✖


Jump to content

Морской холобионт

Add links

Часть серии о
Микробиомы
Растительные микробиомы
Морские микробиомы
Микробиомы человека
Другие микробиомы
Микробиота
Голобионты
Виромы
Связанный
Проекты

Концепция холобионта — это обновленная парадигма в биологии, которая может помочь описать и понять сложные системы, такие как взаимодействие хозяина и микроба, которые играют решающую роль в морских экосистемах. Однако до сих пор мало понимания механизмов, управляющих этими отношениями, эволюционных процессов, которые их формируют, и их экологических последствий. Концепция холобионта утверждает, что хозяин и связанная с ним микробиота , с которой он взаимодействует, образуют холобионт и должны изучаться вместе как целостная биологическая и функциональная единица, чтобы понять его биологию, экологию и эволюцию. [1]

История

[ редактировать ]
Партнеры, образующие морские холобионты [1]

Идея холизма начала вновь обретать популярность в биологии, когда теория эндосимбиоза была впервые предложена Константином Мерешковским в 1905 году и получила дальнейшее развитие Иваном Валлином в 1925 году. Эта теория, принятая и сегодня, постулирует единое происхождение эукариотических клеток посредством симбиотической ассимиляции прокариот. образовывать сначала митохондрии , а затем пластиды (последние в результате нескольких независимых симбиотических событий) посредством фагоцитоза (обзор: Archibald, 2015). [2] Эти древние и основополагающие симбиотические события, которые привели к метаболической и клеточной сложности эукариотической жизни, скорее всего, произошли в океане. [3] [1]

Несмотря на общее признание теории эндосимбиоза, термин холобиоз или холобионт не сразу вошел в научный оборот. Он был придуман независимо немцем Адольфом Мейером-Абихом в 1943 году. [4] [5] и Линн Маргулис в 1990 году, которая предположила, что эволюция происходила главным образом посредством прыжков, вызванных симбиозом, которые объединяли организмы в новые формы, называемые «холобионтами», и только во вторую очередь посредством постепенных мутационных изменений. [6] [7] Однако эта концепция не получила широкого распространения, пока более десяти лет спустя ее не переняли коралловые биологи. Кораллы и динофлагеллятовые водоросли, называемые зооксантеллами, являются одними из самых знаковых примеров симбиоза, встречающихся в природе; большинство кораллов неспособны к долгосрочному выживанию без продуктов фотосинтеза, обеспечиваемых их эндосимбиотическими водорослями. Ровер и др. (2002) [8] были первыми, кто использовал слово холобионт для описания единицы отбора в смысле Маргулиса. [9] для кораллов, где холобионт включал книдарийный полип (хозяин), водоросли Zooxanthellae, различные эктосимбионты ( эндолитические водоросли, прокариоты, грибы, другие одноклеточные эукариоты) и вирусы. [1]

Хотя изначально они были основаны на изучении морских организмов, большая часть исследований новых свойств и значения холобионтов с тех пор была проведена в других областях исследований: микробиота ризосферы растений или кишечника животных стала преобладающими моделями и привела к продолжающаяся смена парадигмы в агрономии и медицинских науках. [10] [11] [12] Голобионты встречаются как в наземных, так и в водных средах обитания, и можно провести несколько аналогий между этими экосистемами. Например, во всех этих средах обитания взаимодействия внутри и между холобионтами, такие как индукция химической защиты, приобретение питательных веществ или образование биопленок, опосредуются химическими сигналами и сигналами в окружающей среде, получившими название инфохимические вещества. [13] [14] [15] [16] Тем не менее, мы можем выделить два основных различия между наземными и водными системами. Во-первых, физико-химические свойства воды приводят к более высокой химической связи и передаче сигналов между макро- и микроорганизмами в водной или влажной среде. В морских экосистемах потоки углерода также кажутся более быстрыми, а трофические режимы более гибкими, что приводит к более высокой пластичности функциональных взаимодействий между холобионтами. [17] Более того, барьеры распространения обычно ниже, что позволяет быстрее перемещать микробное сообщество морских холобионтов. [18] [19] Во-вторых, филогенетическое разнообразие в широких таксономических масштабах (т. е. на уровне надцарства, королевства и типа) выше в водных сферах по сравнению с наземными, при этом большая часть водного разнообразия еще не раскрыта. [20] [21] особенно морские вирусы. [22] [23] [24] [1]

Русская кукла сложности

[ редактировать ]
Схематическое изображение сложности и динамики холобионтов «Русской куклы» в различных пространственно-временных масштабах. [1]
(см. текст слева для объяснения)

Границы холобионтов обычно отграничены физическим градиентом, который соответствует области локального влияния хозяина, например, у одноклеточных водорослей — так называемой фикосфере . [25] Однако их также можно определить в зависимости от контекста как русскую матрешку , устанавливая границы холобионта в зависимости от рассматриваемых взаимодействий и биологических функций. Таким образом, холобионты могут охватывать все уровни ассоциаций хозяин-симбионт от интимного эндосимбиоза с высокой степенью коэволюции до уровня сообщества и экосистемы; концепция, называемая «вложенными экосистемами» (см. диаграмму). [26] [27] [1]

На диаграмме справа хозяин (синие кружки) и связанные с ним микробы (все другие формы), включая бактерии и эукариоты, которые могут находиться внутри (т. е. эндосимбиотически) или вне хозяина (т. е. эктосимбиотически) связаны либо полезными (т. сплошные оранжевые линии), нейтральные (сплошные синие линии) или патогенные (пунктирные черные линии) взаимодействия соответственно. Изменения от полезных или нейтральных взаимодействий к патогенным являются типичными случаями дисбиоза. Различные кластеры иллюстрируются следующими примерами: 1 — модельный холобионт в стабильном физиологическом состоянии (например, в контролируемых лабораторных условиях); 2 и 3 — холобионты, изменяющиеся в ходе жизненного цикла или подвергающиеся стрессовым условиям — примеры микробов, передающихся вертикально, показаны голубыми стрелками; 4 и 5 — морские холобионты в контексте глобальных кампаний по отбору проб или долгосрочных временных рядов — примеры горизонтальной передачи микробов и холобионтов показаны розовыми стрелками. [1]

Такая концептуальная перспектива поднимает фундаментальные вопросы не только относительно взаимодействия между различными компонентами холобионтов и процессов, управляющих их динамикой, но также о соответствующих единицах отбора и роли коэволюции. Например, эволюция растений и животных включает в себя новые функции, совместно создаваемые членами холобионта, или устранение избыточных между ними функций. [28] и вполне вероятно, что эти процессы актуальны и для морских голобионтов. Юджин Розенберг и др . утверждали, что всех животных и растения можно считать холобионтами, и таким образом защищают гологеномную теорию эволюции , предполагая, что естественный отбор действует на уровне холобионта и его гологенома . [29] [30] Такая интерпретация определения холобионта, данного Маргулисом, значительно расширила фундаментальные представления об эволюции и видообразовании и не обошлась без критики. [31] особенно при применении на уровне сообщества или экосистемы. [32] Совсем недавно было показано, что виды, которые косвенно взаимодействуют с хозяином, также могут играть важную роль в формировании коэволюции внутри мутуалистических многопартнерских сообществ. [33] Таким образом, концепция холобионта и лежащая в его основе сложность систем холобионта должны быть лучше определены и дополнительно рассмотрены при решении эволюционных и экологических вопросов. [1]

