметиламин представляет собой продукт исключительно микробиотного происхождения питательных веществ (лецитин, холин, ТМАО, L-карнитин) из обычного рациона, от которого, по-видимому, происходят два заболевания: триметиламинурия (или синдром рыбного запаха) и сердечно-сосудистые заболевания из-за проатерогенных свойств его окисленных печеночная форма.
  160. ^ «Проект NIH Human Microbiome Project определяет нормальный бактериальный состав организма» . Новости НИЗ. 13 июня 2012 г.
  161. ^ Анантараман, Картик; Браун, Кристофер Т.; Обнимаю, Лаура А.; Шарон, Итай; и др. (2016). «Тысячи микробных геномов проливают свет на взаимосвязанные биогеохимические процессы в системе водоносных горизонтов» . Природные коммуникации . 7 : 13219. Бибкод : 2016NatCo...713219A . дои : 10.1038/ncomms13219 . ПМК   5079060 . ПМИД   27774985 .
  162. ^ Пасолли, Эдоардо; Асникар, Франческо; Манара, Серена; Зольфо, Морено; и др. (2019). «Обширное неизведанное разнообразие микробиома человека, выявленное более чем 150 000 геномами метагеномов, охватывающих возраст, географию и образ жизни» . Клетка . 176 (3): 649–662.e20. дои : 10.1016/j.cell.2019.01.001 . ПМК   6349461 . ПМИД   30661755 .
  163. ^ Кумар, Маниш; Цзи, Боян; Зенглер, Карстен; Нильсен, Йенс (23 июля 2019 г.). «Моделирование подходов к изучению микробиома» . Природная микробиология . 4 (8): 1253–1267. дои : 10.1038/s41564-019-0491-9 . ISSN   2058-5276 . ПМИД   31337891 . S2CID   198193092 .
  164. ^ Боренштейн, Эльханан (15 мая 2012 г.). «Вычислительная системная биология и моделирование микробиома человека in silico» . Брифинги по биоинформатике . 13 (6): 769–780. дои : 10.1093/нагрудник/bbs022 . ПМИД   22589385 .
  165. ^ Коларуссо, Аналейга В.; Гудчайлд-Мишельман, Изабелла; Рэйл, Майя; Зоморроди, Али Р. (4 июня 2021 г.). «Вычислительное моделирование метаболизма микробных сообществ в масштабе генома» . Современное мнение в области системной биологии . 26 : 46–57. дои : 10.1016/j.coisb.2021.04.001 . ISSN   2452-3100 .
  166. ^ Биггс, Мэтью Б.; Медлок, Грегори Л.; Коллинг, Глинис Л.; Папен, Джейсон А. (24 июня 2015 г.). «Метаболическое сетевое моделирование микробных сообществ» . Междисциплинарные обзоры Wiley: системная биология и медицина . 7 (5): 317–334. дои : 10.1002/wsbm.1308 . ISSN   1939-5094 . ПМЦ   4575871 . ПМИД   26109480 .
  167. ^ Блум, Джей Ди; Арнольд, Ф.Х. (2009). «В свете направленной эволюции: пути адаптивной эволюции белков» . Труды Национальной академии наук . 106 (Приложение 1): 9995–10000. дои : 10.1073/pnas.0901522106 . ПМК   2702793 . ПМИД   19528653 .
  168. ^ Хайнц-Бушар, Анна; Уилмс, Пол (2018). «Микробиом кишечника человека: функция имеет значение». Тенденции в микробиологии . 26 (7): 563–574. дои : 10.1016/j.tim.2017.11.002 . ПМИД   29173869 . S2CID   36033561 .
  169. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Оверманн, Йорг; Хуан, Сиксинг; Нюбель, Ульрих; Ханке, Ричард Л.; Тиндалл, Брайан Дж. (2019). «Актуальность фенотипической информации для таксономии еще не культивируемых микроорганизмов». Систематическая и прикладная микробиология . 42 (1): 22–29. дои : 10.1016/j.syapm.2018.08.009 . ПМИД   30197212 . S2CID   52176496 .
  170. ^ Константинидис, Константинос Т.; Росселло-Мора, Рамон; Аманн, Рудольф (2017). «Некультивируемые микробы, нуждающиеся в собственной систематике» . Журнал ISME . 11 (11): 2399–2406. Бибкод : 2017ISMEJ..11.2399K . дои : 10.1038/ismej.2017.113 . ПМК   5649169 . ПМИД   28731467 .
  171. ^ Чувочина, Мария; Ринке, Кристиан; Паркс, Донован Х.; Раппе, Майкл С.; Тайсон, Джин В.; Йылмаз, Пелин; Уитмен, Уильям Б.; Гугенгольц, Филип (2019). «Важность обозначения типового материала для некультивируемых таксонов» . Систематическая и прикладная микробиология . 42 (1): 15–21. дои : 10.1016/j.syapm.2018.07.003 . hdl : 21.11116/0000-0005-C21D-0 . ПМИД   30098831 .
  172. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с Шевретт М.Г., Братбурд Дж.Р., Карри С.Р. и Стуббендик Р.М. (2019 «Экспериментальные микробиомы: модели, не подлежащие масштабированию». mSystems , 4 (4): e00175-19. дои : 10.1128/mSystems.00175-19 .

Внешние ссылки [ править ]

У Схолии есть тематический профиль, посвященный микробиому .
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Microbiome&oldid=1223431374"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: cf6151ccfd38072ec7fbce0feb20b6a9__1715470260
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/cf/a9/cf6151ccfd38072ec7fbce0feb20b6a9.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Microbiome - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)