Jump to content

Проект человеческого протеома

(Перенаправлено из проекта «Протеом человека» )
Проект человеческого протеома
Содержание
Описание Цельнопротеомная характеристика
Типы данных
захвачен
последовательность белка, фосфорилирование, ацетилирование, гликозилирование
Организмы Мудрый человек
Контакт
Исследовательский центр Протеомная организация человека
Лаборатория различный
Первичное цитирование ПМИД   22398612
Доступ
Веб-сайт www .thehpp .org
www .c-hpp .org
веб-службы URL-адрес СледующийПрот REST

Проект «Протеом человека» [1] ( HPP ) – это совместная работа, координируемая Организацией протеома человека . [2] Его заявленная цель — экспериментально наблюдать за всеми белками, продуцируемыми последовательностями, транслированными из генома человека .

Организация протеома человека служила координирующим органом для многих длительных исследовательских проектов по протеомике , связанных с конкретными тканями человека, представляющими клинический интерес, такими как плазма крови , [3] печень , [4] мозг [5] и моча . [6] Он также отвечал за проекты, связанные с конкретными технологиями. [7] и стандарты [8] необходим для крупномасштабного изучения белков.

Структура и цели более крупного проекта, который будет параллелен проекту «Геном человека», обсуждаются в научной литературе. [9] [10] [11] [12] [13] Результатом этих дебатов и серии встреч на Всемирных конгрессах Организации протеома человека в 2009, 2010 и 2011 годах стало решение определить проект «Протеом человека» как состоящий из двух подпроектов: C-HPP и B/. Д-ГЭС. [14] C-HPP будет разделен на 25 групп, по одной на каждую хромосому человека. B/D-HPP будут организованы в группы в зависимости от биологической значимости белков и их значимости для заболеваний. [15]

Проекты и группы

[ редактировать ]

Текущий набор рабочих групп перечислен ниже в порядке хромосом, подлежащих изучению.

хромосома Лидер группы Национальная принадлежность
1 Пин Сюй Китай
2 Лиди Лейн Швейцария
3 Такеши Кавамура Япония
4 Ю-Джу Чен Тайвань
5 Петр Хорватович Нидерланды
6 Кристоф Борчерс Канада
7 Эдвард Найс Австралия, Новая Зеландия
8 Пэнъюань Ян Китай
9 Это Йоэль Чо Сеул, Корея
10 Джошуа Лабаер олень
11 Чон Шин Ю Корея
12 Рави Сирдешмух Индия, Сингапур, Тайвань, Таиланд
13 Янг Ки Пайк Корея
14 Шарль Пино Франция
15 Жилберто Б. Домонт Бразилия
16 Фернандо Корралес Испания
17 Гилберт С. Оменн олень
18 Алексей Арчаков Россия
19 Дьёрдь Марко-Варга Швеция
20 Сицю Лю Китай
21 Альберт Зикманн Германия
22 Ахилеш Пандей олень
Х Ясуси Исихама Япония
И Гасем Хоссейни Салекде Иран
МТ Андреа Урбани Италия

Вычислительные ресурсы

[ редактировать ]

Обработку данных, анализ и проверку результатов протеомики на основе MS/MS обеспечивает Эрик Дойч из Института системной биологии, Сиэтл, США ( PeptideAtlas ). Обработку данных, связанных с методами антител, координирует Калле фон Фейлитцен, Стокгольм, Швеция ( Атлас белков человека ). За общую интеграцию и информатику отчетности отвечает Лиди Лейн из SIB, Женева, Швейцария ( NeXtProt ). Все данные, полученные в рамках вкладов HPP, хранятся в одном из репозиториев ProteomeXchange . [ нужна ссылка ]

Текущий статус

[ редактировать ]

Обновления проекта «Протеом человека» регулярно публикуются, например, в «Журнале исследований протеома» (2014). [16] Опубликованы показатели уровня достоверности, связанные с наблюдениями за белками. [17] как это было с «MissingProteinPedia». [18] [19]