Модели морских холобионтов

[ редактировать ]
  • Экологические модели: в животном мире, помимо кораллов и губок, открытие глубоководных гидротермальных источников выявило симбиозы животных с хемосинтезирующими бактериями, которые позже были обнаружены во многих других морских экосистемах. [34] [35] и часто демонстрируют высокий уровень метаболического и таксономического разнообразия. [36] [37] [38] В супергруппе SAR , в дополнение к хорошо известным моделям, таким как диатомовые водоросли , радиолярии и фораминиферы , оба гетеротрофных обитателя протистов, питающие эндосимбиотические микроводоросли, становятся экологическими моделями одноклеточного фотосимбиоза из-за их повсеместного присутствия в мировых океанах. [39] [40] Среди гаптофитов космополит Emiliania huxleyi , которому способствуют ассоциированные бактерии, [41] [42] производит ключевые промежуточные продукты в биогеохимических циклах углерода и серы, что делает его важным модельным видом фитопланктона. Наконец, среди Archaeplastida сифонная зеленая водоросль Bryopsis является примером модели, в которой обитают гетеротрофные эндосимбиотические бактерии, некоторые из которых демонстрируют закономерности совместной эволюции со своими хозяевами. [43] [1]
  • Контролируемые дву- или трехсторонние ассоциации: лишь несколько моделей, охватывающих небольшую часть общего морского биоразнообразия, в настоящее время культивируются ex-situ и могут использоваться в полностью контролируемых экспериментах, где их можно культивировать апосимбиотически . Плоский червь Symsagittifera roscoffensis . [44] актиния Exaiptasia , [45] [46] перевернутая медуза Кассиопея , [47] и соответствующие им внутриклеточные зеленые и динофлагеллятные водоросли , помимо кораллов, стали моделями для фундаментальных исследований эволюции фотосимбиоза животных и водорослей. В частности, актиния Exaiptasia использовалась для изучения нарушений фотобиологии и восстановления симбиозов книдарий. [48] Модель Vibrio - кальмар дает представление о влиянии микробиоты на развитие животных, циркадные ритмы и иммунную систему. [49] одноклеточная зеленая водоросль Ostreococcus , важный морской первичный продуцент , обменивается витаминами со специфическими ассоциированными бактериями. Было показано, что [50] Зеленая макроводоросль Ulva mutabilis позволила изучить рост и морфогенез, опосредованный бактериями, включая идентификацию оригинальных химических взаимодействий в холобионте. [51] [52] Хотя условия культивирования в этих строго контролируемых модельных системах отличаются от естественной среды, эти системы необходимы для получения элементарного механистического понимания функционирования, ролей и эволюции морских холобионтов. [1]

Пример холобионтов

[ редактировать ]

Влияние на экологические процессы

[ редактировать ]
Изменение климата и родолитовый холобионт [56]

Работа над модельными системами продемонстрировала, что подвижные и макроскопические морские холобионты могут выступать в качестве векторов распространения географически ограниченных микробных таксонов. Пелагические моллюски или позвоночные животные являются хрестоматийными примерами организмов с высокой способностью к расселению (например, против течений и через стратифицированные слои воды ). Было подсчитано, что рыбы и морские млекопитающие могут повысить первоначальную скорость дисперсии своей микробиоты в 200–200 000 раз. [57] а морские птицы могут даже выступать в качестве биопереносчиков, пересекающих границы экосистем. [58] Это распространение микробов, вызванное хозяином, может включать неместные или инвазивные виды, а также патогены. [57] [1]

Смежная экологическая функция холобионтов — это их способность поддерживать редкие виды. Хозяева создают среду, которая благоприятствует росту определенных микробных сообществ, отличных от окружающей среды (включая редкие микробы). Например, они могут занять богатую питательными веществами нишу в окружающей среде, в противном случае бедной питательными веществами. [59] [60] [61] [62] [63] [1]

Наконец, биологические процессы, регулируемые микробами, являются важными движущими силами глобальных биогеохимических циклов . [64] [65] [66] По оценкам, в открытом океане симбиозы с цианобактерией UCYN-A способствуют примерно 20% общей фиксации N 2 . [67] [68] В бентосных системах губки и кораллы могут поддерживать целые экосистемы, участвуя в круговороте питательных веществ благодаря своим микробным партнерам. [69] [70] [71] [27] функционируют как поглотители и источники питательных веществ. В частности, «губчатая петля» перерабатывает растворенное органическое вещество и делает его доступным для более высоких трофических уровней в виде детрита. [72] [70] [73] прибрежных отложениях в двустворчатые моллюски , содержащие метаногенных архей, Было показано, что увеличивают выбросы бентосного метана в восемь раз, что потенциально составляет 9,5% от общего объема выбросов метана из Балтийского моря. [74] Такая метаболическая универсальность достигается за счет одновременного возникновения различных биохимических механизмов (например, аэробных и анаэробных путей) у отдельных симбионтов, обеспечивающих новые метаболические способности холобионта, такие как синтез определенных незаменимых аминокислот, фотосинтез или хемосинтез. [34] [75] Более того, взаимодействие между хозяином и микробиотой потенциально может расширить метаболические возможности холобионта, повышая его устойчивость к изменениям окружающей среды. [76] [77] [78] [79] [80] или позволить ему пересекать границы биотопов (например, Woyke et al., 2006) и колонизировать экстремальные среды (Bang et al., 2018). Таким образом, холобионты вносят вклад в разнообразие морских микробов и, возможно, в устойчивость к глобальным изменениям окружающей среды. [57] и крайне важно включить концепцию холобионта в прогностические модели, исследующие последствия воздействия человека на морскую среду и ее биогеохимические циклы. [1]

Сборка и регуляция голобионта

[ редактировать ]
Интеллект-карта концепций, связанных с морскими холобионтами [1]

Две критические задачи, частично решаемые с помощью модельных систем, — это (1) расшифровка факторов, определяющих состав холобионтов, и (2) выяснение влияния и роли различных партнеров в этих сложных системах с течением времени. Некоторые морские организмы, такие как двустворчатые моллюски, передают часть микробиоты по материнской линии. [81] [82] У других морских голобионтов вертикальная передача может быть слабой и непостоянной, тогда как более распространены смешанные способы передачи (вертикальный и горизонтальный) или промежуточные способы (псевдовертикальный, где в горизонтальное заражение часто вовлечены симбионты родительского происхождения). [83] Выявление факторов, формирующих состав холобионтов, и понимание их эволюции весьма актуально для морских организмов, учитывая, что большинство морских хозяев демонстрируют высокую специфичность своей микробиоты и даже закономерностей филосимбиоза . [84] [85] [86] несмотря на тесно связанную и богатую микробами среду. [1]

Во время передачи микробиоты (вертикальной или горизонтальной) отбор хозяином и/или другими компонентами микробиома является ключевым процессом в создании или поддержании микробного сообщества холобионта, отличного от окружающей среды. Иммунная система хозяина, например, посредством секреции специфических антимикробных пептидов, [87] [88] является одним из способов осуществления такого отбора как у морских, так и у наземных холобионтов. [1]

Другой способ отбора микробного сообщества холобионтов - это химически опосредованное микробное садоводство. Эта концепция была продемонстрирована на наземных растениях, у которых корневые экссудаты изменяют состав микробиома. [89] В морской среде филогенетическое разнообразие хозяев и симбионтов предполагает как консервативные, так и специфичные для морской среды химические взаимодействия, но исследования все еще находятся в зачаточном состоянии. Например, морские водоросли могут химически выращивать полезные микробы, способствуя нормальному морфогенезу и повышая устойчивость к болезням . [52] [90] а морские водоросли и кораллы структурируют свой поверхностный микробиом, производя хемоаттрактанты и антибактериальные соединения. [14] [91] у одноклеточных хозяев меньше Примеров химического садоводства , но весьма вероятно, что аналогичные процессы имеют место. [92] [93] [1]

Помимо отбора, в качестве ключевых процессов сборки сообщества были предложены экологический дрейф, расселение и эволюционная диверсификация, но их трудно оценить в микробных сообществах. [94] Единственные данные, которые в настоящее время имеются в нашем распоряжении для количественной оценки этих процессов, — это разнообразие и распространение микробов. Учитывая высокую связанность водной среды, различия в морских микробных сообществах часто объясняются сочетанием отбора и дрейфа, а не ограниченным распространением. [61] вывод, который в будущем может быть уточнен с помощью концептуальных моделей, разработанных, например, для почвенных микробных сообществ. [93] [95] ) Диверсификация в основном рассматривается в смысле коэволюции или адаптации к отбору хозяев, что также может быть обусловлено горизонтальным приобретением генов. Однако совместное видообразование сложно доказать. [96] [32] и на сегодняшний день лишь несколько исследований изучали этот процесс у морских холобионтов, каждое из которых было сосредоточено на ограниченном числе участников. [97] [98] [1]

