✖


Jump to content

Проект микробиома человека

Проект микробиома человека (HMP)
Владелец США Национальные институты здравоохранения
Учредил 2007  ( 2007 )
Упразднен 2016  ( 2016 )
Веб-сайт хмпдакк .org

Проект «Микробиом человека» ( HMP США ) — исследовательская инициатива Национальных институтов здравоохранения (NIH), направленная на улучшение понимания микробиоты, вовлеченной в здоровье и болезни человека. Запущенный в 2007 году, [1] первый этап (HMP1) был сосредоточен на идентификации и характеристике микробиоты человека. Второй этап, известный как «Проект интегративного микробиома человека» (iHMP), стартовал в 2014 году с целью создания ресурсов для характеристики микробиома и выяснения роли микробов в здоровье и болезненных состояниях. Программа получила финансирование в размере 170 миллионов долларов от Общего фонда НИЗ с 2007 по 2016 год. [2]

Важными компонентами HMP были независимые от культуры методы характеристики микробного сообщества , такие как метагеномика (которая обеспечивает широкий генетический взгляд на отдельное микробное сообщество), а также обширное полногеномное секвенирование (которое обеспечивает «глубокий» генетический взгляд на определенные микробные сообщества). аспекты данного микробного сообщества, т.е. отдельных видов бактерий). Последние послужили эталонными геномными последовательностями 3000 таких последовательностей отдельных бактериальных изолятов — в настоящее время запланировано — для целей сравнения при последующем метагеномном анализе. В рамках проекта также финансировалось глубокое секвенирование бактериальных последовательностей 16S рРНК , амплифицированных с помощью полимеразной цепной реакции у людей. [3]

Введение

[ редактировать ]
Изображение распространенности различных классов бактерий на выбранных участках кожи человека.

До запуска HMP в популярных средствах массовой информации и научной литературе часто сообщалось, что в организме человека примерно в 10 раз больше микробных клеток и в 100 раз больше микробных генов, чем человеческих клеток; Эта цифра была основана на оценках, согласно которым микробиом человека включает около 100 триллионов бактериальных клеток, а у взрослого человека обычно около 10 триллионов человеческих клеток. [4] В 2014 году Американская академия микробиологии опубликовала FAQ, в котором подчеркнула, что количество микробных клеток и количество клеток человека являются приблизительными, и отметила, что недавние исследования привели к новой оценке количества клеток человека примерно в 37 триллионов клеток. Это означает, что соотношение микробных и человеческих клеток, вероятно, составляет около 3:1. [4] [5] В 2016 году другая группа опубликовала новую оценку соотношения примерно 1:1 (1,3:1, с «неопределенностью 25% и отклонением 53% по сравнению с популяцией стандартных мужчин весом 70 кг»). [6] [7]

Несмотря на ошеломляющее количество микробов в организме человека и на его поверхности, мало что было известно об их роли в здоровье и болезнях человека. Многие из организмов, составляющих микробиом, не были успешно культивированы , идентифицированы или иным образом охарактеризованы. Однако организмы, которые, как считается, встречаются в микробиоме человека, обычно можно отнести к бактериям , членам домена архей , дрожжам и одноклеточным эукариотам , а также к различным гельминтам- паразитам и вирусам , причем последние включают вирусы, которые заражают клеточный микробиом организмов. (например, бактериофаги ). HMP намеревался обнаружить и охарактеризовать микробиом человека, уделяя особое внимание оральной, кожной, вагинальной, желудочно-кишечной и респираторной зонам.

HMP рассмотрит некоторые из самых вдохновляющих, неприятных и фундаментальных научных вопросов сегодняшнего дня. Важно отметить, что у него также есть потенциал разрушить искусственные барьеры между медицинской микробиологией и микробиологией окружающей среды. Есть надежда, что HMP не только определит новые способы определения здоровья и предрасположенности к заболеваниям, но также определит параметры, необходимые для разработки, реализации и мониторинга стратегий целенаправленного манипулирования микробиотой человека, чтобы оптимизировать ее работу в контексте физиологии человека. . [8]

