Интегрированная система микробных геномов

ИМГ
	Инструменты анализа генома в IMG 2.9
Содержание
Описание	Интегрированная база данных микробных геномов и система сравнительного анализа
Контакт
Авторы	Виктор Марковиц
Первичное цитирование	Марковиц и др. (2012)
Доступ
Веб-сайт	изображение .это верно .доу .gov

Система Integrated Microbial Genomes ( IMG ) — это платформа для просмотра и аннотирования геномов, разработанная Министерством энергетики США (DOE) — Объединенным институтом генома . ^[2]^[3] IMG содержит все черновые и полные микробные геномы, секвенированные DOE-JGI, интегрированные с другими общедоступными геномами (включая архей, бактерий, эукариев, вирусы и плазмиды). IMG предоставляет пользователям набор инструментов для сравнительного анализа микробных геномов по трем измерениям: гены, геномы и функции. Пользователи могут выбирать и переносить их в корзины сравнительного анализа по множеству критериев. IMG также включает конвейер аннотаций генома, который объединяет информацию из нескольких инструментов, включая KEGG , Pfam , InterPro и Gene Ontology , среди других. Пользователи также могут вводить или загружать свои собственные аннотации генов (так называемые аннотации генов MyIMG), и система IMG позволит им создавать файлы в формате Genbank или EMBL , содержащие эти аннотации. ^{[ нужна ссылка ]}

В последующих выпусках IMG расширялся и включал несколько инструментов, специфичных для конкретной предметной области. Система «Интегрированные микробные геномы с образцами микробиома » (IMG/M) является расширением системы IMG, обеспечивающей контекст сравнительного анализа собранных метагеномных данных с общедоступными геномами изолятов. ^[4]^[5] Система «Интегрированная экспертная оценка микробных геномов» (IMG/ER) обеспечивает поддержку отдельным ученым или группам ученых в функциональной аннотации и курировании представляющих интерес микробных геномов. ^[2] Пользователи могут отправить свои аннотированные геномы (или запросить сначала применение автоматизированного конвейера аннотаций IMG) в IMG-ER и приступить к ручному курированию и сравнительному анализу в системе через безопасный (защищенный паролем) доступ. IMG -HMP ориентирован на анализ геномов, связанных с Проектом микробиома человека (HMP), в контексте всех общедоступных геномов в IMG. ^[6] Система IMG-ABC представляет собой систему для анализа вторичного метаболизма бактерий и целевого обнаружения кластеров биосинтетических генов. ^[7] Система IMG-VR (с недавней обновленной версией IMG/VR v.2.0) представляет собой крупнейшую общедоступную базу данных вирусных геномов и метагеномов. ^[8]^[9]

