✖


Jump to content

Морской микробиом

Взаимоотношения морских животных-хозяина и микробиома
Обычно считается, что отношения существуют в симбиотическом состоянии и обычно подвергаются воздействию факторов окружающей среды и животных, которые могут вызывать естественные вариации. Некоторые события могут превратить отношения в функционирующее, но измененное симбиотическое состояние, тогда как экстремальные стрессовые события могут вызвать дисбактериоз или разрыв отношений и взаимодействий. [1]

Все животные на Земле образуют ассоциации с микроорганизмами, включая простейших, бактерии, археи, грибы и вирусы. В океане взаимоотношения животных и микробов исторически исследовались в системах с одним хозяином-симбионтом. Тем не менее, новые исследования разнообразия морских микроорганизмов, связанных с разнообразными морскими животными -хозяевами, продвигают область исследований, изучающих взаимодействие между животным-хозяином и более многочленным микробиомом . Потенциал микробиомов влиять на здоровье, физиологию, поведение и экологию морских животных может изменить нынешние представления о том, как морские животные адаптируются к изменениям, и особенно к растущим изменениям, связанным с климатом и антропогенным воздействием, которые уже влияют на окружающую среду океана. [1]

В океанах сложно найти эукариотические организмы , которые не живут в тесной связи с микробным партнером. Микробиомы, связанные с хозяином, также влияют на биогеохимический цикл внутри экосистем, оказывая каскадное воздействие на биоразнообразие и экосистемные процессы. В настоящее время изучаются микробиомы разнообразных морских животных: от простых организмов, включая губки и гребневики, до более сложных организмов, таких как асцидии и акулы .

Фон

[ редактировать ]
Часть серии о
Микробиомы
Растительные микробиомы
Морские микробиомы
Микробиомы человека
Другие микробиомы
Микробиота
Голобионты
Виромы
Связанный
Проекты
Смотрите также: Морской микробный симбиоз.
Глубоководное гидротермальное отверстие
Гигантские трубчатые черви питаются симбиотическими бактериями в средней кишке.
Глубоководная мидия Bathymodiolus childressi зависит от внутриклеточных метанотрофных бактерий в своих жабрах как источника углерода.

Среди огромного биологического разнообразия , населяющего мировые океаны, было бы сложно найти эукариотический организм , который не жил бы в тесной связи с микробным партнером . [2] Такие симбиозы , т. е. устойчивые взаимодействия между хозяином и микробом, при которых ни один из партнеров не страдает, а хотя бы один из них получает пользу, распространены повсеместно — от мелких рифов до глубоководных гидротермальных источников . Исследования кораллов , [3] губки , [4] и моллюски  [5] [6] [7] выявили некоторые чрезвычайно важные симбиотические роли, которые микробы играют в жизни своих хозяев. Однако эти исследования, как правило, были сосредоточены на небольшом количестве конкретных микробных таксонов. Напротив, большинство хозяев сохраняют группы из многих сотен различных микробов (т. е. микробиом , [8] [9] которые сами по себе могут изменяться на протяжении онтогенеза хозяина и в результате возмущений окружающей среды. [10] [11] [12] Вместо того, чтобы ассоциированные с хозяином микробы функционировали независимо, сложные многосоставные микробиомы оказывают большое влияние на приспособленность и функции своих хозяев. Изучать эти сложные взаимодействия и биологические последствия сложно, но для понимания происхождения и эволюции организмов и популяций, а также структуры и функций сообществ и экосистем необходимо углубить понимание симбиозов в системах хозяин-микробиом. [13] [14] [2]

Существует множество нерешенных вопросов в экологии и эволюции, которые можно было бы решить путем расширения филогенетического и экологического диапазона исследований микробиома, связанного с хозяином, включая все возможные взаимодействия в микробиоме. Имеются убедительные эмпирические данные и новый консенсус в отношении того, что биоразнообразие (т.е. богатство видов и их взаимодействие) повсеместно влияет на функционирование экосистем Земли, включая продуктивность экосистем. [15] [16] Однако эти исследования были сосредоточены почти исключительно на макроорганизмах. Поскольку микробные симбионты являются неотъемлемой частью большинства живых организмов, [11] [17] Необходимо расширить понимание того, как микробные симбионты способствуют продуктивности и адаптивности хозяина. [2]

Основы продуктивных экосистем

[ редактировать ]
Возможная динамика в симбиозе с водными инфузориями в качестве хозяина
Черный кружок: макронуклеус, белый большой кружок: пищевые вакуоли, зеленые кружочки: фототрофы, коричневые кружочки: хемоавтотрофы, желтые овалы: гетеротрофные прокариоты.

Инженеры экосистем , такие как многие виды кораллов, глубоководные мидии и трубчатые черви гидротермальных источников , вносят вклад в первичную продуктивность и создают структурные среды обитания и питательные ресурсы, которые являются основой соответствующих экосистем. [18] Все эти таксоны вступают в мутуалистический пищевой симбиоз с микробами. Существует множество примеров морского пищевого мутуализма, при котором микробы позволяют хозяевам использовать ресурсы или субстраты, которые в противном случае были бы недоступны только хозяину. Такие симбиозы были подробно описаны в редуцированных и бескислородных отложениях (например, моллюски-люциниды , стильбонематидные нематоды и бескишечные олигохеты ) и гидротермальных источниках (например, гигантский трубчатый червь или глубоководные мидии ). [19] Более того, многие основополагающие виды морских макроводорослей являются витаминными ауксотрофами (например, половина из более чем 300 обследованных видов неспособна синтезировать кобаламин ), и их продуктивность зависит от обеспечения их эпифитными бактериями. [20] Рифы часто состоят из каменистых кораллов , одного из самых известных примеров мутуалистического симбиоза, в котором динофлагеллятовые водоросли Symbiodiniaceae снабжают коралл глюкозой , глицерином и аминокислотами , в то время как коралл обеспечивает водорослям защищенную среду и ограничивает соединения (например, виды азота), необходимые для фотосинтеза. Однако это классический пример мутуалистического симбиоза, чувствительного к нарушениям окружающей среды, которые могут нарушить хрупкие взаимодействия между хозяином и микробом. Когда рифы становятся теплыми и эвтрофными, мутуалистические Symbiodiniaceae могут вызывать повреждение клеток хозяина и/или изолировать больше ресурсов для собственного роста, тем самым нанося вред хозяевам и паразитируя на них. [21] [22] Рифовые рыбы , которые ищут дом на коралловых рифах , играют важную роль в восстановлении кораллов после их беспокойства. Бактерии Epulopiscium в кишечнике рыб-хирургов производят ферменты, которые позволяют их хозяевам переваривать сложные полисахариды , позволяя рыбе-хозяину питаться жесткими кожистыми красными и коричневыми макроводорослями. [23] Эта трофическая инновация способствовала диверсификации ниш коралловых рифов среди травоядных животных . Рыбы-хирурги имеют решающее значение для функционирования коралловых рифов Индо-Тихоокеанского региона, поскольку они являются одними из немногих рыб, способных потреблять крупные макроводоросли, которые цветут в результате нарушения экосистемы и подавляют восстановление кораллов. [24] [2]

Бескишечный червь Olavius ​​algarvensis зависит от симбиотических бактерий, живущих под его кутикулой, в качестве источника пищи. Бактерии ответственны за ярко-белый вид червей.