Нарушения в передаче или наборе микробиоты могут привести к дисбиозу и, в конечном итоге, к микробным инфекциям. [28] [93] Дисбиотические микробные сообщества часто детерминируются стохастическими процессами и поэтому демонстрируют более высокую изменчивость своего состава, чем у здоровых людей. Это наблюдение соответствует «принципу Анны Карениной». [99] хотя из этого правила есть исключения. [93] Конкретным случаем дисбактериоза является так называемый «эффект Распутина», когда доброкачественные эндосимбионты оппортунистически становятся вредными для хозяина из-за таких процессов, как снижение иммунного ответа при лишении пищи, коинфекциях или давлении окружающей среды. [100] Многие заболевания в настоящее время интерпретируются как результат микробного дисбаланса и возникновения оппортунистических или полимикробных инфекций в результате стресса у хозяина. [101] Например, в кораллах, образующих рифы, потепление дестабилизирует ассоциации книдарий и динофлагеллят, а некоторые полезные штаммы Symbiodiniacea меняют свою физиологию и изолируют больше ресурсов для собственного роста за счет коралла-хозяина, что приводит к обесцвечиванию кораллов и даже их гибели. [102] [1]

Расширение наших знаний о вкладе этих процессов в формирование сообщества голобионтов в морских системах является ключевой задачей, которая сегодня приобретает особую актуальность в контексте продолжающихся глобальных изменений. Более того, понимание того, как сообщество и функциональная структура резидентных микробов устойчивы к возмущениям, остается критически важным для прогнозирования и укрепления здоровья их хозяина и экосистемы. Тем не менее, вклад микробиома все еще отсутствует в большинстве количественных моделей, предсказывающих распространение морских макроорганизмов, или потребуется дополнительная информация о биологических взаимодействиях, чтобы сделать первые более точными. [103] [1]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я дж к л м н тот п д р с т в Диттами, Саймон М.; и др. (2021). «Взгляд сообщества на концепцию морских холобионтов: текущее состояние, проблемы и будущие направления» . ПерДж . 9 : е10911. дои : 10.7717/peerj.10911 . ПМЦ   7916533 . ПМИД   33665032 . Материал был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  2. ^ Арчибальд, Джон М. (2015). «Эндосимбиоз и эволюция эукариотических клеток» . Современная биология . 25 (19): Р911–Р921. дои : 10.1016/j.cub.2015.07.055 . ПМИД   26439354 . S2CID   16089231 .
  3. ^ Мартин, Уильям; Баросс, Джон; Келли, Дебора; Рассел, Майкл Дж. (2008). «Гидротермальные источники и происхождение жизни». Обзоры природы Микробиология . 6 (11): 805–814. дои : 10.1038/nrmicro1991 . ПМИД   18820700 . S2CID   1709272 .
  4. ^ Мейер-Абих А. (1943). «Вклад в эволюционную теорию организмов: I. Основной типологический закон и его последствия» Acta Biotheoretica , 7 : 1–80.
  5. ^ Баедке, Джон; Фабрегас-Техеда, Алехандро; Ньевес Дельгадо, Эбигейл (2020). «Концепция холобионта до Маргулиса» . Журнал экспериментальной зоологии, часть B: Молекулярная эволюция и эволюция развития . 334 (3): 149–155. дои : 10.1002/jez.b.22931 . ПМИД   32039567 . Материал был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  6. ^ Маргулис, Линн; Фестер, Рене (1991). Симбиоз как источник эволюционных инноваций: видообразование и морфогенез . МТИ Пресс. ISBN  9780262132695 .
  7. ^ о'Мэлли, Морин А. (2017). «От эндосимбиоза к холобионтам: оценка концептуального наследия». Журнал теоретической биологии . 434 : 34–41. Бибкод : 2017JThBi.434...34O . дои : 10.1016/j.jtbi.2017.03.008 . ПМИД   28302492 .
  8. ^ Ровер, Ф.; Сегуритан, В.; Азам, Ф.; Ноултон, Н. (2002). «Разнообразие и распространение коралловых бактерий» . Серия «Прогресс в области морской экологии» . 243 : 1–10. Бибкод : 2002MEPS..243....1R . дои : 10.3354/meps243001 .
  9. ^ Розенберг, Юджин; Корен, Омри; Решеф, Лия; Эфроний, Ротем; Зильбер-Розенберг, Илана (2007). «Теория гологенома игнорирует коралловый холобионт: ответ Розенберга и др.» . Обзоры природы Микробиология . 5 (10): 826. doi : 10.1038/nrmicro1635-c2 . S2CID   8258214 .
  10. ^ Булгарелли, Давиде; Шлеппи, Клаус; Спепен, Стейн; Ван Темаат, Эмиэль Вер Лорен; Шульце-Леферт, Пол (2013). «Структура и функции бактериальной микробиоты растений». Ежегодный обзор биологии растений . 64 : 807–838. doi : 10.1146/annurev-arplant-050312-120106 . ПМИД   23373698 .
  11. ^ Шрейнер, Эндрю Б.; Као, Джон Ю.; Янг, Винсент Б. (2015). «Микробиом кишечника в норме и при болезни» . Современное мнение в гастроэнтерологии . 31 (1): 69–75. дои : 10.1097/MOG.0000000000000139 . ПМК   4290017 . ПМИД   25394236 .
  12. ^ Фор, Денис; Симон, Жан-Кристоф; Элен, Тьерри (2018). «Голобионт: концептуальная основа для изучения экоэволюционных и функциональных последствий взаимодействия хозяина и микробиоты во всех экосистемах» . Новый фитолог . 218 (4): 1321–1324. дои : 10.1111/nph.15199 . ПМИД   29738088 .
  13. ^ Лох, Джон; Пирсон, Элизабет А.; Пирсон, Леланд С.; Стейси, Гэри; Чаттерджи, Арун (2002). «Ощущение кворума у ​​бактерий, связанных с растениями». Современное мнение в области биологии растений . 5 (4): 285–290. дои : 10.1016/S1369-5266(02)00274-1 . ПМИД   12179960 .
  14. ^ Перейти обратно: а б Хардер, Тилманн; Кэмпбелл, Александра Х.; Иган, Сухелен; Стейнберг, Питер Д. (2012). «Химическое опосредование тройных взаимодействий между морскими холобионтами и окружающей их средой на примере красной водоросли Delisea pulchra». Журнал химической экологии . 38 (5): 442–450. дои : 10.1007/s10886-012-0119-5 . ПМИД   22527059 . S2CID   14117311 .
  15. ^ Роллан, Жан Люк; Стин, Дидье; Санчес-Ферандин, Софи; Лами, Рафаэль (2016). «Ощущение кворума и тушение кворума в фикосфере фитопланктона: случай химических взаимодействий в экологии» (PDF) . Журнал химической экологии . 42 (12): 1201–1211. дои : 10.1007/s10886-016-0791-y . ПМИД   27822708 . S2CID   16684025 .
