Проект человеческого протеома
Содержание | |
---|---|
Описание | Цельнопротеомная характеристика |
Типы данных захвачен | последовательность белка, фосфорилирование, ацетилирование, гликозилирование |
Организмы | Мудрый человек |
Контакт | |
Исследовательский центр | Протеомная организация человека |
Лаборатория | различный |
Первичное цитирование | ПМИД 22398612 |
Доступ | |
Веб-сайт | www www |
веб-службы URL-адрес | СледующийПрот REST |
Проект «Протеом человека» [1] ( HPP ) – это совместная работа, координируемая Организацией протеома человека . [2] Его заявленная цель — экспериментально наблюдать за всеми белками, продуцируемыми последовательностями, транслированными из генома человека .
История
[ редактировать ]Организация протеома человека служила координирующим органом для многих длительных исследовательских проектов по протеомике , связанных с конкретными тканями человека, представляющими клинический интерес, такими как плазма крови , [3] печень , [4] мозг [5] и моча . [6] Он также отвечал за проекты, связанные с конкретными технологиями. [7] и стандарты [8] необходим для крупномасштабного изучения белков.
Структура и цели более крупного проекта, который будет параллелен проекту «Геном человека», обсуждаются в научной литературе. [9] [10] [11] [12] [13] Результатом этих дебатов и серии встреч на Всемирных конгрессах Организации протеома человека в 2009, 2010 и 2011 годах стало решение определить проект «Протеом человека» как состоящий из двух подпроектов: C-HPP и B/. Д-ГЭС. [14] C-HPP будет разделен на 25 групп, по одной на каждую хромосому человека. B/D-HPP будут организованы в группы в зависимости от биологической значимости белков и их значимости для заболеваний. [15]
Проекты и группы
[ редактировать ]Текущий набор рабочих групп перечислен ниже в порядке хромосом, подлежащих изучению.
хромосома | Лидер группы | Национальная принадлежность |
---|---|---|
1 | Пин Сюй | Китай |
2 | Лиди Лейн | Швейцария |
3 | Такеши Кавамура | Япония |
4 | Ю-Джу Чен | Тайвань |
5 | Петр Хорватович | Нидерланды |
6 | Кристоф Борчерс | Канада |
7 | Эдвард Найс | Австралия, Новая Зеландия |
8 | Пэнъюань Ян | Китай |
9 | Это Йоэль Чо | Сеул, Корея |
10 | Джошуа Лабаер | олень |
11 | Чон Шин Ю | Корея |
12 | Рави Сирдешмух | Индия, Сингапур, Тайвань, Таиланд |
13 | Янг Ки Пайк | Корея |
14 | Шарль Пино | Франция |
15 | Жилберто Б. Домонт | Бразилия |
16 | Фернандо Корралес | Испания |
17 | Гилберт С. Оменн | олень |
18 | Алексей Арчаков | Россия |
19 | Дьёрдь Марко-Варга | Швеция |
20 | Сицю Лю | Китай |
21 | Альберт Зикманн | Германия |
22 | Ахилеш Пандей | олень |
Х | Ясуси Исихама | Япония |
И | Гасем Хоссейни Салекде | Иран |
МТ | Андреа Урбани | Италия |
Вычислительные ресурсы
[ редактировать ]Обработку данных, анализ и проверку результатов протеомики на основе MS/MS обеспечивает Эрик Дойч из Института системной биологии, Сиэтл, США ( PeptideAtlas ). Обработку данных, связанных с методами антител, координирует Калле фон Фейлитцен, Стокгольм, Швеция ( Атлас белков человека ). За общую интеграцию и информатику отчетности отвечает Лиди Лейн из SIB, Женева, Швейцария ( NeXtProt ). Все данные, полученные в рамках вкладов HPP, хранятся в одном из репозиториев ProteomeXchange . [ нужна ссылка ]
Текущий статус
[ редактировать ]Обновления проекта «Протеом человека» регулярно публикуются, например, в «Журнале исследований протеома» (2014). [16] Опубликованы показатели уровня достоверности, связанные с наблюдениями за белками. [17] как это было с «MissingProteinPedia». [18] [19]
На основе сравнения девяти основных порталов аннотаций получен разброс количества человеческих белков от 21 819 до 18 891 (по состоянию на 2017 год). [20] Показатели HPP на 2021 год показывают, что экспрессия белков в настоящее время достоверно обнаружена в 92,8% предсказанных белков, закодированных в геноме человека. [21]
См. также
[ редактировать ]- БиоПлекс
- Атлас белков человека - Базы данных белков
- НекстПрот
- Пептидный Атлас
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Легрен, П.; Эберсольд, Рюд; Кумар, Бала; Беретта, Лаура; Костелло, Кэтрин Э.; Борчерс, Кристоф Х.; Корталс, Гарри Л. (29 апреля 2011 г.). «Проект человеческого протеома: текущее состояние и будущее направление» . Молекулярная и клеточная протеомика . 10 (7): М111.009993. дои : 10.1074/mcp.M111.009993 . ПМК 3134076 . ПМИД 21742803 .