HMP описывается как «логическое концептуальное и экспериментальное продолжение проекта «Геном человека ». [8] В 2007 году HMP был включен в Дорожную карту медицинских исследований НИЗ. [9] как один из Новых Путей к Открытию . Организованная характеристика микробиома человека также проводится на международном уровне под эгидой Международного консорциума микробиома человека. [10] Канадские институты медицинских исследований через Институт инфекций и иммунитета CIHR возглавляют Канадскую инициативу по микробиому с целью разработки скоординированных и целенаправленных исследовательских усилий по анализу и характеристике микробов, колонизирующих организм человека, и их потенциальных изменений во время хронических заболеваний. [11]

Содействующие учреждения

[ редактировать ]

В HMP приняли участие многие исследовательские институты, в том числе Стэнфордский университет , Институт Броуда , Университет Содружества Вирджинии , Вашингтонский университет , Северо-Восточный университет , Массачусетский технологический институт , Медицинский колледж Бэйлора и многие другие . Вклад включал оценку данных, создание наборов данных эталонных последовательностей, этические и юридические исследования, разработку технологий и многое другое. [ нужна ссылка ]

Первый этап (2007–2014 гг.)

[ редактировать ]

HMP1 включал исследовательские усилия многих учреждений. [12] HMP1 поставил перед собой следующие цели: [13]

  • Разработать эталонный набор последовательностей микробного генома и провести предварительную характеристику микробиома человека.
  • Изучите взаимосвязь между болезнями и изменениями в микробиоме человека.
  • Разрабатывать новые технологии и инструменты для вычислительного анализа.
  • Создать хранилище ресурсов
  • Изучите этические, юридические и социальные последствия исследований микробиома человека.

Второй этап (2014-2016 гг.)

[ редактировать ]

В 2014 году НИЗ запустил вторую фазу проекта, известную как Проект интегративного микробиома человека (iHMP). Целью iHMP было создание ресурсов для создания полной характеристики микробиома человека с упором на понимание присутствия микробиоты в здоровых и болезненных состояниях. [14] Миссия проекта, как заявили в НИЗ, заключалась в следующем:

iHMP создаст интегрированные наборы продольных данных о биологических свойствах как микробиома, так и хозяина на основе трех различных когортных исследований состояний, связанных с микробиомом, с использованием нескольких технологий «омики». [14]

Проект включал три подпроекта, реализованных в нескольких учреждениях. Методы исследования включали профилирование гена 16S рРНК , полногеномное секвенирование , полногеномное секвенирование , метатранскриптомику , метаболомику / липидомику и иммунопротеомику . Ключевые выводы iHMP были опубликованы в 2019 году. [15]

Беременность и преждевременные роды

[ редактировать ]

Команда Консорциума вагинального микробиома Университета Содружества Вирджинии провела исследование проекта «Беременность и преждевременные роды» с целью понять, как микробиом меняется в течение гестационного периода и влияет на микробиом новорожденного. Проект также был обеспокоен ролью микробиома в возникновении преждевременных родов, на которые, по данным CDC , приходится почти 10% всех родов. [16] и представляет собой вторую по значимости причину неонатальной смертности. [17] Проект получил финансирование NIH в размере 7,44 миллиона долларов. [18]

Начало воспалительного заболевания кишечника (ВЗК)

[ редактировать ]

Группа мультиомических данных по воспалительным заболеваниям кишечника (IBDMDB) представляла собой многоинституциональную группу исследователей, сосредоточившуюся на понимании того, как микробиом кишечника изменяется в продольном направлении у взрослых и детей, страдающих ВЗК . ВЗК — это воспалительное аутоиммунное заболевание , которое проявляется как болезнь Крона или язвенный колит и поражает около миллиона американцев. [19] В исследование входили когорты из Массачусетской больницы общего профиля , Университетской больницы Эмори / Детской больницы Цинциннати и Медицинского центра Сидарс-Синай . [20]

Начало диабета 2 типа (СД2)

[ редактировать ]

Исследователи из Стэнфордского университета и Лаборатории геномной медицины Джексона работали вместе, чтобы провести продольный анализ биологических процессов, которые происходят в микробиоме пациентов с риском развития диабета 2 типа . СД2 поражает почти 20 миллионов американцев, из них по меньшей мере 79 миллионов пациентов находятся в преддиабетическом состоянии. [21] и частично характеризуется выраженными сдвигами в микробиоме по сравнению со здоровыми людьми. Целью проекта было выявление молекул и сигнальных путей, которые играют роль в этиологии заболевания. [22]