  16. ^ Саха, Махасвета; Бердалет, Элиза; Каротенуто, Иления; Финк, Патрик; Хардер, Тилманн; Джон, Уве; Нет, Фабрис; Понерт, Георг; Потен, Филипп; Селандер, Эрик; Виверман, Вим; Уичард, Томас; Зупо, Валерио; Стейнке, Майкл (2019). «Использование химического языка для формирования будущего здоровья морской среды». Границы в экологии и окружающей среде . 17 (9): 530–537. дои : 10.1002/fee.2113 . hdl : 1854/LU-8640919 . S2CID   191151384 .
  17. ^ Митра, А.; Флинн, К.Дж.; Беркхолдер, Дж. М.; Берге, Т.; Кальбет, А.; Рэйвен, Дж.А.; Гранели, Э.; Глиберт, премьер-министр ; Хансен, П.Дж.; Стокер, ДК; Тингстад, Ф.; Тильманн, У.; Воге, С.; Уилкен, С.; Зубков, М.В. (2014). «Роль миксотрофных протистов в биологическом углеродном насосе» . Биогеонауки . 11 (4): 995–1005. Бибкод : 2014BGeo...11..995M . дои : 10.5194/bg-11-995-2014 . hdl : 10453/117781 . Материал был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  18. ^ Кинлан, Брайан П.; Гейнс, Стивен Д. (2003). «Распространение размножения в морской и наземной среде: точка зрения сообщества». Экология . 84 (8): 2007–2020. дои : 10.1890/01-0622 .
  19. ^ Берджесс, Скотт С.; Баскетт, Марисса Л.; Гросберг, Ричард К.; Морган, Стивен Г.; Стратманн, Ричард Р. (2016). «Когда происходит рассредоточение? Объединение морских и наземных перспектив» . Биологические обзоры . 91 (3): 867–882. дои : 10.1111/brv.12198 . ПМИД   26118564 . S2CID   9877585 .
  20. ^ Де Варгас, К.; и др. (2015). «Разнообразие эукариотического планктона в освещенном солнцем океане» . Наука . 348 (6237). дои : 10.1126/science.1261605 . hdl : 10261/117736 . ПМИД   25999516 . S2CID   12853481 .
  21. ^ Томпсон, Люк Р.; и др. (2017). «Общий каталог раскрывает многомасштабное микробное разнообразие Земли» . Природа . 551 (7681): 457–463. Бибкод : 2017Natur.551..457T . дои : 10.1038/nature24621 . ПМК   6192678 . ПМИД   29088705 . Материал был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  22. ^ Мидделбо, Матиас; Брюссаард, Корина (2017). «Морские вирусы: ключевые игроки в морских экосистемах» . Вирусы . 9 (10): 302. дои : 10.3390/v9100302 . ПМК   5691653 . ПМИД   29057790 . Материал был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  23. ^ Грегори, Энн К.; и др. (2019). «Морское ДНК-вирусное макро- и микроразнообразие от полюса до полюса» . Клетка . 177 (5): 1109–1123.e14. дои : 10.1016/j.cell.2019.03.040 . ПМК   6525058 . ПМИД   31031001 .
  24. ^ Домингес-Уэрта, Гильермо; Заид, Ахмед А.; Вайнайна, Джеймс М.; Го, Цзярун; Тиан, Фунин; Пратама, Акбар Аджи; Болдук, Бенджамин; Мохссен, Мохамед; Заблоки, Оливье; Пеллетье, Эрик; Делаж, Эрван (10 июня 2022 г.). «Разнообразие и экологический след РНК-вирусов Мирового океана» . Наука . 376 (6598): 1202–1208. дои : 10.1126/science.abn6358 . ISSN   0036-8075 . ПМИД   35679415 .
  25. ^ Сеймур, Джастин Р.; Амин, Шейди А.; Райна, Жан-Батист; Стокер, Роман (2017). «Увеличение фикосферы: экологический интерфейс взаимоотношений фитопланктона и бактерий». Природная микробиология . 2 (7): 17065. doi : 10.1038/nmicrobiol.2017.65 . hdl : 10453/102139 . ПМИД   28555622 . S2CID   25219954 .
  26. ^ Макфолл-Нгай, Маргарет; Хэдфилд, Майкл Г.; Босх, Томас К.Г.; Кэри, Ханна В.; Домазет-Лошо, Томислав; Дуглас, Анджела Э.; Дюбилье, Николь; Эберл, Джерард; Фуками, Тадаши; Гилберт, Скотт Ф.; Хентшель, Юте; Король, Николь; Кьеллеберг, Стаффан; Нолл, Эндрю Х.; Кремер, Наташа; Мазманян, Саркис К.; Меткалф, Джессика Л.; Нилсон, Кеннет; Пирс, Наоми Э.; Ролз, Джон Ф.; Рид, Энн; Руби, Эдвард Г.; Румфо, Мэри; Сандерс, Джон Г.; Таутц, Дитхард; Вернегрин, Дженнифер Дж. (2013). «Животные в бактериальном мире: новый императив наук о жизни» . Труды Национальной академии наук . 110 (9): 3229–3236. Бибкод : 2013PNAS..110.3229M . дои : 10.1073/pnas.1218525110 . ПМЦ   3587249 . ПМИД   23391737 .
  27. ^ Перейти обратно: а б с Пита, Л.; Рикс, Л.; Слэби, Б.М.; Франке, А.; Хентшель, У. (2018). «Губка-голобионт в меняющемся океане: от микробов к экосистемам» . Микробиом . 6 (1): 46. дои : 10.1186/s40168-018-0428-1 . ПМЦ   5845141 . ПМИД   29523192 . S2CID   3856584 . Материал был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  28. ^ Перейти обратно: а б Селосс, Марк-Андре; Бессис, Ален; Посо, Мария Х. (2014). «Микробная подготовка иммунитета растений и животных: симбионты как сигналы развития». Тенденции в микробиологии . 22 (11): 607–613. дои : 10.1016/j.tim.2014.07.003 . ПМИД   25124464 .
  29. ^ Розенберг, Юджин; Шэрон, Гил; Атад, Илил; Зильбер-Розенберг, Илана (2010). «Эволюция животных и растений посредством симбиоза с микроорганизмами». Отчеты по экологической микробиологии . 2 (4): 500–506. дои : 10.1111/j.1758-2229.2010.00177.x . ПМИД   23766221 .
  30. ^ Розенберг, Юджин; Зильбер-Розенберг, Илана (2018). «Гологеномная концепция эволюции через 10 лет» . Микробиом . 6 (1): 78. дои : 10.1186/s40168-018-0457-9 . ПМЦ   5922317 . ПМИД   29695294 . Материал был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  31. ^ Дуглас, Анджела Э.; Веррен, Джон Х. (2016). «Дыры в гологеноме: почему симбиозы хозяина и микроба не являются холобионтами» . мБио . 7 (2): e02099. дои : 10.1128/mBio.02099-15 . ПМЦ   4817262 . ПМИД   27034285 .
  32. ^ Перейти обратно: а б Моран, Нэнси А.; Слоан, Дэниел Б. (2015). «Концепция гологенома: полезная или пустая?» . ПЛОС Биология . 13 (12): e1002311. дои : 10.1371/journal.pbio.1002311 . ПМК   4670207 . ПМИД   26636661 . Материал был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  33. ^ Гимарайнш, Пол Р.; Пирес, Матиас М.; Джордан, Питер; Баскомпт, Хорди; Томпсон, Джон Н. (2017). «Косвенные эффекты стимулируют коэволюцию в мутуалистических сетях». Природа . 550 (7677): 511–514. Бибкод : 2017Natur.550..511G . дои : 10.1038/nature24273 . ПМИД   29045396 . S2CID   205261069 .
  34. ^ Перейти обратно: а б Дюбилье, Николь; Бергин, Клаудия; Лотт, Кристиан (2008). «Симбиотическое разнообразие морских животных: искусство использования хемосинтеза». Обзоры природы Микробиология . 6 (10): 725–740. дои : 10.1038/nrmicro1992 . ПМИД   18794911 . S2CID   3622420 .