Наряду с более стандартными примерами пищевого симбиоза у животных, недавние достижения в технологии секвенирования генома привели к открытию многих эндосимбиотических ассоциаций у морских простейших (простейший — это общий термин для обозначения немонофилетической коллекции одноклеточных эукариот , которые не являются грибы или в группе Plantae ) Они иллюстрируют включение эндосимбионтами в простейших-хозяев различных новых биохимических функций, таких как фотосинтез, фиксация и рециркуляция азота, а также метаногенез. [25] Эндосимбиоз у простейших широко распространен и представляет собой важный источник инноваций. Регулярно обнаруживаются ранее непризнанные метаболические инновации морских микробных симбиозов, имеющие экологическое значение. [26] Например, Candidatus Kentron (клада Gammaproteobacteria , обнаруженная в сочетании с инфузориями ) питает своих инфузорных хозяев из рода Kentroporos и перерабатывает ацетат и пропионат , которые являются малоценными клеточными отходами своих хозяев, в биомассу . [27] Другой пример — анаэробная морская инфузория Strombidium purpureum . [28] Инфузория живет в анаэробных условиях и является средой обитания эндосимбиотических пурпурных несерных бактерий , которые содержат как бактериохлорофилл а, так и спириллоксантин. Эндосимбионты фотосинтетически активны; следовательно, этот симбиоз представляет собой эволюционный переход аэробного организма в анаэробный с включением органелл . [2]

Размножение и развитие хозяина

[ редактировать ]
Часть серии обзоров по
Морская жизнь

Выйдя за рамки пищевого симбиоза, микробные симбионты могут изменять воспроизводство, развитие и рост своих хозяев. Специфические бактериальные штаммы в морских биопленках часто напрямую контролируют привлечение планктонных личинок и размножений, либо подавляя расселение, либо служа сигналом расселения. [29] [30] Например, заселение зооспор зеленой водоросли Ulva кишечной на биопленки специфических бактерий опосредовано их притяжением к кворум-чувствительной молекуле, ацил-гомосерин-лактону, секретируемому бактериями. [31] Классические примеры зависимости развития морского хозяина от микроба включают наблюдение, что культуры водорослей, выращенные изолированно, демонстрируют аномальную морфологию. [32] и последующее открытие соединений, индуцирующих морфогенез, таких как таллузин, секретируемых эпифитными бактериальными симбионтами. [33] Известно также, что бактерии влияют на рост морских растений, макроводорослей и фитопланктона, секретируя фитогормоны, такие как индолуксусная кислота и гормоны цитокининового типа. [34] [35] [36] У морской хоанофлагелляты Salpingoeca Rosetta как многоклеточность, так и размножение запускаются специфическими бактериальными сигналами, что позволяет взглянуть на истоки бактериального контроля над развитием животных (обзор Возницы и Кинга. [37] В свою очередь, выгода для бактерий заключается в том, что они получают физическое пространство для колонизации в определенных точках толщи воды, обычно доступное только для планктонных микробов. Пожалуй, наиболее изученным примером тесного взаимодействия хозяина и микроба, контролирующего развитие животных, являются скопы гавайского бобтейла Euprymna. [38] Он живет в мутуалистическом симбиозе с биолюминесцентными бактериями Aliivibrio fischeri. Бактерии получают от хозяина раствор сахаров и аминокислот и, в свою очередь, обеспечивают биолюминесценцию для противозатенения и предотвращения хищников. [7] Этот мутуализм с микробами обеспечивает кальмарам селективное преимущество во взаимодействиях хищник-жертва. Другой пример беспозвоночных можно найти у трубчатых червей, у которых метаморфоз Hydroides elegans опосредован бактериальным индуктором и передачей сигналов митоген-активируемой протеинкиназы (MAPK) в биопленках. [39] [2]

Биообрастание и собрание микробного сообщества

[ редактировать ]
Некоторые морские животные и связанные с ними микробиомы
(A) кальмар гавайского бобтейла и (B) ПЭМ клеток Vibrio fischeri, связанных с плотными микроворсинками (MV) и вблизи эпителиального ядра (N) внутри светового органа.
(C) рифообразующий коралл Stylophora pistillata и (D) микроскопическое изображение клеток Endozoicomonas (зондированных на желтый цвет с помощью гибридизации in situ) в щупальцах хозяина S. pistillata .
(E) атлантический киллифиш и (F) СЭМ- изображение поверхности и чешуи рыбы со стрелками, указывающими на клетки бактериального размера, а более крупные клетки (которые не отмечены) предположительно представляют собой фитопланктон.
(G) прорыв горбатого кита и (H) СЭМ-изображение бактерий, связанных с поверхностью кожи горбатого кита, со стрелками, указывающими две разные морфологии клеток. [1]

Некоторые микробы, ассоциированные с хозяином, производят соединения, которые предотвращают биообрастание и регулируют сборку и поддержание микробиома у многих морских организмов, включая губки, макроводоросли и кораллы. [40] [41] Например, тропические кораллы содержат в своем поверхностном слое слизи разнообразные бактерии, которые производят ингибиторы чувства кворума и другие антибактериальные соединения в качестве защиты от колонизации и заражения потенциальными микробными патогенами. [3] Эпифитные бактерии морских макроводорослей выделяют разнообразный химический арсенал, способный избирательно формировать дальнейшую бактериальную колонизацию и сдерживать заселение морскими беспозвоночными, обрастающими биообрастанием, такими как мшанки. [34] [42] Как и в случае с кораллами, эти разнообразные соединения, секретируемые микробами, включают не только бактерицидные и бактериостатические антибиотики, но также такие соединения, как галогенированные фураноны, циклические дипептиды и имитаторы ацил-гомосерин-лактона, которые нарушают ощущение бактериального кворума и ингибируют образование биопленок. [43] Бактерии, вероятно, способны использовать богатые углеродом экссудаты своих хозяев. [44] [45] Например, в случае гигантской бурой водоросли около 20% первичной продукции выделяется в виде растворенного органического углерода. [45] Хотя эти предыдущие примеры иллюстрируют, как микробиомы могут защищать хозяев от поверхностной колонизации, аналогичный феномен также наблюдался внутри корабельного червя Bankia setacea, у которого симбионты производят борированный антибиотик тартролон , который, как считается, защищает слепую кишку, переваривающую древесину, от бактериальных загрязнений. [46] Производя противомикробные соединения, эти микробы способны защищать свою нишу, не позволяя другим организмам вытеснить их. [2]

Биогеохимический циклизм

[ редактировать ]
Смотрите также: Морской биогеохимический цикл.

Микробиомы, связанные с хозяином, также влияют на биогеохимический цикл внутри экосистем, оказывая каскадное воздействие на биоразнообразие и экосистемные процессы. Например, микробные симбионты составляют до 40% биомассы губок-хозяев. [47] С помощью процесса, называемого «губчатой ​​петлей», они преобразуют растворенный органический углерод, выделяемый рифовыми организмами, в твердые частицы органического углерода , которые могут потребляться гетеротрофными организмами. [4] Наряду с мутуализмом кораллов и Symbiodiniaceae, этот симбиоз губок и бактерий помогает объяснить парадокс Дарвина, то есть то, как высокопродуктивные экосистемы коралловых рифов существуют в олиготрофных тропических морях. Некоторые симбионты губок играют значительную роль в круговороте морского фосфора, связывая питательные вещества в виде гранул полифосфата в тканях своего хозяина. [48] и круговорот азота, например, посредством нитрификации, денитрификации и окисления аммиака. [4] [41] ]. Многие бактерии, ассоциированные с макроводорослями, специально адаптированы к расщеплению сложных полисахаридов водорослей (например, фукоидана, порфирана и ламинарина). [49] [50] ) и изменить как качество, так и количество органического углерода, поступающего в экосистему. [44] [51] Эндосимбионты жабр люцинид, окисляющие серу, способствуют первичной продуктивности посредством хемосинтеза и способствуют росту морских трав (важных основных видов) за счет снижения концентрации сульфидов в тропических отложениях. [52] Недавно также было показано, что гаммапротеобактериальные симбионты моллюсков-люцинид и стильбонематидных нематод способны к фиксации азота (геномы бактериальных симбионтов кодируют и экспрессируют гены нитрогеназы, [53] подчеркивая роль симбиотических микробов в круговороте питательных веществ в мелководных морских системах. [2]

Эти примеры демонстрируют важность микробных симбиозов для функционирования океанических экосистем. Понимание симбиозов с таким же уровнем детализации в контексте сложных сообществ (т.е. целых микробиомов) остается актуальным для исследования и, действительно, требует более интегрированной структуры из областей микробиологии, эволюционной биологии, экологии сообществ и океанографии. Отдельные таксоны в микробиоме могут помочь хозяевам противостоять широкому спектру условий окружающей среды, в том числе прогнозируемым в рамках сценариев изменения климата. Далее мы исследуем два разных направления того, как междисциплинарное сотрудничество может продвинуть это направление исследований. [2]