- ^ «HUPO (Организация протеома человека) 1-й Всемирный конгресс» . Мол клеточная протеомика . 9 (9). Американское общество биохимии и молекулярной биологии : 651–752. Сентябрь 2002 г. PMID 12474872 .
- ^ Оменн, Гилберт С.; Штаты, Дэвид Дж.; Адамски, Марцин; Блэквелл, Томас В.; Менон, Раджасри; Хермякоб, Хеннинг; Апвейлер, Рольф; Хааб, Брайан Б.; Симпсон, Ричард Дж.; Эддес, Джеймс С.; Капп, Юджин А.; Мориц, Роберт Л.; Чан, Дэниел В.; Рай, Алекс Дж.; Адмон, Ари (август 2005 г.). «Обзор проекта HUPO Plasma Proteome: результаты пилотного этапа с участием 35 сотрудничающих лабораторий и нескольких аналитических групп, в результате чего был создан основной набор данных из 3020 белков и общедоступная база данных» . Протеомика . 5 (13): 3226–3245. дои : 10.1002/pmic.200500358 . hdl : 2027.42/86605 . ISSN 1615-9853 . ПМИД 16104056 . S2CID 2718659 .
- ^ Он, Фучу (декабрь 2005 г.). «Проект протеома печени человека: план, прогресс и перспективы» . Молекулярная и клеточная протеомика . 4 (12): 1841–1848. дои : 10.1074/mcp.R500013-MCP200 . ISSN 1535-9476 . ПМИД 16118399 . S2CID 34735692 .
- ^ Хамахер, Майкл; Стефан, Кристиан; Хардт, Таня; Эйзенахер, Мартин; Хенкель, Андреас; Уилтфанг, Йенс; Хименес, Конни Р.; Пак, Ён Мок; Маркус, Катрин; Мейер, Хельмут Э. (май 2008 г.). «Применение в протеомике мозга: 8-й семинар HUPO по проекту протеома мозга, 7 октября 2007 г., Сеул, Корея» . Протеомика . 8 (9): 1750–1753. дои : 10.1002/pmic.200701120 . ISSN 1615-9861 . ПМИД 18384107 . S2CID 20622786 .
- ^ Ямамото, Тадаши; Лэнгэм, Робин Г.; Ронко, Пьер; Неппер, Марк А.; Тонгбункерд, Визит (июнь 2008 г.). «К стандартным протоколам и рекомендациям по протеомике мочи: отчет о симпозиуме и семинаре Проекта протеома почек и мочи человека (HKUPP), 6 октября 2007 г., Сеул, Корея, и 1 ноября 2007 г., Сан-Франциско, Калифорния, США» . Протеомика . 8 (11): 2156–2159. дои : 10.1002/pmic.200800138 . ISSN 1615-9861 . ПМИД 18528840 . S2CID 13764796 .
- ^ Улен, Матиас; Понтен, Фредрик (апрель 2005 г.). «Протеомика на основе антител для профилирования тканей человека» . Молекулярная и клеточная протеомика . 4 (4): 384–393. дои : 10.1074/mcp.R500009-MCP200 . ISSN 1535-9476 . ПМИД 15695805 . S2CID 16391377 .
- ^ Орчард, Сандра; Тейлор, Крис; Хермякоб, Хеннинг; Чжу, Вэйминь; Джулиан, Рэндалл; Апвейлер, Рольф (август 2004 г.). «Современное состояние разработки протеомных стандартов» . Экспертное обозрение по протеомике . 1 (2): 179–183. дои : 10.1586/14789450.1.2.179 . ISSN 1744-8387 . ПМИД 15966812 . S2CID 21359913 .
- ^ Арчаков, Александр; Бержерон, Джон Дж. М.; Хлунов, Александр; Лисица, Андрей; Пайк, Ён-Ки (сентябрь 2009 г.). "Московский семинар HUPO Human Proteome Project" . Молекулярная и клеточная протеомика . 8 (9): 2199–2200. дои : 10.1074/mcp.H900009-MCP200 . ISSN 1535-9484 . ПМЦ 2742447 . ПМИД 19734150 .
- ^ Бейкер, Марк С. (декабрь 2009 г.). «Создание «практического» проекта протеома человека – следующий большой шаг в фундаментальной и клинической протеомике» . Современное мнение о молекулярной терапии . 11 (6): 600–602. ISSN 2040-3445 . ПМИД 20077630 .
- ^ «Зов протеома человека» . Природные методы . 7 (9): 661. Сентябрь 2010 г. doi : 10.1038/nmeth0910-661 . ISSN 1548-7105 . ПМИД 20827799 . S2CID 41368976 .
- ^ Рабиллу, Тьерри; Хохштрассер, Денис; Симпсон, Ричард Дж. (сентябрь 2010 г.). «Является ли геноцентричный проект протеома человека лучшим способом протеомики служить биологии?» . Протеомика . 10 (17): 3067–3072. arXiv : 1007.5378 . дои : 10.1002/pmic.201000220 . ISSN 1615-9861 . ПМИД 20648483 . S2CID 14253657 .