  35. ^ Рубин-Блюм, Максим; Антоний, Чаккиат Пол; Саяведра, Лизбет; Мартинес-Перес, Клара; Биргель, Дэниел; Пекманн, Йорн; Ву, Юй-Чен; Карденас, Пако; Макдональд, Ян; Маркон, Янн; Салинг, Хейко; Хентшель, Юте; Дюбилье, Николь (2019). «Подпитываемые метаном: глубоководные губки из асфальтовых просачиваний получают питание от симбионтов, окисляющих метан» . Журнал ISME . 13 (5): 1209–1225. дои : 10.1038/s41396-019-0346-7 . ПМК   6474228 . ПМИД   30647460 . Материал был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  36. ^ Дюперрон, Себастьен; Халари, Себастьян; Лорион, Жюльен; Сибует, Мириам; Гейл, Франсуаза (2008). «Неожиданное совместное появление шести бактериальных симбионтов в жабрах мидий холодного соса Idas sp. (Bivalvia: Mytilidae)» . Экологическая микробиология . 10 (2): 433–445. дои : 10.1111/j.1462-2920.2007.01465.x . ПМИД   18093159 .
  37. ^ Петерсен, Джиллиан М.; Кемпер, Анна; Грубер-Водица, Харальд; Кардини, Улисс; Ван дер Гест, Мэтью; Кляйнер, Мануэль; Болгария, Сильвия; Муссманн, Марк; Гербольд, Крейг; Си, Брэндон КБ; Антоний, Чаккиат Пол; Лю, Дэн; Белиц, Александра; Вебер, Мириам (2017). «Хемосинтезирующие симбионты морских беспозвоночных животных способны к азотфиксации» . Природная микробиология . 2 (1):16195.doi : 10.1038 /nmicrobiol.2016.195 . ПМК   6872982 . ПМИД   27775707 .
  38. ^ Поннудурай, Руби; Кляйнер, Мануэль; Саяведра, Лизбет; Петерсен, Джиллиан М.; Моче, Мартин; Отто, Эндрю; Бехер, Дёрте; Такеучи, Такеши; Сато, Нориюки; Дюбилье, Николь; Шведер, Томас; Маркерт, Стефани (2017). «Метаболические и физиологические взаимозависимости в симбиозе Bathymodiolus azoricus» . Журнал ISME . 11 (2): 463–477. дои : 10.1038/ismj.2016.124 . ПМК   5270565 . ПМИД   27801908 .
  39. ^ Десель, Йохан; Колен, Себастьен; Фостер, Рэйчел А. (2015). «Фотосимбиоз морских планктонных протистов». Морские протисты . стр. 465–500. дои : 10.1007/978-4-431-55130-0_19 . ISBN  978-4-431-55129-4 .
  40. ^ Нет, Фабрис; Проберт, Ян; Герикас Рибейро, Кэтрин; Кренн, Клерви; Гийу, Лора; Жантон, Кристиан; Ваулот, Дэниел (2016). «Фотосимбиоз в морской пелагической среде». Морской микробиом . стр. 305–332. дои : 10.1007/978-3-319-33000-6_11 . ISBN  978-3-319-32998-7 .
  41. ^ Сейедсаямдост, Мохаммад Р.; Кейс, Ребекка Дж.; Колтер, Роберто; Кларди, Джон (2011). «Химия Джекила и Хайда Phaeobacter Gallaeciensis» . Природная химия . 3 (4): 331–335. Бибкод : 2011НатЧ...3..331С . дои : 10.1038/nchem.1002 . ПМК   3376411 . ПМИД   21430694 .
  42. ^ Сегев, Эйнат; Вич, Томас П.; Ким, Ки Хён; Петерсен, Йорн; Эллебрандт, Клэр; Вламакис, Гера; Бартенева, Наташа; Полсон, Джозеф Н.; Чай, Лираз; Кларди, Джон; Колтер, Роберто (2016). «Динамический метаболический обмен регулирует взаимодействие морских водорослей и бактерий» . электронная жизнь . 5 . doi : 10.7554/eLife.17473 . ПМК   5148602 . ПМИД   27855786 .
  43. ^ Холлантс, Шутка; Лелиарт, Фредерик; Глагол, Герой; Де Клерк, Оливер; Виллемс, Энн (2013). «Специфичность хозяина и коэволюция эндосимбионтов Flavobacteriaceae внутри сифонных зеленых морских водорослей Bryopsis» . Молекулярная филогенетика и эволюция . 67 (3): 608–614. дои : 10.1016/j.ympev.2013.02.025 . hdl : 1854/LU-3236190 . ПМИД   23499613 .
  44. ^ Арболеда, Энрике; Хартенштейн, Волкер; Мартинес, Педро; Райхерт, Генрих; Сен, Соня; Спречер, Саймон; Байи, Ксавье (2018). «Новая система изучения фотосимбиоза, регенерации мозга, хронобиологии и поведения: морской Acoel Symsagittifera roscoffensis» (PDF) . Биоэссе . 40 (10): e1800107. doi : 10.1002/bies.201800107 . ПМИД   30151860 . S2CID   52095265 .
  45. ^ Баумгартен, Себастьян; Симаков Олег; Эшерик, Лизл Ю.; Лью, И Цзинь; Ленерт, Эрик М.; Мичелл, Крейг Т.; Ли, Юн; Хэмблтон, Элизабет А.; Гусе, Анника; Оутс, Мэтт Э.; Гоф, Джулиан; Вейс, Вирджиния М.; Аранда, Мануэль; Прингл, Джон Р.; Вулстра, Кристиан Р. (2015). «Геном Aiptasia, модели морского анемона для кораллового симбиоза» . Труды Национальной академии наук . 112 (38): 11893–11898. Бибкод : 2015PNAS..11211893B . дои : 10.1073/pnas.1513318112 . ПМЦ   4586855 . ПМИД   26324906 .
  46. ^ Вулфович, Илиона; Баумгартен, Себастьян; Восс, Филипп А.; Хэмблтон, Элизабет А.; Вулстра, Кристиан Р.; Хатта, Масаюки; Гусе, Анника (2016). «Личинки Aiptasia sp. как модель для выявления механизмов симбионтного отбора у книдарий» . Научные отчеты . 6 : 32366. Бибкод : 2016NatSR...632366W . дои : 10.1038/srep32366 . ПМК   5007887 . ПМИД   27582179 .
  47. ^ Одера, Аки Х.; Абрамс, Майкл Дж.; Эймс, Шерил Л.; Бейкер, Дэвид М.; Суэскун-Боливар, Луис П.; Коллинз, Аллен Г.; Фриман, Кристофер Дж.; Гамеро-Мора, Эдгар; Гуле, Тамар Л.; Хофманн, Дитрих К.; Хаймес-Бесерра, Адриан; Лонг, Пол Ф.; Маркес, Антонио К.; Миллер, Лаура А.; Мидларз, Лаура Д.; Морандини, Андре Дж.; Ньюкирк, Касандра Р.; Принцесса Састиа П.; Самсон, Джулия Э.; Стампар, Сержио Н.; Стейнворт, Бейли; Темплман, Мишель; Томе, Патрисия Э.; Влок, Марли; Вудли, Шерил М.; Вонг, Джейн Сай; Мартиндейл, Марк К.; Фитт, Уильям К.; Медина, Моника (2018). «Перевернутый, но движимый в правильном направлении: обзор чрезвычайно универсальной системы Cassiopea xamachana» . Границы экологии и эволюции . 6 . дои : 10.3389/fevo.2018.00035 . hdl : 11449/176281 . Материал был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  48. ^ Ленерт, Эрик М.; Буррески, Мэтью С.; Прингл, Джон Р. (2012). «Разработка анемоны Aiptasia как удобной модели симбиоза книдарий и динофлагеллят: транскриптом апосимбиоза A. Pallida» . БМК Геномика . 13 :271. дои : 10.1186/1471-2164-13-271 . ПМЦ   3427133 . ПМИД   22726260 .
  49. ^ Макфолл-Нгай, Маргарет Дж. (2014). «Важность микробов в развитии животных: уроки симбиоза кальмара и вибриона» . Ежегодный обзор микробиологии . 68 : 177–194. doi : 10.1146/annurev-micro-091313-103654 . ПМК   6281398 . ПМИД   24995875 .
  50. ^ Купер, Мэтью Б.; Казамия, Елена; Хелливелл, Кэтрин Э.; Кудаль, Ульрих Йохан; Сэйер, Эндрю; Уилер, Глен Л.; Смит, Элисон Г. (2019). «Перекрестный обмен витаминов группы B лежит в основе мутуалистического взаимодействия между Ostreococcus tauri и Dinoroseobacter shibae» . Журнал ISME . 13 (2): 334–345. дои : 10.1038/s41396-018-0274-y . ПМК   6331578 . ПМИД   30228381 .