На основе сравнения девяти основных порталов аннотаций получен разброс количества человеческих белков от 21 819 до 18 891 (по состоянию на 2017 год). [20] Показатели HPP на 2021 год показывают, что экспрессия белков в настоящее время достоверно обнаружена в 92,8% предсказанных белков, закодированных в геноме человека. [21]

См. также

[ редактировать ]
  1. ^ Легрен, П.; Эберсольд, Рюд; Кумар, Бала; Беретта, Лаура; Костелло, Кэтрин Э.; Борчерс, Кристоф Х.; Корталс, Гарри Л. (29 апреля 2011 г.). «Проект человеческого протеома: текущее состояние и будущее направление» . Молекулярная и клеточная протеомика . 10 (7): М111.009993. дои : 10.1074/mcp.M111.009993 . ПМК   3134076 . ПМИД   21742803 .
  2. ^ «HUPO (Организация протеома человека) 1-й Всемирный конгресс» . Мол клеточная протеомика . 9 (9). Американское общество биохимии и молекулярной биологии : 651–752. Сентябрь 2002 г. PMID   12474872 .
  3. ^ Оменн, Гилберт С.; Штаты, Дэвид Дж.; Адамски, Марцин; Блэквелл, Томас В.; Менон, Раджасри; Хермякоб, Хеннинг; Апвайлер, Рольф; Хааб, Брайан Б.; Симпсон, Ричард Дж.; Эддес, Джеймс С.; Капп, Юджин А.; Мориц, Роберт Л.; Чан, Дэниел В.; Рай, Алекс Дж.; Адмон, Ари (август 2005 г.). «Обзор проекта HUPO Plasma Proteome: результаты пилотного этапа с участием 35 сотрудничающих лабораторий и нескольких аналитических групп, в результате чего был создан основной набор данных из 3020 белков и общедоступная база данных» . Протеомика . 5 (13): 3226–3245. дои : 10.1002/pmic.200500358 . hdl : 2027.42/86605 . ISSN   1615-9853 . ПМИД   16104056 . S2CID   2718659 .
  4. ^ Он, Фучу (декабрь 2005 г.). «Проект протеома печени человека: план, прогресс и перспективы» . Молекулярная и клеточная протеомика . 4 (12): 1841–1848. дои : 10.1074/mcp.R500013-MCP200 . ISSN   1535-9476 . ПМИД   16118399 . S2CID   34735692 .
  5. ^ Хамахер, Майкл; Стефан, Кристиан; Хардт, Таня; Эйзенахер, Мартин; Хенкель, Андреас; Уилтфанг, Йенс; Хименес, Конни Р.; Пак, Ён Мок; Маркус, Катрин; Мейер, Хельмут Э. (май 2008 г.). «Применение в протеомике мозга: 8-й семинар HUPO по проекту протеома мозга, 7 октября 2007 г., Сеул, Корея» . Протеомика . 8 (9): 1750–1753. дои : 10.1002/pmic.200701120 . ISSN   1615-9861 . ПМИД   18384107 . S2CID   20622786 .
  6. ^ Ямамото, Тадаши; Лэнгэм, Робин Г.; Ронко, Пьер; Неппер, Марк А.; Тонгбункерд, Визит (июнь 2008 г.). «К стандартным протоколам и рекомендациям по протеомике мочи: отчет о симпозиуме и семинаре Проекта протеома почек и мочи человека (HKUPP), 6 октября 2007 г., Сеул, Корея, и 1 ноября 2007 г., Сан-Франциско, Калифорния, США» . Протеомика . 8 (11): 2156–2159. дои : 10.1002/pmic.200800138 . ISSN   1615-9861 . ПМИД   18528840 . S2CID   13764796 .
  7. ^ Улен, Матиас; Понтен, Фредрик (апрель 2005 г.). «Протеомика на основе антител для профилирования тканей человека» . Молекулярная и клеточная протеомика . 4 (4): 384–393. дои : 10.1074/mcp.R500009-MCP200 . ISSN   1535-9476 . ПМИД   15695805 . S2CID   16391377 .