Примеры

[ редактировать ]
Отношения между кораллами и их микробными симбионтами [54]

В настоящее время изучаются микробиомы разнообразных морских животных, от простых организмов, включая губки. [55] и гребневики [56] к более сложным организмам, таким как морские асцидии [57] и акулы. [58] [1]

Отношения между гавайским бобтейлом и биолюминесцентной бактерией Aliivibrio fischeri являются одними из наиболее изученных симбиотических отношений в море и представляют собой систему выбора для общих исследований симбиоза. Эти отношения позволили понять фундаментальные процессы в симбиозах животных и микробов, и особенно биохимические взаимодействия и передачу сигналов между хозяином и бактерией. [59] [60] [1]

Бескишечный морской -олигохета червь Olavius ​​algarvensis — еще один относительно хорошо изученный морской хозяин микробов. Эти трехсантиметровые черви обитают в неглубоких морских отложениях Средиземного моря. У червей нет рта, пищеварительной или выделительной системы, а вместо этого они питаются с помощью набора внеклеточных бактериальных эндосимбионтов, которые живут за счет скоординированного использования серы, присутствующей в окружающей среде. [61] В этой системе используются некоторые из самых сложных инструментов омики и визуализации. [62] Например, зондирование с несколькими метками улучшило визуализацию микробиома. [63] а транскриптомика и протеомика применялись для изучения взаимодействий хозяина и микробиома, включая передачу энергии между хозяином и микробами. [64] и распознавание консорциумов врожденной иммунной системой червя. [65] Основное преимущество этой системы заключается в том, что она дает возможность изучать взаимодействия хозяина и микробиома с микробным консорциумом с низким разнообразием, а также предлагает ряд геномных ресурсов хозяина и микробов. [62] [66] [1]

Кораллы

[ редактировать ]
Филогенетическое дерево, представляющее бактериальные OTU из библиотек клонов и секвенирования следующего поколения . OTU из секвенирования следующего поколения отображаются, если OTU содержала более двух последовательностей в неразреженной таблице OTU (3626 OTU). [67]

Кораллы являются одним из наиболее распространенных примеров животных-хозяев, чей симбиоз с микроводорослями может превратиться в дисбиоз, что визуально проявляется в обесцвечивании. Коралловые микробиомы изучались в различных исследованиях, которые демонстрируют, как изменения в океанской среде, особенно температура, свет и неорганические питательные вещества, влияют на численность и продуктивность симбионтов микроводорослей, а также на кальцификацию и физиологию хозяина. [68] [69] [1]

Исследования также показали, что резидентные бактерии, археи и грибы дополнительно способствуют круговороту питательных веществ и органических веществ внутри коралла, а вирусы также, возможно, играют роль в структурировании состава этих членов, что дает один из первых проблесков многообразия. домен морских животных симбиоз. [70] Гаммапротеобактерия Endozoicomonas . становится центральным членом микробиома коралла и ведет гибкий образ жизни [71] [72] Учитывая недавнее массовое обесцвечивание рифов, [73] кораллы, вероятно, останутся полезной и популярной системой для исследования симбиоза и дисбиоза. [1]

Astrangia poculata , северный звездчатый коралл, представляет собой каменистый коралл умеренного пояса , широко встречающийся вдоль восточного побережья Соединенных Штатов. Коралл может жить как с зооксантеллами (водорослевыми симбионтами), так и без них, что делает его идеальным модельным организмом для изучения взаимодействий микробного сообщества, связанных с симбиотическим состоянием. Однако возможность разработки праймеров и зондов для более специфичного воздействия на ключевые микробные группы затруднена из-за отсутствия полноразмерных последовательностей 16S рРНК , поскольку последовательности, полученные с помощью платформы Illumina, имеют недостаточную длину (около 250 пар оснований) для создания праймеры и зонды. [74] В 2019 году Голдсмит и др. продемонстрировали, что секвенирование по Сэнгеру способно воспроизводить биологически значимое разнообразие, обнаруженное с помощью более глубокого секвенирования следующего поколения , а также создавать более длинные последовательности, полезные исследовательскому сообществу для разработки зондов и праймеров (см. Диаграмму справа). [75]

Губки

[ редактировать ]
Основная статья: Микробиомы губок

Губки являются обычными представителями разнообразных донных сред обитания в океане, и их численность и способность фильтровать большие объемы морской воды привели к осознанию того, что эти организмы играют решающую роль во влиянии на бентосные и пелагические процессы в океане. [76] Они являются одной из старейших линий животных и имеют относительно простое строение тела, которое обычно ассоциируется с бактериями, архей, водорослями-протистами, грибами и вирусами. [4] Микробиомы губок состоят из специалистов и специалистов широкого профиля, и сложность их микробиома, по-видимому, определяется филогенией хозяина. [77] Исследования показали, что микробиом губок способствует круговороту азота в океанах, особенно за счет окисления аммиака архей и бактерий. [78] [79] Совсем недавно было показано, что микробные симбионты тропических губок производят и запасают гранулы полифосфата. [80] возможно, позволяя хозяину пережить периоды истощения фосфатов в олиготрофной морской среде. [81] Микробиомы некоторых видов губок действительно меняются в структуре сообщества в ответ на изменение условий окружающей среды, включая температуру. [82] и закисление океана, [83] [84] а также синергетический эффект. [85]

Сбор образца удара синего кита с помощью дрона-вертолета [86]

Китообразные

[ редактировать ]
Основная статья: Микробиом китообразных
Относительная численность классов бактерий, выявленных в пробах китового дыхания, воздухе и морской воде. [87]

Доступ к образцам микробов из кишечника морских млекопитающих ограничен, поскольку большинство видов являются редкими, исчезающими и ныряют на большие глубины. Существуют различные методы отбора проб микробиома кишечника китообразных. Наиболее распространенным является сбор образцов фекалий из окружающей среды и взятие зонда из незагрязненного центра. [88] Кроме того, есть исследования с ректальных мазков и редкие исследования с мертвых или живых животных прямо из кишечника. [89] [90] [91]

Самый внешний эпидермальный слой, то есть кожа, является первым барьером, защищающим человека от внешнего мира, а эпидермальный микробиом на нем считается индикатором не только здоровья животного, но и экологическим индикатором, показывающим состояние окружающей среды. Знание микробиома кожи морских млекопитающих в «нормальных» условиях позволило нам понять, чем эти сообщества отличаются от свободных микробных сообществ, обнаруженных в море, и как они могут меняться в зависимости от абиотических и биотических вариаций, а также « Сообщества различаются между здоровыми и больными людьми» . [92]

Китообразные находятся в опасности, поскольку на них воздействуют многочисленные стрессовые факторы, которые делают их более уязвимыми к различным заболеваниям. Было отмечено, что эти животные демонстрируют высокую восприимчивость к инфекциям дыхательных путей, но об их респираторном микробиоме известно очень мало. Следовательно, отбор проб выдыхаемого воздуха или «вдоха» китообразных может дать оценку состояния здоровья. Удар состоит из смеси микроорганизмов и органического материала , включая липиды , белки и клеточный мусор, образующийся из слизистой оболочки дыхательных путей, которые при попадании в относительно более прохладный наружный воздух конденсируются с образованием видимой массы пара, которая может собрано. Существуют различные методы сбора проб выдыхаемого воздуха, один из последних — использование воздушных дронов. Этот метод обеспечивает более безопасную, тихую и менее инвазивную альтернативу, а зачастую и экономически эффективный вариант мониторинга фауны и флоры. После получения пробы доставляются в лабораторию, и мы приступаем к амплификации и секвенированию микробиоты дыхательных путей. Использование воздушных дронов оказалось более успешным для крупных китообразных из-за низкой скорости плавания и большего размера ударов. [87] [93] [94] [95] [96] [86] [97] [98] [99]