См. также

Ссылки

^ Марковиц, Виктор М; Чэнь И-Мин А; Паланиаппан Кришна; Чу Кен; Сзето Эрнест; Гречкин Юрий; Ратнер Анна; Джейкоб Биджу; Хуан Цзинхуа; Уильямс Питер; Хантеманн Марсель; Андерсон Иэн; Мавроматис Константинос; Иванова Наталья Н; Кирпидес Никос С (январь 2012 г.). «IMG: интегрированная база данных микробных геномов и система сравнительного анализа» . Нуклеиновые кислоты Рез . 40 (1). Англия: D115-22. дои : 10.1093/nar/gkr1044 . ПМК 3245086 . ПМИД 22194640 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Марковиц, В.М.; Чен, IMA; Паланиаппан, К.; Чу, К.; Сзето, Э.; Гречкин Ю.; Ратнер, А.; Андерсон, И.; Ликидис, А.; Мавроматис, К.; Иванова, Н.Н.; Кирпидес, Северная Каролина (2009). «Интегрированная система микробных геномов: расширяющийся ресурс сравнительного анализа» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Проблема с базой данных): D382–D390. дои : 10.1093/nar/gkp887 . ПМЦ 2808961 . ПМИД 19864254 .
^ Хаджитомас, Михалис; Чен, И.-Мин Эми; Чу, Кен; Ратнер, Анна; Паланиаппан, Кришна; Сзето, Эрнест; Хуан, Цзинхуа; Редди, ТБК; Цимерманчич, Петр (14 июля 2015 г.). «IMG-ABC: База знаний для стимулирования открытия биосинтетических кластеров генов и новых вторичных метаболитов» . мБио . 6 (4): e00932. дои : 10.1128/mBio.00932-15 . ISSN 2150-7511 . ПМК 4502231 . ПМИД 26173699 .
^ Марковиц, В.М.; Чен, И.-МА; Чу, К.; Сзето, Э.; Паланиаппан, К.; Гречкин Ю.; Ратнер, А.; Джейкоб, Б.; Пати, А.; Хантеманн, М.; Лиолиос, К.; Пагани, И.; Андерсон, И.; Мавроматис, К.; Иванова, Н.Н.; Кирпидес, Северная Каролина (2011). «IMG/M: Интегрированная система управления метагеномными данными и сравнительного анализа» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D123–D129. дои : 10.1093/nar/gkr975 . ПМК 3245048 . ПМИД 22086953 .
^ Чен, И.-Мин А.; Марковиц, Виктор М.; Чу, Кен; Паланиаппан, Кришна; Сзето, Эрнест; Пиллэй, Манодж; Ратнер, Анна; Хуан, Цзинхуа; Андерсен, Эван (4 января 2017 г.). «IMG/M: интегрированная система сравнительного анализа данных генома и метагенома» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (Д1): Д507–Д516. дои : 10.1093/nar/gkw929 . ISSN 1362-4962 . ПМК 5210632 . ПМИД 27738135 .
^ Марковиц, Виктор М.; Чен, И.-Мин А.; Чу, Кен; Сзето, Эрнест; Паланиаппан, Кришна; Джейкоб, Биджу; Ратнер, Анна; Лиолиос, Константинос; Пагани, Иоанна (2012). «IMG/M-HMP: система сравнительного анализа метагеномов для проекта микробиома человека» . ПЛОС ОДИН . 7 (7): е40151. Бибкод : 2012PLoSO...740151M . дои : 10.1371/journal.pone.0040151 . ISSN 1932-6203 . ПМК 3390314 . ПМИД 22792232 .
^ Хаджитомас, Михалис; Чен, И.-Мин А.; Чу, Кен; Хуан, Цзинхуа; Ратнер, Анна; Паланиаппан, Кришна; Андерсен, Эван; Марковиц, Виктор; Кирпидес, Никос К. (04 января 2017 г.). «IMG-ABC: новые возможности анализа вторичного метаболизма бактерий и целевое обнаружение биосинтетических кластеров генов в тысячах микробных геномов» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (Д1): Д560–Д565. дои : 10.1093/nar/gkw1103 . ISSN 1362-4962 . ПМК 5210574 . ПМИД 27903896 .
^ Паес-Эспино, Дэвид; Чен, И.-Мин А.; Паланиаппан, Кришна; Ратнер, Анна; Чу, Кен; Сзето, Эрнест; Пиллэй, Манодж; Хуан, Цзинхуа; Марковиц, Виктор М. (4 января 2017 г.). «IMG/VR: база данных культивируемых и некультивируемых ДНК-вирусов и ретровирусов» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (Д1): Д457–Д465. дои : 10.1093/nar/gkw1030 . ISSN 1362-4962 . ПМК 5210529 . ПМИД 27799466 .
^ Паез-Эспино Д., Ру С., Чен И.А., Паланиаппан К., Ратнер А., Чу К. и др. (2019). «IMG/VR v.2.0: интегрированная система управления и анализа данных для культивируемых и находящихся в окружающей среде вирусных геномов» . Нуклеиновые кислоты Рез . 47 (Д1): Д678–Д686. дои : 10.1093/nar/gky1127 . ПМК 6323928 . ПМИД 30407573 .

Внешние ссылки

[pmid22194640-1] Марковиц, Виктор М; Чэнь И-Мин А; Паланиаппан Кришна; Чу Кен; Сзето Эрнест; Гречкин Юрий; Ратнер Анна; Джейкоб Биджу; Хуан Цзинхуа; Уильямс Питер; Хантеманн Марсель; Андерсон Иэн; Мавроматис Константинос; Иванова Наталья Н; Кирпидес Никос С (январь 2012 г.). «IMG: интегрированная база данных микробных геномов и система сравнительного анализа» . Нуклеиновые кислоты Рез . 40 (1). Англия: D115-22. дои : 10.1093/nar/gkr1044 . ПМК 3245086 . ПМИД 22194640 .

[markowitz2009-2] Перейти обратно: ^а ^б Марковиц, В.М.; Чен, IMA; Паланиаппан, К.; Чу, К.; Сзето, Э.; Гречкин Ю.; Ратнер, А.; Андерсон, И.; Ликидис, А.; Мавроматис, К.; Иванова, Н.Н.; Кирпидес, Северная Каролина (2009). «Интегрированная система микробных геномов: расширяющийся ресурс сравнительного анализа» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Проблема с базой данных): D382–D390. дои : 10.1093/nar/gkp887 . ПМЦ 2808961 . ПМИД 19864254 .

[3] Хаджитомас, Михалис; Чен, И.-Мин Эми; Чу, Кен; Ратнер, Анна; Паланиаппан, Кришна; Сзето, Эрнест; Хуан, Цзинхуа; Редди, ТБК; Цимерманчич, Петр (14 июля 2015 г.). «IMG-ABC: База знаний для стимулирования открытия биосинтетических кластеров генов и новых вторичных метаболитов» . мБио . 6 (4): e00932. дои : 10.1128/mBio.00932-15 . ISSN 2150-7511 . ПМК 4502231 . ПМИД 26173699 .