- ^ «Геноцентричный проект протеома человека: HUPO - организация по протеому человека» . Молекулярная и клеточная протеомика . 9 (2): 427–429. Февраль 2010 г. doi : 10.1074/mcp.H900001-MCP200 . ISSN 1535-9484 . ПМЦ 2830851 . ПМИД 20124355 .
- ^ Пайк, Ён-Ки; Чон, Сыль Ки; Оменн, Гилберт С.; Улен, Матиас; Ханаш, Самир; Чо, Сан Юн; Ли, Хён Джу; На, Гын; Чхве, Ын Ён; Ян, Фанфэй; Чжан, Фань; Чжан, Юэ; Снайдер, Майкл; Ченг, Юн; Чен, Жуй (07 марта 2012 г.). «Проект хромосомно-центрического протеома человека по каталогизации белков, закодированных в геноме» . Природная биотехнология . 30 (3): 221–223. дои : 10.1038/nbt.2152 . ISSN 1546-1696 . ПМИД 22398612 . S2CID 205276763 .
- ^ Эберсольд, Руди; Бадер, Гэри Д.; Эдвардс, Алед М.; ван Эйк, Дженнифер Э.; Куссманн, Мартин; Цинь, Цзюнь; Оменн, Гилберт С. (4 января 2013 г.). «Проект человеческого протеома, ориентированный на биологию и болезни (B/D-HPP): обеспечение возможности исследования белков для сообщества медико-биологических наук» . Журнал исследований протеома . 12 (1): 23–27. дои : 10.1021/pr301151m . ISSN 1535-3907 . ПМИД 23259511 .
- ^ Пайк, Ён-Ки; Оменн, Гилберт С.; Тонгбункерд, Визит; Марко-Варга, Дьёрдь; Хэнкок, Уильям С. (3 января 2014 г.). «Полногеномная протеомика, Проект хромосомно-центрического протеома человека (C-HPP), часть II» . Журнал исследований протеома . 13 (1): 1–4. дои : 10.1021/pr4011958 . ISSN 1535-3907 . ПМИД 24328071 .
- ^ Оменн, Гилберт С.; Лейн, Лиди; Лундберг, Эмма К.; Бивис, Рональд К.; Несвижский, Алексей Иванович; Дойч, Эрик В. (04 сентября 2015 г.). «Метрики проекта протеома человека 2015: прогресс в области протеома человека и рекомендации по высокодостоверной идентификации белков» . Журнал исследований протеома . 14 (9): 3452–3460. doi : 10.1021/acs.jproteome.5b00499 . ISSN 1535-3907 . ПМЦ 4755311 . ПМИД 26155816 .
- ^ Хорватович, Питер; Лундберг, Эмма К.; Чен, Ю-Джу; Сун, Тин-И; Он, Фучу; Ницца, Эдуард К.; Гуд, Роберт Дж.; Ю, Саймон; Ранганатан, Шоба; Бейкер, Марк С.; Домонт, Жилберто Б.; Веласкес, Эрика; Ли, Донг; Лю, Сики; Ван, Цюаньхуэй (4 сентября 2015 г.). «В поисках недостающих белков: обновленная информация 2015 года о проекте хромосомно-центрического протеома человека» (PDF) . Журнал исследований протеома . 14 (9): 3415–3431. дои : 10.1021/pr5013009 . ISSN 1535-3907 . ПМИД 26076068 .
- ^ Бейкер, Марк С.; Ан, Сон Бом; Мохамедали, Абидали; Ислам, Мохаммед Т.; Кантор, Дэвид; Верхарт, Питер Д.; Фанаян, Сьюзен; Шарма, Самридхи; Ницца, Эдуард К.; Коннор, Марк; Ранганатан, Шоба (24 января 2017 г.). «Ускорение поиска недостающих белков в протеоме человека» . Природные коммуникации . 8 : 14271. Бибкод : 2017NatCo...814271B . дои : 10.1038/ncomms14271 . ISSN 2041-1723 . ПМК 5286205 . ПМИД 28117396 .
- ^ Саутэн, Кристофер (2017). «Последние броски йойо: оценка канонического количества белка в организме человека» . F1000Исследования . 6 : 448. doi : 10.12688/f1000research.11119.1 . ISSN 2046-1402 . ПМЦ 5428527 . ПМИД 28529709 .
- ^ Оменн, Гилберт С.; Лейн, Лиди; В целом, Кристофер М.; Пайк, Ён-Ки; Кристя, Илеана М.; Корралес, Фернандо Дж.; Линдског, Сесилия; Вайнтрауб, Сьюзен; Рёрл, Майкл Х.А.; Лю, Сики; Бандейра, Нуно; Шривастава, Судхир; Чен, Ю-Джу; Эберсольд, Руди; Мориц, Роберт Л.; Дойч, Эрик В. (3 декабря 2021 г.). «Прогресс в идентификации и анализе протеома человека: показатели 2021 года в рамках проекта HUPO по протеому человека» . Журнал исследований протеома . 20 (12): 5227–5240. doi : 10.1021/acs.jproteome.1c00590 . ПМЦ 9340669 . ПМИД 34670092 . S2CID 239050778 .