Морские холобионты

[ редактировать ]
Основная статья: Морской холобионт

Кораллы, строящие рифы, представляют собой холобионты, которые включают сам коралл (эукариотические беспозвоночные класса Anthozoa ), фотосинтезирующие динофлагелляты, называемые зооксантеллами ( Symbiodinium ), и связанные с ними бактерии и вирусы. [100] Существуют модели коэволюции коралловых микробных сообществ и филогении кораллов. [101]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Jump up to: а б с д и ж г час Апприл, А. (2017) «Микробиомы морских животных: к пониманию взаимодействия хозяина и микробиома в меняющемся океане». Границы морской науки , 4 : 222. два : 10.3389/fmars.2017.00222 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  2. ^ Jump up to: а б с д и ж г час я Уилкинс Л.Г., Лерей М., О'Ди А., Юэнь Б., Пейшото Р.С., Перейра Т.Дж. и др. (2019). «Связанные с хозяином микробиомы определяют структуру и функционирование морских экосистем» . ПЛОС Биология . 17 (11): e3000533. дои : 10.1371/journal.pbio.3000533 . ПМК   6874084 . ПМИД   31710600 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  3. ^ Jump up to: а б Кредит CJ, Ричи КБ, Пол В.Дж., Теплицкий М (2013). «Микроорганизмы, связанные с кораллами, и их роль в укреплении здоровья кораллов и предотвращении болезней» . Труды Королевского общества B: Биологические науки . 280 (1755). дои : 10.1098/rspb.2012.2328 . ПМЦ   3574386 . ПМИД   23363627 .
  4. ^ Jump up to: а б с д Вебстер Н.С., Томас Т. (2016). «Губка гологеном» . мБио . 7 (2): e00135-16. дои : 10.1128/mBio.00135-16 . ПМК   4850255 . ПМИД   27103626 .
  5. ^ Дистел Д.Л., Делонг Э.Ф., Уотербери Дж.Б. (1991). «Филогенетическая характеристика и локализация in situ бактериального симбионта корабельных червей (Teredinidae: Bivalvia) с использованием анализа последовательности 16S рРНК и гибридизации олигодезоксинуклеотидных зондов» . Прикладная и экологическая микробиология . 57 (8): 2376–2382. Бибкод : 1991ApEnM..57.2376D . дои : 10.1128/АЕМ.57.8.2376-2382.1991 . ПМК   183578 . ПМИД   1722662 .
  6. ^ Рюланд С., Блазжак А., Лотт С., Лой А., Эрсеус С., Дюбилье Н. (2008). «Множественные бактериальные симбионты в двух видах одновременно встречающихся бескишечных червей-олигохет из отложений трав Средиземного моря». Экологическая микробиология . 10 (12): 3404–3416. Бибкод : 2008EnvMi..10.3404R . дои : 10.1111/j.1462-2920.2008.01728.x . ПМИД   18764872 .
  7. ^ Jump up to: а б Нихолм С.В., Макфолл-Нгай М. (2004). «Веяние: установление симбиоза кальмара и вибриона». Обзоры природы Микробиология . 2 (8): 632–642. дои : 10.1038/nrmicro957 . ПМИД   15263898 . S2CID   21583331 .
  8. ^ Хаммер Т.Дж., Сандерс Дж.Г., Фирер Н. (2019). «Не всем животным нужен микробиом». Письма FEMS по микробиологии . 366 (10). дои : 10.1093/femsle/fnz117 . ПМИД   31132110 .
  9. ^ Типтон Л., Дарси Дж.Л., Хинсон Н.А. (2019). «Развивающийся симбиоз: обеспечение перекрестного общения между экологами и учеными-микробиомами» . Границы микробиологии . 10 : 292. дои : 10.3389/fmicb.2019.00292 . ПМК   6391321 . ПМИД   30842763 .
  10. ^ Апприл А (2017). «Микробиомы морских животных: к пониманию взаимодействия хозяина и микробиома в меняющемся океане» . Границы морской науки . 4 . дои : 10.3389/fmars.2017.00222 . S2CID   9729436 .
  11. ^ Jump up to: а б Макфолл-Нгай М., Хэдфилд М.Г., Бош Т.С., Кэри Х.В., Домазет-Лошо Т., Дуглас А.Е. и др. (2013). «Животные в бактериальном мире: новый императив для наук о жизни» . Труды Национальной академии наук . 110 (9): 3229–3236. Бибкод : 2013PNAS..110.3229M . дои : 10.1073/pnas.1218525110 . ПМЦ   3587249 . ПМИД   23391737 .
  12. ^ Вебстер Н.С., Тейлор М.В. (2012). «Морские губки и их микробные симбионты: Любовь и другие взаимоотношения» . Экологическая микробиология . 14 (2): 335–346. Бибкод : 2012EnvMi..14..335W . дои : 10.1111/j.1462-2920.2011.02460.x . ПМИД   21443739 .
  13. ^ Азам Ф., Уорден АЗ (2004). «ОКЕАНОГРАФИЯ: микробы, молекулы и морские экосистемы». Наука . 303 (5664): 1622–1624. дои : 10.1126/science.1093892 . ПМИД   15016987 . S2CID   10101482 .
  14. ^ Кавиччиоли Р., Риппл В.Дж., Тиммис К.Н., Азам Ф., Баккен Л.Р., Бэйлис М. и др. (2019). «Предупреждение ученых человечеству: микроорганизмы и изменение климата» . Обзоры природы Микробиология . 17 (9): 569–586. дои : 10.1038/s41579-019-0222-5 . ПМЦ   7136171 . ПМИД   31213707 .
  15. ^ Даффи Дж. Э., Годвин СМ, Кардинале Б. Дж. (2017). «Воздействие биоразнообразия в дикой природе является обычным явлением и столь же сильным, как и ключевые факторы производительности». Природа . 549 (7671): 261–264. Бибкод : 2017Natur.549..261D . дои : 10.1038/nature23886 . ПМИД   28869964 . S2CID   4459856 .
  16. ^ Кардинале Б.Дж., Даффи Дж.Э., Гонсалес А., Хупер Д.Ю., Перрингс С., Венаил П. и др. (2012). «Утрата биоразнообразия и ее влияние на человечество» (PDF) . Природа . 486 (7401): 59–67. Бибкод : 2012Natur.486...59C . дои : 10.1038/nature11148 . ПМИД   22678280 . S2CID   4333166 .
  17. ^ Гулд А.Л., Чжан В., Ламберти Л., Джонс Э.В., Обадиа Б., Корасидис Н. и др. (2018). «Взаимодействие микробиома формирует приспособленность хозяина» . Труды Национальной академии наук . 115 (51): Е11951–Е11960. Бибкод : 2018PNAS..11511951G . дои : 10.1073/pnas.1809349115 . ПМК   6304949 . ПМИД   30510004 .
  18. ^ Зееманн Дж., Ингст А., Стюарт-Смит Р.Д., Эдгар Г.Дж., Алтьери А.Х. (2018). «Важность губок и мангровых зарослей в поддержке рыбных сообществ деградировавших коралловых рифов в Карибской Панаме» . ПерДж . 6 : е4455. дои : 10.7717/peerj.4455 . ПМЦ   5878927 . ПМИД   29610704 .
  19. ^ о'Брайен П.А., Вебстер Н.С., Миллер Д.Д., Борн Д.Г. (2019). «Коэволюция хозяина и микроба: применение данных модельных систем к сложным холобионтам морских беспозвоночных» . мБио . 10 (1). дои : 10.1128/mBio.02241-18 . ПМК   6428750 . ПМИД   30723123 .
  20. ^ Крофт М.Т., Лоуренс А.Д., Ро-Дири Э., Уоррен М.Дж., Смит А.Г. (2005). «Водоросли приобретают витамин B12 посредством симбиотических отношений с бактериями». Природа . 438 (7064): 90–93. Бибкод : 2005Natur.438...90C . дои : 10.1038/nature04056 . ПМИД   16267554 . S2CID   4328049 .