  51. ^ Уичард, Томас (2015). «Изучение роста и морфогенеза, вызванного бактериями, в отряде зеленых макроводорослей Ulvales (Chlorophyta)» . Границы в науке о растениях . 6 : 86. дои : 10.3389/fpls.2015.00086 . ПМЦ   4347444 . ПМИД   25784916 .
  52. ^ Перейти обратно: а б Кесслер, Ральф В.; Вайс, Энн; Кюглер, Стефан; Гермес, Корнелия; Уичард, Томас (2018). «Макроводорослевые и бактериальные взаимодействия: роль диметилсульфониопропионата в микробном садоводстве Ulva (Chlorophyta)» . Молекулярная экология . 27 (8): 1808–1819. дои : 10.1111/mec.14472 . ПМИД   29290092 . S2CID   46763098 .
  53. ^ Томпсон-младший, Ривера Х.Э., Клосек С.Дж., Медина М. (2014). «Микробы в коралловом холобионте: партнеры в эволюции, развитии и экологических взаимодействиях» . Границы клеточной и инфекционной микробиологии . 4 : 176. дои : 10.3389/fcimb.2014.00176 . ПМК   4286716 . ПМИД   25621279 .
  54. ^ Зилиус, Миндаугас; Бональя, Стефано; Броман, Элиас; Кьоццини, Витор Гонсалес; Самуиловиене, Аурелия; Насименто, Франсиско Х.А.; Кардини, Улиссе; Бартоли, Марко (2020). «Фиксация N2 доминирует в круговороте азота у холобионта мангрового краба-скрипача» . Научные отчеты . 10 (1): 13966. doi : 10.1038/s41598-020-70834-0 . ПМЦ   7435186 . ПМИД   32811860 . Материал был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  55. ^ Угарелли К., Чакрабарти С., Лаас П., Стингл У. (декабрь 2017 г.). «Голобионт морской травы и его микробиом» . Микроорганизмы . 5 (4): 81. doi : 10.3390/microorganisms5040081 . ПМЦ   5748590 . ПМИД   29244764 . Материал был скопирован из этого источника, который доступен по [ https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ Международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0.
  56. ^ Кавальканти Г.С., Шукла П., Моррис М., Рибейро Б., Фоли М., Доан М.П., ​​Томпсон К.С., Эдвардс М.С., Динсдейл Э.А., Томпсон Флорида (сентябрь 2018 г.). «Голобионты родолитов в меняющемся океане: взаимодействие хозяина и микробов обеспечивает устойчивость коралловых водорослей в условиях закисления океана» . БМК Геномика . 19 (1): 701. doi : 10.1186/s12864-018-5064-4 . ПМК   6154897 . ПМИД   30249182 . Материал был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  57. ^ Перейти обратно: а б с Трусселье, Марк; Эскалас, Артур; Бувье, Тьерри; Муйо, Дэвид (2017). «Поддержание редких морских микроорганизмов: макроорганизмы как хранилища и агенты распространения микробного разнообразия» . Границы микробиологии . 8 : 947. дои : 10.3389/fmicb.2017.00947 . ПМЦ   5447324 . ПМИД   28611749 .
  58. ^ Бушар Мармен, Мариев; Кенчингтон, Эллен; Ардина, Матье; Аршамбо, Филипп (2017). «Влияние колоний морских птиц и других переменных окружающей среды на структуру донного сообщества, регион Ланкастер-Саунд, Канадская Арктика» . Журнал морских систем . 167 : 105–117. Бибкод : 2017JMS...167..105B . дои : 10.1016/j.jmarsys.2016.11.021 .
  59. ^ Смрига, Стивен; Сандин, Стюарт А.; Азам, Фарук (2010). «Обилие, разнообразие и активность микробных комплексов, связанных с кишками и фекалиями коралловых рифовых рыб» . ФЭМС Микробиология Экология . 73 (1): 31–42. дои : 10.1111/j.1574-6941.2010.00879.x . ПМИД   20455942 .
  60. ^ Вебстер, Николь С.; Тейлор, Майкл В.; Бехнам, Фарис; Люкер, Себастьян; Раттей, Томас; Уэлан, Стивен; Хорн, Матиас; Вагнер, Майкл (2009). «Глубокое секвенирование выявляет исключительное разнообразие и способы передачи бактериальных губковых симбионтов» . Экологическая микробиология . 12 (8): 2070–2082. дои : 10.1111/j.1462-2920.2009.02065.x . ПМК   2936111 . ПМИД   21966903 .
  61. ^ Перейти обратно: а б Берк, К.; Стейнберг, П.; Раш, Д.; Кьеллеберг, С.; Томас, Т. (2011). «Сборка бактериального сообщества основана на функциональных генах, а не на видах» . Труды Национальной академии наук . 108 (34): 14288–14293. Бибкод : 2011PNAS..10814288B . дои : 10.1073/pnas.1101591108 . ПМК   3161577 . ПМИД   21825123 .
  62. ^ Берк, Кэтрин; Томас, Торстен; Льюис, Мэтт; Стейнберг, Питер; Кьеллеберг, Стаффан (2011). «Состав, уникальность и изменчивость эпифитного бактериального сообщества зеленой водоросли Ulva australis» . Журнал ISME . 5 (4): 590–600. дои : 10.1038/ismej.2010.164 . ПМК   3105733 . ПМИД   21048801 . S2CID   9982783 .
  63. ^ Кьярелло, Марлен; Оге, Жан-Кристоф; Беттарель, Иван; Бувье, Коринн; Клавери, Томас; Грэм, Николас Эй Джей; Рёвильнёв, Фабьен; Мило, Эллиот; Бувье, Тьерри; Виллеже, Себастьян (2018). «Микробиом кожи коралловых рифовых рыб сильно варьируется и зависит от филогении и диеты хозяина» . Микробиом . 6 (1): 147. дои : 10.1186/s40168-018-0530-4 . ПМК   6109317 . ПМИД   30143055 .
  64. ^ Фальковски, П.Г.; Фенчел, Т.; Делонг, EF (2008). «Микробные двигатели, управляющие биогеохимическими циклами Земли». Наука . 320 (5879): 1034–1039. Бибкод : 2008Sci...320.1034F . дои : 10.1126/science.1153213 . ПМИД   18497287 . S2CID   2844984 .
  65. ^ Мэдсен, Юджин Л. (2011). «Микроорганизмы и их роль в фундаментальных биогеохимических циклах». Современное мнение в области биотехнологии . 22 (3): 456–464. дои : 10.1016/j.copbio.2011.01.008 . ПМИД   21333523 .
  66. ^ Анантараман, Картик; Браун, Кристофер Т.; Обнимаю, Лаура А.; Шарон, Итай; Кастель, Синди Дж.; Пробст, Александр Дж.; Томас, Брайан С.; Сингх, Андреа; Уилкинс, Майкл Дж.; Караоз, Улас; Броди, Эоин Л.; Уильямс, Кеннет Х.; Хаббард, Сьюзен С.; Банфилд, Джиллиан Ф. (2016). «Тысячи микробных геномов проливают свет на взаимосвязанные биогеохимические процессы в системе водоносных горизонтов» . Природные коммуникации . 7 : 13219. Бибкод : 2016NatCo...713219A . дои : 10.1038/ncomms13219 . ПМК   5079060 . ПМИД   27774985 .
  67. ^ Томпсон, AW; Фостер, РА; Крупке, А.; Картер, Би Джей; Мусат, Н.; Ваулот, Д.; Кайперс, МММ; Зер, JP (2012). «Одноклеточная цианобактерия, симбиотическая с одноклеточной эукариотической водорослью». Наука . 337 (6101): 1546–1550. Бибкод : 2012Sci...337.1546T . дои : 10.1126/science.1222700 . ПМИД   22997339 . S2CID   7071725 .