Достижения

[ редактировать ]

Воздействие HMP на сегодняшний день можно частично оценить путем изучения исследований, спонсируемых HMP. С июня 2009 г. по конец 2017 г. на сайте HMP было размещено более 650 рецензируемых публикаций, которые цитировались более 70 000 раз. [23] На данный момент веб-сайт был заархивирован и больше не обновляется, хотя наборы данных по-прежнему доступны. [24]

Основные категории работ, финансируемых HMP, включали:

  • Разработка новых систем баз данных, обеспечивающих эффективную организацию, хранение, доступ, поиск и аннотирование огромных объемов данных. К ним относятся IMG, интегрированная база данных микробных геномов и система сравнительного анализа; [25] IMG/M, родственная система, которая объединяет наборы метагеномных данных с изолированными микробными геномами из системы IMG; [26] CharProtDB , база данных экспериментально охарактеризованных аннотаций белков; [27] и онлайн-база данных Genomes (GOLD) для мониторинга состояния геномных и метагеномных проектов во всем мире и связанных с ними метаданных. [28]
  • Разработка инструментов сравнительного анализа, которые облегчают распознавание общих закономерностей, основных тем и тенденций в сложных наборах данных. К ним относятся RAPSearch2, быстрый и эффективно использующий память инструмент поиска сходства белков для данных секвенирования следующего поколения; [29] Boulder ALignment Editor (ALE), веб-инструмент для выравнивания РНК; [30] WebMGA, настраиваемый веб-сервер для быстрого анализа метагеномных последовательностей; [31] и DNACLUST, инструмент для точной и эффективной кластеризации генов филогенетических маркеров. [32]
  • Разработка новых методов и систем для сборки массивных наборов данных о последовательностях. Ни один алгоритм сборки не решает всех известных проблем сборки последовательностей короткой длины. [33] поэтому программы сборки следующего поколения, такие как AMOS [34] являются модульными и предлагают широкий набор инструментов для сборки. Были разработаны новые алгоритмы для улучшения качества и полезности черновых последовательностей генома. [35]
  • Сборка каталога секвенированных эталонных геномов чистых бактериальных штаммов из разных участков тела, с которыми можно сравнивать метагеномные результаты. Первоначальная цель в 600 геномов была далеко превзойдена; текущая цель состоит в том, чтобы в этом справочном каталоге было 3000 геномов, секвенированных, по крайней мере, до стадии высококачественного черновика. По состоянию на март 2012 г. каталогизировано 742 генома. [36]
  • Создание Центра анализа и координации данных (DACC), [37] который служит центральным хранилищем всех данных HMP.
  • Различные исследования, посвященные юридическим и этическим проблемам, связанным с исследованиями полногеномного секвенирования. [38] [39] [40] [41]

Разработки, финансируемые HMP, включали:

  • Новые прогностические методы выявления сайтов связывания активных транскрипционных факторов. [42]
  • Идентификация на основе биоинформатических данных широко распространенного предшественника переносчика электронов, продуцируемого рибосомами. [43]
  • Покадровые «движущиеся картинки» микробиома человека. [44]
  • Идентификация уникальных адаптаций, принятых сегментированными нитчатыми бактериями (SFB) в качестве кишечных комменсалов. [45] SFB важны с медицинской точки зрения, поскольку они стимулируют Т-хелперы 17 , которые, как считается, играют ключевую роль в аутоиммунных заболеваниях .
  • Выявление факторов, различающих микробиоту здорового и больного кишечника. [46]
  • Выявление до сих пор непризнанной доминирующей роли Verrucomicrobiota в почвенных бактериальных сообществах. [47]
  • Выявление факторов, определяющих потенциал вирулентности штаммов Gardnerella vaginalis при вагинозе . [48]
  • Выявление связи между микробиотой полости рта и атеросклерозом. [49]
  • Демонстрация того, что патогенные виды Neisseria , вызывающие менингит , сепсис и заболевания, передающиеся половым путем, обмениваются факторами вирулентности с комменсальными видами. [50]

Вехи

[ редактировать ]

Создана справочная база данных

[ редактировать ]