  21. ^ Куигли К.М., Бэй Л.К., Уиллис Б.Л. (2018). «Использование новых знаний о регулировании сообщества Symbiodinium кораллов для сохранения и восстановления рифов». Серия «Прогресс в области морской экологии» . 600 : 245–253. Бибкод : 2018MEPS..600..245Q . дои : 10.3354/meps12652 . S2CID   90469901 .
  22. ^ Бейкер Д.М., Фриман С.Дж., Вонг Дж.К., Фогель М.Л., Ноултон Н. (2018). «Изменение климата способствует паразитизму в коралловом симбиозе» . Журнал ISME . 12 (3): 921–930. Бибкод : 2018ISMEJ..12..921B . дои : 10.1038/s41396-018-0046-8 . ПМК   5864192 . ПМИД   29379177 .
  23. ^ Нгуги Д.К., Мияке С., Кэхилл М., Вину М., Хакманн Т.Дж., Блом Дж. и др. (2017). «Геномная диверсификация гигантских кишечных симбионтов отражает образ жизни хозяина» . Труды Национальной академии наук . 114 (36): E7592–E7601. Бибкод : 2017PNAS..114E7592N . дои : 10.1073/pnas.1703070114 . ПМЦ   5594648 . ПМИД   28835538 ​​.
  24. ^ Хоуи А.С., Беллвуд ДР (2009). «Ограниченная функциональная избыточность в системе с высоким разнообразием: один вид доминирует в ключевом экологическом процессе на коралловых рифах». Экосистемы . 12 (8): 1316–1328. Бибкод : 2009Ecosy..12.1316H . дои : 10.1007/s10021-009-9291-z . S2CID   42138428 .
  25. ^ Новак ЕС, Мелконян М (2010). «Эндосимбиотические ассоциации внутри простейших» . Философские труды Королевского общества B: Биологические науки . 365 (1541): 699–712. дои : 10.1098/rstb.2009.0188 . ПМК   2817226 . ПМИД   20124339 .
  26. ^ Хиггс Н.Д., Ньютон Дж., Аттрилл М.Дж. (2016). «Карибский промысел лангустов поддерживается трофическими субсидиями от хемосинтетического первичного производства» . Современная биология . 26 (24): 3393–3398. Бибкод : 2016CBio...26.3393H . дои : 10.1016/j.cub.2016.10.034 . hdl : 10026.1/9129 . ПМИД   27939312 . S2CID   14401680 .
  27. ^ Сеа Б.К., Энтони К.П., Хюттель Б., Заржицкий Дж., Шада фон Боржисковски Л., Эрб Т.Дж. и др. (2019). «Сераокисляющие симбионты без канонических генов автотрофной фиксации CO2» . мБио . 10 (3). дои : 10.1128/mBio.01112-19 . ПМК   6593406 . ПМИД   31239380 .
  28. ^ Гаст Р.Дж., Сандерс Р.В., Кэрон Д.А. (2009). «Экологические стратегии протистов и их симбиотические отношения с прокариотными микробами». Тенденции в микробиологии . 17 (12): 563–569. дои : 10.1016/j.tim.2009.09.001 . ПМИД   19828317 .
  29. ^ Хуан Ю, Каллахан С., Хэдфилд М.Г. (2012). «Вербовка в море: бактериальные гены, необходимые для индукции заселения личинок многощетинковых червей» . Научные отчеты . 2 : 228. Бибкод : 2012NatSR...2E.228H . дои : 10.1038/srep00228 . ПМК   3260340 . ПМИД   22355742 . S2CID   14731587 .
  30. ^ Деланной С., Чавес Б.Д., Изон С.А., Уэбб Х.Э., Беутин Л., Делаваль Дж. и др. (2016). «Пересмотр подхода к тестированию STEC: использование espK и espV для повышения надежности обнаружения энтерогеморрагической Escherichia coli (EHEC) в говядине» . Границы микробиологии . 7 : 1. дои : 10.3389/fmicb.2016.00001 . ПМЦ   4722105 . ПМИД   26834723 .
  31. ^ Уиллер Г.Л., Тейт К., Тейлор А., Браунли С., Джойнт I (2006). «Ацил-гомосериновые лактоны модулируют скорость заселения зооспор морской водоросли Ulva кишечной с помощью нового хемокинетического механизма» . Растение, клетка и окружающая среда . 29 (4): 608–618. дои : 10.1111/j.1365-3040.2005.01440.x . ПМИД   17080611 .
  32. ^ Провасоли Л., Пинтнер И.Дж. (1980). «Вызванный бактериями полиморфизм в аксеническом лабораторном штамме Ulva Lactuca (Chlorophyceae)1». Журнал психологии . 16 (2): 196–201. Бибкод : 1980JPcgy..16..196P . дои : 10.1111/j.1529-8817.1980.tb03019.x . S2CID   85817449 .
  33. ^ Мацуо Ю, Имагава Х, Нисидзава М, Сидзури Ю (2005). «Выделение индуктора морфогенеза водорослей из морской бактерии». Наука . 307 (5715): 1598. doi : 10.1126/science.1105486 . ПМИД   15761147 . S2CID   28850526 .
  34. ^ Jump up to: а б Гёке Ф., Лабес А., Визе Дж., Имхофф Дж. Ф. (2010). «Химические взаимодействия морских макроводорослей и бактерий» . Серия «Прогресс в области морской экологии» . 409 : 267–299. Бибкод : 2010MEPS..409..267G . дои : 10.3354/meps08607 .
  35. ^ Амин С.А., Хмело Л.Р., Ван Тол Х.М., Дарем Б.П., Карлсон Л.Т., Хил КР и др. (2015). «Взаимодействие и передача сигналов между космополитическим фитопланктоном и связанными с ним бактериями». Природа . 522 (7554): 98–101. Бибкод : 2015Natur.522...98A . дои : 10.1038/nature14488 . ПМИД   26017307 . S2CID   4462055 .
  36. ^ Селдран Д., Эспиноса Э., Санчес-Амат А., Марин А. (2012). «Влияние эпибиотических бактерий на рост листьев и эпифиты морской травы Posidonia Oceanica» . Серия «Прогресс в области морской экологии» . 456 : 21–27. Бибкод : 2012MEPS..456...21C . дои : 10.3354/meps09672 .
  37. ^ Возница А, Король Н (2018). «Уроки простых морских моделей бактериальной регуляции развития эукариот» . Современное мнение в микробиологии . 43 : 108–116. дои : 10.1016/j.mib.2017.12.013 . ПМК   6051772 . ПМИД   29331767 .
  38. ^ Макфолл-Нгай, MJ (2014). «Важность микробов в развитии животных: уроки симбиоза кальмаров и вибрионов» . Ежегодный обзор микробиологии . 68 : 177–194. doi : 10.1146/annurev-micro-091313-103654 . ПМК   6281398 . ПМИД   24995875 .
  39. ^ Шикума Н.Дж., Антошечкин И., Медейрос Дж.М., Пилхофер М., Ньюман Д.К. (2016). «Пошаговая метаморфоза трубчатого червя Hydroides elegansis, опосредованная бактериальным индуктором и передачей сигналов МАРК» . Труды Национальной академии наук . 113 (36): 10097–10102. Бибкод : 2016PNAS..11310097S . дои : 10.1073/pnas.1603142113 . ПМК   5018781 . ПМИД   27551098 . S2CID   23501584 .
  40. ^ Кредитет С.Дж., Карпиноне Э.М., Ричи К.Б., Теплицкий М. (2013). «Характеристика тегакА-зависимой колонизации поверхности и коралловой слизи условно-патогенным коралловым патогеном Serratia marcescensPDL100» . ФЭМС Микробиология Экология . 84 (2): 290–301. Бибкод : 2013FEMME..84..290K . дои : 10.1111/1574-6941.12064 . ПМИД   23278392 .
  41. ^ Jump up to: а б с Пита Л., Рикс Л., Слаби Б.М., Франке А., Хентшель Ю. (март 2018 г.). «Губка-голобионт в меняющемся океане: от микробов к экосистемам» . Микробиом . 6 (1): 46. дои : 10.1186/s40168-018-0428-1 . ПМЦ   5845141 . ПМИД   29523192 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  42. ^ Стейнберг П.Д., Де Нис Р. (2002). «Химическое опосредование колонизации поверхности морских водорослей1». Журнал психологии . 38 (4): 621–629. Бибкод : 2002JPcgy..38..621S . дои : 10.1046/j.1529-8817.2002.02042.x . S2CID   83963124 .