  8. ^ Орчард, Сандра; Тейлор, Крис; Хермякоб, Хеннинг; Чжу, Вэйминь; Джулиан, Рэндалл; Апвейлер, Рольф (август 2004 г.). «Современное состояние разработки протеомных стандартов» . Экспертное обозрение по протеомике . 1 (2): 179–183. дои : 10.1586/14789450.1.2.179 . ISSN   1744-8387 . ПМИД   15966812 . S2CID   21359913 .
  9. ^ Арчаков, Александр; Бержерон, Джон Дж. М.; Хлунов, Александр; Лисица, Андрей; Пайк, Ён-Ки (сентябрь 2009 г.). "Московский семинар HUPO Human Proteome Project" . Молекулярная и клеточная протеомика . 8 (9): 2199–2200. дои : 10.1074/mcp.H900009-MCP200 . ISSN   1535-9484 . ПМЦ   2742447 . ПМИД   19734150 .
  10. ^ Бейкер, Марк С. (декабрь 2009 г.). «Создание «практического» проекта протеома человека – следующий большой шаг в фундаментальной и клинической протеомике» . Современное мнение о молекулярной терапии . 11 (6): 600–602. ISSN   2040-3445 . ПМИД   20077630 .
  11. ^ «Зов протеома человека» . Природные методы . 7 (9): 661. Сентябрь 2010 г. doi : 10.1038/nmeth0910-661 . ISSN   1548-7105 . ПМИД   20827799 . S2CID   41368976 .
  12. ^ Рабиллу, Тьерри; Хохштрассер, Денис; Симпсон, Ричард Дж. (сентябрь 2010 г.). «Является ли геноцентричный проект протеома человека лучшим способом протеомики служить биологии?» . Протеомика . 10 (17): 3067–3072. arXiv : 1007.5378 . дои : 10.1002/pmic.201000220 . ISSN   1615-9861 . ПМИД   20648483 . S2CID   14253657 .
  13. ^ «Геноцентричный проект протеома человека: HUPO - организация по протеому человека» . Молекулярная и клеточная протеомика . 9 (2): 427–429. Февраль 2010 г. doi : 10.1074/mcp.H900001-MCP200 . ISSN   1535-9484 . ПМЦ   2830851 . ПМИД   20124355 .
  14. ^ Пайк, Ён-Ки; Чон, Сыль Ки; Оменн, Гилберт С.; Улен, Матиас; Ханаш, Самир; Чо, Сан Юн; Ли, Хён Джу; На, Гын; Чхве, Ын Ён; Ян, Фанфэй; Чжан, Фань; Чжан, Юэ; Снайдер, Майкл; Ченг, Юн; Чен, Жуй (07 марта 2012 г.). «Проект хромосомно-центрического протеома человека по каталогизации белков, закодированных в геноме» . Природная биотехнология . 30 (3): 221–223. дои : 10.1038/nbt.2152 . ISSN   1546-1696 . ПМИД   22398612 . S2CID   205276763 .
  15. ^ Эберсольд, Руди; Бадер, Гэри Д.; Эдвардс, Алед М.; ван Эйк, Дженнифер Э.; Куссманн, Мартин; Цинь, Цзюнь; Оменн, Гилберт С. (4 января 2013 г.). «Проект человеческого протеома, ориентированный на биологию и болезни (B/D-HPP): обеспечение исследований белков для сообщества медико-биологических наук» . Журнал исследований протеома . 12 (1): 23–27. дои : 10.1021/pr301151m . ISSN   1535-3907 . ПМИД   23259511 .
  16. ^ Пайк, Ён-Ки; Оменн, Гилберт С.; Тонгбункерд, Визит; Марко-Варга, Дьёрдь; Хэнкок, Уильям С. (3 января 2014 г.). «Полногеномная протеомика, Проект хромосомно-центрического протеома человека (C-HPP), часть II» . Журнал исследований протеома . 13 (1): 1–4. дои : 10.1021/pr4011958 . ISSN   1535-3907 . ПМИД   24328071 .