объявил о важной вехе HMP Национального института здравоохранения 13 июня 2012 года директор Фрэнсис Коллинз . [51] Заявление сопровождалось серией согласованных статей, опубликованных в журнале Nature. [52] [53] и несколько журналов, включая Публичную научную библиотеку (PLoS), в тот же день. [54] [55] [56] Сопоставляя нормальный микробный состав здоровых людей с помощью методов секвенирования генома, исследователи HMP создали справочную базу данных и границы нормальных микробных вариаций у людей. [57]

У 242 здоровых добровольцев из США было собрано более 5000 образцов тканей от 15 (мужчины) до 18 (женщины) участков тела, таких как рот, нос, кожа, нижний отдел кишечника (кал) и влагалище. Вся ДНК, человеческая и микробная, была проанализирована с помощью секвенаторов ДНК. Данные микробного генома были извлечены путем идентификации бактериальной специфичной рибосомальной РНК, 16S рРНК . Исследователи подсчитали, что экосистему человека населяют более 10 000 видов микробов, и идентифицировали 81–99% родов . Помимо создания справочной базы данных микробиома человека, проект HMP также обнаружил несколько «сюрпризов», в том числе: [ нужна ссылка ]

  • Микробы вносят больше генов, ответственных за выживание человека, чем собственные гены человека. Подсчитано, что генов, кодирующих бактериальные белки, в 360 раз больше, чем генов человека. [ нужна ссылка ]
  • Метаболическая активность микробов; например, переваривание жиров; не всегда обеспечиваются одними и теми же видами бактерий. Наличие деятельности, кажется, имеет большее значение.
  • Компоненты микробиома человека со временем меняются под влиянием состояния здоровья пациента и приема лекарств. Однако микробиом со временем возвращается в состояние равновесия, хотя состав типов бактерий изменился.

Клиническое применение

[ редактировать ]

Среди первых клинических применений, использующих данные HMP, как сообщается в нескольких статьях PLoS, исследователи обнаружили сдвиг в сторону меньшего видового разнообразия во вагинальном микробиоме беременных женщин, готовящихся к родам, а также высокую вирусную нагрузку ДНК в назальном микробиоме детей с необъяснимыми заболеваниями. лихорадка. Другие исследования с использованием данных и методов HMP включают роль микробиома при различных заболеваниях пищеварительного тракта, кожи, репродуктивных органов и детских расстройствах. [51]

Фармацевтическое применение

[ редактировать ]

Фармацевтические микробиологи рассмотрели последствия данных HMP в отношении присутствия/отсутствия «нежелательных» микроорганизмов в нестерильных фармацевтических продуктах и ​​в отношении мониторинга микроорганизмов в контролируемых средах, в которых производятся продукты. Последнее также имеет значение для выбора среды и исследований эффективности дезинфицирующих средств. [58]