  43. ^ Добрецов С., Абед Р.М., Теплицкий М. (2013). «Мини-обзор: Ингибирование биообрастания морскими микроорганизмами» . Биологическое обрастание . 29 (4): 423–441. Бибкод : 2013Biofo..29..423D . дои : 10.1080/08927014.2013.776042 . ПМИД   23574279 . S2CID   34459128 .
  44. ^ Jump up to: а б Рид Д.С., Карлсон К.А., Хейлвуд Э.Р., Нельсон Дж.К., Харрер С.Л., Рассвайлер А. и др. (2015). «Схемы и меры контроля производства растворенного органического углерода в масштабах рифов гигантскими водорослями M acrocystispyrifera» . Лимнология и океанография . 60 (6): 1996–2008. Бибкод : 2015LimOc..60.1996R . дои : 10.1002/lno.10154 . S2CID   85962482 .
  45. ^ Jump up to: а б Фоллмерс Дж., Виганд С., Кастер А.К. (2017). «Сравнение и оценка инструментов сборки метагенома с точки зрения микробиолога - не только размер имеет значение!» . ПЛОС ОДИН . 12 (1): e0169662. Бибкод : 2017PLoSO..1269662V . дои : 10.1371/journal.pone.0169662 . ПМЦ   5242441 . ПМИД   28099457 .
  46. ^ Эльшахави С.И., Триндаде-Сильва А.Е., Ханора А., Хан А.В., Флорес М.С., Виццони В. и др. (2013). «Борированный антибиотик тартролон, вырабатываемый симбиотическими бактериями, разлагающими целлюлозу, в жабрах корабельных червей» . Труды Национальной академии наук . 110 (4): E295–E304. дои : 10.1073/pnas.1213892110 . ПМЦ   3557025 . ПМИД   23288898 .
  47. ^ Де Гоэй Дж. М., Ван Овелен Д., Вермей М. Дж., Осинга Р., Мидделбург Дж. Дж., Де Гоэй А. Ф. и др. (2013). «Выживание в морской пустыне: губчатая петля сохраняет ресурсы внутри коралловых рифов». Наука . 342 (6154): 108–110. Стартовый код : 2013Sci...342..108D . дои : 10.1126/science.1241981 . ПМИД   24092742 . S2CID   6720678 .
  48. ^ Колман А.С. (2015). «Губковые симбионты и морской П-цикл» . Труды Национальной академии наук . 112 (14): 4191–4192. Бибкод : 2015PNAS..112.4191C . дои : 10.1073/pnas.1502763112 . ПМЦ   4394276 . ПМИД   25825737 .
  49. ^ Корцетт Ч., Эльшербини Дж., Чиен Д.М., Хехеманн Дж.Х., Хеншель А., Прехейм С.П. и др. (2018). «Эволюция вегетарианского вибриона: метаболическая специализация Vibrio breoganii к субстратам макроводорослей» . Журнал бактериологии . 200 (15). дои : 10.1128/JB.00020-18 . ПМК   6040190 . ПМИД   29632094 .
  50. ^ Бенгтссон М.М., Сьётун К., Сторесунд Дж.Э., Овреас Дж. (2011). «Использование источников углерода, полученных из водорослей, бактериями, ассоциированными с поверхностью водорослей» . Водная микробная экология . 62 (2): 191–199. дои : 10.3354/ame01477 . HDL : 1956/4610 .
  51. ^ Пфистер К.А., Альтабет М.А., Вейгель Б.Л. (2019). «Заросли водорослей и их местное влияние на химический состав морской воды, продуктивность и микробные сообщества». Экология . 100 (10): e02798. Бибкод : 2019Ecol..100E2798P . дои : 10.1002/ecy.2798 . ПМИД   31233610 . S2CID   195355739 .
  52. ^ Ван дер Хайде Т., Говерс Л.Л., Де Фув Дж., Олфф Х., Ван дер Гест М., Ван Катвейк М.М. и др. (2012). «Трехэтапный симбиоз формирует основу экосистем морских водорослей» . Наука . 336 (6087): 1432–1434. Бибкод : 2012Sci...336.1432V . дои : 10.1126/science.1219973 . hdl : 11370/23625acb-7ec0-4480-98d7-fad737d7d4fe . ПМИД   22700927 . S2CID   27806510 .
  53. ^ Петерсен Дж.М., Кемпер А., Грубер-Водика Х., Кардини У., Ван дер Гест М., Кляйнер М. и др. (2017). «Хемосинтезирующие симбионты морских беспозвоночных животных способны к азотфиксации» . Природная микробиология . 2 (1): 16195. doi : 10.1038/nmicrobiol.2016.195 . ПМК   6872982 . ПМИД   27775707 .
  54. ^ Пейшото, Р.С., Росадо, П.М., Лейте, DCDA, Росадо, А.С. и Борн, Д.Г. (2017) «Полезные микроорганизмы для кораллов (BMC): предлагаемые механизмы здоровья и устойчивости кораллов». Границы микробиологии , 8 : 341. два : 10.3389/fmicb.2017.00341 .
  55. ^ Вебстер, Н.С., Негри, А.П., Ботте, Э.С., Лаффи, П.В., Флорес, Ф., Нунан, С., Шмидт, К. и Утик, С. (2016) «Микробы коралловых рифов, связанные с хозяином, реагируют на кумулятивные давление потепления и закисления океана». Научные отчеты , 6 : 19324. дои : 10.1038/srep19324 .
  56. ^ Дэниэлс, К. и Брейтбарт, М. (2012) «Бактериальные сообщества, связанные с гребневиками Mnemiopsis leidyi и Beroe ovata ». FEMS Микробиология Экология , 82 (1): 90–101. дои : 10.1111/j.1574-6941.2012.01409.x .
  57. ^ Блазиак, Л.К., Зиндер, С.Х., Бакли, Д.Х. и Хилл, RT (2014) «Бактериальное разнообразие, связанное с туникой модельной хордовой Ciona кишечной ». Журнал ISME , 8 (2): 309–320. два : 10.1038/ismej.2013.156 .
  58. ^ Гивенс, К.Э., Рэнсом, Б., Бано, Н. и Холлибо, Дж.Т. (2015) «Сравнение кишечных микробиомов 12 костистых рыб и 3 видов акул». Серия достижений морской экологии , 518 : 209–223. два : 10.3354/meps11034 .
  59. ^ Макфолл-Нгай, MJ (2000) «Переговоры между животными и бактериями:« дипломатия »симбиоза кальмара и вибриона». Сравнительная биохимия и физиология , Часть A: Молекулярная и интегративная физиология , 126 (4): 471–480. два : 10.1016/S1095-6433(00)00233-6 .
  60. ^ Макфолл-Нгай, М. (2014) «Разгадка сущности симбиоза: выводы из модели кальмар-вибрион». PLoS Biology , 12 (2): e1001783. дои : 10.1371/journal.pbio.1001783 .
  61. ^ Дюбилье, Н., Мюлдерс, К., Фердельман, Т., де Бир, Д., Пернталер, А., Кляйн, М., Вагнер, М., Эрсеус, К., Тирманн, Ф., Кригер, Дж. и Жир О. (2001) «Эндосимбиотические сульфатредуцирующие и сульфидокисляющие бактерии у олигохетных червей». Природа , 411 (6835): 298–302. дои : 10.1038/35077067 .
  62. ^ Jump up to: а б Войк Т., Тилинг Х., Иванова Н.Н., Хантеманн М., Рихтер М., Глекнер Ф.О., Боффелли Д., Андерсон И.Дж., Бэрри К.В., Шапиро Х.Дж. и Сзето Э. ( 2006) «Понимание симбиоза посредством метагеномного анализа микробного консорциума». Природа , 443 (7114): 950–955. дои : 10.1038/nature05192 .
  63. ^ Шимак, М.П., ​​Кляйнер, М., Ветцель, С., Либеке, М., Дубилье, Н. и Фукс, Б.М. (2016) «MiL-FISH: мультимеченые олигонуклеотиды для флуоресцентной гибридизации in situ улучшают визуализацию бактериальных клеток». Прикладная и экологическая микробиология , 82 (1): 62–70. дои : 10.1128/АЕМ.02776-15 .
  64. ^ Кляйнер, М., Вентруп, К., Лотт, К., Тилинг, Х., Ветцель, С., Янг, Дж., Чанг, Ю.Дж., Шах, М., Верберкмоэс, Северная Каролина, Заржицкий, Дж. и Фукс , Г. (2012) «Метапротеомика бескишечного морского червя и его симбиотического микробного сообщества раскрывает необычные пути использования углерода и энергии». Труды Национальной академии наук , 109 (19): E1173–E1182. дои : 10.1073/pnas.1121198109 .