[markowitz2011-4] Марковиц, В.М.; Чен, И.-МА; Чу, К.; Сзето, Э.; Паланиаппан, К.; Гречкин Ю.; Ратнер, А.; Джейкоб, Б.; Пати, А.; Хантеманн, М.; Лиолиос, К.; Пагани, И.; Андерсон, И.; Мавроматис, К.; Иванова, Н.Н.; Кирпидес, Северная Каролина (2011). «IMG/M: Интегрированная система управления метагеномными данными и сравнительного анализа» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D123–D129. дои : 10.1093/nar/gkr975 . ПМК 3245048 . ПМИД 22086953 .

[5] Чен, И.-Мин А.; Марковиц, Виктор М.; Чу, Кен; Паланиаппан, Кришна; Сзето, Эрнест; Пиллэй, Манодж; Ратнер, Анна; Хуан, Цзинхуа; Андерсен, Эван (4 января 2017 г.). «IMG/M: интегрированная система сравнительного анализа данных генома и метагенома» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (Д1): Д507–Д516. дои : 10.1093/nar/gkw929 . ISSN 1362-4962 . ПМК 5210632 . ПМИД 27738135 .

[6] Марковиц, Виктор М.; Чен, И.-Мин А.; Чу, Кен; Сзето, Эрнест; Паланиаппан, Кришна; Джейкоб, Биджу; Ратнер, Анна; Лиолиос, Константинос; Пагани, Иоанна (2012). «IMG/M-HMP: система сравнительного анализа метагеномов для проекта микробиома человека» . ПЛОС ОДИН . 7 (7): е40151. Бибкод : 2012PLoSO...740151M . дои : 10.1371/journal.pone.0040151 . ISSN 1932-6203 . ПМК 3390314 . ПМИД 22792232 .

[7] Хаджитомас, Михалис; Чен, И.-Мин А.; Чу, Кен; Хуан, Цзинхуа; Ратнер, Анна; Паланиаппан, Кришна; Андерсен, Эван; Марковиц, Виктор; Кирпидес, Никос К. (04 января 2017 г.). «IMG-ABC: новые возможности анализа вторичного метаболизма бактерий и целевое обнаружение биосинтетических кластеров генов в тысячах микробных геномов» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (Д1): Д560–Д565. дои : 10.1093/nar/gkw1103 . ISSN 1362-4962 . ПМК 5210574 . ПМИД 27903896 .

[8] Паес-Эспино, Дэвид; Чен, И.-Мин А.; Паланиаппан, Кришна; Ратнер, Анна; Чу, Кен; Сзето, Эрнест; Пиллэй, Манодж; Хуан, Цзинхуа; Марковиц, Виктор М. (4 января 2017 г.). «IMG/VR: база данных культивируемых и некультивируемых ДНК-вирусов и ретровирусов» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (Д1): Д457–Д465. дои : 10.1093/nar/gkw1030 . ISSN 1362-4962 . ПМК 5210529 . ПМИД 27799466 .

[9] Паез-Эспино Д., Ру С., Чен И.А., Паланиаппан К., Ратнер А., Чу К. и др. (2019). «IMG/VR v.2.0: интегрированная система управления и анализа данных для культивируемых и находящихся в окружающей среде вирусных геномов» . Нуклеиновые кислоты Рез . 47 (Д1): Д678–Д686. дои : 10.1093/nar/gky1127 . ПМК 6323928 . ПМИД 30407573 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

v т и Геномика
Поля	Когнитивная геномика Вычислительная геномика Сравнительная геномика Функциональная геномика Геномный проект Проект «Геном человека» Метагеномика Проект микробиома человека Пангеномика Персональная геномика Популяционная геномика Социальная геномика Структурная геномика
Биоинформатика	Биочип Хеминформатика Хемогеномика Коннектомика Проект человеческого коннектома Эпигеномика Проект эпигенома человека гликомика Иммуномика Липидомика Метаболомика Микробиомика Нутригеномика Палеополиплоидия Фармакогенетика Фармакогеномика Системная биология Токсикогеномика Транскриптомика
Структурная биология	Протеомика Проект протеома человека Протеомика карты вызовов Структурно-ориентированный дизайн лекарств Экспрессионная протеомика
Инструменты исследования	2-D электрофорез Масс-спектрометр Ионизация электрораспылением Лазерная десорбция ионизация с помощью матрицы Матрично-активированная лазерная десорбция ионизационно-времяпролетный масс-спектрометр Микрофлюидные инструменты Метки изотопного сродства Захват конформации хромосомы
Организации	Банк данных ДНК Японии (JP) Европейская лаборатория молекулярной биологии (ЕС) Национальные институты здравоохранения (США) Wellcome Sanger Institute (Великобритания)
Список Категория