См. также

[ редактировать ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ «Проект человеческого микробиома: разнообразие человеческих микробов больше, чем предполагалось ранее» . ScienceDaily . Проверено 8 марта 2012 г.
  2. ^ «Проект человеческого микробиома — Главная страница | Общий фонд НИЗ» . commonfund.nih.gov . 28 июня 2013 года . Проверено 15 апреля 2018 г.
  3. ^ «Проект микробиома человека» . Общий фонд НИЗ . Проверено 8 марта 2012 г.
  4. ^ Jump up to: а б Часто задаваемые вопросы Американской академии микробиологии : Микробиом человека. Архивировано 31 декабря 2016 г. в Wayback Machine, январь 2014 г.
  5. ^ Джуда Л. Рознер для журнала Microbe Magazine, февраль 2014 г. Микробных клеток в десять раз больше, чем клеток тела у людей?
  6. ^ Элисон Эбботт для Nature News. 8 января 2016 г. Ученые развенчивают миф о том, что в нашем организме бактерий больше, чем клеток человека
  7. ^ Отправитель Р., Фукс С., Майло Р. (январь 2016 г.). «Действительно ли нас значительно превосходит численность? Пересматривая соотношение бактерий и клеток-хозяев у людей» . Клетка . 164 (3): 337–40. дои : 10.1016/j.cell.2016.01.013 . ПМИД   26824647 .
  8. ^ Jump up to: а б Тернбо П.Дж., Лей Р.Э., Хамади М., Фрейзер-Лиггетт С.М., Найт Р., Гордон Дж.И. (октябрь 2007 г.). «Проект микробиома человека» . Природа . 449 (7164): 804–10. Бибкод : 2007Natur.449..804T . дои : 10.1038/nature06244 . ПМЦ   3709439 . ПМИД   17943116 .
  9. ^ «О дорожной карте НИЗ» . Общий фонд НИЗ. Архивировано из оригинала 17 февраля 2013 года . Проверено 8 марта 2012 г.
  10. ^ «Международный консорциум микробиома человека» . Проверено 8 марта 2012 г.
  11. ^ «Канадская инициатива по микробиому» . Канадские институты медицинских исследований. 13 августа 2009 года . Проверено 8 марта 2012 г.
  12. ^ «Проект человеческого микробиома / финансируемые исследования» . Общий фонд НИЗ . Проверено 8 марта 2012 г.
  13. ^ «Проект / Программные инициативы по микробиому человека» . Общий фонд НИЗ . Проверено 8 марта 2012 г.
  14. ^ Jump up to: а б «Проект NIH по микробиому человека - О микробиоме человека» . hmpdacc.org . Проверено 30 марта 2018 г.
  15. ^ Группа анализа портфеля микробиома человека НИЗ (2019). «Обзор 10-летней исследовательской деятельности в области микробиома человека в Национальных институтах здравоохранения США, 2007–2016 финансовые годы» . Микробиом . 7 (1): 31. дои : 10.1186/s40168-019-0620-y . ISSN   2049-2618 . ПМК   6391833 . ПМИД   30808411 .
  16. ^ Ферре С., Каллаган В., Олсон С., Шарма А., Барфилд В. (ноябрь 2016 г.). «Влияние возраста матери и уровня преждевременных родов в зависимости от возраста на общий уровень преждевременных родов – США, 2007 и 2014 годы» . ММВР. Еженедельный отчет о заболеваемости и смертности . 65 (43): 1181–1184. дои : 10.15585/mmwr.mm6543a1 . ПМИД   27811841 .
  17. ^ «Детская смертность | Здоровье матери и ребенка | Репродуктивное здоровье | CDC» . www.cdc.gov . 2018-01-02 . Проверено 03 апреля 2018 г.
  18. ^ Консорциум, VCU, Вагинальный микробиом. «Консорциум вагинального микробиома» . vmc.vcu.edu . Проверено 5 апреля 2018 г. {{cite web}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  19. ^ «CDC – Эпидемиология ВЗК – воспалительного заболевания кишечника» . www.cdc.gov . Архивировано из оригинала 23 февраля 2017 г. Проверено 15 апреля 2018 г.
  20. ^ "Команда" . ibdmdb.org . Проверено 5 апреля 2018 г.
  21. ^ «Национальный статистический отчет по диабету | Данные и статистика | Диабет | CDC» . www.cdc.gov . 09.03.2018 . Проверено 15 апреля 2018 г.