  65. ^ Випплер, Дж., Кляйнер, М., Лотт, К., Грул, А., Абрахам, П.Е., Джанноне, Р.Дж., Янг, Дж.К., Хеттич, Р.Л. и Дубилье, Н. (2016) «Транскриптомные и протеомные взгляды на врожденный иммунитет и приспособления к симбиотическому образу жизни у бескишечного морского червя Olavius ​​algarvensis ». BMC Genomics , 17 (1): 942. дои : 10.1186/s12864-016-3293-y .
  66. ^ Рюланд, К., Блазежак, А., Лотт, К., Лой, А., Эрсеус, К. и Дюбилье, Н. (2008) «Множественные бактериальные симбионты в двух видах одновременно встречающихся бескишечных червей-олигохет из Средиземного моря». травяные отложения». Экологическая микробиология , 10 (12): 3404–3416. дои : 10.1111/j.1462-2920.2008.01728.x .
  67. ^ Шарп К.Х., Пратте З.А., Кервин А.Х., Ротьян Р.Д., Стюарт Ф.Дж. (2017). «Структурой микробиома коралла Astrangia poculata умеренного пояса управляет сезон, а не состояние симбионта» . Микробиом . 5 (1): 120. дои : 10.1186/s40168-017-0329-8 . ПМК   5603060 . ПМИД   28915923 .
  68. ^ Дубинский З. и Джокиел П.Л. (1994) «Соотношение потоков энергии и питательных веществ регулирует симбиоз между зооксантеллами и кораллами». Pacific Science , 48 (3): 313–324.
  69. ^ Энтони, К.Р., Клайн, Д.И., Диас-Пулидо, Г., Дав, С. и Хоег-Гульдберг, О. (2008) «Закисление океана вызывает обесцвечивание и потерю производительности строителей коралловых рифов». Труды Национальной академии наук , 105 (45): 17442–17446. дои : 10.1073/pnas.0804478105 .
  70. ^ Борн, Д.Г., Морроу, К.М. и Вебстер, Н.С. (2016) «Изучение кораллового микробиома: поддержка здоровья и устойчивости рифовых экосистем». Ежегодный обзор микробиологии , 70 : 317–340. doi : 10.1146/annurev-micro-102215-095440 .
  71. ^ Нив, М.Дж., Апприлль, А., Феррье-Пажес, К. и Вулстра, К.Р. (2016) «Разнообразие и функции распространенных симбиотических морских бактерий рода Endozoicomonas ». Прикладная микробиология и биотехнология , 100 (19): 8315–8324. два : 10.1007/s00253-016-7777-0 .
  72. ^ Нив, М.Дж., Мичелл, К.Т., Аппилл, А. и Вулстра, К.Р. (2017) «Геномы Endozoicomonas обнаруживают функциональную адаптацию и пластичность бактериальных штаммов, симбиотически связанных с различными морскими хозяевами». Научные отчеты , 7 : 40579. дои : 10.1038/srep40579 .
  73. ^ Хьюз, Т.П., Керри, Дж.Т., Альварес-Норьега, М., Альварес-Ромеро, Дж.Г., Андерсон, К.Д., Бэрд, А.Х., Бэбкок, Р.С., Бегер, М., Беллвуд, Д.Р., Беркельманс, Р. и Бридж, ТК (2017) «Глобальное потепление и периодическое массовое обесцвечивание кораллов». Природа , 543 (7645): 373–377. дои : 10.1038/nature21707 .
  74. ^ Ученые Геологической службы США публикуют давно читаемые последовательности микробиома кораллов умеренного пояса, предоставляя сообществу ресурсы для разработки зондов и праймеров , Геологическая служба США , 6 марта 2019 г. Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  75. ^ b Голдсмит Д., a Пратте З., a Келлог С., e Снадер С., h Шарп К. (2019). «Стабильность микробиома коралла Astrangia poculata умеренного пояса отражается в различных методологиях секвенирования» . АИМС Микробиология . 5 (1): 62–76. дои : 10.3934/микробиол.2019.1.62 . ПМК   6646935 . ПМИД   31384703 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  76. ^ Белл, Дж. Дж. (2008) «Функциональная роль морских губок». Эстуарий, Наука о прибрежных зонах и шельфе , 79 (3): 341–353. дои : 10.1016/j.ecss.2008.05.002 .
  77. ^ Томас, Т., Мойтиньо-Сильва, Л., Лурги, М., Бьорк, Дж. Р., Иссон, К., Астудильо-Гарсия, К., Олсон, Дж. Б., Эрвин, П. М., Лопес-Легентиль, С., Лютер , Х. и Чавес-Фоннегра, А. (2016) «Разнообразие, структура и конвергентная эволюция глобального микробиома губок». Природные коммуникации , 7 (1): 1-12. дои : 10.1038/ncomms11870 .
  78. ^ Байер К., Шмитт С. и Хентшель У. (2008) «Физиология, филогения и данные in situ о бактериальных и архейных нитрификаторах в морской губке Aplysina aerophoba ». Экологическая микробиология , 10 (11): 2942–2955. дои : 10.1111/j.1462-2920.2008.01582.x .
  79. ^ Радакс Р., Хоффманн Ф., Рапп Х.Т., Лейнингер С. и Шлепер К. (2012) «Археи, окисляющие аммиак, как основные движущие силы нитрификации в холодноводных губках». Экологическая микробиология , 14 (4): 909_923. дои : 10.1111/j.1462-2920.2011.02661.x .
  80. ^ Чжан Ф., Блазиак, Л.К., Каролин, Дж.О., Пауэлл, Р.Дж., Геддес, К.Д. и Хилл, RT (2015) «Связывание фосфора в форме полифосфата микробными симбионтами в морских губках». Труды Национальной академии наук , 112 (14): 4381–4386. дои : 10.1073/pnas.1423768112 .
  81. ^ Колман, А.С. (2015) «Губковые симбионты и морской P-цикл». Труды Национальной академии наук , 112 (14): 4191–4192. дои : 10.1073/pnas.1502763112 .
  82. ^ Симистер Р., Тейлор М.В., Цай П., Фан Л., Брюснер Т.Дж., Кроу М.Л. и Вебстер Н. (2012) «Реакции на термический стресс в бактериальной биосфере губки Большого Барьерного рифа, Rhopaloeides odorabile . Микробиология окружающей среды , 14 (12): 3232–3246. дои : 10.1111/1462-2920.12010 .
  83. ^ Морроу, К.М., Борн, Д.Г., Хамфри, К., Ботте, Э.С., Лаффи, П., Заневельд, Дж., Утик, С., Фабрициус, К.Э. и Вебстер, Н.С. (2015) «Природные вулканические выходы CO 2 обнаруживают будущие траектории ассоциаций хозяина и микробов в кораллах и губках». Журнал ISME , 9 (4): 894–908. два : 10.1038/ismej.2014.188 .
  84. ^ Рибес М., Кальво Э., Мовилла Дж., Логарес Р., Кома Р. и Пелейеро К. (2016) «Реструктуризация микробиома губок способствует устойчивости к закислению океана . Отчеты по экологической микробиологии , 8 (4): 536–544. дои : 10.1111/1758-2229.12430 .
  85. ^ Лессер, М.П., ​​Фиоре, К., Слэттери, М. и Заневельд, Дж. (2016) «Стрессоры изменения климата дестабилизируют микробиом карибской бочковой губки, Xestospongia muta ». Журнал экспериментальной морской биологии и экологии , 475 : 11–18. дои : 10.1016/j.jembe.2015.11.004 .
  86. ^ Jump up to: а б Асеведо-Уайтхаус К., Роча-Госселин А., Гендрон Д. (апрель 2010 г.). «Новый неинвазивный инструмент для наблюдения за болезнями китов, находящихся на свободном выгуле, и его актуальность для программ сохранения». Охрана животных . 13 (2): 217–225. дои : 10.1111/j.1469-1795.2009.00326.x . S2CID   86518859 .