  68. ^ Мартинес-Перес, Клара; Мор, Вибке; Лёшер, Кэролин Р.; Декацемакер, Жюльен; Литтманн, Стен; Йылмаз, Пелин; Лин, Надин; Фукс, Бернхард М.; Лавик, Гаутенг; Шмитц, Рут А.; Ларош, Жюли; Кайперс, Марсель М.М. (2016). «Маленький одноклеточный диазотрофный симбионт UCYN-A является ключевым игроком в морском азотном цикле». Природная микробиология . 1 (11): 16163. doi : 10.1038/nmicrobiol.2016.163 . ПМИД   27617976 . S2CID   7051606 .
  69. ^ Райна, Жан-Батист; Тапиолас, Дайанна; Уиллис, Бетт Л.; Борн, Дэвид Г. (2009). «Бактерии, ассоциированные с кораллами, и их роль в биогеохимическом круговороте серы» . Прикладная и экологическая микробиология . 75 (11): 3492–3501. Бибкод : 2009ApEnM..75.3492R . дои : 10.1128/АЕМ.02567-08 . ПМЦ   2687302 . ПМИД   19346350 .
  70. ^ Перейти обратно: а б Фиоре, Кара Л.; Джаретт, Джессика К.; Олсон, Натан Д.; Лессер, Майкл П. (2010). «Азотфиксация и превращения азота в морских симбиозах». Тенденции в микробиологии . 18 (10): 455–463. дои : 10.1016/j.tim.2010.07.001 . ПМИД   20674366 .
  71. ^ Кардини, Улиссе; Беднарц, Ванесса Н.; Науманн, Малик С.; Ван Хойтема, Нанн; Рикс, Лаура; Фостер, Рэйчел А.; Аль-Ршайдат, доктор медицинских наук Мамун; Дикий, Кристиан (2015). «Функциональное значение фиксации динитрогена в поддержании продуктивности кораллов в олиготрофных условиях» . Труды Королевского общества B: Биологические науки . 282 (1818). дои : 10.1098/rspb.2015.2257 . ПМК   4650168 . ПМИД   26511052 .
  72. ^ Добро, Джаспер М.; Ван Овелен, Дик; Избегайте, Марк Дж.А.; Осинга, Рональд; Мидделбург, Джек Дж.; Де Гой, Антон ФПМ; Адмирал, Вим (2013). «Выживание в морской пустыне: губчатая петля сохраняет ресурсы внутри коралловых рифов». Наука . 342 (6154): 108–110. Бибкод : 2013Sci...342..108D . дои : 10.1126/science.1241981 . ПМИД   24092742 . S2CID   6720678 .
  73. ^ Рикс, Лаура; Гоэйдж, Джаспер М.; Овелен, Дик; Поражён, Ульрих; Аль-Хорани, Фуад А.; Дикий, христианин; Науманн, Малик С. (2017). «Дифференциальная переработка растворенных органических веществ кораллов и водорослей через губчатую петлю» . Функциональная экология . 31 (3): 778–789. дои : 10.1111/1365-2435.12758 .
  74. ^ Бональя, Стефано; Брюхерт, Фолькер; Каллак, Нолвенн; Виченци, Алессандра; Чи Фру, Эрнест; Насименто, Франсиско Х.А. (2017). «Потоки метана из прибрежных отложений усиливаются макрофауной» . Научные отчеты . 7 (1): 13145. Бибкод : 2017НацСР...713145Б . дои : 10.1038/s41598-017-13263-w . ПМК   5640653 . ПМИД   29030563 .
  75. ^ Венн, А.А.; Лорам, Дж. Э.; Дуглас, А.Е. (2008). «Фотосинтетические симбиозы у животных» . Журнал экспериментальной ботаники . 59 (5): 1069–1080. дои : 10.1093/jxb/erm328 . ПМИД   18267943 .
  76. ^ Беркельманс, Рэй; Ван Оппен, Мадлен Дж. Х. (2006). «Роль зооксантелл в термоустойчивости кораллов: «самородок надежды» для коралловых рифов в эпоху изменения климата» . Труды Королевского общества B: Биологические науки . 273 (1599): 2305–2312. дои : 10.1098/rspb.2006.3567 . ПМК   1636081 . ПМИД   16928632 .
  77. ^ Гилберт, Скотт Ф.; Макдональд, Эмили; Бойл, Николь; Буттино, Николас; Ги, Лин; Мэй, Марк; Пракаш, Нилакантан; Робинсон, Джеймс (2010). «Симбиоз как источник селектируемых эпигенетических вариаций: принять на себя ответственность за большого парня» . Философские труды Королевского общества B: Биологические науки . 365 (1540): 671–678. дои : 10.1098/rstb.2009.0245 . ПМЦ   2817139 . ПМИД   20083641 .
  78. ^ Диттами, Саймон М.; Дюбоск-Бидо, Летиция; Перенноу, Морган; Гобе, Анжелика; Корре, Эрван; Бойен, Кэтрин; Тонон, Тьерри (2016). «Взаимодействие хозяина и микроба как фактор адаптации к градиентам солености в культурах бурых водорослей» . Журнал ISME . 10 (1): 51–63. дои : 10.1038/ismej.2015.104 . ПМЦ   4681850 . ПМИД   26114888 .
  79. ^ Шапира, Майкл (2016). «Кишечная микробиота и эволюция хозяина: расширение симбиоза». Тенденции в экологии и эволюции . 31 (7): 539–549. дои : 10.1016/j.tree.2016.03.006 . ПМИД   27039196 .
  80. ^ Годой, Оскар; Бартомеус, Игнаси; Рор, Рудольф П.; Сааведра, Сергей (2018). «К интеграции нишевых и сетевых теорий» . Тенденции в экологии и эволюции . 33 (4): 287–300. дои : 10.1016/j.tree.2018.01.007 . hdl : 10261/164597 . ПМИД   29471971 .
  81. ^ Ярко, Моника; Булгереси, Сильвия (2010). «Сложное путешествие: Передача микробных симбионтов» . Обзоры природы Микробиология . 8 (3): 218–230. дои : 10.1038/nrmicro2262 . ПМЦ   2967712 . ПМИД   20157340 .
  82. ^ Фанкхаузер, Лиза Дж.; Борденштейн, Сет Р. (2013). «Мама знает лучше: универсальность материнской микробной передачи» . ПЛОС Биология . 11 (8): e1001631. дои : 10.1371/journal.pbio.1001631 . ПМЦ   3747981 . ПМИД   23976878 .
  83. ^ Бьорк, Йоханнес Р.; Диес-Вивес, Кристина; Астудильо-Гарсия, Кармен; Арчи, Элизабет А.; Монтойя, Хосе М. (2019). «Вертикальная передача микробиоты губок непоследовательна и неверна» . Экология и эволюция природы . 3 (8): 1172–1183. дои : 10.1038/s41559-019-0935-x . ПМК   6914380 . ПМИД   31285574 .
  84. ^ Брукс, Эндрю В.; Коль, Кевин Д.; Брукер, Роберт М.; Ван Опстал, Эдвард Дж.; Борденштейн, Сет Р. (2016). «Филосимбиоз: взаимоотношения и функциональные эффекты микробных сообществ в истории эволюции хозяина» . ПЛОС Биология . 14 (11): e2000225. дои : 10.1371/journal.pbio.2000225 . ПМЦ   5115861 . ПМИД   27861590 .
  85. ^ Казамия, Елена; Хелливелл, Кэтрин Эмма; Пертон, Сол; Смит, Элисон Гейл (2016). «Как возникает мутуализм в сообществах фитопланктона: построение экоэволюционных принципов для водных микробов» . Экологические письма . 19 (7): 810–822. дои : 10.1111/ele.12615 . ПМК   5103174 . ПМИД   27282316 .
  86. ^ Поллок, Ф. Джозеф; МакМиндс, Райан; Смит, Стайлз; Борн, Дэвид Г.; Уиллис, Бетт Л.; Медина, Моника; Тербер, Ребекка Вега; Заневельд, Джесси Р. (2018). «Бактерии, ассоциированные с кораллами, демонстрируют филосимбиоз и кофилогению» . Природные коммуникации . 9 (1): 4921. Бибкод : 2018NatCo...9.4921P . дои : 10.1038/s41467-018-07275-x . ПМК   6250698 . ПМИД   30467310 .