  22. ^ «Интегрированное личное профилирование омиксов | Интегрированное личное профилирование омиксов | Стэнфордская медицина» . med.stanford.edu . Проверено 5 апреля 2018 г.
  23. ^ «Проект человеческого микробиома — Главная страница | Общий фонд НИЗ» . commonfund.nih.gov . 28 июня 2013 года . Проверено 18 апреля 2019 г.
  24. ^ «Портал данных проекта микробиома человека» . портал.hmpdacc.org . Проверено 18 апреля 2019 г.
  25. ^ Марковиц В.М., Чен И.М., Паланиаппан К., Чу К., Сето Е., Гречкин Ю., Ратнер А., Джейкоб Б., Хуанг Дж., Уильямс П., Хантеманн М., Андерсон И., Мавроматис К., Иванова Н.Н., Кирпидес Н.К. (январь 2012 г.). «IMG: Интегрированная база данных микробных геномов и система сравнительного анализа» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D115–22. дои : 10.1093/nar/gkr1044 . ПМК   3245086 . ПМИД   22194640 .
  26. ^ Марковиц В.М., Чен И.М., Чу К., Сето Е., Паланиаппан К., Гречкин Ю., Ратнер А., Джейкоб Б., Пати А., Хантеманн М., Лиолиос К., Пагани И., Андерсон И., Мавроматис К., Иванова Н.Н., Кирпидес Н.К. (январь 2012 г.) ). «IMG/M: интегрированная система управления метагеномными данными и сравнительного анализа» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D123–9. дои : 10.1093/nar/gkr975 . ПМК   3245048 . ПМИД   22086953 .
  27. ^ Мадупу Р., Рихтер А., Додсон Р.Дж., Бринкач Л., Харкинс Д., Дуркин С., Шривастава С., Саттон Г., Хафт Д. (январь 2012 г.). «CharProtDB: база данных экспериментально охарактеризованных аннотаций белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D237–41. дои : 10.1093/nar/gkr1133 . ПМК   3245046 . ПМИД   22140108 .
  28. ^ Пагани И., Лиолиос К., Янссон Дж., Чен И.М., Смирнова Т., Носрат Б., Марковиц В.М., Кирпидес Н.К. (январь 2012 г.). «Онлайн-база данных Genomes (GOLD) v.4: состояние геномных и метагеномных проектов и связанные с ними метаданные» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D571–9. дои : 10.1093/nar/gkr1100 . ПМК   3245063 . ПМИД   22135293 .
  29. ^ Чжао Ю, Тан Х, Е Ю (январь 2012 г.). «RAPSearch2: быстрый и эффективно использующий память инструмент поиска сходства белков для данных секвенирования следующего поколения» . Биоинформатика . 28 (1): 125–6. doi : 10.1093/биоинформатика/btr595 . ПМЦ   3244761 . ПМИД   22039206 .
  30. ^ Стомбо Дж., Видманн Дж., Макдональд Д., Найт Р. (июнь 2011 г.). «Редактор Boulder ALignment Editor (ALE): веб-инструмент для выравнивания РНК» . Биоинформатика . 27 (12): 1706–7. doi : 10.1093/биоинформатика/btr258 . ПМК   3106197 . ПМИД   21546392 .
  31. ^ Ву С, Чжу З, Фу Л, Ню Б, Ли В (сентябрь 2011 г.). «WebMGA: настраиваемый веб-сервер для быстрого анализа метагеномных последовательностей» . БМК Геномика . 12 : 444. дои : 10.1186/1471-2164-12-444 . ПМК   3180703 . ПМИД   21899761 .
  32. ^ Годси М, Лю Б, Поп М (июнь 2011 г.). «DNACLUST: точная и эффективная кластеризация генов-филогенетических маркеров» . БМК Биоинформатика . 12 :271. дои : 10.1186/1471-2105-12-271 . ПМЦ   3213679 . ПМИД   21718538 .
  33. ^ Яо Дж., Йе Л., Гао Х., Минкс П., Уоррен В.К., генеральный менеджер Вайншток (январь 2012 г.). «Соответствие графов сборок последовательностей следующего поколения» . Биоинформатика . 28 (1): 13–6. doi : 10.1093/биоинформатика/btr588 . ПМК   3244760 . ПМИД   22025481 .
  34. ^ Треанген Т.Дж., Соммер Д.Д., Энгли Ф.Е., Корен С., Поп М. (март 2011 г.). Сборка последовательности нового поколения с помощью AMOS . Том. Глава 11. стр. Раздел 11.8. дои : 10.1002/0471250953.bi1108s33 . ISBN  978-0471250951 . ПМК   3072823 . ПМИД   21400694 . {{cite book}}: |journal= игнорируется ( помогите )