  87. ^ Jump up to: а б Пиротта В., Смит А., Островски М., Рассел Д., Йонсен И.Д., Греч А. и др. (декабрь 2017 г.). «Экономичный дрон, изготовленный по индивидуальному заказу для оценки здоровья китов» . Границы морской науки . 4 : 425. дои : 10.3389/fmars.2017.00425 .
  88. ^ Сузуки А, Уэда К, Сегава Т, Сузуки М (июнь 2019 г.). «Фекальная микробиота антильского ламантина в неволе Trichechus manatus manatus». Письма FEMS по микробиологии . 366 (11). дои : 10.1093/femsle/fnz134 . ПМИД   31210263 .
  89. ^ Сенал Л., Браммер-Роббинс Э., Уормингтон А.М., Блаха Л., Бисези Дж., Ларкин И. и др. (2021). «Состав и функции микробиома водных позвоночных: мелкие организмы, оказывающие большое влияние на здоровье водных животных» . Границы микробиологии . 12 : 567408. doi : 10.3389/fmicb.2021.567408 . ПМЦ   7995652 . ПМИД   33776947 .
  90. ^ Бик Э.М., Костелло Э.К., Свитцер А.Д., Каллахан Б.Дж., Холмс С.П., Уэллс Р.С. и др. (февраль 2016 г.). «Морские млекопитающие обладают уникальной микробиотой, сформированной морем и в то же время отличной от него» . Природные коммуникации . 7 : 10516. Бибкод : 2016NatCo...710516B . дои : 10.1038/ncomms10516 . ПМЦ   4742810 . ПМИД   26839246 .
  91. ^ Бай С., Чжан П., Линь М., Линь В., Ян З., Ли С. (май 2021 г.). «Микробное разнообразие и структура желудочно-кишечного тракта двух мельных короткоплавниковых гринд (Globicephala macrorhynchus) и карликового кашалота (Kogia breviceps)» . Интегративная зоология . 16 (3): 324–335. дои : 10.1111/1749-4877.12502 . ПМЦ   9292824 . ПМИД   33174288 . S2CID   226302293 .
  92. ^ Апприл А., Муни Т.А., Лайман Э., Симперерт А.К., Раппе М.С. (апрель 2011 г.). «Горбатые киты содержат комбинацию специфических и разнообразных кожных бактерий». Отчеты по экологической микробиологии . 3 (2): 223–232. Бибкод : 2011EnvMR...3..223A . дои : 10.1111/j.1758-2229.2010.00213.x . ПМИД   23761254 .
  93. ^ Апприлл А., Миллер К.А., Мур М.Дж., Дурбан Дж.В., Фернбах Х., Барретт-Леннард Л.Г. (2017). «Обширный основной микробиом китов, пойманных дронами, поддерживает основу для мониторинга здоровья» . mSystems . 2 (5). дои : 10.1128/mSystems.00119-17 . ПМЦ   5634792 . ПМИД   29034331 .
  94. ^ Вендл С., Феррари Б.С., Томас Т., Славич Э., Чжан Э., Нельсон Т. и др. (август 2019 г.). «Межгодовое сравнение основных таксонов и состава сообщества ударной микробиоты горбатых китов Восточной Австралии» . ФЭМС Микробиология Экология . 95 (8). дои : 10.1093/femsec/fiz102 . ПМИД   31260051 .
  95. ^ Джонсон В.Р., Торралба М., Фэйр П.А., Боссарт Г.Д., Нельсон К.Е., Моррис П.Дж. (декабрь 2009 г.). «Новое разнообразие бактериальных сообществ, связанных с верхними дыхательными путями афалин». Отчеты по экологической микробиологии . 1 (6): 555–62. Бибкод : 2009EnvMR...1..555J . дои : 10.1111/j.1758-2229.2009.00080.x . ПМИД   23765934 .
  96. ^ Сентеллеге С., Карраро Л., Гонсалво Дж., Россо М., Эспости Е., Гили С. и др. (2020). «Использование беспилотных летательных аппаратов (БПЛА) для отбора проб микробиома мелких китообразных» . ПЛОС ОДИН . 15 (7): e0235537. Бибкод : 2020PLoSO..1535537C . дои : 10.1371/journal.pone.0235537 . ПМЦ   7332044 . ПМИД   32614926 .
  97. ^ Раверти С.А., Роудс Л.Д., Забек Э., Эшги А., Кэмерон К.Э., Хансон М.Б. и др. (март 2017 г.). «Респираторный микробиом находящихся под угрозой исчезновения южных косаток и микробиота окружающего микрослоя морской поверхности в восточной части северной части Тихого океана» . Научные отчеты . 7 (1): 394. Бибкод : 2017НатСР...7..394Р . дои : 10.1038/s41598-017-00457-5 . ПМЦ   5428453 . ПМИД   28341851 .
  98. ^ Лима Н., Роджерс Т., Асеведо-Уайтхаус К., Браун М.В. (февраль 2012 г.). «Временная стабильность и видовая специфичность бактерий, связанных с дыхательной системой афалин». Отчеты по экологической микробиологии . 4 (1): 89–96. Бибкод : 2012EnvMR...4...89L . дои : 10.1111/j.1758-2229.2011.00306.x . ПМИД   23757234 .
  99. ^ Геохеган Дж.Л., Пиротта В., Харви Э., Смит А., Бухманн Дж.П., Островски М. и др. (июнь 2018 г.). «Вирусологический отбор проб недоступных диких животных с помощью дронов» . Вирусы . 10 (6): 300. дои : 10.3390/v10060300 . ПМК   6024715 . ПМИД   29865228 .
  100. ^ Ноултон Н., Ровер Ф. (октябрь 2003 г.). «Многовидовые микробные мутуализмы на коралловых рифах: хозяин как среда обитания». Американский натуралист . 162 (4 Приложения): S51–62. дои : 10.1086/378684 . ПМИД   14583857 . S2CID   24127308 .
  101. ^ Поллок Ф.Дж., МакМиндс Р., Смит С., Борн Д.Г., Уиллис Б.Л., Медина М. и др. (ноябрь 2018 г.). «Бактерии, ассоциированные с кораллами, демонстрируют филосимбиоз и кофилогению» . Природные коммуникации . 9 (1): 4921. Бибкод : 2018NatCo...9.4921P . дои : 10.1038/s41467-018-07275-x . ПМК   6250698 . ПМИД   30467310 .
  102. ^ Томпсон-младший, Ривера Х.Э., Клосек С.Дж., Медина М. (2014). «Микробы в коралловом холобионте: партнеры в эволюции, развитии и экологических взаимодействиях» . Границы клеточной и инфекционной микробиологии . 4 : 176. дои : 10.3389/fcimb.2014.00176 . ПМК   4286716 . ПМИД   25621279 .
  103. ^ Угарелли К., Чакрабарти С., Лаас П., Стингл У. (декабрь 2017 г.). «Голобионт морской травы и его микробиом» . Микроорганизмы . 5 (4): 81. doi : 10.3390/microorganisms5040081 . ПМЦ   5748590 . ПМИД   29244764 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по [ https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ Международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0.
  104. ^ Кавальканти Г.С., Шукла П., Моррис М., Рибейро Б., Фоли М., Доан М.П. и др. (сентябрь 2018 г.). «Голобионты родолитов в меняющемся океане: взаимодействие хозяина и микробов обеспечивает устойчивость коралловых водорослей в условиях закисления океана» . БМК Геномика . 19 (1): 701. doi : 10.1186/s12864-018-5064-4 . ПМК   6154897 . ПМИД   30249182 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .

Дальнейшие ссылки

[ редактировать ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Marine_microbiome&oldid=1223432674"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 89034692cfbc09468b1238478d4daf39__1715471160
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/89/39/89034692cfbc09468b1238478d4daf39.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Marine microbiome - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)