  17. ^ Оменн, Гилберт С.; Лейн, Лиди; Лундберг, Эмма К.; Бивис, Рональд К.; Несвижский, Алексей Иванович; Дойч, Эрик В. (04 сентября 2015 г.). «Метрики проекта протеома человека 2015: прогресс в области протеома человека и рекомендации по высокодостоверной идентификации белков» . Журнал исследований протеома . 14 (9): 3452–3460. doi : 10.1021/acs.jproteome.5b00499 . ISSN   1535-3907 . ПМЦ   4755311 . ПМИД   26155816 .
  18. ^ Хорватович, Питер; Лундберг, Эмма К.; Чен, Ю-Джу; Сун, Тин-И; Он, Фучу; Ницца, Эдуард К.; Гуд, Роберт Дж.; Ю, Саймон; Ранганатан, Шоба; Бейкер, Марк С.; Домонт, Жилберто Б.; Веласкес, Эрика; Ли, Донг; Лю, Сики; Ван, Цюаньхуэй (4 сентября 2015 г.). «В поисках недостающих белков: обновленная информация 2015 года о проекте хромосомно-центрического протеома человека» (PDF) . Журнал исследований протеома . 14 (9): 3415–3431. дои : 10.1021/pr5013009 . ISSN   1535-3907 . ПМИД   26076068 .
  19. ^ Бейкер, Марк С.; Ан, Сон Бом; Мохамедали, Абидали; Ислам, Мохаммед Т.; Кантор, Дэвид; Верхарт, Питер Д.; Фанаян, Сьюзен; Шарма, Самридхи; Ницца, Эдуард К.; Коннор, Марк; Ранганатан, Шоба (24 января 2017 г.). «Ускорение поиска недостающих белков в протеоме человека» . Природные коммуникации . 8 : 14271. Бибкод : 2017NatCo...814271B . дои : 10.1038/ncomms14271 . ISSN   2041-1723 . ПМК   5286205 . ПМИД   28117396 .
  20. ^ Саутэн, Кристофер (2017). «Последние броски йойо: оценка канонического количества белка в организме человека» . F1000Исследования . 6 : 448. doi : 10.12688/f1000research.11119.1 . ISSN   2046-1402 . ПМЦ   5428527 . ПМИД   28529709 .
  21. ^ Оменн, Гилберт С.; Лейн, Лиди; В целом, Кристофер М.; Пайк, Ён-Ки; Кристя, Илеана М.; Корралес, Фернандо Дж.; Линдског, Сесилия; Вайнтрауб, Сьюзен; Рёрл, Майкл Х.А.; Лю, Сики; Бандейра, Нуно; Шривастава, Судхир; Чен, Ю-Джу; Эберсольд, Руди; Мориц, Роберт Л.; Дойч, Эрик В. (3 декабря 2021 г.). «Прогресс в идентификации и анализе протеома человека: показатели 2021 года в рамках проекта HUPO по протеому человека» . Журнал исследований протеома . 20 (12): 5227–5240. doi : 10.1021/acs.jproteome.1c00590 . ПМЦ   9340669 . ПМИД   34670092 . S2CID   239050778 .
[ редактировать ]
  1. Страница проекта ГЭС (www.hupo.org)
  2. Веб-сайт ГЭС (www.thehpp.org)
  3. Веб-сайт хромосомно-ориентированного HPP (www.c-hpp.org)
  4. Веб-сайт BD HPP (www.hupo.org/B/D-HPP)
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: f85c6c1c030fbb179af730ed4eced8bf__1711737060
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/f8/bf/f85c6c1c030fbb179af730ed4eced8bf.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Human Proteome Project - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)