  35. ^ Корен С., Миллер-младший, Валенц Б.П., Саттон Дж. (сентябрь 2010 г.). «Алгоритм автоматического закрытия при сборке» . БМК Биоинформатика . 11 : 457. дои : 10.1186/1471-2105-11-457 . ПМЦ   2945939 . ПМИД   20831800 .
  36. ^ «Проект микробиома человека / Справочные данные геномов» . Центр анализа и координации данных (DACC) Национальных институтов здравоохранения (NIH) . Проверено 8 марта 2012 г.
  37. ^ «Центр анализа и координации данных (DACC)» . Общий фонд Национальных институтов здравоохранения (NIH) . Проверено 11 марта 2012 г.
  38. ^ Шваб А.П., Франк Л., Глигоров Н. (ноябрь 2011 г.). «Говоря «частность», имеется в виду конфиденциальность». Американский журнал биоэтики . 11 (11): 44–5. дои : 10.1080/15265161.2011.608243 . ПМИД   22047127 . S2CID   34313782 .
  39. ^ Роудс Р., Аззуни Дж., Баумрин С.Б., Беньков К., Блазер М.Дж., Бреннер Б., Добен Дж.В., Эрл У.Дж., Фрэнк Л., Глигоров Н., Гольдфарб Дж., Хиршхорн К., Хиршхорн Р., Хольцман И., Индик Д., Джабс Э.В., Лэки Д.П. , Морос Д.А., Филпотт С., Роудс М.Э., Ричардсон Л.Д., Сакс Х.С., Шваб А., Сперлинг Р., Труско Б., Цвейг А. (ноябрь 2011 г.). «Минимальный риск: предложение по новой категории исследовательского риска». Американский журнал биоэтики . 11 (11): 1–7. дои : 10.1080/15265161.2011.615588 . ПМИД   22047112 . S2CID   205859554 .
  40. ^ Макгуайр А.Л., Лупски-младший (май 2010 г.). «Исследование личного генома: что сказать участнику?» . Тенденции в генетике . 26 (5): 199–201. дои : 10.1016/j.tig.2009.12.007 . ПМЦ   2868334 . ПМИД   20381895 .
  41. ^ Шарп Р.Р., Ачкар Дж.П., Бринич М.А., Фаррелл Р.М. (апрель 2009 г.). «Помощь пациентам сделать осознанный выбор в отношении пробиотиков: необходимость исследований» . Американский журнал гастроэнтерологии . 104 (4): 809–13. дои : 10.1038/ajg.2008.68 . ПМЦ   2746707 . ПМИД   19343022 .
  42. ^ Куэльяр-Партида Дж., Буске Ф.А., Макли Р.К., Уитингтон Т., Нобл В.С., Бэйли Т.Л. (январь 2012 г.). «Эпигенетические априорные методы определения сайтов связывания активных факторов транскрипции» . Биоинформатика . 28 (1): 56–62. doi : 10.1093/биоинформатика/btr614 . ПМЦ   3244768 . ПМИД   22072382 .
  43. ^ Хафт Д.Х. (январь 2011 г.). «Биоинформатические доказательства широко распространенного, продуцируемого рибосомами предшественника переносчика электронов, его белков созревания и его окислительно-восстановительных партнеров никотинопротеина» . БМК Геномика . 12:21 . дои : 10.1186/1471-2164-12-21 . ПМК   3023750 . ПМИД   21223593 .
  44. ^ Капорасо Дж.Г., Лаубер К.Л., Костелло Э.К., Берг-Лайонс Д., Гонсалес А., Стомбо Дж., Найтс Д., Гайер П., Равель Дж., Фирер Н., Гордон Дж.И., Найт Р. (2011). «Движущиеся картинки микробиома человека» . Геномная биология . 12 (5): 50 рандов. дои : 10.1186/gb-2011-12-5-r50 . ПМК   3271711 . ПМИД   21624126 .
  45. ^ Щеснак А., Сегата Н., Цинь Х., Геверс Д., Петрозино Дж. Ф., Хаттенхауэр С., Литтман Д. Р., Иванов II (сентябрь 2011 г.). «Геном сегментированных нитчатых бактерий, индуцирующих клетки th17, демонстрирует обширную ауксотрофию и адаптацию к кишечной среде» . Клетка-хозяин и микроб . 10 (3): 260–72. дои : 10.1016/j.chom.2011.08.005 . ПМК   3209701 . ПМИД   21925113 .
  46. ^ Баллал С.А., Галлини Калифорния, Сегата Н., Хаттенхауэр С., Гарретт В.С. (апрель 2011 г.). «Симбиотические факторы микробиоты хозяина и кишечника: уроки воспалительных заболеваний кишечника и успешные симбионты». Клеточная микробиология . 13 (4): 508–17. дои : 10.1111/j.1462-5822.2011.01572.x . ПМИД   21314883 . S2CID   205529660 .