  87. ^ Франценбург, С.; Уолтер, Дж.; Кунцель, С.; Ван, Дж.; Бейнс, Дж. Ф.; Бош, ТКГ; Фрауне, С. (2013). «Четкая экспрессия антимикробных пептидов определяет видоспецифичные бактериальные ассоциации хозяина» . Труды Национальной академии наук . 110 (39): Е3730–Е3738. Бибкод : 2013PNAS..110E3730F . дои : 10.1073/pnas.1304960110 . ПМЦ   3785777 . ПМИД   24003149 .
  88. ^ Чжэн, Даньпин; Ливинский, Тимур; Элинав, Эран (2020). «Взаимодействие микробиоты и иммунитета в здоровье и болезни» . Клеточные исследования . 30 (6): 492–506. дои : 10.1038/s41422-020-0332-7 . ПМЦ   7264227 . ПМИД   32433595 .
  89. ^ Лебейс, СЛ; Паредес, С.Х.; Лундберг, Д.С.; Брейкфилд, Н.; Геринг, Дж.; Макдональд, М.; Малфатти, С.; Главина Дель Рио, Т.; Джонс, компакт-диск; Тринге, СГ; Дангл, Дж.Л. (2015). «Салициловая кислота модулирует колонизацию корневого микробиома специфическими бактериальными таксонами» . Наука . 349 (6250): 860–864. Бибкод : 2015Sci...349..860L . дои : 10.1126/science.aaa8764 . ПМИД   26184915 . S2CID   2914865 .
  90. ^ Саха, Махасвета; Вайнбергер, Флориан (2019). «Микробное «садоводство» холобионта морских водорослей: поверхностные метаболиты привлекают защитные и сдерживают поселение патогенных эпибактерий» (PDF) . Журнал экологии . 107 (5): 2255–2265. дои : 10.1111/1365-2745.13193 . S2CID   165054090 .
  91. ^ Оксенкюн, Михаэль А.; Шмитт-Копплин, Филипп; Харир, Мурад; Амин, Шейди А. (2018). «Градиенты коралловых метаболитов влияют на структуры микробного сообщества и действуют как сигнал к заболеванию» . Коммуникационная биология . 1 : 184. дои : 10.1038/s42003-018-0189-1 . ПМК   6218554 . ПМИД   30417121 .
  92. ^ Гриббен, Пол Э.; Нильсен, Шон; Сеймур, Джастин Р.; Брэдли, Дэниел Дж.; Уэст, Мэтью Н.; Томас, Торстен (2017). «Микробные сообщества в морских отложениях изменяют успех инвазивных макрофитов» . Научные отчеты . 7 (1): 9845. Бибкод : 2017НатСР...7.9845Г . дои : 10.1038/s41598-017-10231-2 . ПМЦ   5575248 . ПМИД   28852143 .
  93. ^ Перейти обратно: а б с д Цирри, Эмилио; Понерт, Георг (2019). «Взаимодействие водорослей и бактерий, которые балансируют планктонный микробиом» . Новый фитолог . 223 (1): 100–106. дои : 10.1111/nph.15765 . ПМИД   30825329 .
  94. ^ Немергут, Диана Р.; Шмидт, Стивен К.; Фуками, Тадаши; О'Нил, Шон П.; Билински, Тереза ​​М.; Стэниш, Ли Ф.; Кнельман, Джозеф Э.; Дарси, Джон Л.; Линч, Райан С.; Вики, Филипп; Ферренберг, Скотт (2013). «Закономерности и процессы сборки микробного сообщества» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 77 (3): 342–356. дои : 10.1128/MMBR.00051-12 . ПМЦ   3811611 . ПМИД   24006468 .
  95. ^ Дини-Андреоте, Франциско; Стеген, Джеймс С.; Ван Эльзас, Ян Дирк; Саллес, Жоана Фалькао (2015). «Распутывание механизмов, которые обеспечивают баланс между стохастическими и детерминированными процессами в микробной последовательности» . Труды Национальной академии наук . 112 (11): Е1326–Е1332. Бибкод : 2015PNAS..112E1326D . дои : 10.1073/pnas.1414261112 . ПМК   4371938 . ПМИД   25733885 .
  96. ^ Вьен, DM; Рефрегье, Г.; Лопес-Вильявисенсио, М.; Телье, А.; Худ, МЭ; Жиро, Т. (2013). «Совместное видообразование против видообразования со сменой хозяина: методы тестирования, данные естественных ассоциаций и связь с коэволюцией» . Новый фитолог . 198 (2): 347–385. дои : 10.1111/nph.12150 . ПМИД   23437795 .
  97. ^ Пик, А.С.; Фельдман, РА; Лутц, РА; Вриенгук, Р.К. (1998). «Совместное видообразование хемоавтотрофных бактерий и глубоководных моллюсков» . Труды Национальной академии наук . 95 (17): 9962–9966. Бибкод : 1998PNAS...95.9962P . дои : 10.1073/pnas.95.17.9962 . ПМК   21444 . ПМИД   9707583 .
  98. ^ Лантербек, Дебора; Роуз, Грей В.; Экхаут, Игорь (2010). «Доказательства ковидообразования в системе хозяин-симбионт с участием криноидей (Echinodermata) и их облигатных партнеров, мизостомид (Myzostomida, Annelida)». Молекулярная филогенетика и эволюция . 54 (2): 357–371. дои : 10.1016/j.ympev.2009.08.011 . ПМИД   19686859 .
  99. ^ Заневельд, Джесси Р.; МакМиндс, Райан; Вега Тербер, Ребекка (2017). «Стресс и стабильность: применение принципа Анны Карениной к микробиомам животных». Природная микробиология . 2 (9): 17121. doi : 10.1038/nmicrobiol.2017.121 . ПМИД   28836573 . S2CID   37180263 .
  100. ^ Эффект Распутина: когда комменсалы и симбионты становятся паразитическими . Достижения экологической микробиологии. Том. 3. 2016. doi : 10.1007/978-3-319-28170-4 . ISBN  978-3-319-28168-1 . S2CID   7567999 .
  101. ^ Иган, Сухелен; Гардинер, Мелисса (2016). «Микробный дисбиоз: переосмысление болезней в морских экосистемах» . Границы микробиологии . 7 : 991. дои : 10.3389/fmicb.2016.00991 . ПМЦ   4914501 . ПМИД   27446031 .
  102. ^ Бейкер, Дэвид М.; Фриман, Кристофер Дж.; Вонг, Джейн Сай; Фогель, Мэрилин Л.; Ноултон, Нэнси (2018). «Изменение климата способствует паразитизму в коралловом симбиозе» . Журнал ISME . 12 (3): 921–930. дои : 10.1038/s41396-018-0046-8 . ПМК   5864192 . ПМИД   29379177 .
  103. ^ Белл, Джеймс Дж.; Ровеллини, Альберто; Дэви, Саймон К.; Тейлор, Майкл В.; Фултон, Элизабет А.; Данн, Мэтью Р.; Беннетт, Холли М.; Кандлер, Нора М.; Лютер, Хайди М.; Вебстер, Николь С. (2018). «Изменения климата, влияющие на доминирование экосистемы: как могут функционировать рифы, в которых преобладают губки?» (PDF) . Экология . 99 (9): 1920–1931. дои : 10.1002/ecy.2446 . ПМИД   29989167 . S2CID   51609262 .

Дальнейшие ссылки

[ редактировать ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Marine_holobiont&oldid=1195831007"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 7b76615693654535796b82be35ad2a52__1705316280
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/7b/52/7b76615693654535796b82be35ad2a52.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Marine holobiont - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)