  47. ^ Бергманн Г.Т., Бейтс С.Т., Эйлерс К.Г., Лаубер К.Л., Капорасо Дж.Г., Уолтерс В.А., Найт Р., Фирер Н. (июль 2011 г.). «Недооцененное доминирование Verrucomicrobia в почвенных бактериальных сообществах» . Биология и биохимия почвы . 43 (7): 1450–1455. doi : 10.1016/j.soilbio.2011.03.012 . ПМК   3260529 . ПМИД   22267877 .
  48. ^ Йоман С.Дж., Йилдирим С., Томас С.М., Дуркин А.С., Торралба М., Саттон Дж., Бухай С.Дж., Дин Ю., Дуган-Роча С.П., Музный Д.М., Цинь Х, Гиббс Р.А., Ли С.Р., Стампф Р., Уайт БА, Хайлендер СК, Нельсон К.Е., Уилсон Б.А. (август 2010 г.). Ли В (ред.). «Сравнительная геномика штаммов Gardnerella vaginalis выявляет существенные различия в метаболическом и вирулентном потенциале» . ПЛОС ОДИН . 5 (8): е12411. Бибкод : 2010PLoSO...512411Y . дои : 10.1371/journal.pone.0012411 . ПМЦ   2928729 . ПМИД   20865041 .
  49. ^ Корен О, Спор А, Фелин Дж, Фок Ф, Стомбо Дж, Тремароли В, Бере С.Дж., Найт Р., Фагерберг Б, Лей Р.Э., Бэкхед Ф (март 2011 г.). «Микробиота полости рта, кишечника и бляшек человека у пациентов с атеросклерозом» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 108 Приложение 1 (Supplment_1): 4592–8. Бибкод : 2011PNAS..108.4592K . дои : 10.1073/pnas.1011383107 . ПМК   3063583 . ПМИД   20937873 .
  50. ^ Марри П.Р., Паникус М., Вейанд Нью-Джерси, Рендон М.А., Калтон СМ, Эрнандес Д.Р., Хигаши Д.Л., Содергрен Э., Вайнсток ГМ, Раунсли С.Д., Со М. (июль 2010 г.). Ахмед Н. (ред.). «Секвенирование генома выявило широко распространенный обмен генами вирулентности среди человеческих видов Neisseria» . ПЛОС ОДИН . 5 (7): e11835. Бибкод : 2010PLoSO...511835M . дои : 10.1371/journal.pone.0011835 . ПМЦ   2911385 . ПМИД   20676376 .
  51. ^ Jump up to: а б «Проект NIH Human Microbiome Project определяет нормальный бактериальный состав организма» . Новости НИЗ. 13 июня 2012 г.
  52. ^ Консорциум проекта микробиома человека (июнь 2012 г.). «Основы исследования микробиома человека» . Природа . 486 (7402): 215–21. Бибкод : 2012Natur.486..215T . дои : 10.1038/nature11209 . ПМЦ   3377744 . ПМИД   22699610 .
  53. ^ Консорциум проекта микробиома человека (июнь 2012 г.). «Структура, функции и разнообразие микробиома здорового человека» . Природа . 486 (7402): 207–14. Бибкод : 2012Natur.486..207T . дои : 10.1038/nature11234 . ПМК   3564958 . ПМИД   22699609 .
  54. ^ Кантарель Б.Л., Ломбард В., Хенриссат Б. (2012). «Утилизация сложных углеводов здоровым микробиомом человека» . ПЛОС ОДИН . 7 (6): e28742. Бибкод : 2012PLoSO...728742C . дои : 10.1371/journal.pone.0028742 . ПМЦ   3374616 . ПМИД   22719820 .
  55. ^ Ву Ю.В., Ро М., Доак Т.Г., Йе Ю. (август 2012 г.). «Оральные спирохеты, вызывающие стоматологические заболевания, широко распространены среди нормальных людей и несут чрезвычайно разнообразные кассеты генов интегронов» . Прикладная и экологическая микробиология . 78 (15): 5288–96. Бибкод : 2012ApEnM..78.5288W . дои : 10.1128/АЕМ.00564-12 . ПМЦ   3416431 . ПМИД   22635997 .
  56. ^ «Коллекции PLOS: сборники статей, опубликованные Публичной научной библиотекой» . Collections.plos.org . Проверено 15 апреля 2018 г.
  57. ^ «Резюме рукописей» (PDF) .
  58. ^ Уайлдер, К., Сэндл Т., Саттон С. (июнь 2013 г.). «Влияние микробиома человека на фармацевтическую микробиологию» . Американский фармацевтический обзор .
[ редактировать ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Human_Microbiome_Project&oldid=1236123842"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 9b9c09911f6af4beefb64410eda1dd59__1721686320
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/9b/59/9b9c09911f6af4beefb64410eda1dd59.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Human Microbiome Project - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)